genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92627693--92627801	33	3.4	32	72	18	102	34	0	11	53	1.38
92627676--92627801	61	2.0	63	89	3	193	31	0	11	57	1.34
92630714--92630788	33	2.3	33	88	0	105	14	52	12	21	1.74
92630818--92630955	69	2.0	69	95	0	249	26	21	17	34	1.95
92634324--92634391	27	2.5	27	80	4	84	22	29	20	27	1.98
92640046--92640180	68	2.0	68	83	1	171	51	5	5	37	1.51
92646873--92647136	47	5.6	48	77	10	212	27	18	30	23	1.98
92646873--92647130	140	1.8	140	84	6	353	27	18	30	23	1.98
92648351--92648391	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
92650483--92650532	26	1.9	26	100	0	100	16	12	36	36	1.85
92659577--92659608	12	2.6	13	80	19	50	68	0	0	31	0.90
92659578--92659608	11	2.7	11	95	5	53	67	0	0	32	0.91
92661348--92661419	28	2.6	28	84	8	110	31	4	4	59	1.35
92662690--92662755	21	3.0	21	73	16	69	54	13	1	30	1.48
92666743--92666778	17	2.1	17	89	0	54	55	22	11	11	1.66
92668569--92668804	128	1.8	128	93	1	411	38	19	17	24	1.93
92671010--92671053	23	2.0	23	82	8	56	11	22	52	13	1.72
92671209--92671237	15	1.9	15	100	0	58	0	0	13	86	0.58
92671293--92671332	19	2.1	19	86	9	55	55	2	0	42	1.13
92671465--92671495	15	2.1	15	93	0	53	70	0	29	0	0.87
92674880--92674919	21	2.0	21	85	5	55	22	0	25	52	1.47
92676669--92676778	27	4.1	27	83	8	134	39	21	23	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92676669--92676778	54	2.0	54	85	3	150	39	21	23	15	1.92
92677195--92677224	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
92677915--92677949	8	4.4	8	96	0	61	14	11	31	42	1.81
92677915--92677953	16	2.5	16	87	4	62	17	10	33	38	1.84
92683350--92683387	17	2.2	17	100	0	76	21	23	18	36	1.95
92684550--92684633	27	3.1	28	85	8	104	38	22	23	15	1.92
92686064--92686123	24	2.5	24	97	0	111	28	36	1	33	1.67
92687278--92687371	40	2.3	40	81	3	109	37	24	17	21	1.94
92687302--92687405	40	2.6	40	84	6	131	29	25	18	25	1.98
92687852--92687881	15	2.0	15	93	0	51	20	0	36	43	1.52
92687812--92687890	22	3.6	22	73	8	63	25	0	27	46	1.53
92687928--92687974	14	3.4	14	77	8	51	23	2	25	48	1.62
92688151--92688198	15	3.3	15	76	5	53	20	0	33	45	1.52
92688146--92688195	22	2.3	21	79	3	55	24	0	30	46	1.53
92688187--92688227	14	2.9	14	85	0	55	21	2	41	34	1.67
92692292--92692347	20	2.8	20	83	2	69	32	26	17	23	1.97
92695746--92695821	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
92695908--92695944	8	4.6	8	100	0	74	35	27	13	24	1.93
92696049--92696087	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
92698610--92698657	14	3.4	14	80	11	53	79	18	0	2	0.84
92698728--92698757	11	2.7	11	94	0	51	90	6	3	0	0.56
92704432--92704507	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92704594--92704623	8	3.8	8	100	0	60	33	26	13	26	1.93
92704726--92704764	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
92715448--92715571	39	3.2	39	95	0	221	39	24	25	11	1.88
92719205--92719246	22	1.9	22	85	9	59	69	4	2	23	1.20
92719214--92719256	22	2.0	21	86	4	59	69	4	2	23	1.18
92720269--92720300	4	7.8	4	93	6	55	21	3	0	75	0.95
92720707--92720802	43	2.2	45	81	9	117	30	22	14	32	1.94
92720461--92720847	176	2.2	174	85	2	517	28	24	17	29	1.97
92720715--92721141	146	2.9	146	93	0	712	27	25	15	32	1.95
92721006--92721547	176	3.1	176	88	2	800	28	25	17	29	1.97
92721486--92721587	45	2.3	44	81	8	116	32	25	14	27	1.95
92723016--92723044	9	3.3	9	90	9	51	10	0	0	89	0.48
92723016--92723053	17	2.2	17	86	9	51	10	0	2	86	0.66
92726920--92727140	43	5.2	43	92	0	354	30	19	26	23	1.98
92731504--92731599	33	3.0	33	76	14	103	56	2	6	35	1.36
92731703--92731745	22	2.0	21	86	4	59	67	4	4	23	1.28
92731848--92731872	7	3.6	7	100	0	50	40	12	0	48	1.40
92733462--92733801	82	4.1	82	85	1	432	47	10	10	30	1.72
92733453--92733779	164	2.0	164	89	2	496	48	10	10	29	1.72
92734142--92734844	353	2.0	353	91	1	1131	38	15	13	32	1.86
92735227--92735402	86	2.0	86	92	0	289	39	13	14	32	1.85
92736214--92736280	32	2.1	32	91	0	107	52	14	4	28	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92742427--92742622	91	2.2	91	85	3	252	29	15	22	32	1.95
92742518--92743121	131	4.5	132	86	3	802	26	16	24	32	1.96
92742518--92743104	263	2.2	267	87	4	846	26	16	24	33	1.96
92742999--92743239	130	1.9	130	86	1	349	28	17	21	32	1.96
92743349--92743399	7	7.3	7	90	0	84	17	0	41	41	1.50
92743544--92743605	7	8.6	7	80	7	61	22	0	32	45	1.53
92743544--92743655	15	7.7	14	73	11	75	20	1	33	44	1.62
92743544--92743605	22	2.9	21	83	7	79	22	0	32	45	1.53
92743544--92743645	29	3.5	29	75	12	93	21	0	33	44	1.59
92744430--92744512	39	2.1	39	97	0	157	43	0	14	42	1.45
92750965--92751177	47	4.5	47	93	0	354	34	16	15	33	1.90
92756011--92756323	35	8.6	35	70	11	103	29	21	13	35	1.91
92756157--92756518	38	9.8	38	73	8	187	29	21	12	36	1.90
92756139--92756504	75	4.9	75	73	7	223	30	21	12	35	1.91
92756193--92756506	147	2.1	148	77	7	323	29	21	12	35	1.91
92760074--92760137	32	2.0	32	90	0	101	43	23	15	17	1.87
92768990--92769136	73	2.0	73	100	0	294	34	18	12	35	1.88
92769696--92769867	93	1.8	93	92	0	290	27	30	20	21	1.98
92769688--92769863	46	3.8	46	78	10	196	28	29	20	21	1.98
92771994--92772060	24	2.7	25	75	13	75	13	16	29	40	1.87
92778546--92778576	15	2.1	15	93	0	53	35	6	32	25	1.82
92778733--92778771	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92779513--92779542	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
92782903--92782933	15	2.1	15	93	0	53	35	6	32	25	1.82
92783090--92783128	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
92784068--92784152	40	2.1	40	86	4	118	41	2	4	51	1.35
92784999--92785032	18	1.9	18	88	5	52	58	8	8	23	1.56
92785657--92786347	278	2.4	282	90	3	1081	40	19	17	22	1.91
92788937--92788976	21	1.9	21	94	0	71	47	17	7	27	1.74
92791857--92792002	72	2.0	72	93	0	247	41	15	23	18	1.89
92792603--92792719	45	2.6	45	86	2	164	17	17	19	44	1.87
92792829--92793019	18	10.6	18	74	10	149	34	11	15	38	1.83
92792863--92792910	10	5.2	10	71	19	50	39	10	12	37	1.77
92792817--92793099	54	5.1	54	71	13	196	35	12	15	37	1.84
92792817--92793112	18	16.1	18	70	8	112	35	11	15	37	1.84
92795155--92795188	10	3.4	10	92	8	52	32	0	0	67	0.91
92797376--92797400	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
92799925--92799974	24	2.2	21	83	16	57	10	16	0	74	1.08
92800561--92800639	29	2.6	30	80	4	79	25	20	7	46	1.76
92803754--92803813	30	2.0	30	93	0	102	56	16	1	25	1.49
92805873--92805898	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
92813295--92813368	34	2.1	35	95	5	141	52	8	8	31	1.60
92816773--92816819	25	1.9	24	82	4	58	40	21	0	38	1.53
92817864--92817989	41	3.0	43	81	6	132	31	25	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92818866--92818912	22	2.1	22	100	0	94	46	12	17	23	1.82
92821461--92821533	33	2.2	33	100	0	146	39	10	12	36	1.78
92822461--92822519	11	5.2	11	76	8	55	40	10	3	45	1.54
92825589--92825677	6	14.2	6	73	10	54	56	0	39	4	1.20
92825602--92825739	27	5.2	29	74	15	95	52	0	45	2	1.13
92825584--92825742	51	3.0	51	81	9	153	52	0	44	2	1.14
92825644--92825754	2	62.0	2	67	21	59	52	0	47	0	1.00
92825617--92825755	35	3.9	35	73	19	101	52	0	46	1	1.09
92825602--92825744	78	1.9	76	82	2	178	51	0	46	2	1.12
92825655--92825750	39	2.4	39	86	6	122	51	0	48	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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