genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27085219--27085398	27	6.7	27	87	0	243	35	17	20	26	1.95
27086118--27086179	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
27087292--27087344	26	2.0	26	96	0	97	47	20	22	9	1.79
27091277--27091328	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
27096661--27096745	31	2.8	31	87	1	136	23	25	17	32	1.97
27096963--27097032	25	2.8	25	93	0	113	25	21	25	27	1.99
27097080--27097138	11	5.7	11	75	15	63	33	18	10	37	1.85
27097089--27097136	9	4.9	9	80	14	51	37	20	6	35	1.78
27097080--27097136	20	2.8	20	97	0	105	35	19	8	36	1.83
27101454--27101523	25	2.8	25	88	0	104	27	20	25	27	1.99
27104166--27104244	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
27104365--27104939	49	12.0	49	92	2	879	28	30	8	31	1.88
27104363--27104942	145	4.0	143	92	2	923	28	30	8	31	1.87
27108707--27108862	40	3.9	40	85	0	177	26	27	21	24	1.99
27109170--27109248	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27109230--27109332	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
27111199--27111277	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27111396--27111923	47	11.1	49	92	4	827	28	30	8	31	1.88
27117542--27117648	26	4.2	26	89	2	171	33	7	24	34	1.83
27117542--27117648	51	2.1	52	92	1	180	33	7	24	34	1.83
27119270--27119401	27	4.9	27	85	5	144	19	21	21	36	1.95
27119270--27119401	54	2.5	54	87	3	178	19	21	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27120844--27120920	25	3.2	25	87	3	104	27	18	22	32	1.97
27121359--27121398	17	2.4	17	91	0	62	20	32	35	12	1.90
27123150--27123183	3	11.3	3	93	0	59	61	0	0	38	0.96
27123143--27123184	12	3.4	12	90	3	66	57	2	0	40	1.12
27126263--27126314	22	2.2	25	80	13	65	57	19	0	23	1.40
27126584--27126756	43	4.0	43	74	11	147	33	24	16	24	1.96
27129451--27129661	40	5.3	40	82	3	248	26	26	22	24	2.00
27133607--27133645	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
27133811--27133907	50	1.9	50	97	0	185	28	11	25	34	1.91
27147310--27147343	18	1.9	18	88	5	52	20	41	23	14	1.89
27150675--27150899	49	4.5	49	79	3	261	30	26	18	24	1.98
27158125--27158272	43	3.5	41	75	12	122	34	25	14	25	1.94
27158125--27158294	86	2.0	85	81	12	197	34	23	15	26	1.95
27165302--27165344	17	2.5	17	77	7	52	30	2	0	67	1.03
27183658--27183802	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
27186402--27186471	21	3.2	21	64	18	52	41	24	11	22	1.87
27188385--27188555	46	3.7	44	80	7	171	23	27	19	29	1.98
27188297--27188558	94	2.8	91	80	10	273	24	28	19	28	1.98
27192793--27192911	55	2.2	55	87	0	166	25	31	26	16	1.97
27197814--27198018	27	7.6	27	86	3	241	30	27	15	26	1.96
27209123--27209388	49	5.6	47	73	12	186	29	18	28	23	1.98
27211813--27211856	21	2.1	22	80	16	58	70	2	18	9	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27218631--27218876	49	5.0	49	78	4	251	30	26	17	25	1.98
27219523--27219583	30	2.0	30	87	6	88	29	26	8	36	1.85
27224355--27224599	49	5.0	49	79	5	269	29	27	18	24	1.98
27224369--27224599	99	2.3	99	86	5	324	29	27	18	24	1.98
27226395--27226452	17	3.5	17	72	13	57	27	32	15	24	1.95
27227525--27227568	9	4.6	10	88	5	56	54	22	0	22	1.45
27227525--27227568	19	2.3	19	88	7	63	54	22	0	22	1.45
27227525--27227568	10	4.7	9	88	5	61	54	22	0	22	1.45
27230329--27230432	51	2.0	51	98	0	199	32	23	7	36	1.83
27230529--27230639	41	2.6	43	82	4	136	28	28	17	25	1.97
27230943--27230973	16	1.9	16	93	0	53	12	6	12	67	1.40
27231176--27231233	29	2.1	28	84	12	75	25	13	3	56	1.53
27232199--27232252	27	2.0	27	96	0	99	33	5	14	46	1.68
27237164--27237375	46	4.6	46	76	15	165	28	17	28	25	1.98
27240838--27240864	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
27244904--27244935	13	2.5	13	100	0	64	0	28	40	31	1.57
27249183--27249214	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
27255453--27255550	50	1.9	51	87	6	146	41	11	15	31	1.82
27257077--27257252	46	3.8	46	75	12	171	22	19	28	29	1.98
27257073--27257243	93	1.8	93	88	0	261	22	19	29	28	1.98
27259304--27259332	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
27260449--27260619	43	4.0	42	71	13	134	26	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27260498--27260599	41	2.4	43	79	8	111	31	17	23	27	1.97
27268843--27268919	27	3.0	25	78	14	84	20	24	22	32	1.98
27274667--27274838	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
27274660--27274835	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
27281653--27281824	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
27281646--27281821	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
27288327--27288374	24	2.0	24	91	0	78	52	6	10	31	1.60
27294982--27295014	15	2.1	16	88	11	50	15	24	0	60	1.35
27295148--27295182	17	2.0	17	88	5	52	11	17	0	71	1.14
27297087--27297296	27	7.8	26	82	5	177	32	10	18	38	1.86
27297095--27297296	81	2.5	81	86	4	257	33	10	18	38	1.85
27297112--27297303	54	3.6	54	80	6	201	31	10	20	37	1.86
27300134--27300309	94	1.9	93	82	8	223	28	18	28	23	1.98
27303991--27304056	33	2.0	33	85	5	89	42	15	10	31	1.81
27328815--27329039	50	4.8	48	73	11	173	28	17	29	24	1.98
27331922--27332018	27	3.5	27	75	10	90	37	20	22	19	1.95
27334468--27334508	22	1.9	21	90	5	64	46	24	7	21	1.77
27334898--27334978	27	3.0	27	90	0	126	33	12	16	38	1.85
27334959--27335120	27	6.0	27	86	2	193	30	8	21	40	1.82
27334931--27335113	54	3.4	54	80	8	169	32	8	19	39	1.81
27334904--27335113	81	2.6	80	82	5	244	31	9	19	39	1.83
27337784--27337847	24	2.5	26	80	14	80	37	6	31	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27339164--27339220	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
27340465--27340498	10	3.3	10	91	4	50	70	0	29	0	0.87
27340446--27340500	15	3.4	15	80	12	56	67	0	29	3	1.08
27341429--27341493	25	2.5	25	80	9	69	53	7	0	38	1.30
27348649--27348746	27	3.5	27	87	6	117	29	27	15	27	1.96
27356641--27356739	28	3.5	29	81	12	107	29	27	16	27	1.97
27361027--27361202	46	3.8	46	79	11	207	21	20	28	29	1.98
27361024--27361195	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
27380315--27380346	10	3.2	10	100	0	64	46	0	9	43	1.35
27382602--27382653	28	1.9	27	84	7	70	28	23	3	44	1.71
27413009--27413051	16	2.7	16	81	0	59	53	18	18	9	1.70
27413264--27413351	28	3.1	27	87	6	115	23	12	36	27	1.91
27413670--27413745	38	2.0	39	92	2	127	44	11	11	31	1.77
27414120--27414181	32	1.9	32	90	0	97	35	12	16	35	1.87
27421653--27421767	23	5.0	22	79	10	106	33	14	24	26	1.94
27443038--27443112	27	2.8	27	97	0	141	32	25	6	36	1.82
27442993--27443122	27	4.8	27	78	3	109	36	23	7	33	1.83
27443108--27443177	27	2.6	27	86	4	88	37	17	18	27	1.93
27443127--27443195	27	2.6	27	88	0	93	33	15	24	26	1.95
27443762--27443869	27	4.0	27	79	5	112	18	21	22	37	1.94
27443986--27444132	6	23.7	6	66	19	61	19	18	12	48	1.80
27443986--27444097	25	4.7	25	73	12	92	20	16	13	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27444017--27444065	19	2.6	19	83	0	53	22	20	10	46	1.80
27443996--27444127	44	3.2	44	81	10	152	19	18	12	48	1.80
27444036--27444132	31	3.1	31	69	16	83	19	19	12	48	1.80
27444009--27444132	37	3.2	37	82	8	122	20	19	12	47	1.82
27444061--27444145	37	2.3	38	82	8	104	17	20	11	50	1.77
27447021--27447120	35	2.9	36	80	7	100	27	38	16	19	1.92
27450312--27450409	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
27450340--27450422	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
27450312--27450423	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
27452120--27452218	38	2.5	40	83	9	141	50	14	9	26	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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