genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12922620--12922758	52	2.6	52	82	8	149	28	17	23	30	1.97
12924045--12924088	23	1.9	23	86	9	63	2	27	6	63	1.31
12936836--12936881	18	2.3	20	75	14	51	34	6	10	47	1.64
12937005--12937055	19	2.9	18	80	11	61	68	7	0	23	1.15
12938917--12938944	10	2.8	10	100	0	56	71	0	28	0	0.86
12939270--12939325	22	2.5	22	97	0	103	17	32	33	16	1.92
12942273--12942317	19	2.4	18	88	3	63	51	0	26	22	1.49
12944697--12944878	35	5.2	35	85	5	242	35	22	12	29	1.90
12944704--12944878	70	2.5	70	94	0	296	35	22	12	29	1.91
12949137--12949195	10	5.8	10	75	18	59	25	0	0	74	0.82
12949139--12949191	6	7.7	7	73	26	51	26	0	0	73	0.83
12949142--12949195	15	3.7	14	79	20	58	25	0	0	74	0.83
12949142--12949197	27	2.1	26	87	9	78	25	0	0	75	0.81
12950017--12950068	26	2.0	27	84	3	70	63	7	0	28	1.22
12953881--12953923	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
12953879--12953925	23	2.0	23	100	0	94	46	17	0	36	1.48
12954356--12954408	22	2.3	23	80	6	72	67	16	0	15	1.23
12957763--12957792	3	10.0	3	92	0	51	30	0	36	33	1.58
12957818--12957843	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
12969804--12969828	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
12990028--12990063	8	4.6	8	89	6	56	44	2	25	27	1.68
12990036--12990302	46	5.5	46	89	5	336	35	13	22	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12990094--12990285	52	3.8	51	90	5	286	34	15	21	28	1.94
12990026--12990302	98	2.8	97	83	11	348	35	14	22	28	1.92
12990266--12990374	37	3.0	37	89	2	168	36	15	22	24	1.93
12993034--12993109	34	2.3	34	86	4	111	26	11	18	43	1.84
12995277--12995400	61	2.0	61	95	0	221	25	8	33	32	1.87
13000000--13000035	18	2.0	18	88	0	54	16	0	25	58	1.38
13004008--13004042	17	2.0	17	88	5	52	5	11	0	82	0.82
13004681--13004718	10	3.4	11	80	20	51	57	0	34	7	1.28
13019381--13019411	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
13030165--13030194	13	2.3	13	100	0	60	30	33	6	30	1.83
13032709--13032748	11	3.7	11	86	3	55	35	0	0	65	0.93
13035306--13035338	15	2.2	15	94	0	57	27	9	21	42	1.83
13038191--13038255	21	3.1	20	73	8	58	18	24	15	41	1.89
13039954--13040043	45	2.0	45	95	0	162	17	17	22	42	1.89
13041190--13041235	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
13041197--13041241	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
13046673--13046827	62	2.5	62	91	0	247	24	23	21	29	1.99
13049776--13049813	16	2.4	16	91	8	60	57	0	2	39	1.12
13050773--13050819	21	2.2	21	88	3	67	63	23	6	6	1.41
13063746--13063770	11	2.3	11	100	0	50	24	36	0	40	1.55
13065115--13065156	17	2.6	16	77	7	50	40	0	4	54	1.21
13071705--13071737	15	2.2	15	89	10	50	81	6	9	3	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13073959--13073997	19	2.0	20	90	5	62	35	0	15	48	1.45
13077486--13077571	30	2.9	30	94	0	145	26	48	5	18	1.70
13078136--13078273	25	5.5	26	73	11	85	34	6	3	55	1.43
13078202--13078243	22	1.9	22	85	0	57	28	4	4	61	1.36
13078251--13078309	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
13078423--13078457	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
13085387--13086126	232	3.2	234	85	7	849	25	16	23	34	1.96
13085713--13086631	75	12.0	73	72	15	558	27	17	22	32	1.96
13085481--13086591	309	3.6	298	79	11	1080	27	16	23	32	1.96
13086254--13086609	77	4.8	75	82	5	427	30	17	21	30	1.96
13086254--13086595	148	2.3	149	85	6	476	30	17	20	30	1.96
13086703--13086735	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
13086538--13087056	92	5.6	92	78	13	407	27	16	18	37	1.92
13086538--13086894	185	2.0	179	84	6	468	27	17	18	36	1.94
13086800--13086995	101	1.9	103	87	5	290	24	16	18	40	1.90
13086933--13087140	87	2.4	86	80	4	213	30	15	19	34	1.93
13088277--13088328	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
13088354--13088483	25	5.2	25	74	10	95	33	6	4	55	1.45
13088420--13088527	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
13088469--13088527	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
13088641--13088675	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
13093085--13093131	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13094797--13095278	239	2.0	239	100	0	964	36	23	9	29	1.87
13096663--13096722	28	2.3	25	81	16	68	23	5	0	71	1.05
13097475--13097558	21	3.7	21	72	20	69	44	26	2	27	1.67
13097459--13097555	49	2.0	46	88	5	140	42	25	3	28	1.70
13097526--13097570	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
13097728--13097905	41	4.4	41	90	0	277	20	24	23	32	1.98
13097960--13097985	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
13099504--13099575	26	2.7	26	81	8	83	45	6	16	30	1.74
13103609--13103674	32	2.1	32	97	0	123	31	24	6	37	1.80
13113239--13113376	40	3.5	40	93	3	226	24	23	28	23	2.00
13129660--13129773	56	2.0	56	96	0	210	24	5	28	41	1.77
13131055--13131149	47	2.0	47	100	0	190	28	23	16	31	1.96
13145604--13145790	27	7.0	26	86	6	241	34	21	26	18	1.96
13145622--13145790	54	3.1	53	90	3	266	34	22	26	17	1.96
13145622--13145791	81	2.1	80	91	2	277	34	22	25	17	1.95
13147408--13147491	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
13155170--13155207	16	2.4	16	95	0	67	21	28	13	36	1.91
13167333--13167483	42	3.6	42	78	11	157	25	17	23	33	1.96
13167325--13167479	43	3.7	42	78	9	145	25	17	23	33	1.96
13179557--13179643	45	1.9	45	88	0	129	22	13	25	37	1.91
13189390--13189458	6	11.5	6	96	0	111	56	0	27	15	1.40
13189602--13189675	26	2.9	26	83	2	78	36	4	18	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13191443--13191532	42	2.1	41	88	8	128	26	36	15	21	1.93
13196700--13196751	26	2.0	26	100	0	104	42	19	11	26	1.85
13197190--13197246	23	2.6	22	76	15	57	26	7	24	42	1.80
13197758--13197786	14	2.1	14	100	0	58	34	6	0	58	1.25
13199121--13199281	58	3.0	54	75	15	154	31	20	6	42	1.77
13199163--13199278	58	2.0	58	87	0	169	30	18	5	45	1.71
13200937--13201076	49	2.9	49	72	6	115	28	20	28	22	1.98
13212695--13212802	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
13214024--13214079	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
13214030--13214093	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
13214022--13214100	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
13214446--13214506	21	3.0	21	80	7	63	34	4	0	60	1.18
13214880--13214911	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
13220412--13220472	14	4.4	13	74	22	61	85	0	13	1	0.68
13220412--13220473	22	2.9	22	86	11	85	83	0	12	3	0.75
13220416--13220479	21	3.0	21	84	4	83	78	0	18	3	0.89
13221350--13221529	44	4.1	44	76	8	195	30	15	25	28	1.96
13221525--13222112	119	5.0	119	95	0	1036	33	18	18	29	1.95
13221521--13222112	236	2.5	238	95	0	1062	33	18	18	29	1.95
13222036--13222388	83	4.2	83	94	0	598	32	20	20	27	1.97
13222780--13222878	17	5.6	17	86	11	137	39	11	13	36	1.80
13222780--13222878	18	5.6	18	88	9	150	39	11	13	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13222772--13222878	35	3.0	35	93	4	178	39	10	14	36	1.80
13223186--13223219	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
13223187--13223295	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
13223184--13223214	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
13223396--13223473	25	3.2	24	74	15	79	35	1	3	58	1.24
13226654--13226687	15	2.3	15	89	0	50	20	23	44	11	1.84
13235430--13235607	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
13235431--13235586	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13235427--13235607	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13243529--13243706	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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