genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14413797--14413834	20	1.9	20	88	0	58	21	5	7	65	1.38
14413861--14413905	23	2.0	23	95	0	81	6	2	51	40	1.41
14414167--14414218	27	2.0	27	84	3	70	19	25	19	36	1.95
14416002--14416063	23	2.7	23	82	2	70	29	4	38	27	1.77
14420248--14420306	31	1.9	31	89	0	91	38	10	10	40	1.73
14420810--14420847	15	2.5	15	87	8	51	36	2	5	55	1.37
14421120--14421210	45	2.0	45	89	0	137	29	7	15	47	1.73
14422069--14422105	16	2.3	16	90	0	56	45	5	48	0	1.25
14427657--14427700	22	2.0	22	82	8	54	9	9	4	77	1.12
14433220--14433259	21	1.9	21	89	0	62	17	32	15	35	1.91
14438352--14438435	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
14445067--14445123	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
14450088--14450227	40	3.6	38	73	11	113	28	21	20	30	1.98
14450290--14450387	40	2.5	38	83	9	110	22	23	20	33	1.97
14450676--14450799	14	8.7	14	68	9	72	23	1	33	41	1.64
14450653--14450705	22	2.4	22	87	12	74	20	0	39	39	1.53
14450674--14450747	28	2.6	28	91	4	114	21	1	36	40	1.62
14450654--14450780	7	17.9	7	69	8	51	22	0	36	40	1.59
14457783--14457897	43	2.7	43	86	1	140	26	17	26	29	1.97
14458982--14459020	13	3.0	12	88	11	51	0	12	2	84	0.72
14458982--14459020	12	3.1	12	88	7	51	0	12	2	84	0.72
14460929--14460982	3	18.0	3	83	7	65	29	1	3	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14461031--14461096	24	2.8	24	77	6	71	37	4	4	53	1.42
14461100--14461127	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
14461180--14461220	21	2.0	20	90	4	64	31	9	9	48	1.69
14461292--14461434	22	6.2	23	73	18	102	34	7	4	53	1.49
14461542--14461632	16	6.1	14	75	17	60	31	5	2	60	1.32
14461588--14461641	26	2.0	27	85	3	74	29	5	3	61	1.36
14469556--14469592	17	2.2	17	100	0	74	16	16	51	16	1.77
14474745--14474868	64	1.9	64	95	0	221	32	17	12	37	1.88
14475121--14475256	44	3.2	43	75	7	125	28	19	20	30	1.97
14475203--14475612	177	2.3	177	81	0	489	27	17	23	30	1.97
14478519--14478561	6	7.3	6	89	7	54	62	2	0	34	1.08
14485697--14485812	59	2.0	59	98	0	223	24	15	25	34	1.95
14488523--14488560	18	2.1	18	95	0	67	44	47	0	7	1.32
14488537--14488561	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
14488639--14488715	9	8.6	9	90	5	111	27	10	19	42	1.83
14488639--14488715	27	2.9	27	92	0	127	27	10	19	42	1.83
14489148--14489208	16	3.6	16	70	12	50	42	19	0	37	1.52
14489511--14489539	11	2.5	12	94	5	51	27	20	0	51	1.47
14489922--14489968	12	3.8	12	83	11	51	0	29	2	68	1.02
14489972--14490020	23	2.1	23	88	3	71	6	8	10	75	1.18
14503808--14503880	28	2.6	28	82	10	96	28	23	16	31	1.96
14507662--14507704	21	2.0	21	86	0	59	41	23	2	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14519367--14519395	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
14520522--14520691	43	4.0	43	76	9	168	25	16	26	31	1.97
14523658--14523702	21	2.1	21	100	0	90	46	15	0	37	1.46
14523871--14523921	25	2.0	25	100	0	102	50	3	27	17	1.63
14527606--14527740	33	4.1	33	94	0	225	16	52	17	13	1.74
14528616--14528688	36	2.0	36	82	15	89	24	6	6	61	1.46
14529097--14529176	26	3.0	26	80	3	88	28	6	7	57	1.51
14532284--14532329	19	2.4	19	86	13	60	21	19	10	47	1.80
14536135--14536258	64	1.9	64	86	3	178	34	16	12	36	1.86
14536319--14537082	87	8.8	86	76	9	547	34	21	23	19	1.96
14536318--14537038	173	4.2	174	76	7	565	34	22	23	19	1.96
14536531--14536952	130	3.2	130	81	8	448	35	22	22	19	1.96
14536579--14536995	130	3.2	127	80	5	426	35	22	22	19	1.96
14536406--14537390	217	4.5	217	88	2	1340	35	21	22	20	1.96
14536661--14537299	87	7.4	87	76	8	394	35	22	22	20	1.96
14536496--14537385	130	6.8	130	74	11	380	35	22	22	20	1.96
14538070--14538171	33	3.1	33	87	5	143	16	50	17	15	1.79
14539049--14539121	36	2.0	36	82	15	89	24	6	6	61	1.46
14539532--14539611	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
14541941--14542307	46	7.6	49	86	8	422	34	14	22	28	1.93
14541941--14542307	98	3.7	97	84	9	483	34	14	22	28	1.93
14541955--14542307	196	1.8	196	92	0	598	35	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14542271--14542416	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
14545938--14546047	18	6.5	15	78	17	69	38	10	15	35	1.83
14545936--14546061	19	6.9	19	85	10	192	38	11	15	35	1.82
14545936--14546061	35	3.5	36	84	11	177	38	11	15	35	1.82
14545936--14546061	54	2.3	54	97	0	234	38	11	15	35	1.82
14546040--14546084	23	2.0	22	86	4	63	40	6	17	35	1.76
14550244--14550297	27	2.0	27	92	0	90	29	11	29	29	1.91
14552418--14552473	28	2.0	28	92	0	94	21	32	14	32	1.93
14556288--14556327	15	2.8	14	77	7	53	57	0	2	40	1.12
14559890--14559972	41	2.0	42	92	2	141	43	2	14	39	1.58
14560193--14560229	19	1.9	19	88	0	56	54	0	0	45	1.00
14561131--14561190	18	3.1	18	81	13	66	71	1	21	5	1.14
14565339--14565448	34	3.2	35	82	11	145	24	27	29	19	1.98
14567297--14567374	28	2.8	29	76	5	79	28	28	16	26	1.97
14567329--14567395	29	2.3	29	82	7	75	28	25	14	31	1.95
14567659--14567753	42	2.3	42	98	0	181	30	23	16	29	1.96
14568925--14569533	302	2.0	303	97	0	1148	29	27	13	30	1.94
14569973--14570007	16	2.1	17	89	5	54	37	17	0	45	1.48
14572946--14573051	52	2.0	52	100	0	212	47	22	5	24	1.73
14578520--14578561	17	2.5	16	82	17	50	40	2	0	57	1.12
14580422--14580464	14	3.1	14	83	3	52	60	0	0	39	0.97
14581976--14582018	22	2.0	22	81	9	52	58	13	11	16	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14582641--14582686	16	3.1	15	76	11	51	36	0	4	58	1.18
14583765--14583800	19	1.9	19	88	5	56	58	0	0	41	0.98
14588487--14588543	21	2.6	22	88	8	89	15	3	15	64	1.42
14591465--14591525	26	2.3	26	94	0	104	16	9	31	42	1.81
14591387--14591575	77	2.5	76	83	7	222	22	12	25	40	1.88
14591478--14591583	25	4.2	25	70	8	79	19	11	28	40	1.86
14591493--14591588	50	1.9	51	91	2	158	19	11	27	41	1.86
14591492--14591602	50	2.2	51	85	9	156	18	12	27	41	1.87
14593841--14593884	7	6.1	7	91	2	70	29	2	0	68	1.02
14598929--14598967	20	2.0	20	94	0	69	33	2	15	48	1.58
14600646--14600703	30	1.9	30	100	0	116	43	10	20	25	1.84
14602112--14602881	406	1.9	406	97	0	1459	37	17	9	35	1.83
14610694--14610720	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
14614320--14614543	43	5.2	43	79	4	195	33	25	16	23	1.96
14614349--14614543	86	2.3	86	80	0	221	34	26	15	23	1.95
14617923--14617951	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
14618209--14618234	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
14620059--14620086	9	3.1	9	100	0	56	32	0	25	42	1.55
14620927--14620981	2	27.5	2	100	0	110	50	49	0	0	1.00
14623120--14623197	40	2.0	40	92	0	129	15	17	32	34	1.92
14624496--14624526	7	4.4	7	91	0	53	41	45	0	12	1.42
14624510--14624566	20	2.8	20	82	10	71	42	33	0	24	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14627253--14627295	16	2.8	16	82	6	54	41	0	55	2	1.12
14628660--14629162	217	2.3	217	95	0	916	35	22	16	26	1.95
14629020--14629478	75	5.8	76	78	13	510	35	24	16	22	1.94
14628962--14629490	163	3.2	163	98	0	1006	35	24	16	23	1.94
14629372--14629603	122	1.9	128	85	5	332	36	24	14	25	1.93
14645623--14645675	14	3.8	13	79	18	54	54	0	3	41	1.18
14647219--14647277	22	2.7	22	87	7	84	42	18	3	35	1.67
14647249--14647301	19	3.0	17	78	10	61	35	18	9	35	1.84
14647219--14647290	19	3.5	20	80	14	65	41	18	5	34	1.73
14650586--14650726	33	4.3	34	71	8	112	29	19	27	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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