genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19187382--19187421	21	1.9	21	85	10	55	32	2	25	40	1.69
19187584--19187621	12	3.2	12	85	7	51	36	0	0	63	0.95
19187592--19187669	33	2.3	34	80	8	86	42	0	0	57	0.98
19187755--19187834	24	3.5	23	78	16	94	45	1	5	48	1.32
19194687--19194731	21	2.0	24	83	16	60	4	20	2	73	1.11
19194687--19194736	25	2.0	25	85	14	68	4	20	2	74	1.08
19196089--19196129	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
19196687--19196722	15	2.4	15	100	0	72	52	13	0	33	1.41
19197597--19197630	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
19198023--19198075	3	17.0	3	82	7	61	60	3	0	35	1.15
19199245--19199451	97	2.1	99	84	7	271	39	0	17	42	1.56
19199427--19199456	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
19199536--19200063	126	4.2	126	90	0	815	32	17	21	27	1.96
19203092--19203475	116	3.3	116	93	1	637	47	8	3	39	1.52
19203865--19203902	18	2.1	18	90	0	58	44	13	23	18	1.85
19203956--19204021	30	2.2	30	83	5	80	6	19	45	28	1.74
19205397--19205473	39	2.0	39	100	0	154	32	15	31	20	1.94
19205734--19205783	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
19205727--19205785	31	1.9	31	92	0	100	38	0	32	28	1.57
19205734--19205791	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
19205734--19205797	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
19209930--19210564	47	13.5	47	94	0	1009	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19210683--19210761	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
19212450--19212487	9	4.2	9	96	0	58	39	21	13	26	1.89
19215326--19215362	15	2.4	16	86	8	51	27	10	24	37	1.88
19216574--19216616	19	2.2	20	80	12	54	20	34	27	16	1.94
19218548--19218808	93	2.8	93	84	2	324	25	28	19	26	1.99
19218549--19218765	49	4.6	47	76	8	206	23	29	20	27	1.99
19218839--19218954	46	2.5	46	83	5	137	22	29	17	31	1.96
19219321--19219387	34	2.0	34	93	0	116	38	11	11	37	1.79
19219579--19219617	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
19227254--19227314	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
19229777--19229983	46	4.5	45	79	7	186	26	17	31	25	1.97
19229957--19230137	96	1.9	97	85	9	253	27	17	29	25	1.98
19237204--19237339	32	4.3	32	78	9	111	29	27	17	25	1.97
19237234--19237312	32	2.4	32	89	4	113	29	26	16	27	1.97
19237255--19237518	137	1.9	137	98	0	510	31	25	18	23	1.97
19239318--19239394	40	1.9	40	97	0	145	37	23	5	33	1.77
19239874--19239999	49	2.6	49	97	0	234	23	19	28	28	1.98
19239827--19240048	49	4.6	48	84	6	209	25	17	29	27	1.97
19241204--19241243	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
19244727--19245093	49	7.8	49	71	9	185	23	26	20	29	1.99
19244776--19244990	93	2.3	93	89	0	322	26	27	19	26	1.99
19244822--19244990	44	3.7	44	77	7	185	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19244780--19245023	93	2.6	93	83	5	264	25	27	19	27	1.99
19244967--19245133	46	3.6	45	79	9	151	21	28	21	28	1.99
19245723--19245761	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
19249341--19249608	140	1.9	140	96	0	491	39	17	11	31	1.86
19252225--19252442	49	4.6	48	77	14	181	27	18	31	22	1.97
19252220--19252395	44	3.8	45	76	11	158	26	19	31	22	1.98
19252415--19252538	47	2.6	48	82	6	144	26	17	27	28	1.98
19258542--19258593	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
19258752--19258841	27	3.3	27	90	0	126	30	20	13	36	1.90
19261092--19261129	19	2.0	20	89	5	60	76	2	2	18	1.02
19263132--19263266	55	2.5	55	86	2	191	16	26	34	22	1.95
19263132--19263289	55	2.9	54	80	3	181	16	24	34	24	1.95
19272427--19272542	43	2.7	43	84	4	144	31	14	24	30	1.95
19276675--19276782	45	2.4	45	84	3	128	28	18	23	29	1.98
19280060--19280084	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
19285180--19285243	27	2.4	27	89	0	92	34	20	17	28	1.95
19285254--19285287	15	2.2	16	89	5	52	20	5	17	55	1.62
19285399--19285465	27	2.5	27	76	9	82	20	26	16	35	1.94
19288987--19289159	47	3.7	47	86	6	210	28	31	19	20	1.97
19294066--19294119	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
19294120--19294292	27	6.4	27	88	0	247	24	21	19	34	1.97
19296849--19296939	41	2.2	41	96	0	164	32	25	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19296867--19296934	22	3.2	22	66	26	56	35	25	8	30	1.86
19307176--19307333	45	3.2	51	79	19	185	31	10	28	29	1.90
19310382--19310501	28	4.4	28	87	7	158	34	27	11	26	1.91
19318400--19318522	28	4.4	28	91	2	176	33	26	12	27	1.92
19318399--19318522	55	2.2	57	86	2	180	33	27	12	27	1.92
19324621--19324689	34	2.0	34	91	0	111	30	15	7	46	1.73
19328334--19328371	18	2.1	18	95	0	67	34	13	34	18	1.89
19340031--19340059	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
19341187--19341282	43	2.2	43	87	7	133	19	17	28	34	1.95
19341187--19341316	43	3.0	41	79	12	111	22	16	27	33	1.96
19344043--19344115	29	2.5	28	85	14	96	27	16	28	27	1.97
19344073--19344400	174	1.9	174	96	0	611	29	14	25	30	1.95
19351331--19351361	11	2.9	11	95	4	55	41	0	0	58	0.98
19351931--19352130	57	3.5	57	81	2	222	30	18	23	28	1.97
19366009--19366034	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
19372604--19373009	48	8.6	46	76	11	283	28	17	28	25	1.98
19372604--19372866	94	2.8	92	81	9	273	28	17	28	24	1.98
19372604--19373009	142	2.9	142	78	8	362	28	17	28	25	1.98
19374212--19374251	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
19376255--19376292	17	2.2	17	90	0	58	36	0	0	63	0.95
19377201--19377233	15	2.1	16	88	5	50	36	27	27	9	1.87
19379321--19379687	182	2.0	182	94	2	648	32	15	12	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19380770--19380879	58	1.9	58	84	3	150	53	3	0	42	1.18
19380804--19380916	58	1.9	57	81	13	133	53	3	0	41	1.24
19391310--19391359	26	1.9	26	84	8	66	56	0	0	44	0.99
19391313--19391353	18	2.2	19	91	4	66	53	0	0	46	1.00
19398813--19398850	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
19399079--19399246	46	3.7	45	79	10	180	29	28	19	22	1.98
19399080--19399249	92	1.8	93	91	1	279	29	28	20	21	1.98
19406394--19406431	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
19408197--19408338	48	2.9	50	79	8	157	30	22	19	27	1.98
19427331--19427538	67	3.2	64	79	10	215	30	17	29	22	1.97
19429629--19429665	19	1.9	19	88	0	56	24	32	27	16	1.96
19435737--19435776	20	2.0	20	85	9	55	42	12	10	35	1.76
19444779--19444885	42	2.5	43	81	4	119	25	16	26	31	1.97
19444784--19444886	43	2.4	42	82	4	118	26	16	26	31	1.97
19452293--19452317	8	3.1	8	100	0	50	12	24	0	64	1.27
19455153--19455340	48	3.9	48	87	2	263	29	23	17	30	1.97
19455153--19455338	95	1.9	96	88	3	277	29	22	17	30	1.96
19455024--19455363	42	7.7	42	73	16	190	29	24	17	28	1.98
19455293--19455476	37	4.9	36	76	11	165	27	26	17	28	1.98
19484240--19484319	42	1.9	42	87	5	117	26	13	28	31	1.94
19484242--19484331	42	2.1	43	83	4	112	27	13	27	31	1.94
19484309--19484414	42	2.5	41	80	7	124	29	14	28	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19484254--19484406	42	3.7	41	78	7	121	29	15	26	28	1.96
19502118--19502525	47	8.6	47	90	2	600	33	8	29	29	1.86
19502118--19502525	96	4.3	94	92	1	600	33	8	29	29	1.86
19506057--19506217	27	6.0	27	81	2	171	26	14	17	42	1.87
19508598--19508774	27	6.5	27	82	1	174	28	14	15	42	1.85
19508598--19508774	54	3.3	54	83	2	203	28	14	15	42	1.85
19517432--19517496	34	1.9	33	90	3	103	21	23	26	29	1.99
19521616--19521643	9	3.1	9	100	0	56	42	10	10	35	1.74
19523932--19524049	43	2.8	43	83	6	143	22	19	27	30	1.98
19523932--19524054	42	2.9	42	80	7	142	21	18	27	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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