genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  36  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10038701--10038738	17	2.2	17	100	0	76	60	13	5	21	1.52
10048366--10048417	25	2.1	25	100	0	104	34	7	23	34	1.83
10054815--10054932	55	2.1	55	81	3	130	18	25	27	27	1.98
10062422--10062453	13	2.5	13	100	0	64	12	31	31	25	1.92
10071068--10071125	30	1.9	30	93	6	100	15	29	34	20	1.94
10072978--10073007	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
10083263--10083317	14	3.8	14	79	11	58	54	0	5	40	1.23
10090613--10090650	15	2.5	15	95	0	67	34	15	7	42	1.76
10091672--10091739	19	3.7	19	92	7	122	36	14	11	36	1.83
10091683--10091739	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
10091663--10091739	36	2.0	39	90	9	124	35	16	10	37	1.83
10092656--10092785	47	2.8	47	87	0	188	24	14	26	33	1.94
10092862--10092906	20	2.2	20	96	0	81	33	17	33	15	1.92
10094183--10094242	30	2.0	30	96	0	111	21	10	25	43	1.83
10099145--10099227	31	2.6	31	80	3	85	61	16	3	18	1.48
10102654--10102703	11	4.4	11	80	9	64	38	14	8	40	1.75
10103082--10103117	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
10103692--10103785	40	2.4	41	84	10	124	19	17	20	43	1.88
10103702--10103802	40	2.5	39	78	12	107	22	18	18	39	1.92
10105113--10105180	28	2.4	28	82	7	84	25	0	23	51	1.48
10105117--10105179	21	3.0	21	76	2	54	25	0	23	50	1.49
10105468--10105776	41	7.6	41	82	7	289	25	17	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10105468--10105760	82	3.6	81	82	5	331	24	16	24	34	1.95
10105584--10105779	81	2.4	81	83	6	193	23	16	26	33	1.95
10107087--10107120	13	2.6	13	100	0	68	50	5	0	44	1.26
10109554--10109589	18	2.0	18	88	0	54	47	0	2	50	1.15
10110622--10110670	14	3.5	14	79	17	57	34	4	0	61	1.15
10116260--10116288	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
10117036--10117085	17	3.0	17	75	13	50	66	2	0	32	1.03
10117308--10117372	21	3.3	21	77	14	59	32	3	1	63	1.19
10117308--10117380	19	3.8	18	70	20	58	34	2	1	61	1.19
10117386--10117460	19	3.8	20	78	16	77	32	4	0	64	1.12
10117317--10117473	10	16.4	9	75	15	97	31	4	0	63	1.19
10117579--10117831	86	2.9	86	77	13	218	37	8	15	38	1.78
10119508--10119616	48	2.2	48	96	3	200	33	17	6	42	1.75
10120453--10120487	18	2.0	17	88	5	52	31	17	22	28	1.96
10126244--10126300	30	1.9	30	89	10	91	29	12	3	54	1.54
10139255--10139351	44	2.2	44	96	0	176	32	22	12	31	1.91
10146485--10146610	51	2.5	50	89	6	191	30	23	12	33	1.92
10156959--10157037	27	3.0	26	86	3	95	35	22	22	18	1.96
10157007--10157080	37	2.0	37	97	0	139	39	22	21	16	1.92
10156980--10157101	64	1.9	64	86	6	176	36	22	23	16	1.94
10157044--10157127	27	3.1	26	86	6	123	34	23	23	17	1.96
10157233--10157306	26	2.7	27	83	4	87	31	8	22	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10158748--10158855	26	4.2	26	90	0	171	36	24	7	32	1.83
10178748--10178805	26	2.2	26	81	0	71	32	25	10	31	1.89
10179715--10179817	45	2.3	45	91	0	170	19	22	17	40	1.91
10184666--10184931	47	5.7	47	75	11	233	28	20	30	21	1.98
10192166--10192431	47	5.7	47	73	11	147	28	19	30	21	1.98
10199243--10199276	17	1.9	17	88	5	50	82	2	14	0	0.79
10204112--10204153	19	2.3	19	87	4	59	45	7	14	33	1.72
10206079--10206116	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
10206823--10206907	33	2.6	33	94	0	143	24	5	18	50	1.69
10210092--10210129	6	6.5	6	93	3	60	47	0	52	0	1.00
10212216--10212449	79	3.0	78	85	2	326	31	21	14	32	1.93
10212414--10212551	40	3.5	40	83	2	170	35	21	11	31	1.89
10217887--10218120	79	3.0	78	87	2	344	31	21	14	32	1.93
10217887--10218120	78	3.0	78	86	5	337	31	21	14	32	1.93
10218085--10218222	40	3.5	40	83	4	163	34	21	12	31	1.90
10223470--10223737	104	2.6	105	93	1	450	29	30	20	18	1.97
10225487--10225534	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
10234943--10235008	15	4.4	16	71	24	56	37	1	13	46	1.53
10240909--10240974	33	2.0	33	88	2	98	40	22	3	33	1.69
10240911--10240974	32	2.0	33	87	3	85	40	21	3	34	1.69
10245285--10245350	33	2.0	33	97	2	125	42	21	3	33	1.68
10245829--10245991	81	2.0	81	96	0	299	47	17	6	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10249596--10249657	27	2.3	27	100	0	124	38	9	11	40	1.74
10249612--10249659	14	3.5	14	72	16	55	35	12	10	41	1.77
10249772--10249884	61	1.9	59	85	5	156	48	3	4	43	1.40
10249930--10249962	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
10251975--10252008	17	2.1	17	88	5	52	41	32	5	20	1.76
10252468--10252611	77	1.9	74	83	7	182	45	9	13	31	1.74
10252599--10252832	112	2.1	112	89	0	351	39	8	5	46	1.58
10254008--10254054	3	15.3	3	86	4	67	36	0	0	63	0.94
10254691--10254749	31	1.9	31	96	0	109	33	8	10	47	1.68
10270849--10270979	55	2.4	55	82	5	156	28	28	27	16	1.97
10273966--10274041	22	3.3	22	66	28	59	35	11	27	25	1.91
10273706--10274044	47	7.2	47	89	0	491	33	11	28	26	1.91
10274058--10274148	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
10280095--10280128	16	2.1	16	89	10	52	55	26	0	17	1.42
10286141--10286185	19	2.3	20	85	7	58	44	13	20	22	1.85
10290397--10290548	39	3.9	39	89	2	216	28	15	24	32	1.95
10292104--10292154	22	2.2	22	80	16	59	56	3	0	39	1.18
10309294--10309349	20	2.6	22	83	8	71	57	10	12	19	1.64
10310907--10311014	26	4.2	26	86	0	162	33	6	22	37	1.80
10312627--10312731	27	3.9	27	85	9	126	18	24	22	34	1.96
10313695--10313725	16	1.9	16	93	0	53	58	9	3	29	1.46
10320561--10320647	27	3.2	26	85	6	111	16	25	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10321711--10321775	13	4.6	13	83	14	76	18	3	0	78	0.88
10321711--10321782	25	2.8	26	77	16	69	19	2	0	77	0.88
10321712--10321792	33	2.5	33	82	6	103	19	3	0	76	0.93
10321740--10321788	25	2.0	25	95	0	89	24	6	0	69	1.11
10321745--10321790	7	5.8	8	80	16	51	23	6	0	69	1.11
10321740--10321806	25	2.7	25	86	4	73	22	4	4	68	1.26
10336309--10336357	20	2.5	20	93	0	80	12	30	24	32	1.92
10346454--10346545	46	2.0	46	95	0	166	31	16	14	38	1.88
10351441--10351529	39	2.3	38	84	5	108	37	38	11	13	1.81
10363548--10363634	30	2.8	30	79	6	86	47	6	6	39	1.57
10383961--10384020	3	19.3	3	76	6	57	31	1	6	60	1.33
10383962--10384024	23	2.9	22	88	4	83	31	1	7	58	1.36
10383968--10384031	23	2.9	23	86	4	69	31	3	9	56	1.47
10384120--10384158	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
10384450--10384506	29	1.9	29	82	10	71	35	5	3	56	1.39
10384843--10384937	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
10393313--10393422	27	4.0	28	67	26	76	51	0	0	47	1.06
10393443--10393491	21	2.3	21	85	0	62	42	2	12	42	1.53
10395988--10396049	31	2.0	31	100	0	124	51	3	9	35	1.51
10397534--10397715	46	4.0	46	89	1	258	39	15	23	21	1.91
10400026--10400090	19	3.4	19	69	12	60	41	1	1	55	1.18
10400017--10400108	39	2.4	39	92	0	157	44	1	2	52	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10400044--10400107	19	3.3	19	72	20	69	45	1	3	50	1.27
10402387--10402428	17	2.4	18	84	11	52	54	2	9	33	1.46
10403135--10403175	14	3.0	14	80	13	50	70	0	9	19	1.14
10412284--10412319	18	2.0	18	94	0	63	25	5	19	50	1.69
10416274--10416315	22	2.0	22	90	4	68	23	26	40	9	1.85
10422054--10422092	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
10422211--10422239	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
10422326--10422398	23	3.2	23	92	0	128	23	21	24	30	1.99
10424976--10425015	21	1.9	21	89	0	62	42	25	5	27	1.75
10426048--10426163	43	2.7	43	90	1	171	33	25	14	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295