genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26710380--26710524	40	3.6	40	96	1	256	23	23	27	25	2.00
26710783--26710826	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
26718811--26718971	43	3.7	43	74	8	141	24	19	24	31	1.98
26720794--26720936	51	2.8	52	82	2	146	27	27	14	30	1.95
26720905--26721037	52	2.6	49	79	9	135	35	27	14	22	1.93
26730049--26730216	46	3.6	46	78	10	180	20	22	29	27	1.98
26730045--26730217	93	1.9	93	91	0	283	20	22	30	27	1.98
26732267--26732404	60	2.3	60	92	2	224	24	15	24	34	1.95
26734979--26735057	13	6.1	13	87	0	104	36	26	8	27	1.86
26735632--26735759	43	3.0	42	70	8	107	26	17	24	32	1.97
26738970--26739017	23	2.1	23	100	0	96	37	25	12	25	1.91
26753258--26753312	29	1.9	28	85	10	76	18	20	40	21	1.92
26755838--26755969	47	2.8	48	77	10	132	23	28	18	29	1.98
26759878--26759910	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
26765111--26765147	18	2.1	18	100	0	74	45	16	16	21	1.84
26768275--26768328	19	2.8	20	82	5	74	18	25	22	33	1.97
26768381--26768468	40	2.2	40	89	0	131	28	20	14	36	1.92
26768381--26768480	40	2.5	40	86	1	119	27	20	17	36	1.94
26772175--26772204	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
26781290--26781330	21	2.0	21	90	0	64	46	0	17	36	1.48
26781810--26781862	25	2.2	24	86	10	72	15	20	22	41	1.89
26781824--26781874	23	2.1	25	82	7	61	17	25	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26783132--26783173	21	2.0	21	85	0	57	4	16	40	38	1.70
26783326--26783375	20	2.5	19	81	9	55	44	4	12	40	1.60
26787347--26787412	19	3.6	19	73	8	73	54	31	4	9	1.52
26787348--26787418	36	2.0	36	97	0	133	54	32	4	8	1.50
26788319--26788371	25	2.2	25	86	3	72	37	22	22	16	1.94
26793745--26793795	25	2.0	25	100	0	102	43	19	11	25	1.85
26794227--26794282	21	2.7	21	88	0	85	26	8	37	26	1.86
26797794--26797914	32	3.8	32	88	0	188	47	9	11	32	1.71
26797794--26797914	64	1.9	64	94	0	215	47	9	11	32	1.71
26799807--26799871	32	2.0	32	100	0	130	36	12	15	35	1.85
26800234--26800269	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90
26811899--26812004	40	2.6	40	80	5	108	23	25	21	29	1.99
26812345--26812423	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26812405--26812507	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
26814511--26814935	47	9.1	47	92	2	640	27	31	9	31	1.88
26814775--26814849	23	3.2	23	63	22	57	26	33	9	30	1.88
26814511--26814935	187	2.3	187	89	1	647	27	31	9	31	1.88
26814511--26814935	234	1.8	234	88	2	656	27	31	9	31	1.88
26836824--26836871	25	1.9	25	86	0	69	41	22	18	16	1.90
26837598--26837633	17	2.1	17	100	0	72	36	19	5	38	1.75
26838473--26838705	116	2.0	117	99	0	459	32	14	24	28	1.94
26839972--26840031	29	2.1	29	84	6	77	40	5	11	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26843057--26843118	26	2.4	26	86	0	79	19	20	20	38	1.93
26845355--26845400	23	2.0	23	83	8	58	21	34	21	21	1.97
26847491--26847619	43	3.0	42	81	4	168	27	17	25	29	1.98
26849588--26849805	46	4.7	46	76	12	203	22	20	27	29	1.98
26852464--26852722	40	6.5	40	90	2	389	26	26	22	23	2.00
26852462--26852722	79	3.3	80	88	2	393	26	26	22	24	2.00
26852464--26852722	119	2.2	119	89	4	405	26	26	22	23	2.00
26858970--26859135	46	3.6	46	74	11	158	23	18	27	30	1.98
26859026--26859185	47	3.4	47	72	14	168	22	17	30	30	1.97
26858969--26859192	93	2.4	93	90	0	340	22	18	28	30	1.97
26862708--26862892	40	4.6	40	95	1	318	26	27	23	22	2.00
26870731--26870879	40	3.7	40	90	3	237	26	27	22	24	2.00
26872061--26872085	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
26873841--26874003	43	3.8	43	78	5	143	27	15	26	30	1.96
26879926--26880115	82	2.3	82	87	1	254	27	24	22	25	2.00
26882984--26883036	27	2.0	25	85	7	70	58	9	11	20	1.60
26884144--26884175	11	2.8	12	81	18	50	40	18	15	25	1.90
26889961--26890055	49	1.9	49	97	0	181	48	8	16	26	1.75
26893628--26893844	46	4.7	44	77	15	190	26	17	30	25	1.97
26895591--26895624	18	1.9	17	88	5	50	35	2	20	41	1.68
26896149--26896186	20	1.9	20	89	10	60	42	10	5	42	1.62
26897175--26897480	145	2.1	146	89	4	458	40	4	10	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26903132--26903217	45	1.9	45	95	0	154	25	15	24	34	1.94
26906046--26906233	49	3.8	49	82	2	241	27	19	25	28	1.98
26906047--26906228	100	1.8	100	95	0	328	26	19	25	28	1.99
26913598--26913631	12	2.8	12	83	16	52	29	32	0	38	1.58
26917641--26917736	29	3.3	29	85	1	131	29	30	14	26	1.95
26921304--26921454	42	3.6	42	79	6	153	28	20	24	26	1.99
26924652--26924769	29	4.1	29	92	1	184	28	30	15	25	1.96
26932854--26932910	30	1.9	30	88	0	87	40	8	22	28	1.84
26945488--26945522	18	1.9	18	100	0	70	28	5	40	25	1.78
26948485--26948534	23	2.1	23	85	10	66	10	4	10	76	1.15
26968437--26968494	29	2.0	29	83	6	73	32	22	22	22	1.98
26971975--26972044	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
26971975--26972072	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
26980149--26980218	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
26980149--26980246	28	3.5	28	88	2	126	31	27	13	27	1.94
26997266--26997359	34	2.8	34	82	6	109	27	25	23	23	2.00
27000951--27000975	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
27021564--27021646	34	2.4	34	84	5	105	25	26	25	22	2.00
27023108--27023184	29	2.5	31	79	8	95	19	22	12	45	1.84
27023078--27023360	119	2.4	119	86	4	372	23	22	12	40	1.89
27023292--27023386	31	3.1	31	83	3	129	26	18	11	43	1.84
27023168--27023389	30	7.4	30	77	8	191	24	23	12	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27025171--27025223	22	2.4	22	90	0	79	7	5	60	26	1.46
27025171--27025223	11	4.8	11	79	9	63	7	5	60	26	1.46
27031465--27031518	24	2.2	24	87	6	74	29	25	20	24	1.99
27032835--27032893	29	2.0	29	90	0	91	35	30	10	23	1.88
27037226--27037273	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
27040510--27040775	46	5.7	46	70	11	184	22	20	26	31	1.98
27040559--27040723	47	3.5	47	72	11	158	22	18	27	31	1.97
27040505--27040765	93	2.8	93	87	0	369	22	19	27	29	1.98
27046684--27046951	46	5.8	46	73	11	215	23	20	27	28	1.99
27046733--27046897	47	3.5	47	76	14	187	23	20	28	27	1.99
27046679--27046944	93	2.9	93	89	1	390	23	20	28	27	1.99
27048397--27048611	40	5.4	40	85	5	222	26	26	23	23	2.00
27048423--27048614	80	2.4	80	86	0	249	26	28	23	22	1.99
27053372--27053457	34	2.6	35	83	7	99	29	23	18	29	1.98
27060798--27061136	47	7.1	47	91	4	527	31	8	30	28	1.88
27060798--27061136	143	2.4	143	92	3	558	31	8	30	28	1.88
27060801--27061136	96	3.5	96	94	2	552	31	8	30	28	1.88
27061255--27061333	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27063199--27063301	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
27063283--27063356	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27063706--27063803	39	2.5	39	86	3	115	26	24	27	21	1.99
27063666--27063854	40	4.7	40	79	7	154	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27063786--27063940	40	3.9	40	85	0	184	23	21	29	25	1.99
27067226--27067304	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
27067210--27067546	47	7.1	47	93	2	557	31	8	30	28	1.88
27067210--27067546	96	3.5	94	93	2	557	31	8	30	28	1.88
27067210--27067546	143	2.4	143	95	0	593	31	8	30	28	1.88
27067664--27067742	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27071581--27071628	24	2.0	24	100	0	96	37	20	0	41	1.53
27073202--27073371	43	4.0	42	71	13	123	25	16	25	32	1.96
27080904--27081066	42	3.9	41	71	11	116	24	17	25	32	1.97
27081797--27081847	22	2.2	24	82	6	61	29	3	27	39	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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