genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  87  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27452140--27452232	38	2.4	38	94	1	159	51	15	7	25	1.69
27452889--27452927	20	2.0	20	89	0	60	20	28	12	38	1.89
27453011--27453109	46	2.2	46	82	10	114	30	9	13	47	1.73
27463086--27463137	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
27463104--27463128	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
27463197--27463252	5	11.0	5	81	14	62	3	17	0	78	0.89
27463197--27463248	21	2.5	20	84	6	77	3	17	0	78	0.89
27468048--27468083	13	2.6	13	91	8	54	69	0	0	30	0.89
27474561--27474597	13	2.5	15	83	16	51	70	0	2	27	1.01
27474562--27474587	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27478611--27478724	43	2.7	43	79	5	115	26	15	23	34	1.95
27483795--27483897	27	3.8	27	82	0	125	34	16	12	35	1.87
27483795--27483923	54	2.4	54	82	3	152	35	17	12	34	1.88
27483901--27484031	27	4.9	27	76	7	140	41	21	17	19	1.90
27483901--27484031	54	2.4	54	89	0	190	41	21	17	19	1.90
27484454--27484546	34	2.7	34	80	3	107	30	21	22	25	1.99
27485023--27485184	81	2.0	82	86	1	227	33	19	17	29	1.95
27488402--27488533	20	6.6	20	91	0	210	14	22	24	38	1.91
27488542--27488617	26	2.9	26	86	0	98	21	19	21	38	1.94
27492426--27492584	43	3.7	43	73	4	142	26	19	23	30	1.98
27504834--27504891	29	2.0	29	100	0	116	31	27	6	34	1.83
27508515--27508573	23	2.6	23	94	0	100	44	20	16	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27514617--27514873	40	6.4	40	82	4	315	27	28	21	22	1.99
27514617--27514873	80	3.2	80	91	4	405	27	28	21	22	1.99
27526597--27526823	40	5.7	40	83	0	283	21	17	25	36	1.94
27530235--27530312	38	2.1	38	100	0	156	47	12	12	26	1.78
27532742--27533062	46	7.0	46	90	1	421	22	23	14	39	1.90
27538852--27538882	11	2.8	11	95	0	53	35	6	25	32	1.82
27553529--27553842	27	11.6	27	73	7	143	28	9	21	40	1.85
27553619--27553824	80	2.6	80	88	0	286	27	8	23	40	1.84
27556430--27556541	27	4.2	26	78	7	98	36	25	22	16	1.94
27564275--27564367	27	3.4	28	82	10	120	36	23	23	16	1.94
27565787--27565846	24	2.5	24	100	0	120	28	38	0	33	1.57
27570272--27570323	25	2.1	25	100	0	104	15	7	7	69	1.35
27574355--27574473	42	2.8	43	77	7	118	26	24	21	26	1.99
27582283--27582355	27	2.6	27	79	16	76	38	23	4	34	1.74
27590248--27590311	20	3.2	20	93	2	103	26	17	29	26	1.97
27594631--27594674	20	2.2	20	92	4	72	27	15	29	27	1.96
27597155--27597180	13	2.0	13	100	0	52	38	38	15	7	1.76
27598838--27598898	24	2.5	24	78	0	68	49	29	11	9	1.71
27609214--27609431	40	5.5	40	91	1	332	25	26	22	25	2.00
27619765--27620318	276	2.0	276	99	0	1099	32	16	18	33	1.93
27627055--27627122	33	2.1	33	97	0	127	42	8	20	27	1.82
27628005--27628049	15	2.9	15	83	3	54	15	15	15	53	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27630570--27630608	14	2.6	16	88	8	55	41	2	23	33	1.68
27630866--27630947	43	1.9	43	89	0	128	21	19	28	30	1.98
27632555--27632620	22	3.2	22	64	24	61	36	10	25	27	1.89
27632548--27632630	40	2.1	40	100	0	166	37	9	24	28	1.87
27633951--27634053	43	2.4	43	95	0	188	22	15	35	26	1.94
27634035--27634108	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27634419--27634774	40	8.9	40	83	2	360	25	22	27	25	2.00
27634419--27634769	120	2.9	120	82	3	404	25	22	26	25	2.00
27636624--27636689	22	3.2	22	64	24	61	36	10	25	27	1.89
27636617--27636699	40	2.1	40	100	0	166	37	9	24	28	1.87
27638006--27638108	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
27638090--27638163	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27638472--27638825	40	8.9	40	83	3	369	24	22	27	25	2.00
27638472--27638825	79	4.4	80	83	4	387	24	22	27	25	2.00
27640673--27640738	22	3.2	22	64	24	61	36	10	25	27	1.89
27640666--27640748	40	2.1	40	100	0	166	37	9	24	28	1.87
27642067--27642169	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
27642151--27642224	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27642535--27642887	40	8.9	40	83	4	369	24	22	27	25	2.00
27642535--27642887	79	4.4	80	84	4	387	24	22	27	25	2.00
27644738--27644803	22	3.2	22	64	24	61	36	10	25	27	1.89
27644731--27644813	40	2.1	40	100	0	166	37	9	24	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27646135--27646237	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
27646219--27646292	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27652336--27652378	23	1.9	22	85	4	59	53	27	6	11	1.63
27653114--27653195	42	1.9	42	85	7	112	36	21	15	25	1.94
27653096--27653239	43	3.4	42	76	13	125	33	20	18	27	1.96
27656791--27657023	48	4.9	48	76	5	184	25	17	30	26	1.97
27656740--27656978	96	2.5	95	84	4	284	25	16	30	27	1.97
27656750--27657023	96	2.9	96	81	5	277	25	17	30	26	1.97
27659785--27659809	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
27661835--27662061	48	4.7	48	76	5	208	27	20	28	23	1.99
27664899--27664935	11	3.5	11	92	3	58	32	37	10	18	1.86
27665890--27665963	33	2.2	33	97	2	139	35	13	9	41	1.77
27665922--27666192	108	2.5	108	88	0	380	28	16	15	39	1.89
27670765--27670807	20	2.1	21	86	4	61	48	9	20	20	1.77
27678416--27678600	40	4.7	39	80	4	201	24	23	27	25	2.00
27678413--27678623	40	5.3	40	76	11	184	25	22	26	25	2.00
27678413--27678623	79	2.7	80	78	5	250	25	22	26	25	2.00
27682311--27682475	83	2.0	83	95	0	294	27	10	26	35	1.90
27685652--27685858	53	3.8	53	74	3	189	37	18	24	20	1.94
27689563--27689655	43	2.2	43	90	3	143	26	6	13	52	1.65
27690781--27690810	15	2.0	15	100	0	60	53	13	13	20	1.72
27694314--27694406	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27695653--27695695	19	2.3	18	84	4	50	39	6	2	51	1.42
27706273--27706317	17	2.8	16	83	6	54	40	31	6	22	1.80
27706350--27706391	16	2.6	16	84	3	57	45	19	2	33	1.63
27706575--27706897	116	2.8	116	88	2	479	24	9	21	44	1.81
27707395--27707463	33	2.1	33	89	5	104	23	1	50	24	1.57
27707403--27707491	33	2.7	33	81	6	83	29	3	41	25	1.71
27707445--27707527	33	2.5	34	75	13	82	38	6	32	22	1.79
27714714--27714792	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27733213--27733355	51	2.8	52	81	8	143	28	27	16	27	1.97
27738233--27738262	5	6.0	5	100	0	60	40	20	40	0	1.52
27738264--27738377	48	2.4	48	84	5	144	37	14	21	27	1.91
27738258--27738360	46	2.2	46	84	6	136	38	13	23	24	1.91
27740107--27740320	48	4.5	48	79	3	216	25	23	20	29	1.99
27740135--27740325	96	2.0	97	83	1	240	25	24	19	30	1.98
27740440--27740643	6	34.0	6	97	0	390	50	16	0	32	1.52
27741336--27741444	50	2.2	50	98	0	209	35	9	8	46	1.66
27741639--27741677	13	3.0	13	100	0	78	53	15	0	30	1.42
27745466--27745505	15	2.7	15	80	0	53	35	15	25	25	1.94
27751701--27751965	93	2.8	93	97	0	494	28	29	20	21	1.98
27751694--27751962	46	5.8	46	78	14	293	29	29	20	21	1.98
27751745--27751974	47	5.0	45	73	18	197	29	29	19	22	1.98
27752384--27752443	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27759368--27759430	20	3.2	20	72	0	63	15	26	17	39	1.90
27759349--27759496	40	3.7	40	82	4	172	18	30	16	34	1.93
27762671--27762773	38	2.7	38	84	0	125	24	22	24	29	1.99
27762771--27762917	43	3.4	43	97	0	276	10	26	32	30	1.89
27762878--27762944	27	2.5	27	90	2	109	10	25	32	31	1.89
27762839--27762987	70	2.1	70	93	0	253	10	25	32	31	1.89
27762769--27763073	156	2.0	156	93	0	520	11	24	32	31	1.90
27762909--27763081	43	4.0	43	88	3	267	11	24	31	31	1.91
27762792--27763027	113	2.1	113	92	0	402	11	24	32	31	1.91
27762909--27763081	86	2.0	86	94	0	301	11	24	31	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295