genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83385016--83385135	29	4.2	29	86	1	170	25	14	29	30	1.95
83386253--83386288	18	2.1	18	89	5	56	47	8	13	30	1.73
83390663--83390728	29	2.3	29	89	0	96	18	16	31	33	1.93
83395628--83395812	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
83395628--83395812	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
83399965--83400165	43	4.7	43	81	3	244	24	15	24	34	1.94
83399958--83400190	43	5.4	43	78	3	227	27	15	23	33	1.94
83399965--83400164	86	2.3	86	93	0	337	25	15	25	35	1.94
83399958--83400211	129	2.0	128	80	2	285	27	14	23	34	1.94
83401784--83402005	40	5.6	39	87	3	266	26	27	22	23	1.99
83401784--83402007	79	2.8	78	83	5	279	25	27	22	23	2.00
83404238--83404282	21	2.1	21	83	0	54	28	4	22	44	1.72
83411614--83411645	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
83411615--83411645	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
83422703--83422799	39	2.5	39	81	5	108	26	29	23	19	1.98
83422770--83422856	39	2.2	39	83	0	120	29	28	18	22	1.97
83428329--83428380	27	2.0	26	84	3	68	17	13	21	48	1.81
83428641--83428759	29	4.2	29	84	6	154	27	30	13	28	1.94
83428976--83429012	16	2.3	16	90	0	56	10	24	16	48	1.77
83431765--83431811	21	2.2	22	84	3	60	48	4	0	46	1.21
83431757--83431820	30	2.1	30	82	8	76	48	3	0	48	1.17
83432026--83432056	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83435076--83435173	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
83435104--83435186	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
83435076--83435187	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
83443148--83443245	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
83443176--83443258	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
83443148--83443259	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
83445345--83445475	45	3.0	41	81	12	138	22	19	27	31	1.97
83445414--83445493	40	2.0	41	87	7	119	23	21	31	23	1.98
83453759--83453940	40	4.6	40	91	4	219	24	20	28	26	1.99
83453758--83453967	80	2.7	80	81	6	232	23	19	28	28	1.98
83458656--83458688	16	2.1	16	88	11	50	63	0	6	30	1.18
83459698--83459782	42	2.0	44	86	6	120	51	5	3	38	1.43
83459694--83459791	45	2.2	42	77	13	108	53	5	3	38	1.39
83462295--83462400	28	3.7	28	68	23	76	27	19	26	26	1.99
83465658--83465806	42	3.6	42	86	7	198	33	26	15	24	1.95
83470272--83470476	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
83470272--83470475	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
83470326--83470475	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
83478153--83478356	27	7.6	27	85	4	205	29	29	15	25	1.96
83478153--83478355	53	3.8	54	84	4	257	29	29	15	25	1.96
83478207--83478355	80	1.9	80	88	0	226	27	28	16	26	1.97
83482064--83482191	42	3.1	42	82	8	122	25	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83482101--83482191	42	2.2	42	86	11	125	25	16	26	31	1.96
83486914--83486998	24	3.6	23	76	4	89	23	12	28	35	1.92
83491948--83491988	19	2.2	19	95	0	73	21	4	19	53	1.63
83498576--83498746	46	3.8	45	80	4	175	22	19	26	30	1.98
83498573--83498742	91	1.9	91	88	0	259	22	20	27	30	1.98
83503104--83503195	48	1.9	48	88	0	139	28	14	25	32	1.94
83503110--83503226	48	2.4	47	81	5	128	26	17	25	30	1.97
83509173--83509259	42	2.0	43	86	2	122	33	11	14	40	1.83
83510860--83510954	24	4.0	24	77	2	102	24	16	26	32	1.96
83515597--83516040	50	8.8	50	75	7	355	26	17	26	30	1.97
83515645--83516029	101	3.8	101	76	8	297	26	18	25	29	1.98
83515752--83515832	26	3.2	26	66	25	73	27	13	27	32	1.94
83515598--83516029	151	2.9	151	87	3	595	25	17	26	30	1.97
83519405--83519507	28	3.7	28	88	0	143	24	14	33	28	1.94
83525767--83525858	28	3.2	28	85	1	121	29	14	32	23	1.94
83527092--83527125	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
83528585--83528740	41	3.8	39	81	8	170	22	25	14	37	1.93
83528585--83528762	81	2.2	82	84	8	222	24	26	14	34	1.93
83528585--83528803	41	5.4	40	80	6	156	24	26	14	34	1.94
83528611--83528816	81	2.5	80	81	6	218	23	26	14	35	1.93
83530955--83531170	40	5.4	40	86	4	269	25	28	21	25	1.99
83539039--83539249	40	5.3	40	84	5	250	27	27	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83539029--83539249	119	1.9	119	83	5	295	25	27	20	26	1.99
83543101--83543195	41	2.3	42	83	7	122	25	28	15	30	1.96
83555707--83555803	45	2.2	45	78	0	104	35	22	15	26	1.94
83556631--83556772	27	5.3	27	87	3	196	39	21	9	30	1.84
83556800--83556907	27	4.0	27	85	0	144	37	18	19	25	1.94
83556800--83556930	54	2.4	54	88	6	187	35	17	21	25	1.95
83557447--83557511	22	3.0	22	75	8	69	21	26	21	30	1.98
83557670--83557770	27	3.7	27	82	5	105	21	24	16	36	1.94
83557670--83557776	54	2.0	53	83	1	133	20	25	17	36	1.94
83557942--83557979	12	3.2	12	96	0	67	21	10	10	57	1.61
83557965--83558030	25	2.7	24	81	6	78	18	19	15	46	1.83
83557961--83558064	31	3.4	31	75	10	113	21	18	13	47	1.82
83557949--83558161	6	34.7	6	70	15	141	20	17	13	48	1.80
83557985--83558177	37	5.2	37	77	10	155	20	18	12	48	1.81
83557895--83558132	68	3.6	66	81	8	272	21	18	13	46	1.83
83558022--83558140	25	4.8	25	81	6	152	20	19	12	47	1.81
83557895--83558104	62	3.3	62	84	5	242	21	19	13	46	1.83
83557985--83558097	31	3.6	31	72	13	106	22	21	11	45	1.83
83558022--83558161	49	2.8	48	83	5	156	20	18	12	48	1.80
83561270--83561321	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
83570824--83570884	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83572251--83572392	67	2.1	68	85	5	187	19	27	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83575233--83575561	48	6.8	48	96	1	595	34	6	28	31	1.82
83575233--83575561	146	2.3	145	96	1	606	34	6	28	31	1.82
83575702--83575804	37	2.8	37	92	0	170	24	20	30	25	1.99
83576863--83577005	27	5.3	27	79	3	135	40	19	9	30	1.83
83576880--83577024	54	2.7	54	79	2	130	41	19	8	30	1.82
83577051--83577185	27	5.0	27	86	1	173	33	18	22	25	1.97
83577044--83577181	54	2.6	54	89	3	199	34	16	22	26	1.95
83577698--83577762	22	3.0	22	75	8	69	21	26	21	30	1.98
83577534--83577930	216	1.8	217	85	3	559	22	20	22	34	1.97
83577921--83578021	27	3.7	27	82	5	105	21	22	18	36	1.95
83578146--83578354	37	5.6	37	75	9	147	19	18	13	48	1.80
83578217--83578354	6	22.3	6	72	16	104	19	19	13	47	1.81
83578223--83578342	25	4.8	25	84	0	159	20	20	13	46	1.83
83578226--83578342	50	2.3	50	95	0	207	20	19	12	47	1.82
83578187--83578318	31	4.3	30	76	16	110	20	18	14	46	1.83
83587816--83587851	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
83587803--83587843	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
83588005--83588089	21	4.0	21	84	3	89	35	24	22	17	1.95
83588461--83588518	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
83590329--83590398	34	2.1	33	92	7	115	24	22	24	28	1.99
83592197--83592285	24	3.7	24	85	11	128	20	30	21	28	1.98
83603763--83603929	50	3.4	50	80	4	194	29	10	17	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83617293--83617547	50	5.1	50	79	3	262	30	11	18	40	1.85
83617290--83617542	100	2.5	100	80	5	294	30	10	17	41	1.83
83625356--83625581	50	4.5	50	82	4	262	25	18	26	29	1.98
83625354--83625595	101	2.4	99	85	2	306	25	18	26	29	1.98
83629987--83630114	39	3.3	39	90	2	184	25	25	22	26	2.00
83629987--83630131	40	3.7	39	91	0	182	24	25	22	26	2.00
83637782--83637953	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
83637774--83637949	46	3.8	46	79	7	203	28	28	21	21	1.98
83637825--83637968	46	3.1	45	72	14	123	28	27	20	22	1.99
83643435--83643606	93	1.8	93	91	0	281	27	29	21	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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