genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67940613--67940920	49	6.5	47	74	12	233	28	18	29	24	1.98
67940610--67940920	95	3.3	91	77	9	270	27	18	29	23	1.98
67940613--67940920	47	6.5	47	75	10	263	28	18	29	24	1.98
67952644--67952777	46	2.9	45	83	6	144	25	22	18	33	1.97
67952654--67952777	24	5.3	24	79	6	130	25	21	18	33	1.96
67952654--67952777	45	2.7	45	83	5	131	25	21	18	33	1.96
67959384--67959457	36	2.1	36	100	0	148	22	2	27	47	1.65
67959940--67960022	22	3.6	22	75	13	69	26	21	15	36	1.94
67971434--67971484	18	2.8	19	76	8	61	39	21	19	19	1.93
67971835--67971930	27	3.6	27	79	0	102	22	25	16	35	1.95
67971946--67972234	27	10.7	27	85	2	348	37	14	14	32	1.88
67971945--67972234	81	3.6	81	84	2	386	37	14	14	32	1.87
67976320--67976365	22	2.1	21	84	4	56	73	2	4	19	1.10
67976321--67976362	14	2.9	14	86	6	57	76	2	4	16	1.07
67987703--67987833	53	2.5	53	81	6	149	38	17	12	31	1.87
67987702--67988151	27	16.7	27	81	3	248	37	20	9	33	1.84
67988143--67988437	27	11.0	27	84	1	360	36	17	21	24	1.95
67988642--67988736	25	3.8	25	95	0	163	26	26	22	25	2.00
68003990--68004062	36	2.0	36	94	0	128	43	8	19	28	1.79
68015704--68015739	18	2.0	18	94	0	63	16	2	16	63	1.42
68017782--68017812	16	1.9	16	100	0	62	32	22	19	25	1.97
68018703--68018791	35	2.4	37	90	9	146	37	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68018703--68018791	19	4.8	19	91	8	157	37	11	14	37	1.82
68018703--68018802	19	5.2	22	89	10	95	39	10	15	36	1.80
68019085--68019120	18	1.9	19	88	5	56	27	2	0	69	1.02
68026714--68026850	45	3.1	45	89	1	204	31	14	28	25	1.95
68027220--68027275	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
68027199--68027296	35	2.7	37	86	12	141	37	11	16	34	1.84
68027199--68027289	19	4.9	19	90	8	152	37	12	15	35	1.84
68027199--68027312	19	5.8	22	85	12	87	36	10	15	36	1.82
68041902--68042016	16	7.2	16	72	5	90	26	20	10	42	1.84
68041928--68042007	33	2.4	33	91	0	124	26	21	11	41	1.86
68046140--68046185	21	2.3	20	85	7	58	50	17	0	32	1.47
68047905--68047955	26	2.0	26	100	0	102	43	11	23	21	1.85
68049505--68049538	11	2.8	12	91	8	52	61	2	11	23	1.43
68052377--68052491	43	2.6	42	75	18	103	27	17	26	28	1.97
68056155--68056323	46	3.7	46	76	16	186	21	19	27	30	1.98
68062910--68063024	44	2.6	44	76	14	121	26	18	26	28	1.98
68065295--68065342	11	4.5	11	81	5	62	79	0	16	4	0.89
68077060--68077136	30	2.6	30	76	0	82	31	23	15	29	1.95
68084059--68084160	52	2.0	52	94	0	177	41	9	14	34	1.79
68084825--68084861	17	2.2	17	90	4	58	40	0	13	45	1.43
68088908--68088933	12	2.2	12	100	0	52	34	15	26	23	1.94
68088920--68089045	50	2.5	50	96	2	227	23	15	29	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68093340--68093446	54	2.0	54	96	0	196	27	17	22	32	1.96
68102926--68102959	15	2.2	16	89	5	52	47	11	11	29	1.76
68107122--68107285	42	3.9	42	79	4	161	30	15	23	30	1.95
68108274--68108308	13	2.7	13	100	0	70	8	14	37	40	1.76
68110062--68110173	44	2.6	43	77	17	124	24	16	28	31	1.96
68116838--68117020	46	4.0	46	92	0	285	24	31	9	34	1.87
68117037--68117112	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
68116994--68117325	47	7.1	47	90	0	468	26	29	9	34	1.89
68117153--68117230	23	3.2	25	70	23	85	30	28	8	32	1.88
68117037--68117205	23	7.3	22	63	19	67	27	28	10	33	1.90
68124772--68124937	43	3.9	43	76	5	131	28	15	23	32	1.95
68125643--68125687	24	2.0	23	83	16	58	20	6	24	48	1.73
68128698--68128769	33	2.1	34	84	2	92	23	22	25	29	1.99
68145858--68145966	32	3.4	32	73	7	96	36	21	19	22	1.95
68146409--68146476	27	2.5	27	90	4	102	30	17	13	38	1.88
68152830--68153093	47	5.7	47	82	8	233	23	28	18	29	1.98
68152878--68153091	92	2.3	93	80	8	231	23	27	19	29	1.98
68167079--68167117	21	1.9	20	89	5	60	23	28	35	12	1.91
68174584--68174753	46	3.7	46	77	13	195	21	18	28	30	1.97
68174578--68174748	93	1.8	93	94	0	306	21	19	29	29	1.98
68176133--68176180	20	2.5	19	83	6	60	10	6	14	68	1.37
68181824--68181883	18	3.4	18	80	8	63	10	18	3	68	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68184830--68184933	51	2.0	51	96	0	190	45	14	6	33	1.71
68186554--68186635	21	3.9	21	72	12	78	37	15	26	19	1.92
68190611--68190782	46	3.8	46	77	15	187	19	20	30	28	1.97
68193705--68193783	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
68193696--68193782	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
68196168--68196343	46	3.8	46	81	10	214	19	21	30	28	1.97
68196164--68196336	93	1.9	93	95	0	310	19	21	31	27	1.98
68212307--68212398	48	1.9	48	84	8	125	20	13	26	40	1.89
68214823--68214914	48	1.9	48	84	8	125	21	13	25	40	1.89
68226232--68226449	40	5.5	40	90	4	327	23	22	27	25	2.00
68228892--68229081	99	1.9	99	93	0	326	26	17	27	28	1.98
68228896--68229069	49	3.5	49	88	1	276	25	16	28	29	1.97
68233818--68233871	27	2.0	27	85	0	72	42	7	11	38	1.68
68234123--68234316	100	1.9	100	87	2	282	26	18	25	28	1.98
68234120--68234339	49	4.4	50	77	4	230	26	17	26	29	1.97
68235639--68235763	62	2.0	62	98	0	241	26	8	22	42	1.82
68242131--68242237	27	3.9	27	82	9	128	37	21	24	16	1.94
68243656--68243706	24	2.1	24	88	0	75	23	37	1	37	1.66
68250749--68250813	34	1.9	34	87	0	94	38	10	12	38	1.78
68253044--68253163	59	2.0	59	100	0	240	40	18	6	34	1.77
68253366--68253542	40	4.4	40	83	4	225	26	27	22	23	1.99
68260112--68260335	40	5.7	40	87	6	305	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68290234--68290542	49	6.7	47	72	18	215	30	25	17	27	1.97
68290234--68290490	90	2.8	92	77	17	261	31	24	16	27	1.96
68295591--68295822	49	4.7	49	80	9	245	28	25	18	27	1.98
68297983--68298019	15	2.5	15	95	0	65	56	24	13	5	1.58
68300944--68301181	49	4.8	49	86	2	296	29	27	17	26	1.97
68303882--68304032	43	3.5	44	83	4	191	25	15	26	32	1.95
68307526--68307619	47	2.0	47	100	0	188	8	29	2	59	1.39
68307524--68307603	25	3.3	25	70	22	89	7	31	1	60	1.33
68307539--68307615	24	3.2	24	70	23	81	9	29	1	59	1.36
68307538--68307617	27	3.2	27	64	29	77	8	30	1	60	1.35
68308836--68308966	46	2.9	46	77	4	140	28	17	20	33	1.95
68314737--68314815	27	2.9	27	84	3	97	31	15	17	35	1.91
68317389--68317434	20	2.3	20	96	0	83	26	32	30	10	1.90
68334617--68334654	20	1.9	20	100	0	76	39	10	31	18	1.85
68335057--68335160	27	3.9	27	83	0	118	28	22	7	41	1.81
68335065--68335187	54	2.3	54	79	0	138	32	19	7	40	1.79
68335152--68335330	54	3.3	52	85	6	214	40	21	8	29	1.83
68335152--68335346	81	2.4	80	82	4	223	40	20	9	29	1.83
68335152--68335337	27	6.9	27	82	6	191	39	20	9	30	1.84
68336695--68336742	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
68336781--68336837	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
68336779--68336849	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68336790--68336844	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
68336896--68337064	25	7.0	24	85	6	193	28	20	22	28	1.99
68337256--68337319	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
68342853--68342882	13	2.3	13	100	0	60	46	10	20	23	1.80
68352494--68352672	89	2.0	89	98	0	349	29	12	15	43	1.83
68352898--68352937	20	2.0	21	90	5	64	25	0	5	70	1.08
68353056--68353123	25	2.9	24	81	16	88	69	2	0	27	1.03
68353085--68353162	29	2.9	27	72	10	70	64	5	1	29	1.23
68353068--68353177	29	3.9	28	70	17	68	65	3	0	30	1.16
68353137--68353179	18	2.5	17	80	3	50	69	2	0	27	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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