genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  281  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95761414--95761531	43	2.8	42	78	7	139	30	12	27	29	1.93
95764285--95764345	32	1.9	32	89	0	95	42	4	8	44	1.55
95765499--95765737	91	2.6	91	81	8	252	40	18	7	33	1.79
95766866--95766900	3	11.7	3	93	0	61	71	0	28	0	0.86
95767445--95767492	16	3.0	16	80	17	55	62	0	2	35	1.07
95771062--95771123	26	2.4	26	78	5	72	54	14	0	30	1.40
95771071--95771123	27	2.0	26	85	3	70	58	16	0	24	1.38
95772570--95772629	30	2.0	30	90	0	93	23	31	26	18	1.97
95773724--95774104	190	2.0	189	87	3	541	29	14	21	34	1.93
95774068--95774155	44	2.0	44	100	0	176	31	18	25	25	1.97
95775721--95775773	28	1.9	27	85	11	72	62	5	5	26	1.40
95776442--95776477	18	1.9	19	88	5	56	25	0	19	55	1.43
95778071--95778137	30	2.2	31	83	2	82	46	11	8	32	1.72
95781683--95781717	16	2.1	17	89	5	54	42	0	2	54	1.15
95784115--95784178	14	4.9	14	88	7	82	75	6	0	18	1.01
95784112--95784178	6	10.5	6	81	12	80	76	5	0	17	0.99
95784112--95784180	20	3.5	20	80	3	88	75	7	0	17	1.02
95784198--95784265	9	7.6	9	86	0	100	26	8	20	44	1.81
95784549--95784677	44	3.0	43	81	11	183	23	17	28	30	1.97
95786909--95786985	3	26.3	3	76	10	52	27	7	0	64	1.20
95789284--95789425	70	2.0	70	98	0	275	37	9	11	41	1.74
95790024--95790095	36	2.0	36	100	0	144	16	5	36	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95795600--95795652	20	2.6	21	90	3	81	50	3	5	39	1.44
95798458--95798551	47	2.0	47	91	4	154	43	14	5	36	1.69
95800584--95800632	24	2.1	24	88	3	73	36	24	12	26	1.91
95804237--95804509	46	5.9	46	92	0	395	20	23	13	41	1.88
95806630--95806688	11	5.2	11	82	8	64	62	1	1	33	1.15
95809208--95809550	41	8.3	41	91	2	528	18	19	24	37	1.94
95828824--95828848	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
95830141--95830173	17	1.9	17	88	11	50	63	3	0	33	1.10
95831227--95831385	27	5.9	27	83	11	184	35	22	23	18	1.96
95831227--95831385	54	3.0	54	89	2	241	35	22	23	18	1.96
95833007--95833090	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
95833694--95833756	3	20.7	3	87	9	92	63	0	0	36	0.95
95833871--95833938	27	2.5	29	79	13	83	61	1	1	35	1.14
95833923--95834009	3	28.0	3	71	13	52	57	4	5	32	1.43
95833971--95834007	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
95834033--95834066	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
95838846--95838870	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
95849616--95849692	40	1.9	40	91	0	127	12	15	36	35	1.86
95866667--95866728	31	2.1	30	82	14	76	45	0	4	50	1.23
95866676--95866738	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
95866815--95866844	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
95866854--95866902	15	3.2	15	77	13	55	75	2	16	6	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95868539--95868655	47	2.5	47	91	2	182	14	19	23	41	1.89
95868785--95868868	18	4.6	18	77	4	62	36	10	13	39	1.79
95868780--95868868	36	2.4	37	79	1	108	35	11	14	38	1.82
95872446--95872498	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
95877880--95877960	25	3.2	25	94	3	137	34	4	24	35	1.77
95879440--95879488	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
95883034--95883096	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
95883146--95883177	15	2.0	17	88	11	50	43	3	3	50	1.33
95884655--95884702	19	2.4	20	79	6	62	62	0	4	33	1.14
95884828--95884852	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
95884883--95884999	47	2.5	47	90	2	173	15	18	23	41	1.89
95885126--95885263	18	7.7	18	75	5	109	35	7	14	42	1.75
95888637--95888661	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
95900936--95900970	15	2.3	15	90	9	54	34	2	2	60	1.26
95901850--95901879	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
95903205--95903297	25	3.8	24	72	13	64	59	5	4	31	1.39
95903446--95903531	3	29.0	3	73	17	56	60	3	4	31	1.34
95907031--95907293	46	5.9	46	85	7	337	38	15	24	21	1.92
95907038--95907293	84	2.9	85	86	6	336	37	15	25	21	1.93
95907554--95907600	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
95908789--95908822	13	2.4	15	85	14	54	38	5	17	38	1.74
95908792--95908825	14	2.5	14	95	4	61	41	5	17	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95908673--95909052	88	4.4	87	77	10	275	35	19	16	28	1.94
95908964--95908998	14	2.5	14	90	0	52	54	5	20	20	1.64
95908722--95909133	169	2.5	164	80	10	444	34	19	17	28	1.94
95908896--95909058	90	1.8	89	91	1	272	33	19	17	30	1.94
95908982--95909133	75	2.0	74	88	1	223	32	21	17	29	1.96
95908759--95909133	165	2.3	167	81	8	446	33	20	17	29	1.95
95909277--95909302	11	2.4	11	100	0	52	11	7	26	53	1.63
95920148--95920243	22	4.4	21	72	24	58	59	4	4	32	1.36
95920187--95920243	19	2.9	19	79	20	64	61	1	1	35	1.17
95920374--95920400	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
95920429--95920589	23	6.6	23	66	23	80	53	4	6	35	1.48
95920439--95920533	28	3.7	27	74	13	76	53	3	5	37	1.39
95920565--95920636	25	2.8	24	73	10	63	58	4	5	31	1.40
95920863--95920892	13	2.3	13	94	0	51	70	3	0	26	1.03
95920863--95920901	21	1.9	19	85	10	51	71	2	0	25	0.98
95922910--95922941	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
95923555--95923729	20	8.8	20	77	2	154	33	20	31	14	1.92
95925101--95925143	21	2.0	21	86	8	61	53	18	23	4	1.63
95926788--95927278	27	18.2	27	85	4	587	27	21	9	41	1.84
95927283--95927478	27	7.3	27	86	0	257	35	19	19	25	1.96
95927677--95927759	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
95927847--95927905	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95928261--95928440	6	29.8	6	78	17	187	20	16	15	48	1.80
95929545--95929596	22	2.4	22	77	6	52	23	7	3	65	1.35
95932423--95932553	35	3.6	35	77	11	138	32	24	11	31	1.91
95938568--95938609	21	2.0	20	86	4	57	54	16	23	4	1.61
95943995--95944034	18	2.2	18	90	0	62	42	7	7	42	1.61
95944714--95944757	21	2.1	21	91	0	70	22	31	31	13	1.93
95944825--95944874	21	2.4	21	86	0	73	16	26	36	22	1.94
95944720--95944936	109	2.0	109	83	3	276	21	31	27	19	1.97
95949540--95949877	46	7.5	46	86	5	415	39	15	24	20	1.91
95949488--95949877	84	4.4	86	88	5	475	38	15	24	21	1.91
95949498--95949877	130	2.9	129	84	9	454	38	15	24	21	1.92
95950770--95951188	209	2.0	210	82	4	515	37	16	10	34	1.84
95956947--95956985	20	2.0	20	84	0	51	33	5	12	48	1.63
95965823--95965847	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
95966529--95966790	47	5.7	46	71	10	137	26	20	29	23	1.99
95972072--95972159	45	2.0	45	100	0	176	29	13	20	36	1.91
95987656--95987828	46	3.7	46	73	13	174	23	20	26	29	1.99
95987653--95987823	93	1.8	93	91	0	279	23	20	27	28	1.99
95989511--95989712	39	5.1	39	86	5	241	25	27	22	24	2.00
95992712--95992747	16	2.2	17	90	5	56	58	30	0	11	1.33
95993889--95994259	190	2.0	188	90	2	582	37	17	10	34	1.84
95998668--95998707	22	1.9	22	85	10	57	30	7	2	60	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95998689--95998775	15	6.0	14	78	12	70	26	9	0	64	1.23
95998692--95998802	29	3.8	28	74	16	84	27	8	0	63	1.22
95998687--95998806	44	2.8	44	81	13	117	27	9	0	63	1.25
95998722--95998767	15	2.9	15	93	6	74	26	8	0	65	1.21
95998839--95998863	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
95998914--95998944	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
95998915--95999018	6	15.9	7	75	13	57	32	3	1	61	1.25
96001419--96001484	29	2.2	29	83	2	78	53	7	4	34	1.50
96001430--96001512	29	2.8	28	80	12	71	51	8	1	38	1.40
96001741--96001775	18	1.9	18	100	0	70	22	17	0	60	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295