genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24880105--24880155	11	4.6	11	95	4	86	52	9	0	37	1.34
24880105--24880163	22	2.6	22	87	12	93	52	8	0	38	1.32
24882356--24882408	25	2.1	25	100	0	106	20	11	26	41	1.86
24895740--24895848	42	2.6	42	79	2	121	29	25	15	29	1.96
24900017--24900073	26	2.2	25	84	3	69	42	8	14	35	1.76
24901592--24901752	82	2.0	82	92	0	268	36	13	21	29	1.92
24906177--24906249	36	2.0	36	89	0	110	52	8	19	20	1.71
24909570--24909710	42	3.3	43	77	8	144	29	26	18	25	1.98
24920614--24920838	40	5.7	40	82	8	246	24	20	28	26	1.99
24927197--24927343	40	3.7	40	93	0	240	27	11	13	47	1.77
24929718--24929742	12	2.1	12	100	0	50	68	0	24	8	1.16
24929720--24929767	18	2.5	20	83	13	64	64	2	22	10	1.35
24931332--24931379	24	2.0	24	100	0	96	25	8	20	45	1.79
24941019--24941153	58	2.3	60	84	8	170	42	4	4	48	1.43
24954972--24955050	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24955223--24955443	47	4.7	47	89	1	327	28	30	9	32	1.88
24955223--24955442	93	2.4	94	91	0	343	27	30	9	32	1.88
24955369--24955519	76	2.0	76	100	0	302	33	27	5	33	1.79
24955416--24955472	29	2.0	29	100	0	114	40	28	0	31	1.57
24955322--24955706	123	3.0	125	86	8	549	30	29	7	32	1.85
24955449--24955723	47	5.9	47	96	0	498	29	30	8	32	1.87
24955449--24955723	140	2.0	141	95	0	498	29	30	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24955223--24955706	263	1.8	263	92	0	826	29	30	8	32	1.86
24958719--24958770	25	2.1	25	82	7	61	30	28	7	32	1.85
24958946--24959128	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
24959438--24959540	29	3.6	29	90	2	154	26	32	16	25	1.96
24959522--24959624	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
24961477--24961554	36	2.1	37	88	2	113	25	32	19	23	1.98
24961673--24962191	47	11.1	47	95	0	889	28	30	9	32	1.88
24961983--24962055	22	3.3	22	64	17	60	28	31	10	28	1.91
24964806--24964884	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24965020--24965240	47	4.7	47	90	1	336	28	30	8	32	1.87
24965020--24965240	93	2.4	94	90	0	336	28	30	8	32	1.87
24965166--24965316	76	2.0	76	100	0	302	33	27	5	33	1.79
24965213--24965269	29	2.0	29	100	0	114	40	28	0	31	1.57
24965119--24965503	123	3.0	124	86	10	540	30	29	7	32	1.84
24965246--24965520	47	5.9	47	96	0	498	29	30	8	32	1.87
24965073--24965520	170	2.5	171	89	7	659	30	29	8	32	1.86
24967623--24967772	48	3.1	48	89	4	232	32	28	20	19	1.96
24988978--24989041	30	2.2	30	97	2	121	32	4	15	46	1.67
24993087--24993198	42	2.7	42	80	0	125	31	14	25	28	1.95
25000032--25000091	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
25000046--25000108	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
25010185--25010243	29	2.0	29	90	0	91	20	8	35	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25010335--25010398	24	2.7	24	90	0	92	37	4	9	48	1.56
25024498--25024548	6	8.8	6	85	8	52	0	11	5	82	0.83
25024498--25024548	11	4.4	12	78	9	52	0	11	5	82	0.83
25024493--25024547	28	2.0	27	85	3	74	0	14	5	80	0.89
25024494--25024549	16	3.5	15	77	15	58	0	12	5	82	0.83
25025666--25025758	43	2.2	44	83	11	113	58	7	25	8	1.55
25029789--25029822	17	2.0	17	100	0	68	17	23	11	47	1.81
25032618--25032665	8	5.9	8	83	13	62	62	0	0	37	0.95
25044569--25044687	26	4.6	26	82	6	125	19	10	36	34	1.85
25044569--25044687	52	2.3	52	82	2	141	19	10	36	34	1.85
25046475--25046527	24	2.3	23	83	3	61	39	1	24	33	1.66
25052820--25052892	38	1.9	38	86	5	103	38	13	12	35	1.83
25053931--25053963	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
25054010--25054068	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
25057828--25057885	30	1.9	30	89	0	89	32	15	25	25	1.95
25058218--25058438	46	4.8	46	78	10	193	26	18	30	24	1.98
25061910--25062035	47	2.7	47	91	0	207	34	13	25	26	1.93
25062005--25062142	50	2.8	48	88	4	204	36	6	25	31	1.81
25062098--25062178	37	2.2	37	97	0	153	34	7	28	29	1.84
25062324--25062436	37	3.1	37	92	0	181	23	19	29	27	1.98
25073683--25073729	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
25085122--25085222	51	2.0	51	88	3	152	28	3	11	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25085129--25085235	51	2.1	49	81	6	117	29	5	13	51	1.63
25085266--25085298	17	1.9	17	100	0	66	33	12	6	48	1.65
25086911--25086969	28	2.1	28	100	0	118	44	10	20	25	1.83
25088583--25088641	29	2.0	29	100	0	118	20	10	16	52	1.72
25089343--25089418	37	2.1	37	97	0	143	30	19	18	31	1.96
25089380--25089493	57	2.0	57	98	0	219	33	18	17	30	1.94
25095815--25095867	16	3.2	17	81	10	56	32	0	1	66	1.03
25109736--25110117	206	1.9	206	92	0	647	41	14	12	31	1.83
25113820--25113857	18	2.1	18	90	5	58	47	0	0	52	1.00
25114906--25114957	27	2.0	26	84	3	68	36	21	26	15	1.93
25115607--25115805	27	7.4	27	86	0	245	25	20	19	35	1.96
25122688--25122860	27	6.4	27	78	2	159	24	18	17	39	1.92
25129741--25129788	10	4.7	10	80	12	53	64	2	0	33	1.05
25129739--25129794	22	2.6	22	86	5	71	58	5	0	35	1.21
25135206--25135288	25	3.4	25	90	5	125	30	22	19	27	1.98
25135206--25135313	25	4.4	24	84	5	119	28	23	20	27	1.99
25135205--25135313	50	2.2	48	83	8	139	28	22	20	28	1.99
25135361--25135427	20	3.3	20	93	4	109	34	17	10	37	1.85
25135347--25135427	40	2.0	39	81	13	94	34	17	11	37	1.85
25135361--25135413	11	5.2	11	73	17	60	33	18	11	35	1.87
25145704--25145767	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
25145982--25146058	25	3.2	24	85	7	102	28	19	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25146106--25146172	20	3.3	20	87	4	100	34	19	10	35	1.86
25146208--25146255	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
25149035--25149146	43	2.6	43	84	2	145	29	16	25	29	1.96
25152939--25153158	40	5.7	40	84	8	242	25	27	22	25	2.00
25152967--25153105	36	3.7	37	87	8	174	25	28	20	25	1.99
25152939--25153158	74	2.8	79	77	13	222	25	27	22	25	2.00
25160273--25160496	79	2.8	77	82	8	243	24	27	22	25	2.00
25160273--25160496	40	5.7	40	85	6	262	24	27	22	25	2.00
25176704--25176849	40	3.7	40	83	5	181	23	25	19	32	1.97
25184791--25184936	40	3.7	40	87	4	199	22	25	20	31	1.98
25184791--25184975	40	4.7	40	83	6	173	23	25	21	29	1.99
25192235--25192499	48	5.5	49	71	7	184	23	28	18	29	1.98
25192251--25192499	96	2.6	96	91	1	383	22	28	18	30	1.97
25192328--25192503	48	3.7	47	77	4	199	21	29	19	29	1.98
25198765--25198790	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
25199892--25200054	43	3.8	43	77	6	168	25	16	26	31	1.96
25208725--25208749	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
25209866--25210011	42	3.5	41	77	8	150	24	17	28	30	1.97
25210966--25211015	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
25210986--25211044	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
25211091--25211123	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
25213652--25213975	48	6.8	48	79	4	316	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25225596--25225649	26	2.0	27	85	3	74	33	20	14	31	1.93
25225812--25225861	26	1.9	26	87	0	73	22	14	24	40	1.90
25227406--25227470	30	2.2	30	91	0	112	24	24	7	43	1.80
25239996--25240219	40	5.7	40	84	6	260	25	27	21	25	1.99
25239996--25240217	79	2.8	79	81	8	272	25	27	21	25	1.99
25247882--25248101	78	2.8	79	84	6	268	25	27	21	25	1.99
25247884--25248105	118	1.9	120	83	7	292	25	27	22	24	2.00
25247882--25248105	40	5.7	40	85	7	278	25	27	22	24	2.00
25250160--25250218	30	2.0	30	86	3	84	50	10	6	32	1.62
25251984--25252094	23	4.8	23	74	13	79	27	21	18	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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