genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21993478--21993528	27	1.9	26	84	4	66	19	29	17	33	1.95
21993650--21993819	6	27.5	6	72	16	125	17	18	14	48	1.81
21993676--21993807	19	6.7	19	73	19	119	17	18	15	48	1.81
21993647--21993715	25	2.8	25	88	2	104	18	18	15	46	1.84
21993670--21993752	37	2.2	37	86	0	121	18	18	16	46	1.84
21993713--21993777	25	2.6	25	92	0	103	18	18	15	47	1.82
21993650--21993807	62	2.5	62	95	0	280	17	18	15	48	1.82
21993738--21993819	37	2.2	37	86	0	119	17	19	13	50	1.78
21995689--21996006	49	6.6	49	77	6	258	27	18	28	25	1.98
21995689--21996013	97	3.4	97	84	6	367	27	18	28	25	1.98
21995691--21995964	146	1.9	145	81	6	331	27	18	28	25	1.98
21996601--21996629	14	2.1	14	100	0	58	27	0	34	37	1.57
21998311--21998361	26	2.0	26	88	0	75	39	5	15	39	1.72
22000085--22000269	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
22000066--22000269	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
22007556--22007675	43	2.8	42	75	2	123	25	16	25	33	1.96
22010083--22010121	22	1.9	20	85	15	53	15	33	17	33	1.92
22012360--22012391	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
22012640--22012736	39	2.5	38	81	5	106	25	25	22	25	2.00
22018130--22018158	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
22031593--22031713	42	2.9	42	77	3	127	31	15	24	28	1.96
22031796--22031842	20	2.3	20	85	0	67	34	2	27	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22035371--22035424	27	2.0	27	88	0	81	38	11	7	42	1.68
22035702--22035758	30	1.9	30	85	7	80	31	17	5	45	1.71
22040061--22040098	19	2.0	19	94	0	67	10	28	26	34	1.90
22042538--22042799	27	9.7	27	78	4	244	38	24	8	29	1.85
22042538--22042799	81	3.2	81	75	6	271	38	24	8	29	1.85
22042755--22042931	27	6.6	27	85	1	212	36	20	18	23	1.95
22042593--22042922	54	6.1	53	78	10	226	37	22	13	26	1.91
22042590--22042827	81	2.9	81	78	3	255	38	23	10	27	1.87
22042785--22042946	54	3.0	54	90	0	245	35	19	21	24	1.96
22042782--22042948	27	6.2	27	85	0	208	35	18	20	24	1.95
22042778--22042948	81	2.1	81	85	0	234	36	18	21	24	1.95
22043180--22043226	24	2.0	24	83	8	60	29	19	23	27	1.98
22045875--22045919	20	2.2	20	88	0	63	35	11	2	51	1.50
22052561--22052624	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
22052818--22052935	24	5.0	24	82	7	136	31	21	19	27	1.97
22052839--22052933	22	4.1	23	84	4	129	32	20	18	28	1.96
22052985--22053023	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
22052986--22053030	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
22058022--22058136	44	2.7	43	80	9	119	26	17	26	30	1.97
22067796--22067869	29	2.6	29	91	4	114	25	31	16	27	1.96
22083423--22083639	46	4.7	45	74	14	158	28	18	29	23	1.98
22092925--22093109	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22092906--22093109	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
22100225--22100409	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
22100206--22100409	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
22104706--22104813	53	2.0	53	98	0	207	26	23	14	35	1.94
22105445--22105675	113	2.0	113	100	0	462	38	21	11	29	1.88
22107836--22107922	45	2.0	45	93	2	149	36	24	17	21	1.94
22109019--22109047	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
22112841--22112964	43	2.9	42	79	10	135	23	17	26	32	1.97
22113501--22113544	22	2.0	22	100	0	88	31	4	22	40	1.74
22115047--22115158	43	2.6	43	85	5	138	27	16	23	32	1.96
22116937--22117143	53	3.8	53	75	3	180	38	18	23	19	1.93
22122292--22122467	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
22122288--22122459	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
22132033--22132083	20	2.7	19	82	14	61	37	19	0	43	1.51
22136378--22136408	15	2.1	15	100	0	62	48	12	19	19	1.81
22138381--22138431	20	2.7	19	82	14	61	37	19	0	43	1.51
22140454--22140620	43	3.9	42	77	10	162	26	16	26	31	1.96
22143116--22143145	15	2.0	15	93	0	51	30	26	16	26	1.97
22146263--22146445	63	2.8	65	80	9	182	22	30	17	30	1.97
22151564--22151770	27	7.7	27	85	6	251	40	24	7	27	1.82
22151596--22151823	81	2.8	80	83	5	219	38	24	7	29	1.82
22151815--22151976	27	6.0	27	85	0	189	37	19	19	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22152492--22152554	22	2.9	22	74	9	65	19	23	22	34	1.96
22152557--22152611	20	2.8	20	97	0	101	10	14	32	41	1.81
22152662--22152741	27	3.0	27	83	5	83	18	22	20	38	1.93
22152863--22152922	25	2.4	25	82	0	75	16	13	16	53	1.73
22158324--22158425	42	2.4	42	80	11	118	29	27	18	24	1.98
22158316--22158471	43	3.6	42	78	10	147	30	25	19	24	1.98
22164512--22164729	47	4.7	47	76	15	165	25	30	18	25	1.98
22164512--22164729	46	4.7	48	79	12	208	25	30	18	25	1.98
22164512--22164732	90	2.4	94	81	12	244	25	30	18	25	1.98
22167335--22167508	46	3.8	45	75	13	156	20	19	28	31	1.97
22167334--22167503	93	1.8	93	88	0	259	21	19	29	30	1.97
22170956--22171031	26	2.9	27	84	5	77	36	18	18	26	1.94
22170970--22171031	26	2.4	26	88	0	88	33	22	20	22	1.97
22175220--22175394	46	3.8	45	76	13	176	20	21	28	29	1.98
22175216--22175388	93	1.9	93	90	0	274	20	21	29	28	1.98
22185271--22185295	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
22202179--22202248	25	2.8	25	80	6	79	30	21	21	27	1.98
22204449--22204504	23	2.5	24	83	11	66	39	0	14	46	1.44
22204664--22204772	23	4.7	23	80	12	116	22	23	20	33	1.97
22204664--22204778	45	2.5	44	86	8	142	22	23	20	33	1.97
22206106--22206234	51	2.5	51	79	0	123	27	19	24	28	1.99
22207237--22207272	17	2.1	17	100	0	72	41	0	11	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22209852--22209913	31	2.0	30	81	12	72	30	0	9	59	1.29
22215509--22215546	19	2.1	19	85	9	53	50	0	7	42	1.31
22217906--22218035	60	2.2	59	82	8	147	28	20	23	27	1.99
22220105--22220159	24	2.3	24	87	0	74	52	10	21	14	1.72
22237968--22238167	27	7.4	27	82	3	197	36	18	19	25	1.94
22237968--22238168	54	3.7	54	83	2	233	36	18	19	25	1.94
22237968--22238168	81	2.5	81	85	0	276	36	18	19	25	1.94
22245517--22245716	27	7.4	27	87	0	265	36	19	19	24	1.95
22246079--22246110	8	4.0	8	91	0	55	25	34	37	3	1.72
22246431--22246494	33	2.0	32	84	3	83	21	23	18	35	1.95
22259755--22259789	18	1.9	18	94	0	61	42	22	8	25	1.82
22260787--22261058	141	1.9	145	82	7	342	24	27	19	27	1.99
22260779--22261095	48	6.7	47	71	8	191	24	27	19	27	1.99
22261637--22261687	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
22267223--22267347	44	2.7	47	84	7	150	28	30	18	22	1.97
22269170--22269446	50	5.7	49	78	5	274	27	19	27	25	1.99
22269159--22269427	98	2.8	98	86	1	371	27	18	26	27	1.98
22272418--22272483	8	8.1	8	98	1	123	13	0	24	62	1.31
22272933--22273030	42	2.3	43	78	5	110	23	18	25	32	1.97
22275629--22275657	14	2.1	14	100	0	58	20	0	34	44	1.52
22279565--22279787	40	5.6	40	81	8	233	26	28	21	24	1.99
22287553--22287776	79	2.8	79	81	8	249	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22287553--22287723	39	4.3	39	86	3	218	25	27	21	25	1.99
22298573--22298606	17	2.0	17	94	0	59	29	8	41	20	1.82
22303309--22303378	32	2.2	32	84	0	86	34	24	21	20	1.97
22303878--22304062	27	6.9	27	75	10	146	31	10	17	40	1.83
22303875--22304063	54	3.5	54	82	2	220	32	11	16	39	1.84
22303879--22304062	81	2.3	81	80	10	198	32	10	16	40	1.83
22305735--22305769	16	2.2	16	89	0	52	51	14	22	11	1.74
22305985--22306094	29	3.9	28	86	2	139	26	15	30	28	1.96
22305993--22306103	58	1.9	57	87	1	159	26	15	30	27	1.96
22309623--22309685	32	2.0	32	83	0	81	33	22	20	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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