genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94820587--94820626	17	2.3	17	95	4	71	47	5	32	15	1.66
94829484--94829548	26	2.5	26	92	0	103	20	29	27	23	1.98
94832918--94833086	86	2.0	86	96	0	311	23	22	24	30	1.99
94833892--94833929	12	3.1	12	82	17	51	42	18	0	39	1.50
94835718--94835776	28	2.1	28	90	6	93	18	28	13	38	1.89
94847874--94847985	27	4.2	26	76	10	100	16	23	21	38	1.93
94855702--94855812	27	4.1	26	77	10	107	18	23	21	36	1.94
94855702--94855812	54	2.1	54	84	6	145	18	23	21	36	1.94
94859242--94859302	21	2.8	23	83	14	85	13	24	26	36	1.92
94869153--94869180	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
94877597--94877644	25	1.9	25	87	8	71	20	25	20	33	1.97
94877613--94877679	25	2.7	25	81	9	82	32	22	17	26	1.96
94880215--94880253	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
94880409--94880439	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
94882642--94882671	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
94883413--94883451	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
94883608--94883638	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
94883806--94883851	22	2.1	22	100	0	92	21	17	13	47	1.81
94885208--94885248	18	2.2	19	87	12	59	58	0	7	34	1.26
94897469--94897551	25	3.3	25	82	11	98	24	22	21	31	1.98
94897450--94897553	50	2.1	50	81	3	120	23	23	22	31	1.98
94902365--94902402	3	13.3	3	83	10	53	68	2	0	28	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94902369--94902402	14	2.4	14	90	0	50	67	2	0	29	1.05
94902366--94902398	17	1.9	17	93	0	57	66	3	0	30	1.06
94904662--94904694	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
94904741--94904799	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
94904770--94904817	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
94908785--94908845	6	9.7	6	75	10	59	52	32	1	13	1.50
94908783--94908856	18	4.2	18	66	23	50	50	36	2	10	1.52
94909840--94910038	3	64.0	3	68	12	73	26	7	3	63	1.35
94909812--94909898	13	6.5	13	78	16	79	27	4	1	66	1.18
94909822--94909882	25	2.4	27	86	8	83	29	3	0	67	1.07
94910517--94910934	129	3.3	124	81	6	478	37	18	15	27	1.92
94912259--94912297	17	2.3	17	86	8	53	17	0	51	30	1.46
94912646--94914329	134	12.6	134	78	7	1000	29	21	18	31	1.97
94912832--94913991	45	26.0	45	66	17	198	29	21	18	30	1.97
94912778--94914372	268	6.0	268	93	0	2632	29	21	18	30	1.97
94913371--94914062	45	15.5	45	66	17	155	29	21	18	31	1.96
94914141--94914243	45	2.3	43	82	9	118	29	18	18	33	1.95
94912778--94914598	268	6.8	267	89	1	2496	29	21	18	30	1.97
94914218--94914437	89	2.5	89	82	2	280	30	19	19	30	1.96
94914753--94914880	64	2.0	64	89	0	193	39	15	14	29	1.88
94920749--94921184	125	3.4	125	83	5	482	38	19	15	26	1.91
94921935--94921977	22	2.0	21	86	9	59	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94922500--94922525	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
94922485--94922536	17	3.3	16	76	20	56	17	0	51	30	1.45
94922657--94922712	3	19.0	3	75	3	51	28	5	3	62	1.34
94922675--94922712	14	2.6	15	83	8	60	31	5	2	60	1.33
94922738--94922772	15	2.4	14	90	4	52	25	5	0	68	1.11
94922739--94922772	14	2.3	15	90	5	52	26	5	0	67	1.13
94922844--94922878	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
94922857--94922923	34	1.9	36	84	6	93	22	7	1	68	1.23
94941366--94941501	52	2.6	52	83	5	168	26	15	27	30	1.96
94941366--94941557	46	3.9	47	78	11	145	24	14	29	31	1.95
94952848--94953094	55	4.7	53	77	10	197	36	16	23	23	1.94
94952840--94953047	108	1.9	109	85	7	289	35	16	24	23	1.95
94956901--94956940	21	1.9	21	84	0	53	45	5	35	15	1.68
94957304--94957353	19	2.6	21	81	15	63	32	20	6	42	1.76
94963827--94963856	14	2.1	15	93	6	53	50	16	6	26	1.70
94967786--94967839	13	4.2	13	82	0	72	18	29	33	18	1.95
94971022--94971164	55	2.6	55	80	6	155	14	25	32	26	1.95
94975515--94975634	46	2.6	46	84	4	143	33	24	19	23	1.97
94986569--94986597	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
94988397--94988586	96	2.0	96	88	0	281	11	30	16	41	1.84
94989149--94989184	17	2.1	17	89	0	54	55	11	0	33	1.35
94996026--94996109	42	2.0	42	100	0	168	21	21	11	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94996332--94996356	13	1.9	13	100	0	50	36	32	0	32	1.58
94998353--94998481	46	2.8	47	81	8	122	31	26	19	22	1.98
95000491--95000538	24	2.0	24	95	0	87	37	14	14	33	1.87
95005035--95005063	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
95007175--95007251	38	2.0	38	97	0	145	35	7	31	25	1.85
95011396--95011455	14	4.4	14	78	14	63	68	3	8	20	1.30
95011525--95011562	18	2.1	18	90	0	58	52	0	10	36	1.36
95011694--95011733	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
95011822--95011866	21	2.2	20	84	4	54	57	2	2	37	1.23
95011937--95012104	3	54.7	3	70	10	108	60	3	5	30	1.38
95012725--95012761	12	2.9	13	92	4	58	27	0	2	70	1.01
95013716--95013927	99	2.2	99	88	0	318	33	23	8	34	1.85
95013716--95013901	33	5.6	33	92	0	309	32	22	9	36	1.85
95022931--95022968	11	3.5	11	92	0	58	0	26	18	55	1.43
95029118--95029155	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
95032111--95032150	19	2.1	19	95	0	71	27	12	5	55	1.58
95040848--95040887	20	2.0	20	100	0	80	35	0	10	55	1.34
95043441--95043519	17	4.8	17	75	22	80	51	2	0	45	1.14
95043441--95043499	28	2.1	28	100	0	118	54	0	0	45	0.99
95043456--95043520	11	5.5	11	71	16	51	52	3	0	44	1.16
95043919--95043959	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
95043999--95044058	30	2.0	30	86	0	84	26	5	13	55	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95044181--95044213	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
95048096--95048137	20	2.0	21	82	13	52	33	2	21	42	1.66
95050706--95050738	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
95051019--95051243	46	4.9	46	92	0	351	22	23	13	40	1.89
95063863--95063906	22	2.0	22	100	0	88	40	27	18	13	1.88
95072784--95072812	14	2.1	14	93	6	51	89	0	10	0	0.48
95073673--95074547	44	19.3	44	74	9	593	32	16	20	29	1.95
95073673--95074514	89	9.3	89	72	11	532	32	16	20	29	1.95
95073673--95074552	133	6.5	133	75	10	593	32	16	20	30	1.95
95074289--95074415	51	2.5	51	88	2	184	31	21	19	27	1.97
95076802--95076837	12	3.1	12	96	4	65	25	0	0	75	0.81
95085133--95085803	46	14.8	46	86	5	913	21	23	14	40	1.90
95085296--95085370	25	3.2	25	65	18	61	18	21	14	45	1.85
95085236--95085803	91	6.2	92	88	2	869	22	23	14	39	1.90
95085594--95085665	21	3.2	21	64	21	56	23	25	12	38	1.90
95085133--95085802	365	1.9	357	89	4	1040	21	23	14	40	1.90
95087504--95087536	11	3.1	11	82	8	50	9	30	0	60	1.27
95087951--95088010	21	2.8	21	80	10	68	56	8	0	35	1.29
95089588--95089624	18	2.1	18	94	0	65	32	13	8	45	1.73
95089588--95089635	18	2.7	18	87	6	53	31	18	6	43	1.75
95092999--95093032	17	2.0	17	94	0	59	61	5	0	32	1.20
95096078--95096645	220	2.6	220	91	0	911	33	17	22	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95096588--95096882	78	3.8	78	87	1	421	31	18	23	26	1.97
95096899--95097095	45	4.4	45	85	1	261	33	14	27	24	1.94
95096899--95097095	89	2.2	90	85	3	272	33	14	27	24	1.94
95096822--95097095	134	2.0	136	83	6	342	31	15	26	26	1.96
95097448--95097535	19	4.8	19	87	8	137	38	10	13	37	1.79
95097460--95097558	19	5.0	22	83	14	78	37	8	16	38	1.78
95098845--95098877	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
95109018--95109065	24	2.0	24	88	4	71	60	0	27	12	1.32
95109022--95109072	23	2.2	24	82	3	59	58	0	31	9	1.30
95109018--95109092	28	2.7	29	76	14	75	58	0	30	10	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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