genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90920019--90920465	54	8.3	54	84	1	504	38	21	9	30	1.85
90920009--90920398	107	3.6	108	90	1	550	38	20	9	31	1.85
90920013--90920521	27	18.9	26	75	9	141	37	21	9	31	1.85
90920504--90920653	27	5.6	27	80	3	140	36	20	18	26	1.95
90920502--90920653	81	1.9	81	84	2	207	36	19	17	25	1.94
90920504--90920643	54	2.6	54	85	2	156	36	18	17	27	1.94
90921041--90921081	20	2.0	20	85	0	55	17	17	24	41	1.89
90921314--90921395	27	3.0	26	82	8	92	19	21	21	36	1.95
90921514--90921622	6	17.7	6	71	19	73	19	16	15	48	1.81
90921510--90921613	31	3.4	31	91	0	163	19	16	14	50	1.79
90923700--90923743	19	2.4	18	88	7	63	50	0	6	43	1.29
90925558--90925587	8	3.8	8	95	0	51	53	20	23	3	1.60
90925970--90925999	8	3.8	8	95	0	51	53	20	23	3	1.60
90925447--90926273	412	2.0	412	99	0	1627	30	17	24	28	1.97
90926683--90926795	28	3.9	28	71	21	90	28	20	25	25	1.99
90926647--90926783	60	2.3	59	85	8	170	29	20	24	25	1.99
90935687--90935742	20	2.7	21	81	8	62	23	3	10	62	1.43
90935865--90935998	53	2.5	53	84	3	162	29	11	8	50	1.68
90935986--90936128	58	2.5	58	80	4	155	27	9	9	53	1.64
90940816--90940877	31	2.0	31	100	0	124	22	22	12	41	1.88
90944248--90944385	68	2.0	69	83	8	174	39	6	12	42	1.68
90944933--90944957	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90954774--90954821	24	1.9	26	87	8	73	14	12	6	66	1.42
90970664--90970720	29	1.9	31	86	10	84	1	15	7	75	1.10
90971680--90971719	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
90971685--90971727	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
90989592--90989701	44	2.6	42	79	9	114	35	26	16	21	1.94
90989989--90990028	15	2.5	17	76	19	50	37	15	2	45	1.59
90990787--90990811	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
90990956--90991004	24	2.2	24	85	10	68	44	14	6	34	1.70
90994687--90994730	21	2.0	23	86	8	65	25	31	15	27	1.96
91006530--91006591	32	1.9	32	96	0	115	37	4	27	30	1.78
91021530--91021724	46	4.3	46	82	8	161	22	21	14	42	1.89
91021557--91021738	46	4.0	46	88	1	240	23	21	13	41	1.89
91023865--91023913	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
91023871--91023909	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
91023872--91023913	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
91023883--91023947	19	3.3	21	81	8	66	60	4	1	33	1.27
91028956--91029163	88	2.4	87	82	8	235	45	15	5	33	1.70
91029730--91029861	9	14.4	9	66	17	58	32	3	2	62	1.23
91029748--91029801	19	2.9	19	71	18	51	35	5	0	59	1.21
91034777--91034880	42	2.5	42	79	0	127	19	23	38	19	1.93
91041297--91041612	46	6.7	47	74	10	220	24	31	19	25	1.98
91041297--91041612	140	2.2	142	82	7	356	24	31	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91043391--91043431	20	2.0	21	86	13	59	36	7	9	46	1.65
91055482--91055520	10	3.8	10	90	10	53	76	0	12	10	1.01
91062803--91062844	15	2.8	15	96	0	75	30	4	9	54	1.53
91062983--91063047	30	2.2	30	85	0	85	24	30	16	27	1.97
91066115--91066145	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
91093166--91093581	46	9.0	46	89	3	570	21	23	14	40	1.89
91093171--91093574	92	4.4	92	92	1	641	21	23	14	41	1.89
91096013--91096080	30	2.3	30	82	5	75	27	17	5	48	1.70
91101476--91101802	164	2.0	164	93	1	566	36	22	20	19	1.95
91124081--91124138	30	1.9	30	82	6	73	22	29	27	20	1.99
91126861--91126889	9	3.0	10	90	10	51	62	0	17	20	1.33
91127140--91127215	26	2.9	26	86	3	100	42	9	17	31	1.80
91154060--91154257	45	4.5	45	70	8	154	29	18	25	25	1.98
91154045--91154433	132	2.9	133	89	2	579	28	20	23	27	1.99
91154045--91154456	133	3.1	133	86	3	546	28	20	23	27	1.99
91157449--91157927	131	3.6	135	83	4	396	29	18	16	34	1.94
91157594--91157927	131	2.5	131	87	1	445	28	20	16	34	1.94
91157589--91158013	131	3.2	131	83	3	417	27	19	17	35	1.94
91160863--91160922	28	2.1	28	85	11	79	60	3	6	30	1.39
91160860--91160961	26	3.8	27	76	13	68	57	4	4	32	1.41
91161143--91161182	18	2.2	18	95	0	71	52	2	5	40	1.37
91161280--91161320	16	2.6	16	84	3	57	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91161454--91161493	18	2.2	18	86	8	55	65	0	7	27	1.20
91161457--91161600	12	11.8	12	67	21	52	59	3	4	32	1.36
91161462--91161516	24	2.3	25	79	20	64	63	1	9	25	1.34
91161511--91161606	26	3.9	24	75	17	74	56	5	2	36	1.34
91161694--91161750	9	5.9	9	78	13	60	54	1	3	40	1.28
91161694--91161744	21	2.6	20	87	9	70	52	1	3	41	1.31
91163321--91163378	29	2.0	29	89	0	89	27	36	17	18	1.94
91163418--91163704	76	3.8	76	79	3	299	34	21	17	26	1.96
91163427--91163721	153	1.9	152	84	3	387	32	21	18	28	1.96
91163427--91163725	152	2.0	151	83	4	379	32	20	18	28	1.96
91163656--91164065	89	4.7	89	84	3	489	35	20	16	28	1.94
91163901--91163930	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
91163579--91164065	178	2.8	171	80	8	517	35	20	16	27	1.94
91175928--91175987	28	2.1	28	85	11	79	60	3	6	30	1.39
91175925--91176008	26	3.1	27	78	13	68	59	4	5	29	1.42
91176197--91176237	18	2.3	18	87	8	57	58	2	2	36	1.24
91176508--91176547	18	2.2	18	86	8	55	65	0	7	27	1.20
91176511--91176651	12	11.8	12	67	20	57	58	3	4	32	1.36
91176516--91176570	24	2.3	25	79	20	64	63	1	9	25	1.34
91176594--91176656	32	2.0	32	81	6	74	58	4	0	36	1.19
91176745--91176795	9	5.2	9	80	15	57	56	1	1	39	1.22
91178699--91178970	92	3.1	89	82	9	301	38	18	8	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91179134--91179186	19	2.8	18	77	11	52	60	3	5	30	1.37
91179172--91179277	29	3.6	29	67	18	74	62	2	4	30	1.30
91179223--91179267	20	2.1	22	84	8	58	68	2	4	24	1.19
91179135--91179276	10	14.3	10	66	10	51	61	3	5	29	1.36
91179202--91179273	21	3.5	22	72	16	55	61	2	5	30	1.33
91179508--91179550	17	2.3	19	80	15	54	32	2	0	65	1.06
91179716--91179935	94	2.5	87	80	12	218	35	7	18	39	1.79
91187807--91187865	31	1.9	31	89	0	91	38	11	18	30	1.87
91188208--91188272	31	2.1	31	88	5	96	30	9	10	49	1.69
91196251--91196380	68	1.9	69	80	4	156	22	13	17	46	1.82
91198435--91198488	20	2.7	20	79	0	72	33	7	12	46	1.70
91200533--91200584	20	2.7	20	84	3	61	32	9	11	46	1.73
91200551--91200600	20	2.5	20	87	6	66	40	8	12	40	1.72
91210645--91210707	24	2.7	23	81	16	67	68	4	3	23	1.24
91216244--91216290	23	2.0	23	95	0	85	55	14	4	25	1.58
91219638--91219696	20	3.0	20	75	5	57	30	6	15	47	1.71
91219772--91219858	43	2.0	43	100	0	174	47	9	6	36	1.62
91222860--91222911	21	2.5	21	79	17	63	25	36	19	19	1.95
91225075--91225161	25	3.5	25	85	3	104	28	21	25	24	1.99
91225685--91225726	21	2.0	21	90	0	66	40	19	0	40	1.51
91227966--91228019	20	2.5	21	82	11	65	9	7	12	70	1.33
91228176--91228217	18	2.3	18	80	8	50	26	0	9	64	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91228783--91228863	40	2.0	43	81	16	100	51	0	8	39	1.33
91229599--91229623	6	4.2	6	100	0	50	32	16	0	52	1.44
91237862--91237913	21	2.5	22	81	9	65	36	3	19	40	1.70
91237831--91238105	152	1.8	151	88	2	417	37	7	18	36	1.79
91237838--91238120	78	3.7	77	80	9	353	37	7	19	36	1.80
91238066--91238170	50	2.1	51	85	1	140	40	7	18	34	1.79
91240299--91240351	25	2.2	25	86	3	72	39	5	11	43	1.64
91241063--91241116	23	2.4	21	82	11	63	31	11	16	40	1.84
91241073--91241115	23	1.9	23	90	4	70	32	6	16	44	1.74
91241334--91241388	15	3.7	15	75	7	58	23	23	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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