genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55983392--55983428	19	1.9	19	88	0	56	16	2	5	75	1.10
55983432--55983464	15	2.1	16	88	5	50	75	12	0	12	1.04
55983523--55983591	30	2.3	29	78	7	75	73	0	11	14	1.09
55984922--55984979	6	9.7	6	88	0	71	1	6	13	77	1.05
55997694--55997883	26	7.4	26	81	7	158	47	22	11	18	1.80
56000184--56000236	23	2.3	23	80	3	63	26	47	13	13	1.79
56000180--56000236	22	2.5	22	80	2	69	24	45	14	15	1.83
56003244--56003282	20	1.9	20	84	5	51	35	12	7	43	1.72
56004139--56004181	16	2.6	17	82	7	54	46	0	2	51	1.13
56009881--56009938	29	2.0	29	96	0	107	34	29	0	36	1.58
56012482--56012515	11	3.0	11	95	4	59	0	11	0	88	0.52
56012845--56012869	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
56019484--56019523	18	2.2	18	86	8	55	62	5	0	32	1.17
56019530--56019593	29	2.2	29	91	0	101	31	25	3	40	1.71
56020511--56020547	2	19.0	2	88	5	58	54	0	0	45	1.00
56033796--56033820	13	1.9	13	100	0	50	36	40	24	0	1.55
56034241--56034275	13	2.6	14	81	9	54	17	11	17	54	1.71
56037055--56037092	18	2.1	18	100	0	76	63	5	5	26	1.37
56037823--56037883	29	2.1	29	100	0	122	55	16	6	21	1.63
56038142--56038252	53	2.1	53	94	0	195	42	8	13	36	1.74
56045109--56045309	43	4.7	43	84	3	181	23	15	20	39	1.91
56045115--56045309	86	2.3	87	78	4	216	23	15	21	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56049592--56049677	43	2.0	43	88	0	127	52	1	24	22	1.54
56055381--56055415	18	1.9	18	88	0	52	20	31	0	48	1.50
56064151--56064186	18	1.9	19	88	5	56	41	16	8	33	1.78
56065708--56065740	11	2.9	11	95	4	57	60	0	0	39	0.97
56066067--56066491	211	2.0	212	98	0	816	38	11	7	42	1.69
56073135--56073177	20	2.2	20	84	8	54	53	4	0	41	1.21
56074657--56074710	27	2.0	29	85	10	78	27	1	7	62	1.32
56074657--56074713	26	2.1	27	84	9	73	26	1	7	64	1.28
56078653--56078765	44	2.7	41	75	14	111	24	16	24	33	1.96
56086376--56086539	43	3.9	43	76	9	158	23	17	26	32	1.96
56101059--56101102	6	7.3	6	92	0	70	15	2	2	79	0.93
56112243--56112442	53	3.7	54	83	4	233	22	24	19	34	1.96
56112254--56112442	55	3.5	54	82	7	215	21	23	19	34	1.96
56112429--56112550	47	2.6	47	93	0	208	26	23	14	35	1.94
56127883--56127989	49	2.2	47	86	3	142	33	17	28	19	1.95
56132195--56132297	38	2.7	38	87	0	134	22	23	25	29	1.99
56132295--56132484	43	4.4	43	92	0	317	10	25	32	31	1.90
56132449--56132511	27	2.3	27	94	0	108	9	25	31	33	1.88
56132406--56132554	70	2.1	70	92	0	244	10	24	32	32	1.89
56132363--56132597	113	2.1	113	94	0	407	9	24	33	31	1.88
56132295--56132683	199	2.0	199	94	0	688	10	24	33	31	1.88
56132320--56132640	156	2.1	156	94	0	561	9	24	33	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56132476--56132691	43	5.0	43	97	0	405	9	25	34	31	1.88
56134337--56134642	55	5.6	54	84	6	404	22	24	16	35	1.95
56134337--56134634	109	2.7	108	93	2	508	22	24	17	35	1.95
56134621--56134742	47	2.6	47	94	0	217	26	24	13	35	1.93
56134763--56134864	45	2.2	45	82	6	116	22	25	19	32	1.97
56135503--56135559	29	1.9	30	89	3	89	26	26	12	35	1.92
56138863--56138954	44	2.1	45	89	6	143	53	14	8	23	1.68
56143121--56143170	26	1.9	26	91	0	82	36	20	20	24	1.95
56145710--56145735	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
56153504--56153581	39	2.0	39	100	0	156	41	10	5	43	1.61
56153688--56153738	12	4.1	12	73	26	52	50	0	1	47	1.12
56159121--56159234	42	2.7	43	78	4	115	29	26	17	26	1.97
56167249--56167282	17	1.9	18	94	5	61	11	23	44	20	1.84
56174005--56174104	43	2.3	43	82	3	121	29	19	28	24	1.98
56174022--56174295	43	6.4	43	77	9	179	22	17	27	32	1.97
56174039--56174247	86	2.4	85	81	6	226	23	16	30	29	1.96
56174221--56174312	43	2.2	43	90	3	143	25	26	19	29	1.99
56177190--56177225	18	1.9	19	88	5	56	47	16	16	19	1.83
56179125--56179178	21	2.6	21	90	0	90	42	31	0	25	1.55
56179382--56179454	29	2.5	29	86	4	94	36	45	0	17	1.49
56179372--56179432	22	2.8	21	75	9	59	37	45	1	14	1.55
56180203--56180410	114	1.8	114	80	6	251	25	24	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56183029--56183061	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
56188461--56188541	6	13.7	6	80	7	76	19	3	0	76	0.93
56188464--56188508	3	15.7	3	81	9	58	24	0	0	75	0.80
56193256--56193287	13	2.4	14	85	15	50	46	6	18	28	1.73
56194355--56194587	48	4.9	48	76	14	214	27	20	25	27	1.99
56196709--56196948	40	6.1	40	85	5	310	25	27	22	24	1.99
56203958--56204201	40	6.2	40	84	5	293	26	27	20	25	1.99
56206175--56206207	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
56208678--56208736	25	2.3	25	85	8	75	32	13	10	44	1.77
56212733--56212772	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
56223903--56223986	31	2.7	30	78	12	98	33	3	2	60	1.27
56223903--56223988	10	8.4	10	73	8	75	33	3	2	60	1.26
56231948--56232055	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
56235019--56235059	17	2.3	18	87	4	57	43	7	2	46	1.44
56238624--56238656	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
56238652--56238699	24	2.1	22	85	14	62	64	2	4	29	1.23
56238940--56238997	30	1.9	30	82	0	71	55	6	13	24	1.63
56240712--56240903	45	4.3	45	76	11	187	34	28	11	24	1.91
56240725--56240888	89	1.8	89	84	2	222	35	27	14	23	1.93
56246591--56246622	16	2.0	16	100	0	64	31	12	12	43	1.80
56247707--56247885	96	1.9	96	86	2	261	35	17	13	33	1.89
56263894--56264038	42	3.4	42	78	8	141	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56266821--56266897	20	3.8	20	74	6	66	18	20	20	40	1.92
56267047--56267092	19	2.4	20	78	10	51	30	2	15	52	1.55
56274143--56274255	52	2.2	52	91	3	192	46	3	1	48	1.29
56274235--56274265	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
56284108--56284261	82	1.9	81	85	4	211	27	16	27	28	1.97
56284108--56284256	55	2.8	53	82	7	167	27	16	27	28	1.97
56284108--56284261	27	5.7	27	80	6	159	27	16	27	28	1.97
56292588--56292804	39	5.6	39	88	1	294	21	22	28	28	1.99
56293470--56293546	28	2.8	28	74	7	75	24	28	18	28	1.98
56298496--56298568	36	2.0	36	100	0	146	47	10	19	21	1.79
56306689--56306851	42	3.8	43	70	12	129	25	17	25	31	1.97
56307404--56307457	24	2.2	24	96	0	99	29	0	25	44	1.54
56321206--56321247	12	3.5	12	86	0	57	30	38	21	9	1.85
56330252--56330424	46	3.7	46	77	13	192	20	18	30	30	1.97
56330246--56330417	93	1.8	93	94	0	308	20	19	29	29	1.97
56337703--56337943	47	5.7	40	71	23	117	21	19	29	29	1.98
56337697--56337941	123	2.0	121	94	4	431	22	19	29	28	1.98
56337822--56337990	93	1.8	90	91	6	277	20	20	29	28	1.98
56337826--56337997	46	3.8	45	76	16	169	20	20	29	29	1.97
56340479--56340654	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
56340476--56340647	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
56348028--56348200	46	3.7	46	77	13	201	20	19	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56348022--56348193	93	1.8	93	96	0	317	20	20	29	29	1.98
56353979--56354008	15	1.9	16	93	6	53	33	0	13	53	1.40
56356909--56356939	16	2.0	15	93	6	53	51	9	6	32	1.60
56358375--56358523	56	2.7	56	84	0	199	35	6	11	46	1.64
56360917--56360975	29	2.0	29	93	0	100	33	20	11	33	1.89
56362723--56362894	46	3.7	46	76	4	193	29	27	20	22	1.98
56364874--56364936	17	3.7	17	85	4	74	15	22	34	26	1.94
56374544--56374581	16	2.4	16	100	0	76	39	7	21	31	1.82
56377003--56377252	125	2.0	125	100	0	500	35	11	17	36	1.86
56380712--56380736	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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