genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71094983--71095154	27	6.4	27	80	5	161	40	19	9	30	1.84
71095095--71095223	27	4.7	27	74	12	93	44	18	6	31	1.74
71095143--71095228	27	3.1	27	80	14	104	40	15	8	36	1.77
71095282--71095346	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
71096157--71096226	25	2.8	25	87	6	97	22	25	25	25	2.00
71096158--71096253	25	3.9	23	83	8	75	26	22	23	27	2.00
71096374--71096465	42	2.2	42	96	0	166	32	15	19	32	1.93
71097694--71097757	27	2.4	27	84	2	85	35	20	25	18	1.95
71123707--71123804	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
71123735--71123817	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
71123707--71123818	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
71131864--71131961	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
71131892--71131974	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
71131864--71131975	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
71134973--71135057	30	2.8	30	96	0	152	29	15	25	29	1.96
71135399--71135712	47	6.7	47	72	11	178	28	19	28	23	1.98
71135453--71135713	94	2.8	93	77	10	266	28	19	28	23	1.98
71143898--71143971	28	2.6	28	91	4	114	28	14	25	31	1.95
71151864--71151962	28	3.5	28	84	4	110	27	15	26	31	1.95
71155052--71155094	21	2.1	20	87	12	61	53	13	0	32	1.41
71156319--71156352	17	1.9	18	88	5	52	14	32	32	20	1.93
71157607--71157664	25	2.3	25	74	11	64	41	12	18	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71161092--71161328	50	4.7	50	81	3	269	29	26	18	25	1.98
71161090--71161370	50	5.6	50	77	5	208	31	25	17	25	1.97
71161092--71161323	101	2.3	101	82	3	281	29	25	19	25	1.98
71161075--71161354	151	1.8	150	88	1	407	30	25	18	25	1.98
71165931--71166035	53	2.0	53	84	0	138	17	25	20	37	1.94
71166054--71166157	54	1.9	54	94	0	181	20	21	21	37	1.94
71174394--71174516	48	2.6	48	89	0	183	25	18	28	27	1.98
71176411--71176445	13	2.7	13	86	0	52	28	17	45	8	1.77
71183001--71183084	41	2.0	42	95	2	152	11	7	34	46	1.68
71183929--71183974	24	1.9	24	100	0	92	26	21	26	26	2.00
71186592--71186633	17	2.6	16	85	7	50	71	11	0	16	1.14
71187022--71187089	35	1.9	35	100	0	136	39	25	8	26	1.85
71189817--71190043	40	5.7	40	83	0	256	37	17	29	16	1.92
71189889--71190043	20	7.8	19	70	8	94	34	19	30	14	1.92
71199974--71200047	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
71208063--71208136	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
71216189--71216236	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
71216280--71216318	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
71216369--71216486	23	5.0	24	88	5	161	29	20	20	29	1.97
71216370--71216465	47	2.1	46	92	2	156	29	19	19	31	1.97
71216681--71216742	32	1.9	32	86	0	88	32	14	25	27	1.95
71219805--71219990	40	4.7	40	93	1	302	17	21	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71219805--71219990	79	2.3	79	93	1	309	17	21	29	31	1.96
71227813--71228039	40	5.7	40	91	0	346	18	19	28	33	1.95
71231739--71231779	11	3.7	11	80	0	55	21	14	7	56	1.63
71232002--71232034	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
71235444--71235468	10	2.5	10	100	0	50	32	0	28	40	1.57
71236122--71236146	11	2.3	11	100	0	50	8	16	8	68	1.38
71239430--71239454	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
71243010--71243086	33	2.3	32	82	6	91	33	16	22	27	1.95
71244701--71244764	33	1.9	33	83	0	83	26	23	25	25	2.00
71245921--71246010	27	3.2	27	82	7	110	32	22	24	21	1.98
71251446--71251673	101	2.3	101	86	0	330	30	15	25	28	1.96
71260616--71260683	28	2.4	29	90	2	102	25	13	32	29	1.93
71260760--71260795	4	9.0	4	100	0	72	50	0	0	50	1.00
71262609--71262872	40	6.6	39	85	4	316	23	21	28	26	1.99
71262609--71262870	79	3.3	79	89	5	361	24	21	28	25	1.99
71262609--71262872	119	2.2	121	84	5	351	23	21	28	26	1.99
71262609--71262903	79	3.7	79	84	6	332	25	21	27	26	1.99
71270190--71270452	40	6.7	40	84	6	340	23	22	28	25	1.99
71270190--71270450	79	3.3	80	88	5	363	24	22	27	25	2.00
71270190--71270452	119	2.2	120	85	6	349	23	22	28	25	1.99
71280795--71280875	18	4.4	18	77	11	85	50	13	16	19	1.77
71280795--71280925	6	21.3	6	70	18	74	48	11	17	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71280816--71280896	37	2.2	37	90	0	126	49	11	18	20	1.78
71280846--71280925	25	3.2	25	77	11	85	48	10	17	23	1.77
71280816--71280925	31	3.3	34	75	14	97	49	10	18	21	1.78
71281524--71281632	54	2.0	54	80	3	121	28	21	20	30	1.98
71281535--71281669	27	5.0	27	86	1	182	25	21	20	33	1.97
71281660--71281764	27	3.9	27	71	5	70	33	6	23	36	1.81
71284082--71284336	55	4.8	53	79	9	254	36	16	25	21	1.94
71284089--71284289	108	1.8	110	88	4	309	35	16	25	22	1.95
71284528--71284558	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
71288480--71288569	26	3.4	26	86	6	119	28	13	21	36	1.91
71288480--71288604	27	4.7	26	82	4	128	27	16	20	36	1.94
71288961--71289007	18	2.6	18	82	0	58	21	23	17	38	1.93
71297261--71297339	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
71297458--71297970	47	10.9	47	93	0	812	28	31	8	31	1.87
71299780--71299842	26	2.4	26	94	5	110	31	22	26	19	1.97
71302120--71302297	89	2.0	89	97	0	338	30	25	8	34	1.87
71302797--71302824	13	2.2	13	100	0	56	21	32	25	21	1.98
71305243--71305303	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
71308447--71308484	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
71308715--71308884	93	1.8	93	90	0	277	29	25	21	23	1.99
71308709--71308881	46	3.7	46	75	13	174	30	24	20	23	1.99
71311972--71312193	48	4.7	48	73	9	206	27	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71318591--71318700	44	2.6	42	78	7	105	33	24	18	23	1.97
71327006--71327177	93	1.8	93	93	0	299	28	27	21	22	1.99
71327001--71327173	46	3.7	46	77	10	199	29	26	21	22	1.99
71335225--71335277	26	2.0	26	96	0	97	43	16	0	39	1.49
71340548--71340623	40	1.9	39	89	2	116	30	23	15	30	1.96
71340989--71341104	41	2.8	41	97	0	214	29	18	5	46	1.71
71344704--71344836	50	2.7	50	86	2	187	21	29	19	30	1.97
71353058--71353229	43	4.0	43	74	13	131	33	23	17	25	1.96
71357021--71357244	40	5.7	40	81	9	235	25	27	20	25	1.99
71357021--71357244	79	2.8	77	80	9	245	25	27	20	25	1.99
71357176--71357253	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
71364581--71364803	39	5.7	40	82	6	240	25	27	21	25	1.99
71364581--71364803	79	2.8	77	81	5	250	25	27	21	25	1.99
71364735--71364812	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
71372402--71372586	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
71372402--71372586	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
71374493--71374521	7	4.1	7	100	0	58	13	55	0	31	1.39
71374493--71374532	21	1.9	21	84	0	53	17	47	0	35	1.48
71376496--71376665	27	6.3	27	82	5	173	28	14	17	40	1.89
71376496--71376652	81	1.9	81	88	0	233	26	14	18	40	1.89
71390040--71390229	54	3.5	54	86	2	240	38	19	10	31	1.86
71390040--71390257	27	8.1	27	79	6	183	38	18	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71390040--71390257	54	4.1	54	85	3	233	38	18	10	33	1.84
71390250--71390349	27	3.7	27	82	0	101	33	17	22	28	1.96
71390337--71390403	26	2.5	26	73	2	71	26	16	23	32	1.96
71390866--71390946	32	2.5	32	75	0	81	28	19	17	34	1.95
71401853--71401914	31	2.0	31	96	0	115	29	9	17	43	1.81
71405268--71405340	32	2.3	32	85	4	103	23	31	30	15	1.95
71407600--71407640	20	2.0	20	100	0	82	41	4	14	39	1.67
71408722--71408899	43	4.2	41	75	12	146	25	21	26	25	2.00
71408722--71408899	85	2.1	84	84	5	225	25	21	26	25	2.00
71410091--71410191	27	3.8	28	79	7	102	31	9	19	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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