genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59861622--59861843	46	4.8	46	81	7	279	22	20	27	29	1.98
59861618--59861843	93	2.4	94	89	6	338	22	20	27	29	1.98
59864727--59864795	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
59864718--59864805	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
59866720--59866986	46	5.8	46	77	11	285	22	19	28	28	1.98
59866768--59866932	47	3.5	47	80	11	221	23	18	29	29	1.98
59866720--59866978	93	2.8	93	95	0	455	22	20	28	28	1.98
59868323--59868409	40	2.2	40	89	8	133	31	17	10	41	1.83
59868323--59868393	20	3.5	20	98	0	133	29	18	11	40	1.85
59869117--59869193	27	2.9	27	79	11	86	24	20	16	37	1.93
59869211--59869497	27	10.6	27	76	7	154	31	9	20	39	1.84
59869231--59869499	54	5.0	54	76	5	213	31	8	19	39	1.83
59869325--59869473	81	1.8	81	82	5	194	30	6	20	42	1.78
59870977--59871018	20	2.2	19	87	12	59	38	0	4	57	1.20
59872216--59872241	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
59872600--59872703	45	2.3	45	94	0	181	21	17	19	42	1.89
59872687--59872728	6	6.8	6	91	2	57	19	21	16	42	1.89
59877089--59877170	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
59881532--59881556	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
59881773--59881842	20	3.5	20	68	14	56	32	1	7	58	1.34
59882064--59882108	23	2.0	23	81	0	54	40	4	6	48	1.49
59883410--59883498	45	2.0	45	91	4	144	19	20	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59883402--59883508	45	2.4	45	85	3	135	20	20	17	41	1.91
59890121--59890205	21	4.1	21	75	1	64	47	18	20	14	1.83
59890128--59890267	42	3.3	41	80	4	147	45	18	20	15	1.85
59890147--59890214	21	3.2	21	71	8	66	45	19	20	14	1.85
59892692--59892741	25	2.0	25	88	0	73	40	10	22	28	1.86
59907205--59907280	40	1.9	40	88	0	116	15	11	34	38	1.84
59908845--59908896	13	3.8	13	75	22	52	25	3	0	71	1.03
59908847--59908890	5	8.0	5	87	9	52	20	4	0	75	0.98
59913831--59914305	161	2.9	163	80	7	527	42	9	3	43	1.56
59914620--59914670	3	16.7	3	83	4	57	56	0	5	37	1.23
59917320--59917385	33	2.0	33	100	0	132	24	24	9	42	1.83
59921777--59921858	42	2.0	42	92	2	139	43	3	8	43	1.52
59922028--59922063	18	2.1	18	89	5	56	33	0	0	66	0.92
59925041--59925107	24	2.8	24	95	0	125	17	13	29	38	1.88
59935521--59935615	40	2.4	40	87	0	127	28	15	24	31	1.96
59939667--59939895	39	5.8	39	81	3	246	35	21	13	29	1.92
59939681--59939886	80	2.6	78	84	5	256	35	21	12	30	1.91
59939670--59939886	119	1.8	116	85	6	303	35	21	12	30	1.91
59941917--59942092	68	2.6	68	78	12	175	21	27	15	34	1.94
59950768--59950915	43	3.5	43	79	5	140	27	20	25	27	1.99
59950768--59950923	85	1.8	85	80	5	190	26	20	25	26	1.99
59952130--59952164	17	2.0	18	88	5	54	31	25	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59954682--59954809	45	2.8	45	79	6	143	26	16	26	30	1.97
59958653--59958722	15	4.5	15	83	3	86	11	15	18	54	1.71
59962056--59962108	13	4.1	13	80	9	72	35	26	7	30	1.84
59963007--59963033	11	2.5	11	100	0	54	29	7	37	25	1.83
59967324--59967358	9	3.9	9	100	0	70	34	22	8	34	1.85
59981801--59981826	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
59983460--59983558	40	2.5	40	80	1	110	16	16	27	40	1.89
59987945--59987993	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
59991287--59991676	39	10.0	39	83	3	428	34	24	13	28	1.93
59991298--59991677	117	3.3	117	89	1	523	34	24	13	27	1.92
59991613--59991741	65	2.0	65	100	0	258	33	23	12	31	1.92
59991678--59991802	39	3.2	38	80	5	144	32	22	14	30	1.94
59994090--59994119	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
59994707--59994828	41	2.8	43	77	14	124	21	18	28	31	1.96
59998754--59999329	47	12.3	47	91	0	902	27	28	8	35	1.86
59999251--59999326	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
60003383--60003536	42	3.6	42	78	4	166	29	17	25	27	1.97
60003721--60003745	11	2.3	11	100	0	50	20	16	28	36	1.93
60005806--60005930	42	3.0	42	82	4	155	28	16	24	30	1.96
60006115--60006139	11	2.3	11	100	0	50	20	16	28	36	1.93
60009011--60009092	37	2.2	37	93	0	137	24	26	13	35	1.92
60015066--60015168	29	3.6	29	89	2	145	27	30	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60019452--60019491	17	2.4	17	86	0	53	0	27	0	72	0.85
60020722--60020790	27	2.6	27	88	4	95	17	26	23	33	1.96
60028545--60028632	27	3.2	26	82	7	104	15	21	25	37	1.93
60028546--60028656	54	2.1	54	82	3	134	16	18	24	40	1.90
60041638--60041744	28	3.8	28	91	0	151	35	10	24	29	1.88
60044966--60045067	28	3.6	28	93	0	159	29	23	10	36	1.89
60051958--60052017	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
60057724--60057945	45	5.0	45	88	4	301	24	23	28	23	2.00
60063869--60063954	40	2.2	39	78	2	91	24	16	27	31	1.96
60063965--60064039	28	2.7	29	81	8	75	33	16	25	25	1.95
60066589--60066639	27	1.9	26	84	11	68	21	7	0	70	1.12
60082224--60082296	18	4.1	18	89	0	110	41	13	23	21	1.89
60082227--60082296	36	1.9	36	94	0	122	42	12	22	21	1.87
60082632--60082836	27	7.6	27	80	3	198	41	18	14	26	1.88
60082648--60082836	80	2.3	81	83	1	254	41	16	14	26	1.88
60082825--60083047	27	8.3	27	86	4	297	21	17	19	41	1.90
60087223--60087401	49	3.6	49	84	3	259	28	24	18	28	1.98
60087210--60087401	100	1.9	100	94	0	339	28	23	19	28	1.98
60087649--60087702	27	2.0	27	81	0	63	38	14	7	38	1.75
60091203--60091249	21	2.2	21	88	0	67	29	27	27	14	1.96
60100640--60100846	53	3.8	53	77	1	162	19	24	18	37	1.94
60105941--60105996	29	1.9	29	82	7	69	35	21	5	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60108151--60108277	66	1.9	66	82	3	157	31	19	21	27	1.97
60111736--60111845	29	3.9	28	85	7	141	28	15	29	27	1.96
60118684--60118891	67	3.2	64	76	8	195	32	16	28	22	1.96
60121779--60121859	43	1.9	42	84	2	108	33	24	12	29	1.92
60121778--60121871	43	2.2	42	80	1	107	34	24	12	28	1.92
60127828--60127892	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
60127998--60128087	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
60127998--60128112	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
60129173--60129206	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
60135654--60135746	28	3.3	28	93	0	150	34	26	6	32	1.82
60135852--60135941	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
60135852--60135966	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
60140664--60140889	40	5.7	40	89	3	357	25	26	22	25	2.00
60140629--60140885	80	3.2	80	89	3	369	24	26	22	25	2.00
60148179--60148223	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
60162944--60163137	47	4.1	47	89	0	289	32	11	29	25	1.92
60162973--60163044	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
60163339--60163447	37	2.9	37	93	0	173	23	18	31	26	1.97
60170453--60170519	27	2.5	28	83	9	77	32	13	19	34	1.91
60174769--60174822	24	2.2	24	83	0	72	25	1	22	50	1.59
60183106--60183153	20	2.4	20	96	0	87	29	39	25	6	1.80
60189684--60189743	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60205739--60205805	33	2.0	33	100	0	134	41	2	13	41	1.59
60205981--60206067	44	2.0	44	86	0	120	27	17	19	35	1.94
60209559--60209735	49	3.6	49	79	6	164	29	20	27	22	1.98
60209459--60209735	142	1.9	144	81	6	339	27	19	27	24	1.99
60213682--60213762	43	1.9	42	84	2	108	35	18	20	24	1.95
60218789--60220650	616	3.0	616	97	0	3508	28	21	16	33	1.95
60226014--60226086	36	2.1	34	84	5	92	54	8	16	20	1.67
60229073--60229244	49	3.6	47	75	8	157	28	29	16	26	1.97
60229111--60229245	49	2.8	49	79	4	164	28	28	16	26	1.97
60229261--60229387	46	2.8	46	80	8	152	22	29	20	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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