genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74790417--74790594	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74790438--74790593	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74803036--74803083	22	2.2	22	92	0	78	43	29	16	10	1.81
74803278--74803339	22	2.8	23	78	7	65	30	20	24	24	1.99
74803487--74803605	41	2.9	41	96	0	211	24	30	23	21	1.99
74803824--74804167	27	12.8	27	80	6	286	29	9	19	41	1.83
74803844--74804114	107	2.5	108	81	7	302	31	9	18	41	1.81
74803992--74804139	53	2.8	53	81	7	156	31	8	18	42	1.79
74806141--74806171	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
74807188--74807246	30	2.0	30	89	0	91	23	6	22	47	1.75
74810087--74810334	81	3.1	81	81	3	284	39	20	7	32	1.81
74810087--74810373	27	10.6	27	78	4	229	38	20	8	33	1.82
74810362--74810478	27	4.3	27	84	0	144	36	18	21	23	1.95
74810463--74810495	17	1.9	17	93	0	57	36	30	12	21	1.90
74811029--74811107	31	2.5	31	87	4	115	17	18	13	49	1.80
74811029--74811116	6	14.3	6	75	17	83	18	18	14	48	1.81
74813136--74813174	16	2.4	17	91	4	62	51	33	2	12	1.54
74814272--74814303	12	2.6	13	85	14	50	65	0	34	0	0.93
74825152--74825313	43	3.8	42	75	8	130	25	16	24	33	1.96
74829877--74829906	13	2.3	13	94	0	51	0	33	30	36	1.58
74831919--74831980	31	2.0	32	87	3	90	20	19	19	40	1.92
74841443--74841547	42	2.5	40	80	10	120	30	15	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74842955--74842987	16	2.1	17	88	11	52	21	9	6	63	1.45
74849048--74849118	35	2.0	35	91	0	115	26	22	18	32	1.97
74851042--74851171	47	2.8	48	79	13	155	31	26	19	22	1.97
74851047--74851190	46	3.1	44	71	17	114	31	26	19	22	1.98
74853562--74853650	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
74853562--74853641	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
74853573--74853650	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
74856599--74856767	93	1.8	93	90	0	275	29	27	20	22	1.98
74856591--74856766	46	3.8	46	74	12	180	30	27	19	22	1.98
74864636--74864694	29	2.0	29	96	0	109	27	28	11	32	1.92
74879440--74879520	33	2.4	34	75	17	80	24	23	25	25	2.00
74887752--74887864	23	4.9	22	78	9	84	27	23	13	36	1.92
74893062--74893316	55	4.8	54	79	10	260	36	16	25	21	1.94
74893069--74893269	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.96
74893513--74893543	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
74895018--74895386	104	3.6	103	92	3	591	30	30	19	19	1.97
74895257--74895308	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
74895722--74895778	30	1.9	30	85	3	80	31	22	7	38	1.81
74924425--74924514	23	3.9	23	77	4	92	22	20	18	38	1.93
74925433--74925498	30	2.2	30	97	0	123	19	27	31	21	1.97
74927979--74928098	43	2.9	41	77	13	109	25	19	27	27	1.99
74951443--74951499	29	2.0	29	96	0	105	50	15	12	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74954515--74954566	26	2.0	26	96	0	95	26	28	3	40	1.74
74955793--74955817	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
74966695--74966894	106	1.9	106	80	6	235	48	12	8	31	1.70
74967008--74967046	12	3.4	12	89	10	64	74	7	0	17	1.05
74967009--74967107	13	7.0	13	70	20	56	69	5	2	23	1.18
74967142--74967204	20	3.3	19	77	16	67	53	6	3	36	1.42
74967393--74967419	12	2.2	12	100	0	54	66	0	0	33	0.92
74967460--74967497	19	2.0	19	89	0	58	63	0	2	34	1.09
74980785--74980819	4	9.2	4	87	12	56	77	0	0	22	0.78
74980785--74980893	8	11.3	10	70	15	54	70	1	1	25	1.07
74980785--74980875	19	4.8	18	70	16	60	71	2	2	24	1.08
74980787--74980876	12	7.2	12	71	16	58	70	2	2	25	1.11
74980923--74980962	20	2.0	21	85	5	55	50	7	2	40	1.44
74981226--74981263	19	2.0	19	89	0	58	63	0	2	34	1.09
74992693--74992730	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
74992829--74992877	25	2.0	25	87	0	71	42	16	6	34	1.73
74994693--74994727	6	5.7	6	93	3	52	17	20	0	62	1.32
74994691--74994734	18	2.4	17	82	14	52	15	18	0	65	1.27
74996617--74996657	21	2.0	21	85	0	55	17	29	14	39	1.89
75006233--75006270	18	2.1	19	85	5	51	55	0	26	18	1.43
75008447--75008698	68	3.8	66	76	11	198	24	29	16	29	1.96
75010779--75010887	49	2.2	49	83	1	139	47	4	22	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75025085--75025163	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
75025282--75025810	47	11.1	47	94	2	898	29	30	8	31	1.87
75036295--75036330	14	2.7	13	91	4	54	77	0	22	0	0.76
75043953--75044007	20	2.8	20	72	25	53	14	27	18	40	1.89
75051550--75051580	12	2.5	12	94	5	53	74	6	3	16	1.16
75060659--75060691	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
75060683--75060723	21	2.0	20	85	4	55	51	0	0	48	1.00
75062807--75062846	21	1.9	21	100	0	80	40	2	20	37	1.66
75062805--75062864	21	2.9	21	85	5	68	41	3	21	33	1.70
75062937--75062978	15	2.7	15	85	10	50	33	0	0	66	0.92
75067110--75067135	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
75068464--75068505	18	2.2	18	87	8	57	35	2	11	50	1.52
75069652--75069689	20	1.9	20	94	0	67	42	5	10	42	1.62
75069720--75069759	21	2.0	20	85	14	55	37	5	7	50	1.53
75070162--75070194	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
75070511--75070566	28	2.0	28	100	0	112	32	21	14	32	1.93
75079424--75079585	43	3.8	42	77	8	139	34	25	16	23	1.95
75092886--75092910	13	1.9	13	100	0	50	44	40	16	0	1.47
75097632--75097746	29	4.0	28	78	8	115	29	28	14	26	1.95
75097961--75098007	24	2.0	24	95	0	85	10	21	19	48	1.78
75101857--75101929	36	2.0	37	89	2	112	26	9	28	35	1.88
75105579--75105804	40	5.7	40	88	3	289	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75105555--75105804	80	3.2	80	85	3	319	26	27	22	24	2.00
75116433--75116535	30	3.4	31	89	4	165	31	19	19	30	1.96
75116433--75116530	31	3.2	31	92	2	171	30	18	19	31	1.96
75121106--75121217	39	2.9	39	94	0	188	27	27	22	22	1.99
75125449--75125556	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
75126999--75127051	26	2.0	26	82	7	63	39	20	13	26	1.89
75130761--75130876	39	3.0	39	94	0	196	27	29	20	22	1.99
75132833--75132866	17	2.0	17	94	0	59	14	32	35	17	1.91
75135272--75135320	3	16.3	3	95	0	89	34	30	0	34	1.58
75138276--75138429	47	3.3	47	89	0	245	27	27	8	36	1.86
75152005--75152035	15	2.1	15	100	0	62	25	25	12	35	1.92
75154534--75154651	40	3.0	40	93	0	191	22	17	28	30	1.97
75169026--75169118	33	2.8	31	73	21	82	36	3	0	60	1.13
75169028--75169131	8	10.6	10	68	23	62	35	2	0	61	1.11
75169063--75169364	143	2.1	143	88	10	447	32	5	2	59	1.36
75169206--75169292	30	3.1	29	73	18	85	32	5	1	60	1.27
75169264--75169297	16	2.0	17	88	11	52	35	5	0	58	1.22
75169063--75169420	143	2.5	147	83	13	385	33	6	3	57	1.39
75169565--75169613	14	3.6	14	77	5	55	34	0	0	65	0.93
75169574--75169612	13	2.8	15	81	18	57	38	0	0	61	0.96
75174991--75175065	39	1.9	38	89	2	114	21	18	29	30	1.97
75181238--75181307	15	4.6	15	71	16	54	37	2	0	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75181256--75181352	18	5.3	18	71	18	67	37	6	0	56	1.24
75181243--75181332	31	2.9	31	79	11	78	37	5	0	56	1.23
75181534--75181584	21	2.4	20	78	18	50	37	7	0	54	1.29
75185363--75185434	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
75185407--75185478	23	3.1	23	65	23	60	29	12	33	25	1.92
75185334--75185526	47	4.1	47	89	1	280	33	10	29	26	1.90
75185334--75185526	93	2.1	94	88	1	280	33	10	29	26	1.90
75185369--75185662	93	3.1	93	84	9	314	34	9	28	27	1.89
75185496--75185678	47	3.8	48	89	5	298	35	6	26	31	1.82
75185497--75185678	97	1.9	95	92	4	303	35	6	26	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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