genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  68  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20641080--20641282	59	3.5	59	87	0	291	37	10	27	25	1.88
20647443--20647489	23	2.0	23	87	0	67	44	2	12	40	1.54
20657317--20657384	34	2.0	34	85	5	93	29	23	26	20	1.99
20660031--20660248	109	2.0	109	97	0	409	37	10	16	35	1.83
20667173--20667337	12	12.8	13	74	18	116	58	19	0	21	1.43
20667165--20667339	37	4.8	36	74	20	134	58	20	0	21	1.43
20667173--20667346	5	35.6	5	71	23	108	58	19	0	21	1.43
20667178--20667337	70	2.3	68	81	14	170	58	19	0	21	1.43
20667164--20667346	46	3.8	48	75	15	148	57	19	0	21	1.44
20668890--20668949	13	4.7	13	85	4	86	38	28	8	25	1.84
20668895--20668943	25	2.0	25	100	0	98	32	30	8	28	1.86
20672441--20672591	43	3.5	42	84	6	187	34	21	15	28	1.94
20674028--20674091	10	6.5	10	72	21	55	57	18	1	21	1.48
20673982--20674091	18	5.9	18	68	20	66	57	19	1	21	1.50
20673984--20674089	40	2.9	37	87	8	146	57	17	1	22	1.50
20674019--20674101	23	3.9	23	70	20	72	57	19	2	20	1.51
20674229--20674294	30	2.3	29	79	7	80	62	7	7	22	1.48
20678565--20678651	37	2.4	37	84	3	104	41	4	3	50	1.40
20678565--20678653	12	7.2	12	68	14	56	41	4	3	50	1.39
20688174--20688737	305	1.8	306	85	3	796	36	8	18	36	1.82
20689718--20689851	46	2.9	48	74	12	152	20	20	29	29	1.98
20691674--20691732	30	2.0	30	86	0	82	37	8	23	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20703639--20703685	16	2.5	20	70	25	57	42	4	6	46	1.48
20709478--20709506	14	2.0	15	93	6	51	65	6	6	20	1.40
20709758--20709800	19	2.3	19	87	0	59	37	34	9	18	1.83
20710489--20710582	40	2.3	41	85	5	129	29	27	2	40	1.68
20717264--20717340	38	2.0	38	94	0	136	38	18	15	27	1.91
20717832--20717920	37	2.3	38	79	12	101	30	24	2	42	1.67
20721686--20721788	32	3.3	32	69	13	97	36	24	13	25	1.92
20721686--20721821	61	2.2	61	90	0	218	33	23	14	27	1.94
20728027--20728110	25	3.3	25	78	8	89	36	21	23	17	1.94
20728153--20728309	80	2.0	79	94	1	278	37	21	26	15	1.92
20731213--20731271	27	2.2	27	93	0	100	50	5	13	30	1.63
20736014--20736038	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
20736027--20736074	21	2.3	20	83	16	62	62	6	6	25	1.42
20736324--20736363	18	2.3	18	86	4	55	65	2	5	27	1.27
20737341--20737372	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
20745630--20745660	16	1.9	16	100	0	62	51	16	0	32	1.44
20745632--20745694	33	1.9	32	81	15	76	47	15	3	33	1.62
20746178--20746209	6	5.3	6	96	0	55	81	0	3	15	0.82
20751610--20751638	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
20756301--20756338	13	2.9	13	100	0	76	31	21	15	31	1.94
20762763--20762894	50	2.6	50	89	2	185	25	28	18	27	1.98
20765826--20765934	40	2.7	40	83	5	157	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20769361--20769488	46	2.8	44	80	9	141	20	28	21	29	1.98
20782604--20782674	27	2.7	26	76	6	81	36	21	22	19	1.95
20782830--20783081	27	9.4	27	87	2	339	23	22	21	33	1.97
20782816--20783081	53	5.0	54	89	1	358	24	21	21	32	1.98
20785070--20785190	35	3.4	35	81	5	136	19	10	27	42	1.85
20788358--20788442	41	2.1	41	97	0	161	30	18	11	38	1.87
20792175--20792217	20	2.2	20	100	0	86	20	4	32	41	1.73
20797262--20797341	42	2.0	42	86	11	116	26	22	2	48	1.63
20802550--20802845	49	5.7	53	83	5	252	35	17	24	21	1.95
20802667--20802853	49	3.7	49	89	2	257	35	18	25	21	1.95
20802550--20802853	108	2.9	100	80	8	315	35	17	25	22	1.95
20803045--20803075	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
20815654--20815694	21	2.0	21	85	0	55	14	0	29	56	1.39
20815750--20815792	22	1.9	23	90	4	70	20	2	41	34	1.65
20815907--20815961	7	7.9	7	81	0	56	20	3	38	38	1.70
20815885--20815961	21	3.7	21	82	5	84	20	5	37	36	1.75
20819008--20819283	43	6.5	42	72	5	169	28	18	23	29	1.98
20820180--20820212	14	2.4	14	100	0	66	30	21	9	39	1.84
20821461--20821579	42	2.7	45	81	7	140	26	19	23	31	1.98
20833507--20833621	29	4.0	28	82	4	115	29	27	14	27	1.95
20839417--20839454	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
20842803--20843078	46	5.9	46	78	12	212	25	18	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20842808--20843170	49	7.7	48	74	15	223	26	19	30	24	1.98
20842803--20843172	140	2.6	138	78	9	345	26	18	30	24	1.98
20842808--20843067	94	2.8	92	77	15	259	26	18	31	24	1.97
20846934--20847003	28	2.5	28	85	0	86	27	15	27	30	1.96
20852687--20852748	21	3.0	21	76	4	72	35	19	11	33	1.87
20852687--20852747	10	5.9	10	74	11	52	34	19	11	34	1.88
20853391--20853453	27	2.3	27	81	5	74	22	25	17	34	1.95
20853507--20853604	27	3.6	27	80	13	101	34	9	16	39	1.80
20853595--20853726	27	4.9	27	78	5	142	28	10	20	40	1.86
20853725--20853843	27	4.4	27	88	4	159	41	9	22	26	1.84
20855115--20855193	37	2.1	37	100	0	158	31	2	24	41	1.68
20864546--20864678	40	3.3	39	87	4	176	24	18	22	33	1.97
20864667--20864722	28	2.0	28	86	6	78	28	12	30	28	1.93
20881787--20881820	12	2.8	12	86	0	50	35	17	17	29	1.93
20887148--20887172	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
20888234--20888285	10	5.1	10	83	2	50	25	5	1	67	1.23
20893290--20893320	11	2.7	11	95	5	53	90	0	9	0	0.46
20893289--20893320	13	2.6	12	95	5	55	90	0	9	0	0.45
20893942--20893984	10	4.3	10	82	11	61	20	6	2	69	1.23
20897290--20897474	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
20897291--20897474	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
20897343--20897507	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20905250--20905434	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
20905251--20905434	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
20905303--20905467	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
20907674--20907719	23	1.9	23	82	8	56	34	15	21	28	1.94
20911217--20911333	35	3.3	35	63	19	89	43	18	5	31	1.74
20911187--20911338	71	2.1	71	96	0	277	42	19	4	32	1.72
20914499--20914606	53	2.0	53	94	0	189	30	15	20	33	1.94
20915062--20915112	26	2.0	26	84	0	66	54	11	5	27	1.59
20915217--20915317	52	2.0	51	98	2	193	29	14	3	51	1.61
20917131--20917171	20	2.0	21	90	4	66	51	0	0	48	1.00
20917130--20917176	20	2.4	19	82	6	58	51	0	0	48	1.00
20919105--20919169	21	3.1	21	76	8	69	29	15	9	46	1.77
20922149--20922201	26	2.0	26	100	0	106	30	18	0	50	1.47
20922807--20922997	90	2.1	90	82	1	222	25	28	14	31	1.94
20928519--20928552	11	3.1	11	86	0	50	41	0	26	32	1.56
20934016--20934174	42	3.8	42	84	5	212	31	15	23	29	1.95
20934016--20934174	85	1.9	84	84	3	212	31	15	23	29	1.95
20934750--20934807	20	2.9	21	75	17	68	25	10	1	62	1.37
20938502--20938609	15	7.0	14	72	18	65	21	4	0	74	1.00
20938534--20938606	8	8.6	9	72	24	61	24	2	0	72	0.98
20938544--20938608	5	12.4	5	78	15	69	23	1	0	75	0.89
20938534--20938608	28	2.6	28	89	8	107	24	2	0	73	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20938501--20938604	25	4.0	26	76	16	92	22	5	0	72	1.06
20938517--20938634	53	2.2	51	80	12	123	24	4	1	69	1.16
20943031--20943090	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
20947334--20947654	46	7.0	46	88	2	430	39	14	23	21	1.91
20953107--20953259	42	3.6	42	81	5	182	32	15	22	30	1.95
20954172--20954205	18	1.9	18	88	5	52	29	5	32	32	1.81
20955318--20955394	6	14.2	5	77	15	50	70	1	25	2	1.08
20955318--20955386	31	2.2	31	80	17	81	71	1	26	1	1.03
20955346--20955394	3	17.3	3	79	12	59	69	0	28	2	1.00
20956267--20956348	38	2.2	37	93	4	139	30	12	2	54	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295