genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  56  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16365713--16365755	11	3.6	11	77	17	50	60	2	4	32	1.30
16365711--16365761	25	2.0	25	100	0	102	54	3	3	37	1.37
16367135--16367299	82	2.0	82	97	0	312	40	23	4	31	1.76
16367572--16367659	44	2.0	44	81	2	104	44	27	5	22	1.75
16392859--16392883	11	2.3	11	100	0	50	32	0	20	48	1.50
16393069--16393351	138	2.1	138	92	1	469	37	10	18	33	1.85
16394165--16394287	44	2.8	44	81	3	131	17	14	32	34	1.91
16406058--16406127	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
16406058--16406155	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
16412376--16412494	47	2.5	47	97	0	220	34	6	27	31	1.83
16412472--16412515	21	2.1	21	95	0	79	36	0	25	38	1.56
16412425--16412557	68	2.0	68	98	0	257	33	6	27	32	1.81
16412381--16412606	115	1.9	116	96	1	418	32	7	28	31	1.84
16412493--16412621	49	2.7	49	95	2	235	32	7	28	31	1.85
16413474--16413592	47	2.5	47	97	0	220	34	6	27	31	1.83
16413570--16413613	21	2.1	21	95	0	79	36	0	25	38	1.56
16413523--16413659	68	2.0	67	97	1	256	33	5	27	32	1.81
16413479--16413706	114	2.0	115	97	0	431	33	7	28	31	1.84
16413591--16413996	47	8.6	47	94	1	654	32	8	29	29	1.87
16414115--16414191	35	2.1	37	88	4	113	24	19	31	24	1.98
16418759--16418858	27	3.6	27	85	8	103	30	29	13	28	1.94
16418761--16418858	28	3.5	28	90	2	135	30	28	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16421134--16421173	21	2.0	21	90	5	64	32	0	22	45	1.53
16433264--16433370	39	2.8	38	81	7	101	35	18	13	32	1.89
16436973--16437004	15	2.1	15	100	0	64	53	0	6	40	1.26
16439274--16439433	43	3.7	44	78	9	161	31	26	17	25	1.97
16442342--16442717	48	7.9	48	78	3	326	23	27	19	29	1.98
16442340--16442609	96	2.8	94	86	3	362	24	27	18	30	1.98
16446525--16446784	45	5.8	44	86	2	313	24	20	16	38	1.93
16446525--16446784	90	2.9	90	87	0	358	24	20	16	38	1.93
16446681--16446880	104	1.9	105	88	1	303	26	21	15	37	1.92
16446726--16446843	59	2.0	60	84	1	157	23	23	14	38	1.92
16446793--16446878	45	1.9	45	88	6	131	30	19	11	38	1.88
16462497--16462590	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
16467631--16467744	43	2.7	43	81	1	149	21	17	29	30	1.96
16467632--16467832	85	2.3	86	80	2	208	22	17	28	31	1.97
16467715--16467832	43	2.7	43	81	10	150	22	19	27	31	1.98
16467802--16467901	51	2.0	51	83	0	128	26	16	26	32	1.96
16471541--16471589	15	3.3	15	82	0	62	10	10	18	61	1.55
16480838--16480875	18	2.1	18	85	9	51	42	15	26	15	1.87
16483724--16483803	41	2.0	41	97	0	151	20	15	28	36	1.92
16486349--16486380	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
16495134--16495160	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
16497204--16497336	49	2.7	49	87	2	178	24	27	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16501768--16501798	13	2.4	13	88	0	53	19	32	32	16	1.94
16505910--16506035	55	2.3	55	80	4	139	30	30	25	14	1.95
16517680--16517710	13	2.4	13	100	0	62	29	12	6	51	1.65
16523522--16523789	49	5.7	47	75	7	179	26	27	18	27	1.98
16523474--16523649	98	1.8	97	82	8	232	25	28	18	27	1.98
16523474--16523791	49	6.7	45	69	15	135	26	28	18	27	1.98
16527785--16527817	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
16530719--16530768	6	8.7	6	78	8	59	80	2	4	14	0.95
16530702--16530768	28	2.4	29	78	12	77	74	2	5	16	1.14
16530704--16530768	34	1.9	33	87	9	96	76	1	6	15	1.05
16530727--16530770	22	2.0	21	86	4	61	77	2	4	15	1.04
16530719--16530767	16	2.9	16	84	6	62	79	2	4	14	0.97
16534160--16534210	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
16534158--16534200	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
16534602--16535948	206	6.5	206	91	0	2093	29	21	17	30	1.96
16535918--16536384	44	10.7	43	75	10	347	26	23	18	31	1.97
16535915--16536383	132	3.6	131	88	2	620	26	23	18	31	1.97
16536035--16536388	175	2.0	175	92	1	584	27	23	17	31	1.97
16537242--16537300	7	8.6	7	78	15	61	3	11	0	84	0.73
16537242--16537300	13	4.3	14	79	16	61	3	11	0	84	0.73
16537242--16537300	27	2.3	25	82	8	73	3	11	0	84	0.73
16542799--16542845	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16542816--16542875	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
16544481--16544511	15	2.1	15	100	0	62	38	0	12	48	1.42
16546475--16546507	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
16547842--16547975	46	2.9	46	84	10	166	23	30	18	26	1.98
16551841--16551882	20	2.0	21	86	13	61	73	2	0	23	0.94
16552051--16552081	14	2.2	14	100	0	62	67	6	6	19	1.35
16552211--16552250	21	2.0	20	85	14	55	62	0	5	32	1.17
16553279--16553329	26	2.0	26	100	0	102	31	7	11	49	1.68
16557092--16557184	20	4.7	19	74	11	71	32	3	3	61	1.28
16557092--16557167	30	2.5	31	83	8	86	32	3	2	60	1.29
16557090--16557214	10	13.0	9	69	13	63	33	3	2	60	1.25
16557177--16557221	20	2.4	18	82	17	56	28	2	0	68	1.01
16557768--16558292	126	4.2	126	83	3	646	38	16	15	29	1.90
16557766--16558292	253	2.1	254	88	3	771	38	16	15	29	1.89
16561516--16561559	21	2.0	21	91	4	70	2	15	50	31	1.57
16563936--16563990	26	2.1	26	82	3	65	27	16	16	40	1.89
16564027--16564082	26	2.3	25	84	9	71	12	23	21	42	1.86
16564036--16564094	26	2.3	26	85	11	86	13	16	22	47	1.82
16573377--16573432	24	2.3	25	78	9	62	44	14	14	26	1.83
16578752--16578810	25	2.4	25	94	0	100	27	25	22	25	2.00
16579024--16579068	22	2.0	24	91	8	76	48	4	13	33	1.62
16580222--16580301	30	2.7	30	92	0	124	20	28	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16581752--16581789	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
16584677--16584721	24	2.0	24	86	8	67	22	28	0	48	1.50
16585523--16585586	24	2.7	24	77	0	74	28	31	18	21	1.97
16589559--16589835	87	3.2	86	83	3	304	22	28	9	38	1.86
16589549--16589835	29	9.8	28	86	1	259	22	28	10	38	1.87
16591374--16591589	43	5.0	43	83	4	247	27	16	26	29	1.97
16611480--16611534	27	2.0	27	100	0	110	49	7	10	32	1.65
16620930--16621102	46	3.7	46	78	10	199	21	20	27	30	1.98
16620927--16621097	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
16621327--16621364	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
16627199--16627268	20	3.5	20	82	7	90	57	5	0	37	1.23
16627292--16627336	11	4.3	11	80	11	58	71	2	0	26	0.98
16627301--16627344	10	4.4	10	80	11	54	68	4	0	27	1.09
16627292--16627337	20	2.3	20	92	0	74	69	2	0	28	1.00
16628905--16628976	38	1.9	38	85	2	101	45	15	16	22	1.84
16629377--16629427	21	2.4	22	83	9	61	25	1	29	43	1.66
16629377--16629446	22	3.2	21	74	9	61	24	1	32	41	1.64
16629471--16629505	14	2.4	14	90	4	52	22	2	42	31	1.68
16629528--16629568	22	1.9	22	90	5	66	26	0	26	46	1.53
16629667--16629705	14	2.8	14	84	0	51	23	0	28	48	1.51
16629743--16629775	14	2.3	15	89	5	50	15	3	45	36	1.61
16629801--16629871	32	2.2	32	92	2	117	35	2	16	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16633899--16634006	26	4.2	26	91	0	180	32	7	25	35	1.84
16634872--16634978	37	2.9	37	91	2	162	25	27	18	28	1.98
16635108--16635589	48	10.0	48	93	0	793	30	26	6	36	1.81
16644414--16644521	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
16647525--16647611	29	3.0	29	100	0	174	24	17	17	41	1.90
16648081--16648169	44	2.0	44	100	0	178	26	13	13	46	1.80
16649974--16650021	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
16651701--16651792	41	2.3	41	84	5	116	27	20	27	25	1.99
16653737--16653883	40	3.7	41	88	2	185	23	27	24	24	2.00
16655756--16655855	22	4.6	22	82	6	98	17	0	42	41	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295