genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87209025--87209063	14	2.6	15	84	8	53	28	5	0	66	1.12
87208999--87209110	60	1.9	59	83	5	145	25	8	2	64	1.34
87209055--87209112	16	3.4	16	85	7	71	24	8	0	67	1.18
87209284--87209360	37	2.1	38	83	9	97	25	7	1	64	1.28
87217497--87217580	19	4.3	20	77	7	75	30	5	19	44	1.74
87217503--87217556	20	2.8	20	86	8	67	29	5	24	40	1.77
87220034--87220089	21	2.7	21	97	0	103	17	25	41	16	1.89
87231116--87231219	34	3.1	33	83	2	111	26	22	23	27	1.99
87233973--87234090	35	3.4	35	73	0	110	44	18	10	27	1.82
87241914--87242034	43	2.9	42	75	7	127	33	15	22	28	1.95
87245379--87245526	64	2.2	68	79	10	169	32	16	29	21	1.96
87245403--87245587	67	2.9	64	77	8	187	29	16	30	23	1.96
87247885--87247997	27	4.2	26	81	10	102	17	22	22	38	1.94
87254260--87254306	24	2.0	24	95	0	85	36	0	38	25	1.56
87255719--87255828	27	4.0	26	82	9	130	17	22	21	38	1.93
87260721--87260841	43	2.9	42	79	7	136	33	17	23	25	1.96
87266105--87266167	27	2.3	27	83	0	72	44	20	6	28	1.76
87266144--87266274	27	4.9	27	92	0	208	29	19	8	42	1.81
87266252--87266496	27	9.2	27	74	7	178	40	20	8	30	1.83
87266178--87266336	54	2.9	54	83	0	165	36	18	8	36	1.81
87266152--87266300	81	1.8	81	80	0	181	32	17	8	41	1.80
87266265--87266499	79	2.9	79	84	3	283	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87266252--87266496	54	4.6	53	77	7	228	40	20	8	30	1.83
87266293--87266503	27	7.9	27	78	5	198	40	20	8	30	1.83
87266252--87266524	54	5.1	54	75	11	149	40	20	8	30	1.82
87266535--87266586	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
87266649--87266726	27	2.9	27	88	3	104	33	23	21	21	1.97
87266643--87266731	27	3.3	27	84	3	99	37	21	21	20	1.95
87267534--87267646	26	4.4	26	89	2	165	27	21	23	28	1.99
87267801--87267892	42	2.2	42	90	0	139	30	14	21	33	1.93
87269714--87269858	42	3.5	41	76	6	123	20	21	16	42	1.90
87269805--87269858	21	2.6	21	75	0	54	14	25	18	40	1.89
87276742--87276791	25	2.0	25	96	0	91	42	16	16	26	1.88
87280932--87281025	6	15.3	6	72	16	77	46	14	19	19	1.84
87280946--87281025	31	2.6	31	89	0	115	46	15	20	18	1.84
87281444--87281587	27	5.3	27	86	0	189	25	18	18	37	1.93
87281447--87281614	81	2.1	81	82	4	196	26	16	19	37	1.93
87281446--87281614	54	3.1	55	82	5	211	26	16	19	37	1.93
87281572--87281697	27	4.7	26	81	5	117	26	8	22	42	1.82
87281650--87281711	27	2.3	27	82	0	79	29	6	25	38	1.81
87281569--87281711	54	2.6	54	80	4	146	27	8	23	39	1.84
87281634--87281861	81	2.8	81	82	2	226	36	7	22	33	1.81
87281690--87281861	27	6.4	27	84	0	227	39	6	22	30	1.81
87281871--87282020	27	5.6	27	81	6	160	28	8	22	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87288569--87288622	21	2.7	20	77	5	54	24	18	14	42	1.88
87288590--87288660	21	3.4	21	74	0	61	19	21	15	43	1.87
87317907--87318082	46	3.8	46	77	7	203	20	21	29	28	1.98
87317903--87318075	93	1.9	93	93	0	301	20	21	30	27	1.98
87320996--87321074	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
87320987--87321073	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
87323439--87323611	45	3.8	45	78	12	201	20	21	29	28	1.98
87323435--87323604	91	1.9	91	93	2	297	20	21	30	27	1.98
87329505--87329659	51	3.0	51	92	1	249	31	25	13	29	1.94
87329613--87329696	37	2.3	37	93	0	141	36	22	10	29	1.88
87329562--87329734	88	2.0	88	94	0	301	32	24	12	30	1.92
87329764--87329851	28	3.3	26	86	9	108	27	22	13	36	1.92
87329775--87329851	24	3.0	25	85	10	102	27	20	14	37	1.91
87331475--87331536	26	2.3	27	83	2	72	45	20	4	29	1.72
87331513--87331599	27	3.2	27	93	0	138	28	21	6	42	1.79
87331611--87331854	27	9.2	27	77	7	221	40	20	8	30	1.82
87331811--87331881	27	2.6	28	82	8	76	45	23	5	25	1.75
87331611--87331882	54	5.1	55	75	12	137	40	20	8	30	1.82
87331893--87331944	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
87332007--87332084	27	2.9	27	88	3	104	33	23	21	21	1.97
87332001--87332089	27	3.3	27	84	3	99	37	21	21	20	1.95
87332887--87332996	25	4.4	26	84	7	138	28	20	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87332887--87332996	50	2.2	50	88	3	159	28	20	22	29	1.98
87333148--87333239	42	2.2	42	90	0	139	30	14	21	33	1.93
87334417--87334586	45	3.8	45	74	6	166	21	20	30	28	1.98
87340430--87340583	51	3.0	49	85	9	202	33	24	12	29	1.93
87340537--87340619	37	2.3	37	91	2	132	37	21	10	30	1.88
87340493--87340657	87	1.9	88	88	6	255	33	23	13	29	1.93
87340698--87340773	24	3.0	25	88	7	118	25	22	14	38	1.92
87342421--87342480	27	2.2	29	88	8	90	30	13	11	45	1.79
87342511--87342741	27	8.5	26	70	15	105	40	19	9	29	1.84
87342886--87342965	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
87342877--87342964	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
87351342--87351383	20	2.1	20	100	0	84	21	26	14	38	1.91
87351409--87351563	51	3.0	51	92	1	249	31	25	13	29	1.94
87351517--87351600	37	2.3	37	93	0	141	36	22	10	29	1.88
87351466--87351638	88	2.0	88	94	0	301	32	24	12	30	1.92
87351668--87351762	28	3.5	28	83	11	126	27	23	14	34	1.94
87351680--87351757	24	3.0	25	85	10	104	25	23	14	37	1.92
87357963--87358009	22	2.1	22	84	0	58	40	14	19	25	1.90
87361859--87361998	27	5.2	27	85	1	174	40	20	18	20	1.92
87361859--87361998	53	2.6	54	85	2	183	40	20	18	20	1.92
87361988--87362201	27	8.0	27	77	7	211	26	14	19	39	1.90
87361987--87362195	80	2.6	82	81	5	246	27	13	19	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87362532--87362584	18	2.9	18	77	0	61	24	15	15	45	1.84
87364511--87364572	30	2.1	30	100	0	124	32	16	9	41	1.80
87366622--87366786	43	3.8	43	75	10	158	26	16	24	32	1.96
87380049--87380090	6	6.8	6	87	12	59	16	14	0	69	1.20
87380003--87380138	69	2.0	70	88	4	204	26	16	5	51	1.67
87380140--87380164	10	2.5	10	100	0	50	20	20	0	60	1.37
87383630--87383710	29	2.8	29	96	1	144	50	11	4	33	1.59
87384359--87384399	21	2.0	21	85	0	55	34	9	9	46	1.70
87384392--87384434	14	3.0	14	80	6	50	37	9	4	48	1.56
87386344--87386559	46	4.6	45	74	14	165	29	19	29	21	1.97
87386483--87386611	47	2.8	48	81	7	140	31	17	26	24	1.97
87408576--87408654	28	2.8	28	84	0	104	35	11	24	29	1.90
87411548--87411789	75	3.2	75	65	14	177	31	17	24	26	1.97
87411372--87411823	155	2.9	153	89	1	697	30	18	24	26	1.98
87411873--87411916	21	2.0	23	86	8	65	25	2	25	47	1.63
87412162--87412206	19	2.3	20	78	17	51	42	4	6	46	1.50
87412600--87412631	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
87416664--87416863	9	23.1	9	71	15	86	46	17	1	35	1.55
87416648--87416854	42	4.8	41	79	10	175	47	15	0	35	1.53
87421992--87422020	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
87422739--87422819	31	2.5	33	80	8	103	13	7	20	58	1.60
87429493--87429543	25	2.0	25	88	0	75	31	21	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87429583--87429621	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
87429582--87429621	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
87429666--87429735	25	2.9	24	89	4	104	24	24	24	27	2.00
87429666--87429748	24	3.4	24	86	6	105	27	21	24	26	1.99
87429666--87429760	49	1.9	49	81	8	113	26	23	24	26	2.00
87433489--87433558	34	2.1	34	91	0	113	20	10	38	31	1.85
87436846--87436974	46	2.8	45	92	2	204	31	28	20	20	1.97
87446670--87446715	17	2.7	18	80	10	60	39	19	19	21	1.93
87448886--87448912	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
87454318--87454418	41	2.5	41	90	0	148	27	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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