genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95109350--95109392	16	2.6	17	89	7	63	13	32	0	53	1.41
95112338--95112460	61	2.0	63	85	3	169	18	20	26	34	1.95
95115451--95115566	40	2.9	40	96	0	214	20	22	26	30	1.98
95115451--95115583	40	3.3	40	91	3	198	22	22	24	30	1.99
95123465--95123661	80	2.5	80	86	3	272	22	22	24	30	1.99
95123465--95123637	40	4.3	40	91	2	269	22	23	23	30	1.99
95129110--95129154	22	2.0	23	91	4	74	57	13	2	26	1.48
95132057--95132613	292	1.9	298	80	5	671	39	10	14	35	1.80
95132675--95133233	304	1.8	302	81	5	696	38	11	14	35	1.83
95135010--95135101	48	1.9	48	95	0	166	38	16	8	36	1.79
95137226--95137276	5	10.2	5	95	0	93	0	21	0	78	0.75
95138306--95138348	21	2.0	21	86	8	61	58	2	0	39	1.11
95138306--95138348	22	2.0	21	86	4	59	58	2	0	39	1.11
95148771--95148840	25	2.8	24	85	10	88	15	28	31	24	1.96
95168280--95168577	44	6.9	44	72	13	199	31	20	21	25	1.98
95168283--95168577	46	6.8	46	73	11	178	32	20	21	25	1.98
95168538--95168990	86	5.2	86	68	11	276	31	19	21	27	1.97
95168537--95169008	178	2.7	174	79	7	544	31	18	22	27	1.97
95169289--95169357	27	2.6	27	95	2	122	36	42	7	14	1.73
95170490--95170521	3	10.3	3	93	6	55	31	3	0	65	1.08
95171059--95171093	18	1.9	18	94	0	61	37	5	2	54	1.39
95173061--95173583	132	4.0	132	84	3	599	34	18	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95177161--95177203	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
95179323--95179358	9	4.0	9	88	0	54	13	58	16	11	1.63
95180617--95180687	36	2.0	36	97	0	133	18	21	8	52	1.71
95187224--95187393	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
95187224--95187393	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
95187810--95187869	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
95194220--95194390	93	1.8	93	93	0	297	28	29	20	21	1.98
95194215--95194387	46	3.7	46	79	13	201	29	28	20	21	1.98
95194809--95194868	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
95202494--95202549	22	2.5	22	91	0	85	16	30	28	25	1.96
95205428--95205551	65	1.9	65	83	6	162	27	22	29	20	1.98
95205945--95205979	16	2.2	16	94	0	61	34	31	25	8	1.86
95206834--95206896	16	3.9	16	76	14	58	3	25	3	68	1.19
95206834--95206882	15	3.1	15	88	5	62	2	26	2	69	1.10
95206931--95207000	16	4.3	18	72	27	59	40	5	0	54	1.24
95207425--95207456	11	2.9	11	100	0	64	62	0	18	18	1.33
95211039--95211082	20	2.2	20	88	8	63	6	13	0	79	0.92
95211857--95212061	3	68.3	3	68	18	54	28	5	4	60	1.39
95212002--95212059	23	2.5	23	83	10	82	36	5	1	56	1.32
95212161--95212197	19	1.9	19	94	0	65	21	8	2	67	1.29
95216292--95216343	24	2.1	26	92	7	90	50	3	21	25	1.65
95222476--95222546	37	1.9	37	100	0	142	28	16	11	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95223932--95223982	23	2.2	23	85	3	66	33	0	5	60	1.21
95224952--95225001	25	2.0	25	100	0	100	36	16	20	28	1.93
95232815--95232872	5	11.8	5	75	15	50	81	1	12	5	0.94
95236711--95236799	3	29.7	3	97	0	169	68	0	31	0	0.90
95239055--95239099	16	2.9	15	78	18	56	62	8	2	26	1.37
95239120--95239162	22	2.0	21	86	9	59	65	0	0	34	0.93
95239696--95239821	42	3.0	41	84	13	161	20	2	45	31	1.64
95239745--95239809	17	3.4	17	74	25	67	20	1	49	29	1.58
95240139--95240175	17	2.2	17	100	0	74	37	16	27	18	1.92
95240094--95240220	62	2.0	62	95	3	229	29	22	22	25	1.99
95240290--95240440	81	1.9	81	94	0	266	30	18	25	25	1.98
95240449--95240700	133	1.9	133	90	1	407	31	20	18	30	1.96
95240404--95240658	45	5.7	45	73	10	227	30	21	19	28	1.98
95240371--95240877	177	2.9	176	85	3	644	30	20	19	28	1.98
95240371--95241410	310	3.4	308	83	5	1145	29	21	20	28	1.98
95240725--95241142	133	3.2	133	93	1	696	29	21	20	28	1.98
95240892--95241099	45	4.7	45	70	16	164	29	23	19	27	1.98
95241092--95241186	44	2.2	43	83	5	120	29	17	18	33	1.95
95240959--95241319	176	2.0	177	89	3	550	29	21	19	29	1.97
95240371--95241761	309	4.5	309	81	7	1316	29	21	20	28	1.98
95241137--95241587	133	3.4	132	93	2	726	29	21	20	28	1.98
95240156--95242041	442	4.3	443	91	2	2797	29	20	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95240725--95242028	575	2.3	573	87	3	1822	29	21	20	28	1.98
95241334--95241541	45	4.7	45	70	18	166	28	23	20	27	1.99
95241403--95241762	176	2.0	177	89	2	546	29	20	20	29	1.97
95241611--95242030	133	3.2	133	89	0	651	30	19	20	29	1.97
95241776--95241985	45	4.7	45	65	15	139	31	20	19	29	1.96
95240892--95241897	309	3.2	308	85	5	1144	29	21	19	29	1.98
95258330--95258368	19	2.1	19	100	0	78	53	15	10	20	1.70
95261147--95261192	19	2.4	19	85	7	58	45	15	19	19	1.85
95263201--95263245	24	1.9	23	86	4	63	66	4	2	26	1.22
95263635--95263678	23	2.0	22	86	4	61	65	0	0	34	0.93
95264205--95264230	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
95264190--95264282	17	5.3	17	73	25	70	22	1	47	29	1.58
95268770--95268838	34	2.0	34	100	0	138	34	17	17	30	1.93
95270388--95270537	80	1.9	80	84	8	207	41	13	10	35	1.78
95274096--95274142	23	2.0	23	91	0	76	21	14	17	46	1.83
95277537--95277601	6	10.8	6	91	0	76	16	26	0	56	1.40
95279384--95279440	30	1.9	30	89	7	89	17	29	31	21	1.96
95284718--95284744	12	2.2	12	100	0	54	29	11	33	25	1.91
95286118--95286177	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
95293667--95293726	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
95294287--95294338	26	2.0	26	96	0	95	25	19	25	30	1.98
95295939--95296320	128	3.0	129	91	0	595	37	20	14	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95295933--95296320	130	3.0	130	90	1	600	37	20	15	27	1.92
95297495--95297592	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
95297502--95297590	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
95304800--95304899	23	4.3	23	89	3	157	32	27	21	20	1.97
95304809--95304897	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
95319620--95319656	16	2.3	17	81	13	51	43	5	27	24	1.76
95319627--95319657	16	1.9	16	93	0	53	41	6	25	25	1.79
95324830--95324866	14	2.6	15	83	12	51	29	5	5	59	1.42
95325518--95325542	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
95327780--95327859	32	2.5	33	82	12	103	31	15	13	40	1.86
95333167--95333221	27	2.0	27	100	0	110	34	10	29	25	1.90
95342751--95342788	15	2.5	15	87	8	51	21	2	0	76	0.91
95344657--95344737	42	1.9	42	94	0	144	45	16	8	29	1.77
95344765--95344808	19	2.4	18	92	7	79	45	13	2	38	1.56
95348616--95348659	19	2.4	18	92	7	79	45	13	2	38	1.56
95348634--95348721	43	2.0	43	100	0	176	47	11	2	38	1.52
95367055--95367164	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79
95383329--95383507	39	4.6	39	89	0	268	13	25	22	37	1.91
95392953--95393022	10	7.0	10	71	12	54	61	1	2	34	1.20
95392953--95393022	21	3.5	20	77	9	63	61	1	2	34	1.20
95393470--95393533	31	2.1	31	88	2	94	57	12	3	26	1.50
95394330--95394405	36	2.1	37	82	7	93	39	7	0	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95394426--95394464	20	2.0	20	84	0	51	35	2	2	58	1.25
95405626--95405665	17	2.6	15	82	17	55	40	5	15	40	1.68
95405632--95405666	17	2.1	17	100	0	70	40	5	11	42	1.65
95412463--95412531	8	8.6	8	80	10	61	84	0	10	5	0.78
95419107--95419214	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
95421002--95421287	136	2.1	137	94	0	502	24	18	24	32	1.97
95422267--95422295	11	2.7	11	94	5	51	55	6	0	37	1.27
95422586--95422719	70	1.9	73	80	7	159	50	8	8	32	1.63
95422944--95423049	3	34.3	3	72	14	74	59	2	5	32	1.35
95423073--95423106	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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