genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83847531--83847673	47	3.0	47	95	0	250	42	13	13	29	1.84
83851897--83852030	45	3.1	44	79	11	134	23	17	27	32	1.96
83853281--83853313	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
83853855--83854017	43	3.7	43	79	8	152	24	29	19	26	1.99
83853842--83854059	88	2.5	87	81	3	249	23	28	20	27	1.99
83853800--83854059	44	6.0	44	79	6	210	25	28	19	26	1.98
83854862--83855004	47	3.0	47	95	0	250	42	13	13	29	1.84
83862263--83862334	22	3.3	22	64	21	60	37	16	2	43	1.63
83862246--83862342	44	2.2	46	94	3	171	40	17	3	39	1.65
83862439--83862502	32	2.0	32	93	0	110	25	15	9	50	1.74
83862569--83862739	43	4.0	43	72	11	118	34	26	16	22	1.95
83866722--83866752	15	2.1	15	100	0	62	25	12	22	38	1.90
83869818--83870132	48	6.5	48	83	6	300	25	17	30	26	1.97
83869818--83870132	97	3.3	91	83	9	335	25	17	30	26	1.97
83869867--83870132	145	1.8	144	85	9	371	25	16	30	27	1.96
83871360--83871429	33	2.1	33	100	0	140	22	5	28	42	1.76
83872579--83872682	38	2.8	36	85	10	145	21	20	24	34	1.96
83880373--83880560	49	3.8	49	80	5	234	27	19	25	27	1.99
83880370--83880555	100	1.9	100	95	0	336	26	19	25	27	1.99
83883877--83884058	49	3.7	49	86	2	238	28	25	19	25	1.99
83888469--83888528	30	2.0	30	83	6	77	41	6	23	28	1.79
83902895--83903112	46	4.7	45	76	9	174	22	30	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83903456--83903537	30	2.7	30	96	0	146	35	25	9	29	1.88
83910577--83910695	49	2.6	46	85	9	145	25	28	19	26	1.99
83910620--83910839	46	4.7	46	75	11	182	22	30	20	27	1.98
83921851--83921983	42	3.1	42	71	9	110	26	17	24	31	1.97
83949343--83949371	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
83949538--83949576	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
83954561--83954687	17	7.4	17	74	10	98	40	0	11	48	1.44
83954541--83954720	9	19.4	9	72	10	69	38	1	12	47	1.49
83954568--83954752	96	2.0	90	85	9	250	38	1	12	47	1.51
83954826--83954881	15	3.8	15	79	13	71	50	0	1	48	1.11
83954828--83954882	29	2.0	27	82	10	67	50	0	1	47	1.11
83955091--83956313	274	4.5	274	96	0	2234	38	13	13	35	1.83
83956574--83956602	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
83956803--83957171	183	2.0	183	95	0	666	42	15	15	27	1.86
83957242--83957271	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
83961921--83962045	40	3.1	39	75	6	115	25	25	19	29	1.98
83961909--83962317	154	2.6	150	79	10	399	23	25	20	30	1.99
83962031--83962317	156	1.8	153	83	8	373	23	26	20	29	1.99
83962466--83962490	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
83970219--83970256	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
83982149--83982262	56	2.0	56	86	0	156	25	12	23	38	1.90
83997409--83997548	44	3.3	43	80	7	151	27	15	22	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83997409--83997548	42	3.3	43	77	5	149	27	15	22	34	1.95
83999469--83999493	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
84001459--84001606	41	3.6	41	75	15	128	28	28	20	22	1.99
84007337--84007502	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
84014846--84015011	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
84017117--84017263	43	3.4	43	78	9	167	27	16	23	31	1.96
84021106--84021190	33	2.6	33	92	0	143	28	21	16	34	1.95
84023944--84024119	46	3.8	46	78	10	205	21	19	28	29	1.98
84023941--84024111	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	28	1.98
84029347--84029408	32	1.9	32	83	3	79	19	17	29	33	1.95
84041244--84041430	27	7.0	27	80	1	189	43	6	19	30	1.77
84041244--84041430	81	2.3	81	82	4	236	43	6	19	30	1.77
84041245--84041460	54	4.0	53	79	2	155	40	7	20	31	1.80
84041386--84041614	81	2.8	80	76	5	219	31	10	20	37	1.86
84041411--84041661	27	9.3	27	81	1	234	31	9	20	38	1.86
84043612--84043699	6	14.3	6	77	17	92	48	15	18	17	1.81
84043621--84043699	31	2.5	31	91	4	124	49	15	18	16	1.80
84044213--84044452	81	3.0	81	86	0	345	42	5	20	31	1.76
84044213--84044452	27	8.9	27	86	0	291	42	5	20	31	1.76
84044213--84044457	54	4.6	54	88	0	348	41	5	21	31	1.76
84044467--84044531	27	2.4	27	86	0	94	32	13	16	36	1.89
84044454--84044688	81	2.9	81	79	1	238	29	8	21	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84044510--84044688	27	6.6	27	82	0	205	30	7	20	41	1.81
84044539--84044704	54	3.1	54	87	0	244	31	6	19	42	1.77
84046915--84047264	47	7.4	47	94	1	583	32	8	30	29	1.86
84046915--84047264	143	2.5	141	92	1	592	32	8	30	29	1.86
84047383--84047498	37	3.1	37	88	2	171	23	18	31	26	1.97
84050793--84050868	31	2.5	31	85	8	93	48	14	18	18	1.81
84050793--84050868	6	12.3	6	71	20	59	48	14	18	18	1.81
84050987--84051046	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
84051768--84052007	27	8.9	27	86	0	282	42	7	20	29	1.79
84051993--84052242	27	9.3	27	81	2	245	30	6	21	41	1.79
84051768--84052007	81	3.0	81	88	0	354	42	7	20	29	1.79
84054210--84054297	6	14.3	6	70	17	56	47	14	17	20	1.82
84054210--84054297	19	4.8	18	68	18	56	47	14	17	20	1.82
84054221--84054297	31	2.5	31	86	0	100	48	14	16	20	1.81
84054416--84054475	27	2.3	26	88	2	84	36	18	21	23	1.95
84054811--84054970	27	5.9	27	84	0	203	41	9	19	30	1.83
84054811--84054970	81	2.0	81	91	0	257	41	9	19	30	1.83
84054955--84055204	27	9.3	27	80	3	220	31	10	19	38	1.85
84058331--84058382	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
84059022--84059140	27	4.4	26	81	7	123	25	20	18	36	1.95
84059026--84059140	54	2.1	54	82	7	137	25	20	17	36	1.94
84062868--84063023	19	8.8	18	68	16	60	32	1	1	64	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84062913--84063022	8	12.9	8	77	14	80	30	1	0	67	1.07
84062865--84063022	28	5.6	27	70	19	92	32	1	1	64	1.12
84062916--84063019	23	4.1	24	73	21	81	29	1	0	67	1.08
84062866--84063022	9	17.8	9	72	16	107	32	1	1	64	1.13
84062987--84063088	38	2.7	37	75	7	98	28	4	0	65	1.19
84062946--84063043	50	2.0	48	84	9	119	27	2	1	69	1.06
84063777--84063809	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
84063881--84063918	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
84063882--84063979	24	3.7	27	75	18	75	57	4	1	37	1.25
84063897--84064000	34	3.3	33	80	11	112	54	4	0	39	1.28
84074951--84074983	13	2.5	14	90	9	52	39	3	9	48	1.50
84076556--84076623	33	2.1	33	97	0	127	35	19	16	29	1.93
84079048--84079256	46	4.5	48	76	13	170	24	31	18	25	1.98
84080734--84080794	30	2.0	30	100	0	122	39	9	16	34	1.82
84086224--84086380	43	3.7	42	75	11	151	24	18	27	29	1.98
84091254--84091358	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
84093297--84093401	38	2.8	38	81	5	115	30	19	23	26	1.98
84093429--84093702	40	6.9	40	93	1	462	20	24	29	25	1.99
84093429--84093702	118	2.3	120	94	1	480	20	24	29	25	1.99
84098101--84098205	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
84103070--84103238	49	3.4	49	85	1	248	30	28	16	24	1.97
84103492--84103545	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84106798--84106898	40	2.5	40	93	0	166	34	24	16	23	1.95
84107345--84107383	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
84116189--84116867	48	14.0	48	94	1	1126	35	5	27	31	1.80
84117008--84117152	37	3.9	37	94	0	245	24	19	30	25	1.98
84136194--84136229	14	2.5	14	90	4	54	22	13	13	50	1.77
84136203--84136231	14	2.1	14	100	0	58	13	13	13	58	1.63
84137619--84137644	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
84139019--84139184	40	4.2	40	90	0	262	21	22	26	29	1.99
84145679--84145704	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
84147078--84147363	40	7.2	40	91	0	457	23	22	25	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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