genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  173  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59201667--59201721	16	3.3	16	68	26	51	30	5	20	43	1.74
59203080--59203122	21	2.0	21	82	8	52	13	27	27	30	1.95
59208454--59208621	42	4.0	42	88	2	228	30	25	14	29	1.95
59211758--59211783	11	2.4	11	100	0	52	42	0	0	57	0.98
59211724--59211777	24	2.2	25	77	9	58	48	3	1	46	1.30
59213348--59213417	36	1.9	36	85	8	97	61	0	4	34	1.16
59215501--59215616	43	2.7	43	81	4	146	31	26	18	22	1.97
59223130--59223235	43	2.5	43	78	17	114	33	26	16	24	1.96
59223146--59223235	42	2.1	44	84	12	116	35	26	15	22	1.94
59229515--59229540	7	3.7	7	100	0	52	0	15	42	42	1.47
59230348--59230417	34	2.1	34	97	0	131	25	21	24	28	1.99
59247146--59247254	44	2.6	41	76	12	112	22	16	24	35	1.95
59247146--59247268	42	2.9	39	74	18	104	23	17	26	33	1.96
59255440--59255505	21	3.0	21	73	16	69	27	1	16	54	1.51
59256765--59256821	29	2.0	29	92	0	96	59	1	3	35	1.25
59256808--59256847	20	2.0	20	95	0	71	47	0	2	50	1.14
59256801--59256847	20	2.6	17	76	20	51	48	0	2	48	1.13
59256808--59256852	20	2.4	19	88	7	65	48	0	4	46	1.22
59271252--59271506	55	4.8	53	77	9	229	36	17	24	21	1.94
59271259--59271459	108	1.8	110	87	4	300	35	17	24	22	1.95
59271696--59271726	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
59276235--59276319	40	2.3	35	83	15	102	23	15	23	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59276249--59276446	40	5.0	40	88	4	249	23	20	27	28	1.99
59284349--59284600	40	6.3	40	89	3	330	23	19	27	28	1.98
59288003--59288084	6	13.3	6	71	19	62	47	14	18	19	1.82
59288017--59288084	25	2.7	25	88	0	100	47	14	19	19	1.83
59288487--59288708	27	8.2	27	89	2	320	28	19	15	36	1.93
59288719--59288957	27	8.8	27	88	0	352	40	8	23	28	1.84
59288719--59288955	81	2.9	81	96	0	420	40	8	23	27	1.84
59288967--59289116	27	5.6	27	80	6	160	28	8	22	41	1.82
59291534--59291657	42	2.9	42	77	7	142	28	25	15	31	1.95
59305309--59305345	19	1.9	19	100	0	74	43	32	0	24	1.55
59307153--59307195	17	2.5	17	80	3	50	74	4	6	13	1.19
59308865--59308893	10	3.0	10	95	5	51	62	0	31	6	1.22
59312163--59312192	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
59326413--59326470	30	1.9	30	86	6	82	22	25	29	22	1.99
59330617--59330789	46	3.7	46	77	11	192	21	19	27	30	1.98
59330614--59330784	93	1.8	93	93	2	299	21	19	28	29	1.98
59347325--59347355	15	2.1	15	93	0	53	48	6	22	22	1.73
59355207--59355472	48	5.5	48	81	5	227	27	19	28	24	1.98
59355215--59355472	96	2.7	94	78	8	286	27	19	28	24	1.98
59363715--59363804	29	3.1	29	88	1	128	30	28	12	28	1.93
59364944--59365058	29	4.0	29	75	9	119	26	30	14	28	1.95
59364946--59365060	58	2.0	57	83	8	144	26	29	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59365273--59365323	24	2.2	23	89	3	75	9	19	17	52	1.72
59372555--59372658	29	3.6	30	77	8	101	25	31	15	27	1.95
59372734--59372790	17	3.4	17	92	0	96	31	45	15	7	1.73
59380897--59381069	46	3.7	46	76	10	190	24	19	25	30	1.98
59380894--59381064	93	1.8	93	92	0	288	23	19	26	29	1.98
59383438--59383527	29	3.1	29	90	1	137	30	27	13	28	1.94
59383745--59383783	16	2.4	16	86	0	51	10	20	20	48	1.78
59384551--59385044	257	1.9	257	92	0	819	35	26	6	30	1.83
59386989--59387018	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
59402795--59402875	39	2.1	39	90	4	128	48	25	17	8	1.76
59403150--59403201	20	2.7	20	84	3	70	17	25	13	44	1.85
59406553--59406696	27	5.3	27	86	3	164	29	27	6	36	1.83
59406728--59406876	27	5.6	27	84	9	191	42	22	6	28	1.77
59406728--59406851	52	2.3	53	87	8	180	41	23	5	29	1.77
59406695--59406942	27	9.2	27	75	10	177	39	18	9	31	1.83
59406993--59407057	27	2.4	27	79	5	69	35	15	24	24	1.94
59407867--59407949	25	3.4	24	80	8	78	27	22	24	25	2.00
59408084--59408175	42	2.2	42	90	0	148	31	16	18	33	1.93
59408199--59408345	31	4.8	31	91	0	233	30	16	25	27	1.96
59409263--59409289	13	2.1	13	100	0	54	37	22	33	7	1.82
59410451--59410484	8	4.1	8	92	7	59	88	11	0	0	0.52
59410451--59410482	9	3.7	9	95	4	57	90	9	0	0	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59410451--59410484	17	2.0	17	100	0	68	88	11	0	0	0.52
59411710--59411743	14	2.5	13	86	9	50	17	2	11	67	1.34
59422449--59422540	40	2.3	40	92	0	148	31	15	25	28	1.95
59425785--59425822	16	2.4	16	95	0	67	47	18	23	10	1.79
59429285--59429319	16	2.2	16	94	0	61	25	20	25	28	1.99
59431328--59431367	21	2.0	20	90	5	62	35	5	22	37	1.76
59431333--59431375	21	2.1	21	83	12	54	32	6	20	39	1.80
59431915--59432052	47	2.9	48	80	4	163	21	15	28	35	1.93
59434766--59434808	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
59434841--59434912	34	2.2	33	82	7	83	27	20	22	29	1.99
59436437--59436479	18	2.4	18	96	0	77	41	0	11	46	1.40
59441190--59441340	68	2.3	64	80	7	160	29	15	27	26	1.96
59447403--59447454	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
59447220--59447486	105	2.6	105	91	2	432	19	20	30	29	1.97
59451286--59451314	13	2.2	13	100	0	58	37	10	20	31	1.86
59456886--59456940	11	5.5	10	75	12	51	38	10	16	34	1.84
59456988--59457057	25	2.8	25	93	0	113	27	22	22	27	1.99
59456987--59457084	25	4.0	24	82	11	85	28	22	22	26	1.99
59456988--59457082	50	1.9	50	80	8	113	28	22	23	26	1.99
59457279--59457354	31	2.5	31	84	0	107	34	15	26	23	1.95
59464834--59464888	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
59464936--59465005	25	2.8	25	86	0	95	30	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59465227--59465306	31	2.6	31	89	0	124	32	20	27	20	1.97
59467579--59467699	29	4.2	29	86	1	154	30	30	12	26	1.93
59469197--59469320	29	4.3	29	83	1	151	30	29	14	25	1.95
59469530--59469588	16	3.7	16	79	0	73	11	22	16	49	1.78
59473786--59473900	29	4.0	29	83	1	124	28	32	13	25	1.94
59473782--59473890	58	1.9	57	86	1	155	27	31	15	25	1.96
59474108--59474166	16	3.7	16	81	0	82	13	22	15	49	1.79
59476960--59476989	14	2.1	14	100	0	60	13	6	50	30	1.67
59479856--59479907	27	1.9	27	88	7	79	36	19	15	28	1.92
59480179--59480244	34	1.9	34	87	6	98	27	19	19	33	1.96
59481446--59481536	34	2.7	34	81	3	112	25	24	24	26	2.00
59483957--59484129	46	3.8	45	78	10	206	31	28	17	21	1.97
59483962--59484130	93	1.8	93	94	0	302	31	28	17	21	1.97
59488042--59488255	119	1.8	118	93	1	374	34	6	20	38	1.78
59489279--59489403	6	20.3	6	70	16	69	47	13	20	19	1.82
59489339--59489403	25	2.6	25	80	0	76	44	13	21	20	1.86
59489288--59489372	37	2.3	37	87	0	116	48	10	21	20	1.79
59489525--59489656	27	4.9	27	77	7	133	37	20	23	18	1.94
59489779--59489830	27	1.9	27	84	7	70	36	17	23	23	1.95
59489814--59489872	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
59490218--59490501	27	10.5	27	85	2	345	25	17	20	37	1.94
59490458--59490559	27	3.8	27	83	5	118	23	7	23	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59492189--59492232	22	2.0	23	86	4	63	29	4	20	45	1.71
59493157--59493257	50	2.0	50	100	0	202	29	9	23	36	1.87
59495134--59495201	27	2.5	27	95	0	118	32	17	22	27	1.96
59495187--59495245	26	2.2	26	90	3	91	35	16	11	35	1.86
59495222--59495573	27	13.1	27	78	5	273	40	20	9	29	1.83
59496203--59496228	8	3.2	8	100	0	52	11	23	23	42	1.86
59503069--59503101	16	2.1	16	94	0	57	45	6	21	27	1.75
59503269--59503358	40	2.2	40	96	0	171	21	20	31	27	1.98
59506096--59506207	27	4.1	27	82	7	129	15	25	22	37	1.93
59506096--59506207	54	2.1	54	86	6	156	15	25	22	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295