genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62144262--62144345	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
62144214--62144438	49	4.5	49	87	2	297	24	17	28	29	1.97
62144207--62144438	99	2.3	100	85	2	306	24	17	28	29	1.97
62152613--62152677	26	2.4	26	82	5	76	33	23	12	30	1.91
62153715--62153761	24	2.0	23	87	8	67	23	19	21	36	1.95
62153747--62153813	26	2.6	26	92	2	109	23	23	23	28	2.00
62153863--62153919	20	2.8	20	94	0	105	33	19	12	35	1.89
62153863--62153918	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
62158980--62159154	46	3.8	45	74	7	163	29	29	19	21	1.97
62164505--62164605	26	4.0	23	74	21	71	24	23	22	28	1.99
62164533--62164605	26	2.8	26	93	0	128	24	24	24	26	2.00
62164655--62164711	20	2.8	20	97	0	105	35	21	10	33	1.87
62164655--62164710	11	5.5	11	71	16	57	33	21	10	33	1.88
62166525--62166636	27	4.1	27	81	10	122	16	22	22	38	1.93
62166525--62166636	54	2.1	54	84	3	145	16	22	22	38	1.93
62168726--62168770	20	2.2	20	88	0	63	46	2	13	37	1.55
62176373--62176457	43	2.0	43	86	4	118	24	22	28	24	1.99
62178534--62178585	24	2.2	24	100	0	104	7	11	11	69	1.37
62178535--62178599	24	2.9	23	88	6	80	9	9	12	69	1.37
62206660--62206735	34	2.3	33	88	8	118	38	15	6	39	1.74
62212324--62212389	24	2.8	24	75	13	64	36	3	31	28	1.73
62214571--62214601	16	1.9	16	93	0	53	51	0	12	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62214432--62214653	107	2.1	109	96	2	421	45	4	18	31	1.70
62217869--62218258	81	4.8	78	79	8	336	32	9	17	39	1.83
62217883--62218256	27	13.9	27	78	8	300	32	9	18	39	1.82
62217883--62218258	54	7.0	54	76	11	342	32	9	18	39	1.83
62223213--62223295	31	2.7	30	92	7	141	28	26	15	28	1.96
62223514--62223583	25	2.8	25	93	0	113	22	21	27	28	1.99
62224500--62224551	26	2.0	27	84	3	70	38	15	13	32	1.86
62224572--62224729	27	5.9	27	80	5	142	29	6	20	43	1.76
62224517--62224724	54	3.8	54	76	7	188	30	7	18	43	1.77
62224517--62224891	27	13.8	27	76	9	115	34	8	20	37	1.82
62224680--62224859	81	2.2	81	75	2	182	35	8	22	34	1.84
62224716--62224846	54	2.4	54	89	5	210	39	9	22	28	1.85
62231034--62231206	46	3.7	45	77	13	163	30	20	27	21	1.98
62255761--62256103	46	7.6	46	81	6	351	22	20	13	43	1.87
62255760--62256098	134	2.5	136	82	4	382	22	20	13	43	1.87
62256019--62256120	45	2.3	45	82	3	125	26	19	12	41	1.87
62257558--62257595	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
62268522--62268652	46	2.8	45	76	11	149	22	18	29	29	1.97
62271589--62271632	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
62307832--62308006	94	1.8	97	84	9	243	26	30	18	24	1.98
62317714--62317818	42	2.5	42	84	6	133	30	21	15	32	1.94
62321578--62322090	259	2.0	258	85	3	701	35	16	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62330257--62330395	27	5.2	27	82	7	158	40	20	9	30	1.84
62330257--62330387	53	2.4	54	81	7	151	38	20	9	30	1.85
62330378--62330439	27	2.3	27	86	5	81	45	9	11	33	1.73
62334563--62334674	43	2.6	43	87	1	145	18	14	33	33	1.91
62338267--62338324	15	3.9	15	83	0	80	12	15	13	58	1.63
62344215--62344345	48	2.7	48	83	6	176	34	27	17	20	1.95
62346558--62346596	20	2.0	20	89	0	60	10	28	38	23	1.87
62351855--62351920	32	2.1	32	100	0	132	36	15	9	39	1.79
62354289--62354458	38	4.4	38	88	3	234	20	20	25	32	1.97
62354269--62354458	76	2.5	78	84	6	244	21	21	25	32	1.98
62363077--62363118	19	2.2	19	83	8	50	16	2	14	66	1.35
62364022--62364080	12	4.9	12	85	4	75	61	0	16	22	1.35
62369131--62369338	91	2.3	91	86	2	274	45	4	3	46	1.41
62369368--62369399	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
62369392--62369604	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
62369354--62369646	120	2.4	120	92	2	482	42	2	5	50	1.36
62369475--62369509	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
62369595--62369629	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
62369583--62369851	147	1.9	143	92	4	459	46	2	3	47	1.32
62369742--62369776	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
62369932--62370026	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
62370007--62370058	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62370631--62370681	20	2.4	22	83	9	61	50	0	0	49	1.00
62370621--62370682	23	2.6	23	82	12	72	54	1	0	43	1.09
62379460--62379498	19	2.1	19	90	0	60	46	0	25	28	1.53
62384663--62384904	132	1.8	133	86	2	353	47	4	16	31	1.67
62386257--62386314	28	2.1	28	100	0	116	48	8	15	27	1.74
62387466--62387569	40	2.6	40	79	1	118	25	29	18	26	1.98
62387544--62387670	43	3.0	43	84	6	152	22	31	19	25	1.98
62389905--62389942	20	1.9	20	100	0	76	39	0	10	50	1.37
62392117--62392316	68	2.9	68	89	1	294	38	14	22	25	1.92
62396482--62396847	48	7.6	47	77	4	347	29	17	28	24	1.97
62396469--62396901	96	4.5	96	80	5	392	28	17	28	25	1.98
62396469--62396800	144	2.3	144	89	1	504	28	17	28	26	1.97
62396469--62396847	144	2.6	144	85	3	494	28	17	28	25	1.98
62398563--62398712	37	4.1	37	94	0	246	26	30	19	24	1.98
62398917--62399101	47	3.9	47	90	0	280	27	28	11	33	1.91
62399010--62399085	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
62402394--62402446	24	2.2	25	93	3	90	9	7	15	67	1.39
62406148--62406375	43	5.3	43	85	1	280	35	23	18	22	1.96
62406173--62406375	85	2.4	86	84	1	257	33	23	18	23	1.97
62407254--62407291	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
62412513--62412559	21	2.2	21	96	0	85	55	6	8	29	1.55
62414577--62414616	19	2.0	20	85	4	55	50	17	15	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62416527--62416565	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
62417594--62418000	41	9.9	41	91	1	602	20	23	24	31	1.98
62425506--62425583	28	2.8	28	88	0	120	29	8	28	33	1.87
62431878--62432064	51	3.7	50	79	2	194	23	17	26	32	1.96
62431878--62432064	101	1.8	103	86	2	270	23	17	26	32	1.96
62432306--62432335	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
62443594--62443746	45	3.6	42	79	5	146	24	18	28	28	1.98
62443594--62443744	41	3.5	42	78	11	155	25	19	27	27	1.99
62450921--62451024	42	2.4	44	80	7	124	27	20	19	32	1.96
62451231--62451286	27	2.1	27	100	0	112	30	19	21	28	1.98
62456267--62456367	43	2.3	43	84	0	121	33	19	17	28	1.95
62465185--62465307	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
62465169--62465353	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
62465558--62465707	37	4.1	37	94	0	246	23	18	30	27	1.98
62468492--62468578	44	2.0	44	84	4	113	32	13	29	24	1.94
62468715--62468836	47	2.6	47	93	0	208	39	13	22	24	1.90
62469680--62469813	44	3.1	44	86	8	170	25	28	20	25	1.99
62470625--62470767	47	3.0	47	92	0	241	44	13	12	28	1.81
62473407--62473578	67	2.7	64	75	7	177	28	15	30	25	1.96
62475717--62475792	12	6.3	12	90	3	91	53	14	13	18	1.72
62475726--62475846	6	19.8	6	75	13	113	50	12	17	19	1.77
62475738--62475846	25	4.4	25	84	7	111	49	12	17	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62475964--62476071	27	4.0	26	80	5	117	37	21	22	19	1.95
62476682--62476823	27	5.3	27	89	0	212	24	21	19	34	1.96
62476807--62477115	27	11.5	27	81	6	281	30	7	21	40	1.81
62476752--62477111	81	4.5	79	78	6	330	30	10	20	39	1.85
62476888--62477115	54	4.2	54	88	1	332	30	7	21	41	1.79
62478609--62478730	43	2.9	42	80	7	165	30	16	24	28	1.96
62481559--62481604	18	2.6	18	82	3	58	47	15	2	34	1.57
62487160--62487199	11	3.6	11	93	0	71	15	2	7	75	1.14
62487145--62487177	15	2.3	15	94	5	59	12	3	6	78	1.04
62491620--62491686	20	3.3	20	85	0	98	35	10	19	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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