genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16916220--16916366	27	5.4	27	76	7	129	29	10	19	40	1.85
16916374--16916456	27	3.1	27	85	0	121	40	6	19	33	1.76
16920500--16920645	31	4.7	31	92	0	240	20	30	33	15	1.94
16927716--16927778	9	6.7	9	76	7	54	61	4	3	30	1.32
16931310--16931417	26	4.2	26	91	0	171	35	21	8	35	1.83
16931906--16931953	21	2.3	20	85	3	60	41	0	2	56	1.11
16933899--16934001	39	2.7	39	84	4	129	20	20	33	25	1.97
16947184--16947219	6	6.0	6	86	0	54	16	2	0	80	0.83
16947184--16947232	18	2.8	18	87	3	64	18	4	0	77	0.92
16959134--16959286	24	6.4	24	69	11	80	35	20	24	19	1.96
16959824--16959864	21	2.0	21	85	0	55	34	19	2	43	1.64
16969998--16970042	18	2.6	17	83	13	56	48	0	4	46	1.22
16972200--16972454	54	4.7	54	83	5	300	23	23	17	36	1.95
16984760--16984784	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
16987117--16987170	6	9.0	6	89	0	81	46	1	35	16	1.58
16988542--16988725	57	3.2	57	68	11	147	44	4	7	43	1.53
16992374--16992416	21	2.0	21	95	0	77	53	9	11	25	1.67
16999793--16999860	16	4.2	16	83	3	75	36	4	26	32	1.76
17000062--17000195	58	2.3	58	79	8	148	53	3	0	41	1.24
17000173--17000216	21	2.0	21	86	8	61	61	2	0	36	1.09
17002260--17002301	21	2.0	21	95	0	75	50	19	2	28	1.60
17004517--17004556	20	2.0	20	95	0	71	52	0	12	35	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17008690--17008733	21	2.0	21	86	8	61	38	18	6	36	1.77
17008713--17008765	17	2.9	18	86	8	81	35	15	11	37	1.83
17009140--17009629	205	2.4	205	92	0	802	29	22	18	29	1.97
17009580--17009670	41	2.2	41	100	0	182	35	23	14	27	1.93
17009375--17009875	246	2.0	246	92	0	840	30	21	17	29	1.96
17009970--17010506	84	6.4	84	91	4	863	23	22	23	29	1.99
17009973--17010468	250	2.0	247	93	2	850	23	23	23	29	1.99
17011456--17011525	8	8.8	8	75	17	65	4	14	0	81	0.84
17011458--17011527	12	5.8	12	74	21	51	4	14	0	81	0.84
17015154--17015206	23	2.2	24	93	6	99	24	30	11	33	1.90
17016867--17016989	64	1.9	64	98	0	237	26	32	17	23	1.97
17018643--17018750	26	4.2	26	90	7	175	36	22	7	34	1.82
17018643--17018750	52	2.1	52	96	0	198	36	22	7	34	1.82
17021238--17021291	28	1.9	28	92	0	90	25	1	31	40	1.66
17024671--17024719	18	2.5	19	80	9	55	46	0	4	48	1.20
17024689--17024775	33	2.6	33	73	7	86	42	1	5	50	1.33
17025064--17025130	27	2.5	27	97	0	125	34	8	8	47	1.66
17026324--17026378	29	1.9	28	96	0	92	43	14	23	18	1.87
17029638--17029808	46	3.7	48	75	10	135	26	19	30	23	1.98
17036098--17036208	43	2.6	44	80	11	122	23	14	23	38	1.91
17037199--17037263	30	2.2	30	91	0	103	16	21	30	30	1.96
17041497--17041553	27	2.1	27	100	0	114	28	22	3	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17043199--17043258	17	3.7	16	71	10	50	16	8	5	70	1.31
17044115--17044147	16	2.1	16	88	5	50	39	6	0	54	1.25
17049782--17050072	29	10.2	29	75	9	208	24	15	22	37	1.93
17051826--17051938	56	2.0	56	100	0	226	30	10	24	34	1.89
17056569--17056606	18	2.1	18	90	0	58	68	0	5	26	1.11
17057564--17057603	17	2.4	17	91	4	64	67	0	2	30	1.04
17061203--17061231	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
17063075--17063135	31	1.9	31	90	3	95	24	13	14	47	1.80
17066867--17066903	18	2.1	18	100	0	74	10	27	27	35	1.90
17068038--17068079	21	2.0	21	86	9	59	21	9	21	47	1.79
17073072--17073176	54	1.9	54	81	14	128	18	22	28	30	1.97
17076214--17076385	46	3.7	46	72	13	163	22	19	27	29	1.98
17076207--17076376	93	1.8	93	90	0	277	23	20	27	28	1.99
17078686--17078731	24	1.9	24	86	0	65	26	15	30	28	1.96
17088440--17088553	56	2.0	56	100	0	228	21	14	25	38	1.91
17094912--17095105	98	2.0	98	98	0	379	27	14	17	40	1.89
17102721--17102990	46	5.8	46	74	14	250	22	20	27	29	1.98
17102733--17102983	92	2.7	93	93	0	432	22	19	28	29	1.98
17120386--17120429	15	2.9	14	86	10	52	6	13	2	77	1.07
17120382--17120451	20	3.3	20	73	18	63	5	17	1	75	1.06
17121376--17121413	12	3.2	12	92	0	67	15	5	7	71	1.28
17123090--17123186	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17128007--17128038	14	2.3	14	100	0	64	50	12	0	37	1.41
17130873--17130921	24	2.0	24	96	0	89	20	22	8	48	1.75
17134068--17134114	24	2.0	24	87	8	69	31	17	6	44	1.73
17135702--17135843	48	2.9	50	85	5	189	27	16	30	24	1.97
17135719--17135899	48	3.7	49	83	7	183	27	18	29	24	1.98
17137813--17137847	16	2.2	16	94	0	61	54	20	17	8	1.68
17138072--17138147	29	2.6	29	85	0	89	27	17	26	28	1.97
17143012--17143077	20	3.3	20	75	8	71	42	13	27	16	1.86
17143009--17143116	40	2.7	40	83	0	126	39	16	26	16	1.90
17143049--17143116	20	3.4	20	68	0	55	41	19	23	16	1.90
17148157--17148210	27	2.0	27	96	0	99	31	24	14	29	1.95
17149050--17149103	27	2.0	27	100	0	108	18	14	18	48	1.82
17158532--17158674	41	3.5	40	84	1	151	32	14	30	22	1.94
17160290--17160399	48	2.3	48	91	0	175	24	18	31	25	1.97
17161682--17161809	48	2.7	48	90	2	204	25	18	28	27	1.98
17162613--17162642	14	2.1	14	100	0	60	33	0	0	66	0.92
17162948--17162988	20	2.0	21	86	9	59	63	4	4	26	1.35
17165748--17165850	38	2.6	39	84	9	129	26	22	24	27	2.00
17166435--17166467	16	1.9	18	88	11	52	24	9	15	51	1.72
17172212--17173286	376	2.9	375	95	0	1920	42	10	16	31	1.81
17173971--17174670	375	1.9	375	93	1	1206	43	10	16	30	1.81
17178272--17178396	48	2.6	48	81	0	169	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17179706--17179833	48	2.7	48	80	2	168	27	20	27	25	1.99
17181448--17181519	37	1.9	37	91	0	117	23	34	19	22	1.96
17181661--17181758	48	2.0	48	92	0	160	32	27	5	34	1.79
17186411--17186511	36	2.8	37	86	3	132	27	14	26	30	1.95
17189962--17190181	48	4.6	48	86	0	287	27	20	26	25	1.99
17197048--17197147	49	2.0	49	90	0	155	24	15	23	38	1.92
17198456--17198521	27	2.4	27	85	5	80	22	21	21	34	1.96
17198500--17198554	26	2.1	26	82	0	65	23	18	25	32	1.97
17205822--17205880	27	2.2	27	90	0	100	25	23	16	33	1.96
17207963--17208046	43	2.0	43	81	9	100	28	19	25	27	1.98
17217003--17217186	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
17217003--17217183	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
17217071--17217233	40	4.1	39	82	7	141	26	20	26	26	1.99
17225093--17225313	49	4.6	47	78	8	178	31	18	27	22	1.97
17236403--17236463	22	2.9	20	67	11	50	26	14	16	42	1.87
17239936--17240110	90	1.9	90	80	2	199	28	25	18	28	1.98
17240029--17240153	42	3.0	42	83	0	133	31	24	16	27	1.97
17245535--17245706	46	3.7	45	76	11	134	24	26	18	30	1.98
17250895--17251067	48	3.6	48	84	6	156	27	26	17	27	1.98
17250957--17251075	48	2.5	48	91	2	195	25	28	18	27	1.98
17254663--17254709	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
17254673--17254735	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17256466--17256515	20	2.5	20	75	18	50	44	22	0	34	1.53
17256466--17256517	21	2.5	20	75	9	52	44	21	0	34	1.52
17261055--17261210	43	3.6	42	82	6	204	24	30	20	25	1.99
17269297--17269428	40	3.3	40	91	5	207	27	27	21	24	1.99
17269834--17269980	74	2.0	73	96	4	269	25	14	16	43	1.85
17270234--17270338	54	1.9	54	100	0	210	34	37	5	22	1.78
17271304--17271329	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
17271799--17271841	19	2.3	19	84	4	52	74	0	2	23	0.93
17272818--17272848	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
17277145--17277379	43	5.5	42	81	9	217	31	25	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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