genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  76  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23676075--23676132	15	3.8	15	83	2	80	51	10	0	37	1.36
23677398--23677459	5	12.2	5	94	1	106	56	0	1	41	1.09
23680794--23680818	13	1.9	13	100	0	50	32	48	12	8	1.69
23690687--23690723	11	3.4	11	92	0	65	10	8	43	37	1.69
23700254--23700292	19	2.0	19	85	5	51	51	2	2	43	1.29
23704667--23704715	11	4.2	12	86	2	66	59	0	6	34	1.22
23705215--23705245	12	2.6	12	94	0	53	64	6	3	25	1.33
23712463--23712522	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
23717430--23717518	21	4.2	20	78	12	90	44	0	0	55	0.99
23717387--23717517	43	3.0	43	81	9	131	45	0	1	53	1.09
23717576--23717641	22	3.0	22	72	16	64	40	1	1	56	1.18
23717440--23717659	44	5.0	44	67	20	120	41	1	2	54	1.23
23717618--23717661	14	3.1	14	79	20	56	34	0	0	65	0.93
23717603--23717661	29	2.0	28	87	6	82	35	1	0	62	1.05
23717751--23717796	19	2.4	19	92	0	83	50	0	8	41	1.33
23717816--23717868	21	2.5	21	87	0	79	60	0	0	39	0.97
23720474--23720575	30	3.4	30	73	2	89	25	21	21	31	1.98
23723901--23723983	33	2.5	31	72	12	76	56	1	2	39	1.20
23724086--23724145	21	2.9	21	90	7	88	55	1	0	43	1.10
23724104--23724181	33	2.4	33	91	4	122	58	0	0	41	0.98
23724144--23724194	22	2.5	20	81	15	59	60	1	0	37	1.08
23724137--23724213	21	3.5	22	76	16	79	55	3	0	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23724140--23724224	44	1.9	43	81	9	100	56	5	0	37	1.24
23729390--23729581	40	4.8	40	89	1	287	23	22	28	25	2.00
23731795--23731970	46	3.8	46	79	4	201	21	20	28	28	1.98
23731792--23731962	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
23733157--23733222	27	2.4	27	85	7	89	34	22	24	18	1.96
23739299--23739446	53	2.8	53	85	6	176	33	16	25	25	1.96
23742009--23742055	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
23750263--23750435	54	3.2	54	84	7	196	35	15	25	23	1.94
23755194--23755231	18	2.1	18	85	14	51	39	0	5	55	1.23
23755199--23755250	20	2.6	20	79	14	54	36	0	7	55	1.29
23757432--23757456	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
23761001--23761450	246	1.8	248	93	1	778	22	20	8	48	1.75
23763332--23763383	26	2.0	26	88	0	77	51	11	11	25	1.71
23771094--23771192	30	3.3	30	91	0	144	27	49	4	19	1.66
23771662--23771776	23	4.9	24	74	11	80	36	5	3	54	1.40
23771647--23771779	48	2.9	48	75	7	132	34	4	3	57	1.34
23771717--23771846	27	5.0	28	73	17	95	31	6	4	57	1.44
23771717--23771860	78	1.8	78	83	2	191	30	6	4	58	1.44
23771712--23771859	25	5.9	25	73	14	99	31	6	4	57	1.45
23771807--23771879	25	2.9	24	76	9	58	30	5	4	60	1.38
23771724--23771896	78	2.2	77	78	7	179	32	5	4	57	1.41
23771920--23771975	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23782500--23782665	90	1.9	92	82	8	220	24	18	21	35	1.95
23782591--23782739	73	2.0	75	90	5	241	24	17	23	34	1.96
23782649--23782922	97	3.0	88	77	18	301	25	15	18	39	1.90
23782588--23782922	170	1.9	179	83	11	438	25	16	20	36	1.94
23782507--23782996	257	1.9	260	87	5	733	26	16	20	36	1.94
23782839--23783338	73	6.9	73	85	4	640	30	15	20	33	1.94
23783430--23783463	13	2.6	13	90	0	50	29	11	2	55	1.50
23783516--23783550	14	2.5	14	95	0	61	22	17	0	60	1.37
23783530--23783705	75	2.3	75	89	2	264	33	14	15	35	1.89
23783196--23784330	336	3.4	337	89	3	1654	29	16	18	34	1.94
23783852--23783886	14	2.5	14	85	0	52	20	17	2	60	1.49
23783606--23784285	261	2.6	247	79	14	702	30	16	18	34	1.93
23783866--23784208	75	4.3	75	77	16	316	29	16	18	34	1.94
23783955--23784296	84	3.9	83	81	11	368	29	17	19	33	1.94
23784188--23784222	14	2.5	14	95	0	61	20	20	2	57	1.54
23785159--23785287	30	4.3	30	91	0	204	25	49	6	17	1.72
23785826--23785885	25	2.4	26	80	8	79	36	5	1	56	1.31
23785904--23785955	25	2.1	25	85	7	70	32	3	7	55	1.46
23785898--23785970	21	3.3	21	75	14	65	30	5	5	58	1.43
23786026--23786081	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
23791107--23791171	33	2.0	33	96	0	121	38	15	12	33	1.85
23791224--23791268	20	2.2	20	88	7	65	31	13	13	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23792484--23792531	24	2.0	24	100	0	96	58	12	4	25	1.52
23795952--23795996	18	2.5	19	76	20	51	48	17	4	28	1.66
23796095--23796169	38	2.0	38	91	0	123	20	18	13	48	1.81
23798126--23798168	21	2.0	21	90	0	68	62	0	11	25	1.29
23802612--23802637	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
23804016--23804068	13	4.1	12	83	13	61	47	15	1	35	1.56
23804714--23805004	145	2.0	145	95	0	519	34	10	23	31	1.89
23805722--23805775	6	8.8	6	87	4	63	75	3	0	20	0.95
23805723--23805784	25	2.4	26	84	10	74	77	4	0	17	0.94
23812414--23812488	21	3.6	21	72	13	64	46	16	20	17	1.84
23812417--23812533	42	2.8	42	82	2	119	46	16	22	15	1.84
23812435--23812562	42	3.0	41	82	8	125	47	15	21	14	1.82
23817419--23817469	26	1.9	27	84	11	70	19	11	13	54	1.69
23820890--23820955	29	2.3	29	79	10	73	42	16	12	28	1.84
23827301--23827343	17	2.4	18	88	3	61	20	23	9	46	1.79
23830823--23831169	126	2.7	126	89	4	545	27	16	17	38	1.91
23831055--23831260	98	2.1	98	88	1	306	26	16	18	39	1.91
23831393--23831510	34	3.4	33	82	6	146	44	14	0	40	1.45
23832513--23832554	18	2.2	20	83	12	61	61	0	4	33	1.17
23832613--23832667	19	2.7	20	80	11	58	67	0	9	23	1.19
23832913--23832948	10	3.8	10	85	14	58	55	0	0	44	0.99
23833533--23833557	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23852118--23852283	40	4.2	40	93	0	280	26	27	22	23	2.00
23853508--23853541	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
23860944--23861009	25	2.6	27	80	7	75	37	25	16	19	1.93
23861073--23861117	23	2.0	23	86	0	63	35	24	26	13	1.92
23861159--23861210	24	2.2	24	82	6	61	32	23	26	17	1.96
23863693--23863729	15	2.4	16	82	13	51	54	2	0	43	1.14
23863846--23863903	28	2.1	29	80	9	75	53	3	20	22	1.60
23863868--23863929	14	4.4	14	68	0	52	58	8	16	17	1.62
23863864--23863929	28	2.4	28	84	0	78	57	7	15	19	1.61
23868293--23868338	10	4.4	11	82	15	53	54	0	8	36	1.32
23868293--23868338	11	4.4	10	81	10	56	54	0	8	36	1.32
23869210--23869271	20	3.1	20	83	0	88	6	27	24	41	1.79
23871303--23871410	26	4.2	26	95	0	198	30	7	26	35	1.84
23873027--23873170	54	2.7	54	95	2	254	17	25	23	34	1.96
23873030--23873187	27	5.9	27	83	11	191	18	25	21	34	1.96
23873030--23873187	81	2.0	80	85	8	214	18	25	21	34	1.96
23874708--23874737	16	1.9	15	93	6	51	26	0	33	40	1.57
23877984--23878180	105	1.9	101	83	6	252	26	24	17	31	1.97
23885551--23885608	28	2.0	30	83	6	75	43	0	20	36	1.52
23886465--23886521	20	2.7	21	74	17	55	8	28	0	63	1.24
23886548--23886595	16	3.2	15	78	18	55	10	16	0	72	1.10
23889273--23889389	46	2.6	44	83	8	137	27	21	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23890467--23890507	22	1.9	21	85	5	55	12	46	26	14	1.80
23891923--23892243	48	6.8	47	73	16	245	23	28	20	28	1.99
23891923--23892243	142	2.2	142	82	6	382	23	28	20	28	1.99
23899696--23899914	48	4.6	48	75	12	186	24	28	18	28	1.98
23899689--23899964	142	2.0	140	83	7	353	23	27	19	28	1.98
23901382--23901525	28	5.4	28	79	12	178	36	13	22	26	1.92
23901385--23901525	52	2.7	53	82	8	157	37	14	22	25	1.92
23901549--23901798	51	4.9	51	95	1	430	30	13	26	29	1.94
23905180--23905274	46	2.0	47	91	4	156	55	4	15	24	1.58
23909179--23909207	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295