genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84154081--84154314	40	5.8	40	88	0	315	26	22	27	23	1.99
84157205--84157241	3	12.7	3	83	16	51	27	0	0	72	0.84
84157205--84157241	16	2.3	16	90	9	58	27	0	0	72	0.84
84157198--84157244	13	3.4	13	81	16	58	23	0	2	74	0.93
84163540--84163813	48	5.7	48	81	2	282	23	30	17	28	1.97
84163538--84163816	96	2.9	96	78	5	330	23	30	17	28	1.97
84195474--84195583	45	2.4	46	83	6	143	30	22	16	30	1.96
84203400--84203611	28	7.6	28	81	0	228	13	22	17	46	1.83
84203390--84203616	84	2.7	84	81	0	258	13	22	18	46	1.83
84204325--84204357	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
84204936--84205040	43	2.4	43	95	0	192	21	27	23	26	1.99
84208151--84208300	69	2.2	69	100	0	300	40	24	6	29	1.79
84211924--84211956	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
84212519--84212638	43	2.8	43	91	1	197	20	29	21	28	1.98
84215030--84215205	46	3.8	46	74	14	164	22	18	28	30	1.97
84217236--84217272	13	2.8	13	91	4	56	29	5	29	35	1.80
84218141--84218211	15	4.7	15	78	5	81	11	19	12	56	1.66
84218132--84218211	30	2.6	31	81	11	94	11	18	15	55	1.69
84220315--84220492	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
84220315--84220492	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
84220336--84220491	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
84228368--84228545	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84228368--84228545	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
84228389--84228544	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
84231913--84232073	46	3.5	46	72	14	150	21	20	28	29	1.98
84235470--84235972	250	2.0	250	96	0	934	29	12	19	37	1.89
84237116--84237143	12	2.3	12	100	0	56	32	42	14	10	1.80
84240806--84240936	40	3.3	40	84	9	153	26	28	20	24	1.99
84240834--84240942	38	2.8	39	88	5	157	27	27	18	26	1.98
84240806--84240985	78	2.3	80	80	9	199	26	27	21	25	1.99
84261394--84261517	46	2.6	47	82	5	144	28	19	29	22	1.98
84265199--84265273	37	2.0	37	100	0	150	33	8	26	32	1.85
84269033--84269343	46	6.7	46	69	14	165	28	19	28	23	1.98
84271807--84271928	47	2.6	47	90	5	201	37	13	23	24	1.92
84271907--84272211	55	5.6	54	80	8	345	36	17	23	22	1.95
84271915--84272211	108	2.7	108	91	0	468	36	18	23	22	1.95
84271907--84272226	53	5.9	53	75	8	261	37	16	23	22	1.94
84277836--84277916	38	2.1	39	84	6	103	25	1	24	48	1.59
84281439--84281621	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
84281440--84281623	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
84281492--84281656	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
84289621--84289805	40	4.7	41	79	11	174	24	21	27	26	1.99
84296129--84296162	18	1.9	18	88	5	52	44	2	29	23	1.68
84304021--84304186	27	6.2	26	68	17	81	40	20	10	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84304034--84304184	80	1.9	81	81	4	189	43	19	9	27	1.83
84304063--84304186	27	4.7	26	78	7	124	43	20	7	28	1.78
84304197--84304248	27	1.9	27	84	7	70	42	11	11	34	1.77
84304303--84304362	27	2.2	27	80	11	70	36	18	20	25	1.94
84305173--84305267	25	3.8	25	94	0	163	26	26	22	25	2.00
84305173--84305294	25	5.0	23	85	7	109	27	24	22	25	2.00
84305415--84305506	42	2.2	42	98	0	175	28	11	21	38	1.89
84308091--84308217	56	2.3	55	81	9	141	32	26	15	25	1.96
84312090--84312160	23	3.1	23	92	8	119	19	16	21	42	1.89
84312681--84312710	14	2.1	14	100	0	60	30	6	6	56	1.51
84320586--84320672	45	1.9	45	88	0	129	37	22	13	25	1.91
84323589--84323738	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
84323613--84323796	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
84333977--84334146	46	3.8	44	79	11	200	28	27	21	21	1.99
84333982--84334150	91	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
84334558--84334617	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
84341541--84341711	93	1.8	93	88	2	263	30	26	19	22	1.98
84341536--84341708	46	3.7	47	76	10	185	31	26	19	23	1.98
84342135--84342194	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
84348400--84348446	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
84348532--84348600	25	2.8	25	78	8	88	28	20	14	36	1.92
84348808--84348897	38	2.7	31	77	22	101	35	17	22	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84356623--84356713	25	3.7	25	85	7	116	26	21	21	29	1.99
84356938--84357001	31	2.1	31	93	0	110	35	17	23	23	1.95
84360728--84360837	23	4.8	23	81	7	125	24	18	21	35	1.95
84365339--84365381	21	2.0	22	86	4	61	6	32	2	58	1.38
84369336--84369449	39	2.9	40	88	2	167	34	28	14	22	1.94
84369338--84369459	40	3.1	40	87	2	174	36	25	14	23	1.93
84379289--84379439	67	2.2	68	79	11	177	33	17	29	20	1.95
84382371--84382537	43	3.9	43	74	9	137	29	14	23	32	1.95
84387180--84387218	16	2.5	15	84	12	51	30	0	17	51	1.46
84387536--84387628	40	2.3	39	80	10	100	27	15	23	33	1.95
84391527--84391711	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
84391528--84391711	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
84391580--84391744	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
84400216--84400400	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
84400197--84400400	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
84403189--84403395	53	3.8	53	76	1	153	20	24	18	36	1.94
84405300--84405485	55	3.5	53	79	7	196	22	22	18	37	1.94
84405286--84405490	53	3.8	54	80	4	198	22	22	17	37	1.94
84409955--84409984	14	2.1	14	100	0	60	26	26	16	30	1.97
84424472--84424576	42	2.5	43	82	4	124	25	20	27	26	1.99
84437547--84437625	36	2.2	37	81	6	99	27	29	17	25	1.98
84437743--84438277	47	11.4	47	94	0	883	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84437743--84438277	234	2.3	235	92	0	883	29	29	8	32	1.87
84441739--84441813	34	2.2	33	85	2	105	28	22	21	28	1.99
84443193--84443236	20	2.3	20	84	7	56	56	2	34	6	1.38
84448021--84448126	29	3.7	30	79	8	114	26	29	16	28	1.96
84449574--84449605	16	2.0	16	93	0	55	15	0	28	56	1.40
84449890--84449930	18	2.2	19	83	12	50	14	36	26	21	1.93
84466161--84466305	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
84474197--84474341	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
84476718--84476831	29	4.0	29	90	1	167	25	16	29	28	1.97
84480165--84480309	40	3.6	40	82	0	137	24	24	24	26	2.00
84480182--84480309	40	3.2	39	84	5	148	25	24	25	25	2.00
84490882--84490967	29	3.0	29	94	0	154	25	15	30	29	1.96
84492123--84492156	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
84495559--84495647	45	2.0	45	95	0	160	30	23	14	31	1.94
84497460--84497609	44	3.5	43	74	11	146	30	20	24	24	1.99
84497443--84497621	43	4.2	43	72	10	161	30	19	22	27	1.98
84504157--84504318	44	3.7	43	76	11	143	30	20	22	26	1.98
84504209--84504318	42	2.6	42	76	9	116	28	22	23	25	2.00
84504209--84504326	43	2.8	42	72	13	107	27	22	24	26	2.00
84508168--84508194	12	2.2	12	100	0	54	37	0	11	51	1.37
84516759--84516788	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
84523176--84523203	9	3.1	9	100	0	56	0	42	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84526999--84527027	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
84528160--84528325	56	3.0	54	89	7	237	25	14	26	33	1.94
84529089--84529140	24	2.2	24	100	0	104	42	17	11	28	1.84
84529732--84529959	40	5.7	40	89	2	307	32	27	21	19	1.97
84529732--84529959	80	2.9	80	90	0	341	32	27	21	19	1.97
84529732--84529959	120	1.9	119	88	0	339	32	27	21	19	1.97
84544909--84545060	43	3.5	43	88	4	200	35	17	13	34	1.88
84546906--84547090	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
84546906--84547090	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
84551907--84552083	46	3.8	44	80	10	149	27	19	31	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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