genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78289274--78289389	45	2.6	45	77	0	115	41	12	21	24	1.88
78289506--78289633	27	4.7	27	78	3	123	35	11	28	24	1.91
78289748--78289826	39	2.0	39	95	0	140	29	6	39	25	1.80
78291880--78292111	49	4.7	49	85	3	275	29	27	17	25	1.97
78291878--78292104	99	2.3	100	83	2	278	30	27	17	25	1.97
78294121--78294391	46	5.8	46	71	11	221	23	19	26	30	1.98
78294119--78294383	93	2.8	93	87	1	379	23	20	27	29	1.98
78302578--78302654	39	2.0	39	92	0	127	25	29	23	20	1.99
78302642--78302667	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
78302607--78302706	52	1.9	52	95	0	182	26	29	23	22	1.99
78302655--78302750	39	2.5	39	94	0	174	23	30	23	21	1.99
78302578--78302745	91	1.8	91	93	0	291	25	29	23	21	1.99
78306974--78307052	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
78307171--78307518	47	7.4	47	94	0	588	28	30	8	31	1.88
78308265--78308326	29	2.1	29	100	0	124	38	24	0	37	1.56
78310891--78310991	50	2.0	50	88	0	148	33	16	24	24	1.96
78311084--78311159	27	2.8	26	80	9	89	30	17	27	25	1.97
78311293--78311524	27	8.6	27	75	3	198	45	12	21	20	1.84
78311294--78311527	81	2.9	81	87	2	310	45	12	22	19	1.83
78325058--78325517	48	9.7	48	76	3	412	28	16	27	28	1.97
78325089--78325455	185	2.0	185	91	2	594	27	16	26	28	1.97
78325049--78325515	96	4.9	96	87	4	671	28	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78332975--78333268	48	6.1	48	76	3	295	29	16	26	28	1.97
78332963--78333226	96	2.7	95	84	4	343	28	17	26	28	1.97
78344734--78344946	47	4.6	47	87	2	286	31	8	30	29	1.87
78347166--78347470	40	7.7	40	89	3	449	24	21	28	24	1.99
78347681--78347789	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
78351408--78351621	47	4.6	47	91	1	322	32	8	30	28	1.87
78359783--78359816	17	2.0	17	100	0	68	47	11	11	29	1.76
78365635--78365714	29	2.8	28	87	9	101	31	18	12	37	1.88
78369042--78369075	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
78370196--78370257	29	2.2	28	80	5	70	29	30	12	27	1.93
78382406--78382442	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
78392212--78392286	31	2.4	31	95	0	132	26	26	20	26	1.99
78392310--78392401	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
78392549--78392667	26	4.7	26	92	1	188	27	23	22	26	2.00
78392718--78392772	20	2.8	20	86	10	71	34	18	9	38	1.82
78393460--78393535	26	2.9	27	78	7	75	23	17	19	39	1.92
78393553--78393821	27	9.9	27	75	4	173	30	10	19	39	1.85
78393639--78393816	54	3.3	52	84	9	218	28	8	20	41	1.83
78393664--78393821	27	5.9	27	85	6	214	30	9	20	39	1.84
78393666--78393830	53	3.1	53	87	3	233	29	9	21	39	1.85
78393820--78394181	27	13.3	27	86	2	438	41	6	22	30	1.78
78394536--78394562	13	2.1	13	100	0	54	37	18	37	7	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78397965--78398009	20	2.1	23	88	12	69	51	11	8	28	1.68
78400317--78400427	26	4.3	26	89	2	163	27	22	19	29	1.98
78401225--78401288	27	2.4	27	81	5	76	21	21	20	35	1.96
78401431--78401665	81	2.9	81	88	1	312	29	8	21	40	1.82
78401425--78401826	27	14.9	27	81	4	231	33	8	20	37	1.84
78404075--78404238	37	4.4	36	84	6	179	17	12	30	39	1.86
78410384--78410474	45	2.0	45	91	0	146	37	24	13	25	1.91
78413665--78413754	43	2.1	43	93	0	153	25	14	26	33	1.94
78413675--78413787	43	2.6	43	87	0	145	23	15	30	30	1.95
78414158--78414202	20	2.3	19	88	7	72	24	6	17	51	1.70
78414165--78414205	20	2.0	20	100	0	82	19	9	19	51	1.74
78426447--78426569	43	2.9	43	85	0	147	26	16	25	31	1.96
78433278--78433310	17	1.9	17	93	0	57	21	18	21	39	1.93
78437234--78437385	40	3.8	40	85	3	180	23	22	28	26	1.99
78437234--78437385	80	1.9	80	89	2	234	23	22	28	26	1.99
78439655--78439689	14	2.5	14	95	0	61	48	11	22	17	1.79
78448284--78448316	10	3.0	11	91	8	50	36	0	27	36	1.57
78458518--78458577	27	2.2	27	90	0	93	35	13	21	30	1.92
78467267--78467444	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
78467267--78467444	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
78467288--78467443	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
78475337--78475514	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78475337--78475514	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
78475358--78475513	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
78484604--78484642	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
78487554--78487595	19	2.3	18	87	4	57	52	0	2	45	1.13
78487569--78487612	16	2.8	16	82	3	54	50	2	0	47	1.13
78489081--78489109	14	2.0	15	93	6	51	62	0	13	24	1.32
78490651--78490734	42	2.0	42	97	0	159	48	11	22	16	1.79
78506035--78506069	15	2.3	15	100	0	70	28	11	8	51	1.67
78508180--78508209	10	3.0	10	100	0	60	40	0	0	60	0.97
78508529--78508573	17	2.5	17	85	7	54	64	2	31	2	1.18
78513967--78514058	44	2.1	45	93	2	159	32	25	18	23	1.97
78514781--78514831	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
78540273--78540310	20	1.9	20	88	0	58	47	0	5	47	1.24
78540903--78540974	37	1.9	37	81	10	85	40	0	18	41	1.50
78541472--78541506	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
78546376--78546413	20	1.9	20	88	0	58	47	0	5	47	1.24
78546776--78546816	19	2.2	19	91	8	66	73	0	26	0	0.84
78547561--78547601	18	2.3	18	86	0	55	39	9	12	39	1.76
78551481--78551689	46	4.5	47	75	15	173	28	19	29	22	1.98
78551485--78551744	140	1.9	141	82	8	334	28	19	29	22	1.98
78555141--78555169	9	3.2	9	100	0	58	44	0	34	20	1.52
78559051--78559259	46	4.5	47	75	15	173	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78559055--78559314	140	1.9	141	81	10	327	28	19	29	23	1.98
78563899--78563933	18	2.0	18	88	5	54	57	11	14	17	1.66
78571103--78571154	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
78571309--78571359	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
78571069--78571438	104	3.6	105	93	3	615	30	30	20	18	1.96
78578424--78578474	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
78578187--78578550	102	3.6	104	94	4	609	30	30	20	18	1.96
78579965--78580016	17	2.9	17	83	10	68	25	19	11	44	1.84
78584961--78585008	23	2.1	23	100	0	96	39	4	20	35	1.72
78585326--78585497	46	3.7	47	76	13	144	27	16	30	25	1.96
78586259--78586316	29	2.0	29	96	0	107	32	24	8	34	1.86
78591090--78591192	45	2.2	45	96	3	188	33	5	21	38	1.77
78591457--78591604	67	2.2	66	82	8	165	31	16	29	22	1.96
78593139--78593357	50	4.5	49	82	7	209	26	18	29	25	1.98
78593139--78593357	98	2.3	93	83	7	251	26	18	29	25	1.98
78593178--78593357	100	1.8	100	85	4	258	27	18	29	24	1.98
78597025--78597067	22	2.0	21	82	13	52	9	9	11	69	1.36
78599908--78600039	54	2.4	54	82	9	171	30	25	12	32	1.92
78601403--78601485	41	2.0	41	100	0	166	36	21	4	37	1.75
78602189--78602297	55	2.0	55	85	3	148	47	14	11	26	1.77
78602814--78602883	22	3.2	21	76	20	63	50	2	0	47	1.16
78617671--78617869	110	1.8	109	85	5	285	27	2	20	49	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78623384--78623607	47	4.7	47	73	14	176	27	30	16	25	1.97
78623435--78623563	49	2.6	50	83	8	149	27	29	17	25	1.98
78633318--78633387	27	2.6	27	86	0	95	31	11	32	24	1.91
78633368--78633471	43	2.4	43	88	1	147	28	12	29	28	1.93
78633976--78634006	16	1.9	16	100	0	62	38	0	22	38	1.54
78638638--78638725	43	2.0	43	93	0	149	39	32	6	20	1.79
78645851--78645996	37	3.9	37	89	1	186	28	32	15	23	1.95
78646138--78646378	48	5.0	48	93	0	392	29	27	6	36	1.81
78651594--78651776	95	1.9	95	87	2	269	43	6	13	37	1.68
78652202--78652244	21	2.0	22	82	13	54	48	0	16	34	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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