genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98451284--98451326	19	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
98465731--98465787	27	2.1	27	100	0	114	17	21	21	40	1.92
98467331--98467392	20	3.3	20	65	17	60	20	14	12	51	1.75
98467332--98467403	36	2.0	36	100	0	144	22	13	16	47	1.82
98472878--98473044	83	2.0	83	98	0	325	35	17	16	30	1.92
98483765--98483921	83	1.9	82	88	8	239	35	17	15	31	1.91
98487484--98487540	27	2.1	27	100	0	114	17	21	21	40	1.92
98489083--98489144	20	3.3	20	65	17	60	20	14	12	51	1.75
98489084--98489155	36	2.0	36	100	0	144	22	13	16	47	1.82
98494628--98494794	83	2.0	83	98	0	325	35	17	16	30	1.92
98510180--98510298	59	2.0	59	96	0	220	38	6	23	31	1.81
98510394--98510718	166	2.0	164	85	3	447	37	16	9	36	1.81
98515033--98515079	21	2.2	21	77	7	51	36	0	12	51	1.40
98517416--98517470	27	2.0	27	82	6	67	45	1	1	50	1.22
98517409--98517526	46	2.6	45	74	7	116	49	0	2	47	1.21
98518374--98518421	23	2.1	22	81	11	53	50	2	6	41	1.39
98525825--98525849	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
98531467--98531506	20	2.0	20	95	0	71	30	10	7	52	1.62
98532513--98532583	29	2.4	30	79	9	76	49	9	1	39	1.45
98533065--98533100	16	2.2	16	95	0	63	38	0	8	52	1.32
98533449--98533473	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
98534434--98534470	15	2.5	15	95	4	67	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98539972--98540014	21	2.0	21	81	4	50	39	2	2	55	1.25
98547449--98547498	19	2.6	20	84	12	61	54	8	0	38	1.30
98550485--98550516	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
98550826--98550869	17	2.4	18	81	11	54	29	4	0	65	1.12
98551745--98551828	31	2.8	30	78	7	91	35	8	14	41	1.76
98555085--98555129	13	3.8	13	75	22	53	42	51	0	6	1.28
98555083--98555133	22	2.3	22	96	0	93	41	52	0	5	1.25
98568086--98568550	206	2.3	205	93	1	779	31	18	22	27	1.97
98568638--98568734	45	2.2	45	85	7	142	29	15	30	23	1.95
98568920--98568965	15	3.0	15	83	3	56	50	36	6	6	1.54
98568940--98568980	15	2.5	17	84	7	50	48	43	4	2	1.37
98569494--98569535	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
98569520--98569601	33	2.3	39	83	12	104	34	13	0	52	1.41
98569547--98569631	23	3.6	23	70	9	64	29	9	2	58	1.42
98571401--98571446	13	3.5	13	85	14	67	45	32	0	21	1.52
98571401--98571480	7	11.7	7	81	5	83	42	28	3	25	1.72
98574512--98574561	25	2.0	25	100	0	100	52	12	8	28	1.66
98581632--98581672	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
98589256--98589320	24	2.5	26	82	9	71	52	4	9	33	1.54
98589680--98589915	118	2.0	120	83	9	302	55	5	6	31	1.49
98590384--98590419	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
98596215--98596251	20	1.9	20	88	5	58	27	2	2	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98608197--98608264	34	2.0	34	100	0	136	38	11	11	38	1.79
98609346--98609372	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
98619144--98619173	14	2.1	14	93	0	51	0	60	6	33	1.23
98621241--98621269	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
98622674--98622708	18	1.9	18	88	0	52	34	2	0	62	1.10
98626851--98626891	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
98630853--98630899	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
98650788--98650891	29	3.6	29	69	11	79	37	3	6	51	1.46
98652287--98652316	12	2.5	12	100	0	60	26	0	6	66	1.16
98654353--98654420	34	2.0	34	85	5	93	26	26	17	29	1.98
98659751--98659984	3	75.7	3	69	12	66	59	2	10	27	1.45
98661084--98661129	24	2.0	23	86	4	65	10	2	41	45	1.51
98664885--98664922	17	2.2	18	85	4	51	42	0	2	55	1.14
98666416--98666479	31	2.1	31	81	16	73	62	0	1	35	1.05
98666425--98666481	17	3.5	17	76	11	57	63	0	1	35	1.05
98666965--98667089	18	6.9	18	88	5	182	36	15	11	36	1.83
98666965--98667089	35	3.5	36	89	7	184	36	15	11	36	1.83
98666965--98667089	53	2.3	54	94	2	225	36	15	11	36	1.83
98667475--98667744	83	3.2	83	93	1	459	27	20	20	31	1.97
98667668--98668026	119	3.0	118	91	1	583	29	18	17	34	1.94
98674715--98674755	6	6.8	6	94	0	73	2	34	34	29	1.71
98675659--98675696	5	7.6	5	93	0	67	0	23	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98675740--98675768	15	2.0	15	93	6	51	0	37	0	62	0.96
98685509--98685537	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
98694490--98694518	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
98694588--98694646	28	2.1	28	83	0	73	54	8	3	33	1.48
98698730--98698785	27	2.2	25	87	9	78	19	8	16	55	1.67
98701414--98701448	4	9.2	4	87	12	56	0	25	0	74	0.82
98701779--98701815	13	2.8	14	88	8	51	51	5	2	40	1.39
98702822--98703029	104	2.0	105	91	2	339	44	4	8	42	1.55
98704228--98704280	3	17.7	3	80	7	63	30	5	1	62	1.29
98704406--98704483	34	2.2	35	80	13	90	37	8	2	51	1.47
98715681--98715706	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
98717064--98717453	173	2.3	170	85	5	516	31	20	22	26	1.98
98717127--98717502	43	8.6	45	73	11	261	29	21	23	25	1.99
98717213--98717624	218	1.9	217	85	1	565	29	21	23	26	1.99
98717935--98717964	9	3.4	9	95	4	53	10	53	13	23	1.69
98718929--98718984	3	18.7	3	81	7	69	30	5	1	62	1.28
98719018--98719066	24	2.1	23	82	14	57	38	8	2	51	1.43
98719113--98719192	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
98727932--98727962	6	5.3	6	96	3	55	12	0	0	87	0.55
98728542--98728633	45	2.1	43	85	4	121	33	2	3	60	1.25
98740808--98740976	85	2.0	84	91	1	275	25	37	7	30	1.83
98746401--98746452	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98748368--98748419	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
98751511--98751573	17	3.4	19	75	20	62	30	6	0	63	1.19
98753896--98753953	27	2.2	25	81	6	71	58	10	0	31	1.31
98759903--98759945	11	3.9	11	81	0	50	34	0	4	60	1.17
98759903--98760063	24	6.8	24	69	19	72	32	7	4	54	1.50
98759936--98760063	47	2.7	48	73	13	115	32	9	4	53	1.53
98760207--98760341	3	45.3	3	68	14	57	32	6	3	57	1.43
98760248--98760303	23	2.3	26	85	14	75	35	10	1	51	1.47
98760246--98760308	26	2.4	27	80	15	71	34	9	3	52	1.50
98760295--98760358	30	2.3	26	73	21	65	29	4	9	56	1.51
98760508--98760538	12	2.6	12	94	0	53	41	3	6	48	1.45
98760528--98760600	28	2.6	30	73	18	75	32	4	6	56	1.45
98760624--98760650	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
98767447--98767547	52	1.9	52	92	4	168	37	29	3	28	1.75
98768611--98768663	24	2.1	26	86	13	76	37	3	0	58	1.16
98768611--98768664	25	2.1	25	83	16	67	37	3	0	59	1.15
98768646--98768685	20	2.1	19	86	9	55	27	2	0	70	1.01
98771312--98771620	77	4.0	77	90	1	485	38	22	7	30	1.82
98771312--98771604	153	1.9	153	93	0	505	38	22	7	30	1.83
98772325--98772361	12	3.0	13	84	11	51	8	8	2	81	0.97
98772330--98772360	11	2.7	11	95	5	53	6	6	0	87	0.68
98772508--98772541	18	1.9	18	88	5	52	23	29	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98774940--98774966	11	2.5	11	100	0	54	48	18	14	18	1.82
98776731--98776774	19	2.3	19	96	0	79	50	4	13	31	1.62
98776970--98777028	31	1.9	31	86	3	84	38	11	10	38	1.76
98788588--98788630	17	2.4	18	85	11	54	74	9	2	13	1.16
98788946--98789007	18	3.3	18	76	10	63	64	0	0	35	0.94
98788946--98789009	10	6.8	10	73	20	57	62	0	0	37	0.95
98788986--98789108	28	4.3	27	75	14	97	65	2	4	27	1.23
98791808--98791877	32	2.2	32	85	7	97	37	1	0	61	1.05
98791811--98791886	30	2.5	30	82	8	82	36	2	0	60	1.11
98794995--98795048	25	2.2	25	93	0	90	38	16	24	20	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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