genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6644317--6644360	19	2.3	19	96	0	79	43	22	11	22	1.85
6655707--6655764	30	1.9	30	82	6	73	25	8	0	65	1.21
6656108--6656153	19	2.4	18	82	10	56	60	0	0	39	0.97
6657043--6657086	23	1.9	23	85	0	61	54	4	2	38	1.33
6660568--6660600	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
6660817--6660859	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
6660824--6660864	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
6660825--6660872	22	2.2	22	85	7	62	60	6	16	16	1.55
6664558--6664603	23	2.0	23	86	0	65	23	13	21	41	1.88
6667483--6667531	24	2.1	24	85	7	66	20	8	12	59	1.58
6679051--6679084	17	1.9	17	88	5	50	0	29	35	35	1.58
6680869--6680911	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
6683379--6683418	3	13.3	3	89	0	62	60	0	5	35	1.19
6683417--6683446	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
6687058--6687108	23	2.4	22	83	9	61	31	17	31	19	1.95
6688599--6688655	17	3.2	17	70	18	53	56	5	5	33	1.44
6688586--6688676	36	2.5	36	94	0	164	54	3	4	37	1.37
6690262--6690491	78	2.9	78	91	1	354	31	21	13	33	1.92
6690456--6690593	40	3.5	40	83	0	159	36	22	12	28	1.90
6692406--6692444	18	2.2	18	86	9	53	30	17	0	51	1.46
6693642--6693689	25	1.9	25	86	0	69	10	14	4	70	1.29
6696387--6696434	25	1.9	25	86	0	69	37	14	25	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6696388--6696452	25	2.7	24	77	15	62	38	16	23	21	1.93
6699331--6699367	18	2.1	18	89	0	56	48	13	8	29	1.71
6700873--6700971	25	4.0	25	80	10	105	27	22	27	23	1.99
6700858--6700971	50	2.3	51	83	3	151	26	21	26	25	2.00
6701283--6701313	16	1.9	16	93	0	53	35	19	0	45	1.51
6709940--6710051	27	4.2	26	80	12	118	38	22	23	16	1.93
6709940--6710051	54	2.1	54	88	6	165	38	22	23	16	1.93
6711471--6711541	24	3.0	24	87	8	108	25	36	1	36	1.65
6712574--6712681	43	2.5	43	84	0	144	33	25	13	26	1.94
6712994--6713027	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
6715751--6715829	21	3.5	22	72	14	81	44	24	1	30	1.62
6715733--6715822	46	2.0	46	91	4	146	42	24	2	31	1.67
6715846--6715895	25	2.0	25	100	0	100	44	8	4	44	1.52
6716042--6716231	41	4.6	41	88	2	265	19	23	22	35	1.96
6718675--6718844	46	3.7	45	78	12	193	29	30	20	20	1.97
6718681--6718851	92	1.8	93	92	1	290	28	29	21	20	1.98
6722274--6722951	337	2.0	337	97	0	1266	33	23	13	29	1.92
6726570--6726698	46	2.8	46	93	0	213	29	29	21	19	1.98
6729033--6729073	21	2.0	21	95	0	73	24	17	29	29	1.97
6729148--6729181	3	11.0	3	87	6	50	64	0	35	0	0.94
6731557--6731626	26	2.7	26	71	10	63	54	11	7	27	1.62
6732437--6732521	6	13.8	6	71	18	59	47	16	18	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6732451--6732521	25	2.8	25	89	0	106	46	15	19	18	1.84
6732446--6732537	31	3.2	30	74	17	95	46	14	19	19	1.83
6732687--6732788	27	3.8	26	82	7	107	36	20	22	20	1.95
6732947--6733011	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
6733438--6734116	27	25.3	27	90	0	1022	24	22	20	33	1.97
6734098--6734501	27	15.0	26	79	5	98	31	8	20	39	1.83
6734154--6734495	81	4.2	80	81	5	348	31	8	19	40	1.82
6734239--6734502	108	2.4	108	91	1	404	31	7	18	41	1.80
6734220--6734495	27	10.2	27	84	0	354	31	8	18	41	1.80
6752688--6752712	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
6758055--6758178	59	2.1	61	90	3	198	52	4	0	41	1.28
6759602--6759646	23	2.0	23	86	8	65	24	11	0	64	1.26
6760026--6760069	21	2.1	20	84	16	54	61	0	0	38	0.96
6769220--6769262	14	2.9	15	72	6	52	25	16	13	44	1.85
6773053--6773111	29	2.0	30	93	3	102	52	15	3	28	1.58
6774249--6774275	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
6775806--6775858	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
6777344--6777451	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
6778152--6778228	26	3.1	25	74	5	75	16	23	22	37	1.94
6788898--6788979	26	3.2	26	89	0	128	32	8	23	35	1.85
6790157--6790186	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
6790602--6790706	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6794764--6794798	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
6794945--6794987	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
6795188--6795217	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
6795643--6795695	13	4.0	13	81	11	63	22	0	3	73	0.99
6795741--6795779	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
6795994--6796046	21	2.5	21	90	3	79	5	0	30	64	1.17
6798914--6798966	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
6800452--6800559	26	4.2	26	89	4	164	35	23	8	33	1.85
6805417--6805447	12	2.6	12	94	0	53	12	48	25	12	1.77
6807049--6807097	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
6808583--6808690	26	4.2	26	91	2	173	37	23	7	32	1.82
6809220--6809266	22	2.1	22	100	0	94	42	4	12	40	1.63
6815415--6815527	56	2.0	56	96	0	208	28	23	13	34	1.93
6815581--6815940	123	2.9	124	84	6	473	29	17	12	40	1.86
6817338--6817496	27	5.9	27	80	11	166	35	22	23	18	1.95
6817356--6817496	54	2.6	54	90	2	203	36	23	22	17	1.95
6819091--6819172	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
6824941--6824997	24	2.4	24	77	13	64	24	5	12	57	1.55
6825334--6825387	21	2.6	21	81	0	63	29	3	5	61	1.36
6826410--6826522	56	2.0	56	98	0	217	28	23	13	35	1.92
6826576--6826935	123	2.9	124	84	6	473	29	17	12	40	1.86
6828332--6828490	27	5.9	27	80	11	166	35	22	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6828350--6828490	54	2.6	54	90	2	203	36	23	22	17	1.95
6828596--6828658	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
6830092--6830173	26	3.2	26	92	0	137	35	25	6	32	1.81
6833095--6833143	20	2.5	20	83	6	55	65	4	0	30	1.11
6835937--6835993	24	2.4	24	77	13	64	24	5	12	57	1.55
6836318--6836376	21	2.9	20	77	5	64	32	5	5	57	1.42
6837395--6837507	56	2.0	56	98	0	217	28	23	13	35	1.92
6837561--6837920	123	2.9	124	84	6	473	29	17	12	40	1.86
6839314--6839472	27	5.9	27	80	11	166	35	22	23	18	1.95
6839332--6839472	54	2.6	54	90	2	203	36	23	22	17	1.95
6839577--6839639	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
6840954--6841014	26	2.3	26	91	0	95	34	24	4	36	1.77
6845249--6845286	19	2.1	18	85	9	51	28	2	2	65	1.19
6846813--6846869	24	2.4	24	77	13	64	24	5	12	57	1.55
6847208--6847261	21	2.6	21	81	0	63	29	3	5	61	1.36
6851359--6851417	29	2.0	29	96	0	109	52	22	15	10	1.72
6853435--6853541	50	2.1	51	96	1	198	44	10	18	26	1.81
6854472--6854802	103	3.2	103	82	2	425	19	46	9	25	1.79
6856692--6856751	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
6856706--6856777	28	2.6	28	86	0	81	29	26	12	31	1.93
6859515--6859555	20	2.0	20	85	0	55	29	2	2	65	1.18
6860873--6860935	20	3.2	20	64	31	55	7	25	26	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6866589--6866634	23	2.0	23	100	0	92	56	8	4	30	1.49
6866593--6866679	26	3.5	25	83	6	97	54	8	8	29	1.59
6866756--6866817	25	2.3	26	78	10	63	54	4	8	32	1.51
6866928--6866967	16	2.5	16	95	0	71	60	0	2	37	1.11
6866933--6867003	25	2.7	26	77	16	74	61	2	2	32	1.24
6866947--6866995	25	1.9	26	88	12	75	61	4	2	32	1.26
6869046--6869336	77	3.8	76	83	3	352	31	20	16	30	1.95
6869262--6869532	88	3.1	86	83	7	314	36	19	17	26	1.94
6869265--6869513	90	2.8	90	83	7	305	35	20	17	26	1.95
6871212--6871264	13	4.0	13	76	13	63	15	52	11	20	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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