genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17277144--17277388	86	2.8	84	79	9	253	29	25	17	26	1.98
17277144--17277379	129	1.8	129	81	5	298	30	25	17	25	1.97
17277553--17277589	19	1.9	19	94	0	65	54	27	8	10	1.63
17278247--17278275	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
17283317--17283468	9	17.1	9	71	11	91	35	0	15	48	1.51
17283326--17283436	43	2.5	44	88	5	170	36	0	15	48	1.45
17283335--17283487	79	1.9	77	83	8	193	36	1	15	46	1.57
17283378--17283491	36	3.1	36	92	2	183	36	2	14	45	1.59
17286857--17286988	7	18.6	7	83	7	101	21	0	30	47	1.51
17286842--17286898	22	2.5	22	86	8	71	26	0	28	45	1.54
17287532--17287726	41	4.8	40	81	6	180	28	23	16	31	1.96
17290112--17290153	22	1.9	22	85	9	59	59	2	9	28	1.41
17296909--17296947	20	2.0	20	94	0	69	10	23	20	46	1.81
17296927--17297041	40	2.9	40	88	0	158	18	28	19	33	1.95
17299625--17299766	25	5.7	25	73	9	94	19	28	20	32	1.97
17299650--17299789	49	2.8	49	77	11	124	20	27	22	30	1.98
17299650--17299779	25	5.2	24	74	3	107	19	28	20	31	1.97
17304214--17304258	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
17306608--17306638	16	1.9	16	100	0	62	32	41	6	19	1.77
17308263--17308434	43	4.0	44	80	7	210	25	18	22	33	1.96
17318879--17318928	26	2.0	25	84	4	64	16	6	4	74	1.17
17320754--17320792	21	1.9	20	84	5	51	53	7	30	7	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17322969--17323758	47	16.7	47	91	2	1246	26	30	10	32	1.90
17324960--17325138	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
17326394--17326754	40	9.1	40	89	0	526	26	27	21	25	1.99
17326808--17326882	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
17329303--17330000	45	15.3	45	91	6	988	27	30	9	32	1.88
17329325--17330000	92	7.4	92	91	5	1001	27	30	9	32	1.89
17331270--17331438	84	2.0	84	97	2	322	27	26	8	37	1.85
17332503--17332857	40	9.1	40	88	5	501	25	28	21	24	1.99
17332503--17332857	79	4.5	79	89	5	490	25	28	21	24	1.99
17332911--17332985	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
17335424--17336213	47	16.7	47	90	2	1237	26	30	10	32	1.90
17337415--17337593	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
17343354--17343392	7	5.3	7	85	11	51	12	2	2	82	0.89
17343354--17343394	14	2.7	15	85	11	57	12	4	2	80	0.97
17343690--17343735	21	2.2	20	88	3	65	23	28	32	15	1.95
17345740--17345778	6	6.5	6	90	0	51	10	7	0	82	0.86
17345738--17345773	18	2.0	18	94	0	63	8	8	0	83	0.82
17345738--17345785	24	2.0	24	83	0	60	12	10	0	77	1.00
17352153--17352246	43	2.2	44	84	5	122	26	17	23	32	1.96
17368170--17368239	36	1.9	36	91	0	113	28	14	30	27	1.95
17368128--17368286	83	1.9	81	83	5	203	25	16	30	27	1.96
17378350--17378416	25	2.8	24	79	6	73	14	26	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17378424--17378501	25	3.1	24	74	9	66	24	21	23	30	1.99
17386497--17386547	19	2.5	20	73	17	52	39	1	15	43	1.58
17387194--17387247	27	2.1	26	86	10	76	57	0	12	29	1.36
17390057--17390209	42	3.7	40	75	6	135	31	16	22	29	1.96
17401165--17401267	20	5.2	20	79	0	107	16	26	16	40	1.89
17401150--17401326	40	4.4	40	76	4	160	19	25	18	36	1.94
17402783--17402830	22	2.2	22	85	7	62	43	27	20	8	1.80
17403033--17403097	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
17403242--17403320	41	1.9	41	89	0	122	31	29	16	22	1.96
17403558--17403623	27	2.4	27	84	0	78	31	12	19	36	1.89
17403578--17403894	27	11.7	27	73	6	102	30	8	18	42	1.81
17403590--17403741	82	1.9	81	81	4	189	30	8	14	46	1.74
17403578--17403893	54	5.8	53	73	7	226	30	8	18	42	1.80
17403672--17403894	81	2.8	81	77	4	236	28	8	20	42	1.82
17406643--17406763	41	3.0	40	91	2	179	29	29	19	21	1.97
17406799--17406858	29	2.1	29	100	0	120	48	11	10	30	1.72
17407029--17407238	27	7.8	27	77	3	127	28	10	19	41	1.83
17407032--17407240	54	3.9	54	73	1	159	27	10	20	42	1.84
17407199--17407271	35	2.1	35	82	5	85	30	8	17	43	1.78
17407262--17407336	27	2.8	27	81	0	87	26	25	17	30	1.97
17425032--17425630	47	12.6	47	92	2	964	33	8	29	29	1.86
17425032--17425630	96	6.3	96	95	1	1003	33	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17425032--17425630	143	4.2	143	92	2	972	33	8	29	29	1.86
17448528--17448572	22	2.0	22	95	0	81	48	13	13	24	1.78
17451687--17451786	28	3.5	28	87	4	112	31	29	13	27	1.93
17459746--17459843	27	3.5	27	81	5	106	31	26	14	27	1.95
17494075--17494180	42	2.5	42	85	0	140	16	35	23	23	1.95
17494075--17494192	42	2.8	42	84	0	110	16	34	24	23	1.95
17498657--17498696	21	1.9	21	85	10	55	27	0	47	25	1.52
17499769--17499848	42	1.9	42	87	5	117	26	36	20	17	1.94
17502929--17502962	16	2.2	15	94	5	59	52	17	11	17	1.73
17505633--17505737	43	2.4	43	90	0	165	27	24	15	32	1.95
17509061--17509100	21	2.0	21	90	5	64	12	40	25	22	1.89
17518576--17518610	18	1.9	18	88	11	54	8	14	28	48	1.73
17520957--17520989	15	2.2	15	94	0	57	75	0	3	21	0.93
17521465--17521508	22	2.0	22	100	0	88	40	27	4	27	1.75
17525387--17525502	29	4.0	29	86	0	133	29	12	27	30	1.93
17551469--17551512	23	1.9	22	82	17	54	63	9	2	25	1.35
17555243--17555392	57	2.6	57	75	11	137	32	21	18	28	1.96
17555934--17555978	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
17559192--17559331	51	2.7	51	82	6	142	27	28	17	26	1.97
17559222--17559422	51	4.0	51	78	7	160	31	25	15	27	1.96
17561534--17561617	42	2.0	42	95	0	150	39	20	0	40	1.52
17563180--17563216	18	2.1	18	100	0	74	78	5	16	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17563176--17563218	20	2.1	21	86	4	61	76	4	18	0	0.95
17563558--17563599	9	4.8	9	82	5	59	57	0	2	40	1.12
17563645--17563712	20	3.4	20	82	11	77	57	2	4	35	1.34
17563622--17563691	10	6.9	10	71	12	54	61	1	2	34	1.20
17566101--17566168	35	1.9	36	90	3	111	50	8	7	33	1.61
17566103--17566162	18	3.3	18	74	6	68	50	8	6	35	1.59
17566100--17566177	35	2.2	36	83	4	104	50	10	6	33	1.62
17566882--17566914	6	5.5	6	100	0	66	84	0	15	0	0.61
17567825--17567868	14	3.4	13	84	6	54	72	0	0	27	0.85
17567826--17567869	17	2.5	17	89	10	63	72	0	0	27	0.85
17572211--17572251	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
17572568--17572632	25	2.5	26	85	5	87	52	4	7	35	1.51
17572604--17572911	154	2.0	154	100	0	616	54	6	7	31	1.54
17572950--17572988	17	2.4	16	91	4	60	48	5	7	38	1.54
17572963--17573025	27	2.5	24	75	20	58	46	6	6	41	1.55
17573147--17573238	26	3.5	26	68	16	73	52	3	8	35	1.49
17575104--17575395	149	2.0	148	87	2	422	33	20	17	28	1.95
17575099--17575396	75	3.9	76	78	9	315	34	20	16	28	1.95
17575101--17575412	74	4.2	73	79	8	312	35	19	16	27	1.94
17575100--17575396	76	3.9	74	79	9	307	34	20	16	28	1.95
17575104--17575395	150	2.0	149	88	2	442	33	20	17	28	1.95
17586496--17586530	16	2.2	16	90	5	54	71	14	0	14	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17587635--17587675	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
17587662--17587826	81	2.0	81	98	1	321	55	8	3	32	1.47
17587729--17587781	20	2.9	18	82	17	65	58	1	3	35	1.27
17588068--17588132	25	2.5	26	78	14	71	50	4	7	36	1.52
17592859--17593074	46	4.6	45	78	11	195	23	26	21	29	1.99
17605559--17606349	267	3.0	267	98	0	1510	34	22	14	28	1.93
17606316--17606542	46	4.8	46	76	9	176	24	27	20	27	1.99
17609129--17609282	76	2.0	76	92	0	254	25	14	28	31	1.95
17613121--17613161	13	3.2	13	85	0	55	46	7	34	12	1.69
17620581--17620668	44	2.0	44	100	0	176	52	6	25	15	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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