genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63200329--63200522	54	3.6	53	86	3	246	32	19	22	25	1.97
63200955--63201014	22	2.7	22	84	5	68	23	21	21	33	1.97
63201173--63201274	27	3.8	27	84	5	116	18	21	21	38	1.94
63201434--63201521	6	14.3	6	76	13	81	19	19	14	46	1.84
63201424--63201521	31	3.2	31	94	0	160	19	19	14	46	1.83
63205113--63205185	26	2.8	26	93	0	128	27	21	23	27	1.99
63207533--63207727	50	3.9	50	76	6	196	32	28	14	24	1.95
63207753--63207979	50	4.5	50	84	2	269	32	24	15	26	1.96
63207535--63208247	268	2.7	268	88	3	992	32	25	16	25	1.96
63208021--63208508	50	9.7	50	74	6	376	32	26	16	25	1.96
63208003--63208504	101	5.0	102	77	7	423	32	25	16	25	1.96
63208021--63208508	151	3.2	151	91	0	778	32	26	16	25	1.96
63208874--63208920	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
63218166--63218199	17	1.9	18	94	5	61	67	17	0	14	1.23
63223234--63223417	67	2.8	64	75	8	176	30	17	29	22	1.97
63227414--63227550	55	2.5	56	85	1	195	35	25	13	26	1.92
63228653--63228681	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
63238347--63238488	67	2.1	67	82	5	167	30	21	27	20	1.98
63242149--63242240	45	2.0	45	93	0	157	17	23	8	50	1.74
63244866--63244987	56	2.2	56	80	5	149	35	22	11	30	1.90
63248195--63248283	32	2.8	32	94	1	151	34	21	13	30	1.92
63248040--63248289	33	7.6	33	90	2	319	32	20	10	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63248294--63248446	29	5.2	29	90	1	243	25	29	11	33	1.90
63248294--63248446	59	2.6	58	91	1	252	25	29	11	33	1.90
63257691--63257753	22	2.9	22	76	9	74	34	19	22	23	1.96
63257905--63258023	41	2.9	41	89	0	175	27	28	19	24	1.98
63258274--63258548	108	2.5	107	83	5	329	32	9	17	40	1.82
63258253--63258615	27	13.4	27	80	5	270	30	9	19	41	1.82
63258606--63258712	27	4.0	27	86	2	135	28	19	15	35	1.93
63265545--63265663	56	2.1	55	90	1	184	21	15	34	29	1.93
63265562--63265680	28	4.2	28	90	3	186	26	13	31	27	1.94
63265980--63266299	27	12.0	27	84	4	400	36	19	11	32	1.87
63265980--63266299	53	6.0	54	85	4	418	36	19	11	32	1.87
63265979--63266299	80	4.0	81	84	4	420	36	19	11	32	1.88
63270383--63270504	61	2.0	61	100	0	244	27	6	22	42	1.78
63272844--63272886	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
63273493--63273521	15	2.0	15	93	6	51	10	13	20	55	1.68
63279604--63279720	55	2.1	55	88	0	171	22	18	29	29	1.97
63281363--63281391	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
63281837--63281887	17	2.9	18	85	8	70	23	0	27	49	1.51
63282125--63282149	8	3.1	8	100	0	50	28	0	24	48	1.52
63290533--63290590	27	2.1	27	87	6	82	31	18	17	32	1.94
63292267--63292404	41	3.4	42	83	5	183	18	19	25	36	1.95
63295185--63295360	46	3.8	46	74	12	162	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63295181--63295351	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.98
63300864--63301137	46	6.0	46	89	0	406	23	24	13	38	1.91
63303269--63303299	11	2.8	11	100	0	62	74	0	0	25	0.82
63306329--63306465	46	3.0	46	96	0	256	24	23	14	37	1.92
63307763--63307932	46	3.7	46	76	12	186	22	19	27	30	1.98
63307759--63307927	93	1.8	93	92	2	286	22	20	27	29	1.98
63309256--63309355	46	2.2	46	98	0	191	23	26	13	38	1.91
63312864--63312951	44	2.0	44	100	0	176	15	9	38	36	1.80
63316220--63316270	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
63316310--63316369	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
63322956--63323009	28	1.9	28	96	0	99	37	24	12	25	1.91
63329443--63329514	29	2.5	29	86	4	92	27	31	13	26	1.94
63333040--63333065	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
63333458--63333592	49	2.8	48	80	10	157	23	31	19	25	1.98
63333642--63333778	47	2.9	46	79	4	148	23	29	19	27	1.98
63341400--63341449	26	1.9	26	87	0	73	44	10	0	46	1.37
63342065--63342120	21	2.8	19	79	12	51	53	0	5	41	1.24
63345361--63345393	17	1.9	17	93	0	57	78	0	21	0	0.75
63345399--63345479	18	4.3	18	75	17	76	62	2	22	12	1.41
63353256--63353469	44	4.9	45	79	10	230	30	26	17	25	1.97
63360012--63360050	5	7.8	5	100	0	78	20	0	0	79	0.73
63368261--63368307	18	2.5	19	86	13	62	53	4	4	38	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63368273--63368311	18	2.2	18	90	9	62	56	2	5	35	1.35
63371621--63371725	54	1.9	54	90	3	167	40	12	10	37	1.77
63373058--63373087	9	3.2	9	95	4	51	0	13	0	86	0.57
63381839--63381892	25	2.2	25	89	0	81	38	25	14	20	1.91
63383351--63383407	28	2.0	28	96	0	105	24	19	14	42	1.88
63388031--63388235	46	4.4	45	78	8	182	25	31	16	26	1.97
63388031--63388238	94	2.3	90	81	10	226	25	31	16	26	1.97
63391783--63391834	25	2.1	25	100	0	104	36	15	15	32	1.89
63396327--63396594	46	5.8	46	74	15	230	20	19	28	30	1.97
63396373--63396540	47	3.6	47	76	14	195	21	19	28	30	1.98
63396323--63396587	93	2.9	93	91	1	426	21	19	29	30	1.97
63399566--63399623	30	2.0	29	93	3	98	10	15	15	58	1.62
63399566--63399609	15	2.9	15	77	12	54	11	15	15	56	1.66
63399572--63399624	15	3.6	14	75	7	52	9	15	16	58	1.62
63403439--63403515	29	2.6	29	81	2	91	24	14	31	29	1.94
63403468--63403794	173	1.9	174	94	0	584	29	14	24	31	1.94
63405411--63405679	46	5.8	46	72	16	214	21	18	29	29	1.97
63405457--63405625	47	3.6	47	71	7	164	22	18	29	29	1.97
63405421--63405672	93	2.7	93	90	1	407	21	18	30	29	1.97
63407058--63407091	16	2.1	16	100	0	68	52	11	11	23	1.70
63419040--63419179	39	3.6	39	87	1	192	38	23	24	13	1.91
63435380--63435464	42	2.0	42	93	0	143	27	14	22	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63439097--63439280	48	3.8	48	82	1	208	30	23	16	28	1.96
63439844--63439884	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
63441472--63441502	15	2.1	15	100	0	62	29	12	12	45	1.80
63445795--63445969	46	3.8	46	79	7	219	28	26	21	22	1.99
63445800--63445970	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
63450557--63450713	86	1.8	85	81	6	192	25	17	26	31	1.97
63450557--63450721	43	3.8	43	77	7	165	24	16	26	31	1.97
63457225--63457292	24	2.8	25	77	16	72	32	19	26	22	1.97
63458034--63458060	14	1.9	14	100	0	54	51	18	22	7	1.70
63471882--63471971	40	2.2	40	78	3	101	30	17	18	33	1.95
63471896--63471988	40	2.3	40	82	10	102	30	17	23	29	1.97
63478039--63478114	38	2.0	38	97	0	143	31	13	25	30	1.93
63479301--63479445	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
63549110--63549169	27	2.2	27	84	0	75	25	23	18	33	1.97
63566167--63566366	50	4.0	51	76	5	183	26	18	26	29	1.98
63576570--63576617	22	2.2	22	85	7	62	14	18	20	45	1.85
63576683--63576712	15	2.0	15	100	0	60	0	0	53	46	1.00
63576752--63576804	28	1.9	28	88	3	81	18	22	24	33	1.97
63576760--63576816	28	2.0	28	86	0	78	22	22	19	35	1.96
63582022--63582069	15	3.2	14	80	11	51	16	16	14	52	1.76
63594780--63594912	48	2.8	48	87	0	185	27	18	25	29	1.98
63605125--63605159	15	2.3	15	100	0	70	34	42	22	0	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63616677--63616713	18	2.1	18	100	0	74	54	16	10	18	1.71
63617070--63617198	27	4.8	27	79	3	125	35	19	17	27	1.94
63617074--63617226	54	2.8	55	75	3	139	34	17	16	31	1.92
63617188--63617293	54	2.0	54	84	3	142	17	13	22	46	1.83
63617186--63617303	27	4.4	27	77	7	123	17	12	21	48	1.80
63637970--63638121	42	3.6	42	82	2	180	29	15	25	28	1.96
63642567--63642672	43	2.5	43	83	6	128	23	27	18	30	1.98
63642598--63642692	43	2.2	43	84	0	118	25	29	23	22	1.99
63643517--63643648	70	1.9	70	88	0	201	37	21	11	30	1.88
63648177--63648238	28	2.2	29	88	2	90	29	30	12	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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