genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51139054--51139521	186	2.5	187	93	2	775	32	9	30	28	1.88
51139640--51139718	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
51153014--51153046	7	4.7	7	85	14	50	18	0	0	81	0.68
51157941--51158018	39	2.0	39	100	0	156	33	5	20	41	1.74
51161296--51161551	40	6.4	40	81	4	313	22	21	27	27	1.99
51161296--51161551	79	3.2	80	90	3	385	22	21	27	27	1.99
51164769--51164865	41	2.4	41	85	0	131	21	18	28	30	1.97
51169749--51170214	47	9.8	48	95	2	766	33	8	28	29	1.86
51169749--51170214	145	3.3	145	95	2	811	33	8	28	29	1.86
51170333--51170409	36	2.1	36	87	0	109	24	18	31	25	1.97
51171621--51171889	39	6.8	40	91	3	429	24	22	27	24	2.00
51178168--51178309	40	3.5	40	84	5	171	26	25	26	22	2.00
51181560--51181708	27	5.6	27	82	4	178	46	20	15	18	1.84
51182229--51182302	34	2.1	35	87	2	105	28	21	21	28	1.99
51189167--51189224	30	2.0	30	86	3	82	25	10	31	32	1.89
51189711--51189827	47	2.5	46	80	8	137	26	20	30	22	1.98
51189579--51189817	130	1.8	130	85	3	338	28	19	28	23	1.98
51190964--51191002	21	1.9	20	89	5	60	10	35	30	23	1.88
51196320--51196435	40	2.9	39	85	3	160	37	21	16	25	1.94
51203418--51203465	22	2.2	22	96	3	89	37	0	22	39	1.55
51208444--51208495	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
51209412--51209459	22	2.2	22	96	3	89	37	0	22	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51213557--51213608	27	2.0	27	85	11	72	23	21	21	34	1.97
51215404--51215455	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
51215471--51215532	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
51230416--51230642	48	4.8	48	77	7	241	28	24	21	25	1.99
51231885--51231930	13	3.5	13	77	11	58	41	4	0	54	1.20
51231883--51231937	26	2.1	26	100	0	110	41	3	0	54	1.18
51243681--51243890	46	4.5	46	78	10	221	30	27	20	22	1.98
51243732--51243902	93	1.8	93	88	2	263	30	27	19	22	1.98
51248949--51249098	48	3.1	48	76	1	149	27	24	21	26	1.99
51251767--51252132	48	7.6	48	75	9	300	25	27	19	27	1.99
51251863--51252132	96	2.8	96	88	3	393	24	28	20	26	1.99
51251812--51252146	144	2.3	142	83	6	417	26	28	18	26	1.98
51251812--51252146	48	7.0	47	77	10	313	26	28	18	26	1.98
51258398--51258475	27	2.9	27	72	0	75	41	23	6	29	1.79
51258395--51258532	56	2.5	56	81	5	147	41	18	8	31	1.81
51258452--51258536	27	3.1	27	75	20	77	41	15	9	34	1.79
51259465--51259559	25	3.8	25	92	0	154	27	25	22	25	2.00
51259707--51259798	42	2.2	42	92	0	148	27	11	18	42	1.85
51259822--51259905	31	2.7	31	92	1	143	29	16	25	28	1.97
51263882--51264255	47	7.9	47	92	1	597	32	8	29	29	1.87
51263882--51264253	189	2.0	187	92	1	618	31	8	29	29	1.88
51264374--51264449	37	2.1	37	87	0	107	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51265662--51266043	40	9.6	40	87	4	515	24	20	28	26	1.99
51269445--51270373	47	19.8	47	95	3	1615	32	8	29	29	1.87
51269445--51270373	143	6.6	141	95	2	1615	32	8	29	29	1.87
51270484--51270563	37	2.1	38	88	2	117	25	18	31	25	1.98
51271807--51271946	27	5.1	27	75	6	102	40	19	7	32	1.80
51271987--51272060	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
51272000--51272064	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
51272869--51272962	25	3.8	25	88	1	136	26	24	23	25	2.00
51273110--51273201	42	2.2	42	94	0	157	27	13	20	39	1.89
51273225--51273303	31	2.5	31	97	0	149	30	18	24	26	1.98
51274300--51274428	47	2.8	47	95	1	224	19	20	29	30	1.97
51281330--51281505	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
51281327--51281498	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
51293309--51293351	20	2.3	18	80	8	50	25	13	30	30	1.94
51298570--51298696	38	3.3	39	83	5	168	26	21	26	25	1.99
51306223--51306698	47	10.1	47	85	10	589	33	8	28	29	1.87
51306479--51306504	12	2.2	12	100	0	52	34	0	30	34	1.58
51306433--51306598	58	3.0	58	81	16	237	33	7	29	30	1.84
51306386--51306598	105	2.0	106	97	2	403	33	7	29	30	1.85
51306339--51306642	152	2.0	150	94	3	531	33	7	28	30	1.85
51306815--51306891	36	2.1	36	85	4	102	25	18	29	25	1.98
51310291--51310400	38	2.8	39	84	8	143	26	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51316909--51316968	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
51317002--51317031	14	2.1	15	93	6	53	23	13	13	50	1.77
51318941--51318984	20	2.3	19	84	4	52	25	13	31	29	1.94
51320214--51320339	28	4.5	27	91	4	180	29	7	12	50	1.69
51320214--51320339	56	2.2	56	90	2	200	29	7	12	50	1.69
51329431--51330264	47	17.6	47	92	2	1344	33	8	28	29	1.87
51329431--51330264	143	5.9	143	94	1	1401	33	8	28	29	1.87
51329431--51330264	190	4.4	189	92	2	1361	33	8	28	29	1.87
51330383--51330484	37	2.8	37	95	0	177	24	18	30	26	1.98
51333396--51333554	43	3.7	44	76	5	155	30	25	19	24	1.98
51335739--51335909	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
51335743--51335914	46	3.7	46	79	13	208	21	22	28	27	1.99
51343599--51343721	44	2.9	43	80	3	149	34	26	15	22	1.94
51345379--51345437	25	2.4	24	77	8	73	44	3	5	47	1.42
51348478--51348524	19	2.5	18	80	10	58	8	0	10	80	0.89
51350179--51350226	20	2.5	19	80	12	55	66	0	6	27	1.15
51355857--51355970	43	2.7	43	86	2	140	25	16	24	33	1.96
51361252--51361317	33	2.0	33	87	0	96	15	10	28	45	1.79
51362276--51362317	18	2.3	18	84	8	50	14	2	7	76	1.10
51364744--51365035	40	7.3	40	83	4	376	28	27	20	23	1.99
51364744--51365035	80	3.7	80	90	2	437	28	27	20	23	1.99
51372791--51372962	40	4.3	40	79	7	190	27	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51372791--51372962	80	2.2	79	85	7	224	27	26	20	24	1.99
51380068--51380100	12	2.5	13	90	9	50	78	0	15	6	0.93
51380938--51381256	47	6.8	46	70	15	181	27	21	29	21	1.98
51380938--51381260	94	3.4	94	76	9	311	27	21	30	21	1.98
51388518--51388603	24	3.5	24	75	7	84	27	15	26	30	1.96
51392572--51392609	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
51392834--51392956	46	2.7	46	92	0	201	30	28	19	21	1.97
51392834--51392970	46	3.0	45	87	2	141	31	28	18	21	1.97
51400303--51400362	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
51409641--51409766	43	2.9	44	82	9	152	23	15	26	34	1.94
51414194--51414224	15	2.1	15	100	0	62	38	12	32	16	1.86
51419259--51419330	37	2.0	34	81	7	81	5	38	1	54	1.33
51421624--51421662	18	2.1	18	85	4	51	35	0	7	56	1.28
51426887--51427081	53	3.6	54	78	7	209	22	23	18	36	1.95
51427060--51427181	47	2.6	47	88	0	172	22	25	15	36	1.94
51427235--51427320	45	1.9	45	80	4	102	23	25	18	32	1.97
51427841--51427901	30	2.0	30	87	0	86	31	22	9	36	1.87
51440467--51440544	31	2.5	31	89	2	122	26	24	17	30	1.97
51440568--51440659	42	2.2	42	88	3	132	35	20	14	29	1.92
51440804--51440953	26	5.8	26	89	0	230	26	23	23	26	2.00
51440804--51440953	52	2.9	52	93	1	266	26	23	23	26	2.00
51441755--51441838	27	3.1	27	87	3	116	20	23	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51441755--51441855	27	3.7	27	85	5	107	20	21	22	34	1.97
51441900--51442156	27	9.4	27	77	5	149	34	9	18	37	1.83
51441990--51442129	54	2.6	54	84	4	183	30	8	20	40	1.83
51441877--51442129	81	3.1	80	72	8	206	32	9	19	38	1.84
51442081--51442241	54	3.0	54	86	1	171	40	9	19	30	1.83
51442107--51442318	27	7.9	27	83	7	234	41	8	22	27	1.82
51442106--51442318	54	3.9	54	88	2	295	41	8	22	28	1.82
51442324--51442413	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
51442121--51442372	108	2.3	108	80	4	258	39	9	22	28	1.85
51442324--51442428	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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