genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17623833--17624036	29	7.1	28	71	13	139	24	21	17	36	1.95
17623842--17624035	57	3.4	57	80	1	201	24	22	17	35	1.95
17632319--17632392	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
17640432--17640505	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
17654483--17654551	36	2.0	33	83	8	84	21	24	21	31	1.98
17664638--17664678	21	2.0	21	85	9	57	31	26	17	24	1.97
17668385--17668496	44	2.5	44	83	0	152	34	22	14	28	1.93
17670091--17670167	39	2.0	38	87	7	111	25	16	27	29	1.97
17679761--17679790	15	1.9	16	93	6	53	53	20	0	26	1.46
17681607--17681645	20	2.0	20	85	10	53	25	25	0	48	1.51
17714138--17714295	68	2.3	70	81	7	180	34	15	28	21	1.94
17729678--17730044	189	1.9	189	86	2	522	34	19	19	26	1.96
17738950--17738989	19	2.1	19	90	0	62	32	0	30	37	1.58
17745389--17745426	20	1.9	20	84	10	51	57	0	13	28	1.36
17745896--17745999	37	2.7	39	73	13	97	26	17	19	36	1.94
17746733--17746775	21	2.1	20	82	4	50	39	0	18	41	1.51
17749027--17749061	17	2.1	17	100	0	70	34	17	5	42	1.73
17752725--17752793	27	2.6	28	80	13	74	43	5	0	50	1.26
17752761--17752795	18	1.9	18	88	0	52	37	5	0	57	1.23
17761447--17761488	21	2.0	21	100	0	84	33	9	9	47	1.68
17766532--17766631	42	2.4	42	86	3	130	18	22	30	30	1.97
17768639--17768672	16	2.1	16	94	0	59	14	17	32	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17772316--17772345	14	2.1	14	93	0	51	50	0	6	43	1.28
17784354--17784712	27	13.3	26	79	9	249	20	16	20	42	1.89
17784357--17784712	54	6.6	54	80	9	343	20	16	20	42	1.89
17784373--17784712	81	4.2	80	80	5	344	20	16	21	42	1.89
17792587--17792769	40	4.6	39	81	9	192	24	20	28	26	1.99
17792638--17792802	79	2.1	79	80	6	183	25	19	27	27	1.99
17797420--17797632	46	4.6	45	76	15	195	24	28	19	27	1.99
17814626--17814840	47	4.6	48	75	15	182	23	31	17	27	1.97
17814527--17814840	94	3.3	95	75	11	272	24	30	17	27	1.97
17818079--17818141	30	2.1	30	90	0	99	28	30	14	26	1.95
17823422--17823529	44	2.5	43	85	11	134	31	28	16	23	1.96
17823380--17823529	42	3.5	43	78	13	148	29	28	17	25	1.97
17837566--17837595	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
17839087--17839260	46	3.8	46	93	2	269	30	28	20	20	1.98
17840032--17840086	27	2.0	27	100	0	110	45	14	21	18	1.85
17843568--17843685	38	3.1	38	86	0	146	18	21	28	31	1.97
17846821--17846872	3	17.7	3	80	4	61	63	5	0	30	1.18
17847449--17847488	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
17849420--17849477	22	2.6	22	80	0	71	36	17	24	22	1.95
17849743--17849911	85	2.0	86	85	3	234	27	18	21	31	1.97
17851527--17851578	24	2.3	21	83	12	59	44	23	0	32	1.54
17852950--17853076	43	3.0	42	82	10	150	33	26	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17852950--17853107	43	3.7	41	79	14	142	32	25	18	23	1.97
17860520--17860678	43	3.7	43	81	10	184	30	28	18	22	1.97
17860520--17860679	86	1.9	85	82	13	204	31	28	18	22	1.97
17862507--17862556	26	1.9	26	84	8	66	66	6	2	26	1.26
17864276--17864312	18	2.1	18	100	0	74	35	16	16	32	1.91
17867067--17867163	40	2.4	40	92	0	167	30	25	17	25	1.97
17867819--17867859	18	2.3	18	100	0	82	46	26	0	26	1.53
17869599--17869662	33	1.9	33	87	0	92	26	0	48	25	1.51
17869602--17869673	33	2.2	33	82	0	81	27	0	45	26	1.54
17869846--17869998	51	3.0	51	91	0	243	30	10	26	33	1.90
17872775--17872819	22	2.0	22	100	0	90	44	8	8	37	1.67
17880713--17880802	40	2.2	40	90	0	135	33	22	16	27	1.95
17886364--17886403	16	2.5	17	84	12	57	40	0	2	57	1.12
17886437--17886469	15	2.1	16	88	5	50	48	0	9	42	1.35
17886512--17886569	28	2.0	29	83	9	75	46	0	6	46	1.29
17886634--17886695	31	1.9	31	83	6	79	40	0	3	56	1.15
17888444--17888546	48	2.1	48	83	3	127	39	7	15	36	1.76
17888507--17888549	20	2.3	18	84	8	50	41	2	16	39	1.61
17896575--17896947	105	3.6	105	95	1	642	30	30	20	18	1.96
17897275--17897338	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17897282--17897338	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17901278--17901375	38	2.6	38	95	0	169	37	39	10	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17903092--17903262	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
17903084--17903259	46	3.8	46	79	10	214	28	27	21	22	1.99
17905616--17905703	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
17905616--17905694	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
17905627--17905703	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
17908591--17908765	45	3.8	46	80	13	216	29	29	20	20	1.98
17908599--17908768	93	1.8	92	94	1	304	28	30	21	20	1.98
17908948--17908983	17	2.1	18	89	5	56	50	11	5	33	1.61
17911871--17911930	29	2.1	29	93	0	102	31	5	15	48	1.66
17914536--17914581	24	1.9	24	95	0	83	32	10	15	41	1.82
17918932--17919122	76	2.5	76	79	5	190	29	15	22	31	1.95
17920244--17920277	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
17922368--17922405	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
17929397--17929435	18	2.2	18	86	9	53	48	0	20	30	1.50
17929917--17929954	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
17931143--17931329	50	3.7	50	80	4	189	25	17	27	29	1.97
17934333--17934397	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
17934329--17934397	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
17936537--17936723	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
17939153--17939280	59	2.2	59	80	2	141	20	21	18	39	1.92
17939305--17939528	89	2.5	88	80	6	227	36	18	20	25	1.95
17942734--17942820	43	2.0	43	93	0	147	48	2	12	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17942996--17943042	20	2.3	20	85	0	58	29	25	8	36	1.86
17946401--17946494	42	2.2	42	83	5	109	32	29	15	21	1.95
17953741--17953786	18	2.4	20	75	17	53	39	2	0	58	1.10
17955740--17955893	43	3.6	41	79	10	132	35	25	16	22	1.95
17960582--17960636	23	2.5	23	77	16	62	69	1	9	20	1.25
17962289--17962570	140	2.0	140	95	0	501	24	15	31	29	1.96
17967270--17967694	70	6.1	69	82	5	390	24	20	24	30	1.98
17967725--17967993	70	3.9	70	77	2	247	27	21	20	29	1.98
17972853--17972909	27	2.1	27	93	0	96	33	19	21	26	1.97
17978279--17978381	36	2.9	36	94	0	179	33	15	15	34	1.89
17981800--17981842	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
17985649--17985859	35	6.1	35	89	2	273	29	11	21	36	1.90
17987367--17987405	21	1.9	20	89	5	60	23	25	33	17	1.96
17988523--17988645	46	2.6	45	79	6	138	24	30	19	25	1.98
17988471--17988690	94	2.4	89	79	13	225	25	29	19	25	1.98
17999072--17999131	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
18013836--18013943	44	2.4	44	86	6	137	28	23	14	33	1.94
18017304--18017346	22	2.0	22	90	0	68	39	6	11	41	1.68
18020048--18020090	21	2.0	22	86	4	61	53	9	11	25	1.67
18020294--18020359	34	1.9	34	82	11	82	46	27	9	16	1.77
18023290--18023337	18	2.6	19	83	6	62	64	2	6	27	1.28
18023385--18023418	13	2.7	13	86	4	52	55	0	5	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18023971--18024038	26	2.6	26	79	6	66	22	5	10	61	1.49
18026002--18026132	69	1.9	69	87	3	192	16	35	17	30	1.93
18027709--18027792	30	2.7	31	77	17	93	52	2	0	45	1.13
18029374--18029409	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
18030477--18030522	22	2.1	22	95	0	83	39	10	10	39	1.76
18033298--18033451	51	3.0	51	85	0	200	33	25	10	30	1.89
18034692--18034727	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
18038526--18038642	55	2.1	55	81	6	130	24	28	28	18	1.98
18044673--18044865	43	4.5	43	80	7	166	23	31	19	25	1.98
18044714--18044884	43	4.0	43	87	1	245	23	32	19	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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