genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15254911--15254966	25	2.3	25	84	3	69	19	23	23	33	1.97
15254997--15255053	25	2.3	25	84	0	69	26	28	15	29	1.96
15256153--15256267	54	2.1	54	85	0	149	27	20	33	18	1.95
15257120--15257163	20	2.3	19	88	7	63	31	6	11	50	1.65
15260764--15260800	10	3.5	11	82	14	51	18	0	0	81	0.70
15266630--15266675	20	2.3	20	82	14	60	26	17	28	28	1.98
15266668--15266804	60	2.3	60	81	6	143	28	20	26	24	1.99
15269066--15269194	67	1.9	66	81	4	152	33	16	29	20	1.95
15276344--15276452	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
15276592--15277028	48	9.0	48	93	1	721	30	27	6	35	1.82
15281425--15281515	41	2.2	41	86	4	119	26	31	23	18	1.97
15293604--15293753	52	2.9	52	75	12	135	26	15	25	32	1.95
15300438--15300580	53	2.9	50	80	12	152	25	14	27	31	1.95
15302858--15302936	29	2.7	30	82	5	101	59	2	3	34	1.29
15303006--15303062	24	2.3	25	84	6	71	59	1	0	38	1.08
15303074--15303116	18	2.4	18	80	0	50	60	2	2	34	1.22
15303676--15303708	9	3.6	9	95	4	57	81	0	9	9	0.87
15307464--15307640	40	4.5	40	86	4	218	24	27	22	25	2.00
15307497--15307644	40	3.7	40	88	5	228	25	27	21	25	1.99
15307497--15307644	79	1.9	80	90	4	237	25	27	21	25	1.99
15316466--15316497	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
15317875--15317969	49	1.9	49	87	4	138	42	15	14	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15318080--15318176	36	2.7	36	93	0	158	44	12	18	24	1.84
15335652--15335746	46	2.1	46	82	4	111	31	14	14	38	1.87
15336855--15336987	68	2.0	68	81	0	158	34	14	18	33	1.90
15336897--15337287	105	3.8	105	85	1	491	34	15	16	32	1.91
15338035--15338113	26	3.0	27	81	9	108	44	13	0	41	1.44
15338963--15339053	44	2.1	44	87	0	128	29	13	10	46	1.77
15342797--15342850	26	2.1	26	82	0	63	31	3	18	46	1.67
15346749--15347276	263	2.0	263	94	0	923	31	14	18	35	1.91
15348292--15348448	43	3.7	43	75	10	151	26	19	25	28	1.99
15357310--15357352	20	2.2	20	88	8	63	23	32	30	13	1.93
15361381--15361407	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
15366720--15366892	46	3.7	46	77	13	192	21	19	27	30	1.98
15366717--15366887	93	1.8	93	92	0	288	21	19	28	29	1.98
15367117--15367154	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
15375959--15376143	40	4.6	40	90	2	237	24	21	27	27	1.99
15375963--15376170	80	2.6	80	83	2	249	23	21	27	28	1.99
15408110--15408174	31	2.1	31	97	0	121	30	15	16	36	1.90
15408754--15408824	35	2.0	35	97	0	133	33	4	5	56	1.42
15413162--15413514	176	2.0	176	100	0	706	24	20	14	39	1.90
15414405--15414435	12	2.6	12	100	0	62	6	19	0	74	1.03
15416932--15416997	22	3.0	22	91	2	98	4	9	24	62	1.44
15419739--15419763	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15419915--15419973	26	2.2	28	93	6	104	57	0	8	33	1.29
15419970--15420012	17	2.5	17	96	0	77	48	4	11	34	1.60
15444024--15444114	42	2.1	43	82	6	105	31	25	18	24	1.97
15452635--15452680	20	2.3	20	88	0	74	23	36	28	10	1.89
15455350--15455410	30	2.1	29	93	3	104	24	18	22	34	1.96
15456727--15456832	49	2.2	49	87	0	149	31	19	19	29	1.97
15457164--15457269	14	7.5	14	72	9	72	22	0	32	44	1.60
15457164--15457229	28	2.4	27	85	10	80	24	1	27	46	1.61
15457171--15457246	21	3.6	21	70	16	59	25	1	27	46	1.61
15457238--15457298	21	2.9	22	82	7	72	19	4	44	31	1.72
15457257--15457311	21	2.6	21	85	0	65	21	5	45	27	1.74
15458117--15458334	114	1.9	115	81	6	264	30	13	20	35	1.92
15462613--15462741	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
15462717--15462896	31	5.8	31	86	5	247	28	18	26	26	1.98
15462965--15463120	42	3.6	42	83	5	152	31	15	24	28	1.95
15463011--15463122	42	2.7	43	87	4	156	31	16	25	27	1.96
15466141--15466210	12	5.6	12	73	15	52	30	1	1	67	1.08
15466410--15466681	43	6.4	42	81	3	278	25	16	28	29	1.96
15466402--15466679	129	2.2	128	83	3	344	25	16	28	29	1.97
15471451--15471493	21	2.0	21	90	0	68	51	13	23	11	1.74
15471705--15471735	16	1.9	16	100	0	62	32	3	32	32	1.74
15475553--15475577	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15478397--15478435	7	5.6	7	90	9	62	46	0	12	41	1.42
15478657--15478805	21	7.1	21	77	1	138	18	16	16	48	1.81
15478630--15478805	62	2.8	62	92	0	271	18	17	16	48	1.82
15478737--15478818	42	2.0	42	85	0	110	15	18	18	47	1.83
15478742--15478829	42	2.1	42	82	0	104	19	22	15	42	1.89
15489858--15489979	43	2.9	42	75	7	129	27	22	15	33	1.95
15489994--15490265	135	2.0	135	89	2	422	31	20	9	37	1.85
15492044--15492689	67	9.7	67	80	3	649	25	23	14	37	1.92
15497924--15498114	54	3.6	54	87	3	269	36	23	13	26	1.92
15500437--15500510	22	3.5	22	70	17	66	31	1	20	47	1.59
15500419--15500524	41	2.5	42	86	8	146	28	0	19	50	1.54
15504894--15504977	41	2.0	41	100	0	168	39	11	16	32	1.85
15506328--15506488	18	8.5	18	67	14	65	41	14	9	34	1.79
15506613--15506729	53	2.2	53	87	1	173	42	18	17	20	1.89
15508447--15508487	2	21.0	2	90	5	66	46	0	0	53	1.00
15509937--15510076	75	1.9	76	96	1	264	23	4	33	38	1.74
15510513--15510555	22	2.0	22	86	4	61	27	2	2	67	1.15
15517059--15517096	17	2.2	18	85	4	51	50	5	7	36	1.54
15518235--15518274	19	2.2	18	90	4	62	45	0	5	50	1.23
15523010--15523192	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
15522989--15523192	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
15524356--15524534	85	2.1	85	98	0	349	26	27	7	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15530957--15531139	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
15530936--15531139	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
15532300--15532478	85	2.1	85	98	0	349	26	26	8	37	1.85
15536790--15536835	21	2.3	20	81	7	58	30	6	17	45	1.73
15548068--15548279	41	5.0	42	80	5	187	33	24	17	24	1.96
15548769--15548832	31	2.2	29	81	13	69	26	20	4	48	1.69
15549068--15549130	32	2.0	32	93	6	110	23	26	11	38	1.89
15553722--15553791	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
15553722--15553819	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
15555665--15555693	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
15557056--15557103	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
15557683--15557735	21	2.5	21	75	0	61	16	28	26	28	1.97
15565069--15565223	43	3.7	42	76	10	147	29	27	18	24	1.98
15575078--15575249	46	3.7	45	77	9	159	20	28	22	28	1.99
15576601--15576684	28	3.0	28	91	0	123	36	19	25	19	1.94
15577889--15577945	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
15578963--15578997	3	11.7	3	87	0	52	71	2	0	25	1.00
15585088--15585152	28	2.3	28	86	0	85	21	40	23	15	1.91
15585101--15585157	28	2.0	28	93	0	96	19	42	19	19	1.90
15586117--15586335	47	4.6	50	74	13	185	22	28	18	29	1.98
15586103--15586373	94	2.9	93	80	8	271	23	28	18	29	1.98
15589591--15589630	17	2.4	17	79	4	55	45	0	5	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15601229--15601264	18	2.0	18	100	0	72	16	11	22	50	1.77
15601438--15601489	19	2.7	19	77	14	61	78	1	13	5	1.01
15601929--15601969	2	20.5	2	94	0	73	0	46	0	53	1.00
15604034--15604094	21	3.0	21	92	2	97	21	29	39	9	1.85
15605384--15605598	46	4.6	46	80	4	216	24	27	19	28	1.98
15605384--15605598	94	2.3	94	83	4	256	24	27	19	28	1.98
15612953--15613072	49	2.4	49	90	4	179	20	28	22	28	1.99
15613138--15613262	46	2.7	46	81	3	144	21	26	20	31	1.98
15615491--15615531	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
15616653--15616779	49	2.6	50	82	6	163	22	29	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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