genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29957740--29958510	386	2.0	386	91	1	1240	31	20	18	30	1.96
29961185--29961228	22	2.0	22	100	0	88	40	18	22	18	1.91
29971748--29971817	34	2.1	34	97	0	131	15	5	30	48	1.68
29979868--29980011	46	3.1	44	73	15	123	30	28	18	22	1.97
29981406--29981528	24	5.1	24	94	2	212	26	20	22	30	1.98
29985337--29985401	32	2.0	32	96	0	121	33	16	15	33	1.91
29987912--29987941	15	2.1	14	93	6	51	56	6	0	36	1.26
29988195--29988252	27	2.1	27	96	0	107	43	8	10	37	1.70
29989570--29989657	45	2.0	45	88	0	131	26	11	22	39	1.88
29993062--29993187	39	3.2	39	85	0	162	23	19	27	29	1.98
29993062--29993205	78	1.8	78	83	2	191	23	20	27	28	1.99
29995703--29995778	37	2.1	37	97	0	143	32	17	22	27	1.96
30007050--30007134	27	3.2	26	77	3	71	41	17	18	22	1.91
30008907--30008973	24	2.8	24	71	8	64	29	34	2	32	1.73
30016376--30016508	42	3.1	43	78	6	144	22	18	27	32	1.97
30018944--30019394	157	3.0	152	81	7	521	39	10	5	43	1.62
30021315--30021544	39	5.9	39	81	0	244	14	30	19	35	1.91
30021315--30021537	117	1.9	117	84	0	302	14	30	18	35	1.91
30021313--30021544	78	3.0	78	81	3	270	14	30	18	35	1.91
30023136--30023199	27	2.4	27	83	0	74	26	21	15	35	1.94
30025805--30025864	27	2.1	29	84	6	79	0	8	10	81	0.87
30025810--30025866	22	2.7	20	79	15	60	0	7	10	82	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30028237--30028309	36	2.2	32	79	15	78	28	13	21	35	1.92
30028253--30028309	19	3.1	19	69	19	57	28	14	19	38	1.90
30030880--30031097	40	5.5	40	91	0	330	26	27	23	22	1.99
30038581--30038754	40	4.4	40	88	0	233	25	26	22	25	2.00
30041441--30041651	105	2.0	106	87	2	309	27	23	18	31	1.97
30042132--30042214	32	2.7	32	90	7	127	27	27	6	38	1.80
30044212--30044425	43	5.0	43	94	1	351	31	33	23	12	1.91
30044397--30044480	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
30056120--30056340	56	3.9	56	90	0	325	36	22	11	28	1.90
30065078--30065203	40	3.2	40	90	2	193	23	23	26	26	2.00
30065078--30065230	38	3.9	38	89	1	180	23	23	26	26	2.00
30065234--30065532	43	7.0	43	91	0	472	11	25	32	31	1.91
30065473--30065591	59	2.0	59	93	0	202	10	24	33	31	1.90
30065430--30065619	102	1.9	102	96	0	353	10	24	33	31	1.89
30065532--30065632	43	2.3	43	91	0	139	11	22	34	30	1.90
30067637--30067824	41	4.6	41	85	1	270	28	28	22	20	1.99
30067637--30067824	81	2.3	82	89	2	281	28	28	22	20	1.99
30075462--30075551	29	3.2	29	81	6	96	31	27	12	28	1.93
30080771--30080925	47	3.3	47	80	7	165	28	17	29	24	1.97
30092140--30092218	40	2.0	40	97	0	149	25	6	18	49	1.71
30098335--30098372	19	2.1	18	85	14	51	28	5	21	44	1.73
30109579--30109710	29	4.6	29	94	1	203	24	33	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30116249--30116294	24	1.9	24	82	8	58	8	21	2	67	1.29
30126166--30126523	46	7.6	46	80	10	277	24	30	18	27	1.98
30130858--30130903	22	2.0	22	83	8	56	28	21	32	17	1.96
30132451--30132506	28	2.0	28	100	0	112	35	10	28	25	1.89
30134157--30134468	46	6.6	48	75	13	213	24	30	18	27	1.98
30148002--30148031	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
30148001--30148037	15	2.7	13	84	15	56	37	24	5	32	1.78
30152882--30152929	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
30159443--30159476	16	2.2	16	89	5	52	29	23	8	38	1.85
30163800--30163856	28	2.0	28	100	0	114	17	21	10	50	1.75
30167994--30168137	40	3.5	40	78	11	159	25	23	25	25	2.00
30176831--30176874	20	2.2	20	100	0	88	13	31	36	18	1.90
30179671--30179734	26	2.5	26	86	0	83	39	23	12	25	1.90
30179660--30179751	26	3.5	27	75	5	73	39	26	13	21	1.90
30188684--30188743	11	4.9	12	76	13	52	41	0	0	58	0.98
30188685--30188726	14	3.0	14	82	10	59	50	0	0	50	1.00
30188834--30188923	10	9.2	10	71	16	64	35	7	0	56	1.28
30188836--30188923	19	4.5	19	72	12	72	35	7	0	56	1.28
30189704--30189758	21	2.6	21	68	23	51	25	10	0	63	1.27
30192764--30192806	22	2.0	22	90	4	70	51	16	0	32	1.45
30197864--30197897	8	4.2	8	100	0	68	26	26	0	47	1.53
30201353--30201539	6	30.8	6	75	16	172	48	14	17	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30201332--30201510	30	5.9	29	78	13	166	48	14	17	19	1.81
30201353--30201539	55	3.3	55	82	10	202	48	14	17	19	1.81
30201657--30201730	27	2.8	27	78	10	80	37	22	22	16	1.93
30201681--30201738	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
30201895--30201953	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
30202041--30202123	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
30202310--30202423	54	2.1	54	83	0	138	28	16	21	34	1.95
30202340--30202463	27	4.6	27	83	4	160	26	16	19	37	1.92
30202325--30202463	54	2.6	54	84	0	188	28	17	17	36	1.93
30202468--30202773	81	3.8	81	82	4	323	40	10	22	27	1.86
30202468--30202742	27	10.2	27	85	3	329	41	10	21	26	1.84
30206558--30206605	22	2.2	23	85	7	64	43	6	22	27	1.77
30208605--30208726	43	2.9	42	88	1	163	31	30	18	20	1.96
30208613--30208726	42	2.7	43	88	1	158	31	29	19	19	1.96
30211829--30211876	21	2.3	21	85	7	62	35	16	0	47	1.47
30216064--30216170	29	3.7	29	82	5	126	27	14	22	35	1.93
30216122--30216193	29	2.4	29	86	2	90	26	19	25	29	1.99
30218340--30218470	48	2.8	48	90	2	212	34	26	18	20	1.96
30218453--30218549	47	2.0	49	84	9	128	36	27	18	17	1.94
30223395--30223592	43	4.6	43	82	2	229	30	26	16	26	1.97
30243965--30244171	71	2.9	72	74	5	222	48	14	3	33	1.61
30246153--30246198	22	2.1	22	84	8	58	58	8	2	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30251237--30251275	11	3.5	11	89	0	60	12	10	17	58	1.61
30252041--30252126	35	2.5	35	80	3	93	37	22	17	23	1.94
30261346--30261390	19	2.2	21	84	11	58	26	26	0	46	1.53
30264017--30264084	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
30264186--30264264	29	2.7	29	82	2	104	29	31	15	24	1.95
30263907--30264258	174	2.0	173	93	1	598	31	24	14	29	1.94
30272183--30272250	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
30272352--30272430	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
30278611--30278777	68	2.5	64	77	10	151	31	14	26	26	1.95
30278751--30278948	50	4.0	50	82	1	227	26	18	26	28	1.98
30280824--30281101	39	7.2	39	89	2	418	24	25	27	23	2.00
30280820--30281101	77	3.6	78	90	2	426	24	25	27	23	2.00
30280824--30281093	116	2.3	116	91	1	434	22	25	28	22	1.99
30285517--30285749	39	6.0	39	96	0	403	21	25	29	22	1.99
30295785--30295848	30	2.0	33	85	8	89	34	7	0	57	1.27
30300014--30300047	12	2.8	12	86	0	50	50	17	23	8	1.74
30300187--30300346	83	1.9	84	84	3	216	31	34	13	20	1.91
30308407--30308762	93	3.8	92	75	10	332	32	16	21	29	1.95
30308365--30308801	181	2.4	182	89	2	646	32	16	21	28	1.95
30308546--30308915	45	8.2	43	69	12	163	30	18	21	29	1.97
30308685--30308923	135	1.8	130	83	4	316	30	19	19	30	1.97
30309591--30309620	13	2.3	13	100	0	60	6	10	0	83	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30310705--30310764	30	2.0	30	83	6	77	28	8	3	60	1.42
30320889--30321399	47	10.6	47	89	5	761	28	29	9	32	1.88
30321151--30321367	59	4.1	59	77	17	226	28	30	9	31	1.89
30321057--30321367	155	2.0	154	94	1	552	28	29	9	31	1.89
30321010--30321399	202	1.9	200	95	1	699	28	28	9	32	1.88
30325512--30325823	40	7.8	40	94	0	498	26	29	21	23	1.99
30327234--30327744	47	10.6	47	89	5	779	29	29	8	33	1.87
30327496--30327712	59	4.1	59	76	19	235	29	29	9	31	1.88
30327449--30327744	106	2.9	105	89	8	452	29	29	8	32	1.87
30327402--30327712	155	2.0	154	96	1	570	29	29	9	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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