genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8582823--8583147	177	1.8	177	91	1	544	29	21	21	26	1.99
8582566--8583421	309	2.8	307	88	2	1259	30	20	22	26	1.98
8583001--8583282	132	2.1	132	92	1	467	29	22	23	25	1.99
8585715--8586151	125	3.4	124	78	7	430	28	15	18	37	1.91
8585920--8586191	125	2.2	125	78	6	282	29	17	16	36	1.92
8596885--8596915	15	2.1	15	100	0	62	25	12	19	41	1.87
8599833--8599889	27	2.2	24	84	15	69	50	5	8	35	1.56
8600054--8600102	24	2.0	26	84	8	66	53	4	2	40	1.32
8600611--8600759	39	3.9	38	88	4	185	29	17	5	47	1.70
8600611--8600759	78	1.9	78	86	5	214	29	17	5	47	1.70
8600771--8600834	22	3.0	22	86	2	85	45	9	0	45	1.36
8602002--8602087	45	1.9	45	87	0	127	26	31	12	29	1.93
8602181--8603152	210	4.7	210	85	5	1207	30	22	17	29	1.97
8602181--8603152	415	2.3	418	85	6	1266	30	22	17	29	1.97
8611133--8611163	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
8611206--8611255	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
8615068--8615131	21	2.8	23	79	11	78	54	4	3	37	1.37
8615640--8615789	39	3.9	38	87	2	194	30	18	4	47	1.68
8615640--8615789	78	1.9	77	89	4	230	30	18	4	47	1.68
8625904--8625965	32	2.0	31	87	3	88	38	11	11	38	1.77
8625917--8625977	31	1.9	32	83	3	79	39	11	13	36	1.80
8627685--8627732	24	1.9	24	83	8	60	56	2	33	8	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8629879--8629930	22	2.3	22	81	15	70	44	0	0	55	0.99
8632374--8632439	32	2.1	32	100	0	132	46	15	0	37	1.46
8632828--8632877	21	2.3	22	93	6	84	34	24	26	16	1.95
8632807--8632889	21	3.8	23	79	9	75	37	22	22	16	1.94
8633260--8633317	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8634725--8634789	21	3.2	20	72	12	62	43	9	12	35	1.74
8634698--8634839	39	3.6	39	83	0	167	38	10	14	36	1.80
8634694--8634841	78	1.9	78	84	0	197	39	10	13	36	1.80
8637198--8637237	22	1.9	21	85	10	55	42	35	12	10	1.76
8650180--8650214	6	6.0	6	93	6	63	82	17	0	0	0.66
8650180--8650214	11	3.0	12	91	8	63	82	17	0	0	0.66
8650180--8650213	17	2.0	17	100	0	68	82	17	0	0	0.67
8655439--8655510	33	2.2	33	97	0	135	41	15	6	36	1.74
8663280--8663528	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
8663279--8663528	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8663623--8663654	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8663866--8663923	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8670871--8671119	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
8670870--8671119	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8671214--8671245	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8671457--8671514	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8681694--8681733	17	2.4	17	95	0	71	25	5	7	62	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8685706--8685740	17	2.1	17	89	5	54	45	0	0	54	0.99
8689240--8689684	112	4.1	110	84	9	572	26	0	13	59	1.39
8689239--8689665	227	1.9	214	87	7	622	26	0	14	58	1.40
8689888--8689932	17	2.6	18	82	10	58	31	2	4	62	1.27
8689886--8689960	21	3.5	20	71	10	51	30	4	6	58	1.42
8692044--8692070	14	1.9	14	100	0	54	66	7	3	22	1.33
8692075--8692232	48	3.3	48	78	11	155	46	8	8	36	1.66
8695883--8695915	11	2.8	12	86	9	50	63	0	0	36	0.95
8700588--8700644	28	2.0	28	96	0	105	36	12	10	40	1.77
8702762--8702809	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
8702826--8702914	42	2.1	42	89	0	133	29	5	12	52	1.61
8706007--8706054	19	2.6	19	83	3	62	35	2	12	50	1.52
8706071--8706158	42	2.1	42	95	0	158	28	4	14	52	1.62
8710918--8710948	3	10.3	3	92	0	53	32	32	0	35	1.58
8717908--8718205	105	2.8	105	82	1	348	30	13	25	30	1.93
8717908--8718207	35	8.6	34	79	5	269	30	13	25	30	1.94
8718320--8718509	35	5.4	35	86	1	265	30	12	25	31	1.93
8718017--8718627	305	2.0	305	96	0	1123	31	13	22	32	1.92
8720606--8720635	8	3.8	8	100	0	60	60	0	0	40	0.97
8727775--8727816	12	3.4	12	81	15	50	83	0	2	14	0.75
8727775--8727816	19	2.3	18	87	4	57	83	0	2	14	0.75
8733590--8733680	45	2.0	45	97	0	173	38	4	7	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8733589--8733663	25	3.2	25	62	30	65	40	4	6	49	1.48
8746192--8746263	36	2.0	36	97	0	135	33	6	19	40	1.78
8751156--8751219	6	10.7	6	74	12	51	20	32	3	43	1.67
8753341--8753384	16	2.6	18	78	10	56	45	0	29	25	1.54
8757552--8757591	17	2.4	17	95	4	73	35	0	5	60	1.19
8758219--8758252	14	2.4	14	86	13	52	73	0	5	20	1.04
8765455--8765519	32	2.0	32	96	0	121	58	15	4	21	1.55
8766604--8766648	6	7.5	6	100	0	90	84	0	0	15	0.62
8776065--8776093	4	7.5	4	92	7	51	27	0	0	72	0.85
8776065--8776093	15	1.9	15	100	0	58	27	0	0	72	0.85
8776324--8776384	30	2.0	30	93	0	104	24	11	16	47	1.79
8780914--8780960	23	2.0	23	100	0	94	31	12	21	34	1.91
8791651--8791782	46	2.9	46	80	3	142	25	23	15	34	1.95
8791640--8791817	23	7.8	23	72	10	107	24	23	18	33	1.97
8794671--8794724	5	10.8	5	95	0	99	77	0	1	20	0.86
8800852--8800905	29	1.9	29	92	7	94	31	27	22	18	1.97
8803992--8804016	13	1.9	13	100	0	50	32	32	8	28	1.86
8805900--8805932	13	2.4	14	90	5	50	42	0	33	24	1.55
8810232--8810333	39	2.6	39	88	3	159	26	17	22	33	1.96
8818159--8818215	23	2.5	23	85	0	78	28	43	3	24	1.70
8830211--8830348	43	3.3	43	79	6	165	28	26	19	25	1.99
8832868--8833185	27	11.8	27	89	0	458	29	20	8	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8833164--8833411	27	9.2	27	80	9	159	39	21	8	29	1.83
8833178--8833382	81	2.5	82	84	3	254	42	20	7	28	1.80
8833178--8833413	81	2.9	80	81	3	249	40	21	8	29	1.82
8833164--8833414	54	4.6	54	78	6	249	39	21	8	29	1.84
8833392--8833573	27	6.7	27	86	0	238	36	17	19	25	1.94
8833794--8833863	25	2.8	25	95	0	122	27	24	22	25	2.00
8833793--8833876	25	3.4	24	88	4	107	29	21	22	26	1.99
8834083--8834148	31	2.2	31	94	5	118	33	12	25	28	1.92
8837190--8837235	24	1.9	24	86	0	65	60	4	4	30	1.35
8839385--8839430	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
8839454--8839595	61	2.3	61	80	8	155	27	19	26	26	1.99
8848618--8848691	27	2.7	27	80	0	85	39	20	14	25	1.91
8849654--8849702	24	2.0	24	100	0	98	36	12	32	18	1.88
8849654--8849715	24	2.6	24	89	5	81	40	9	33	16	1.81
8854365--8854398	14	2.3	15	90	5	52	32	14	17	35	1.91
8863034--8863131	34	2.9	34	86	3	126	32	5	17	44	1.70
8865266--8865309	21	2.1	21	91	0	70	40	2	29	27	1.68
8866980--8867019	10	3.7	11	83	16	57	37	20	0	42	1.52
8866981--8867026	17	2.8	17	87	6	60	36	19	0	43	1.51
8867272--8867447	4	44.0	4	100	0	352	50	25	0	25	1.50
8874440--8874521	36	2.2	36	73	2	83	2	21	7	68	1.26
8888260--8888480	56	3.9	56	89	0	334	32	23	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8892402--8892500	49	2.0	49	98	0	189	41	9	18	31	1.81
8892552--8892643	33	2.8	33	77	11	100	32	9	22	34	1.87
8894105--8894287	96	1.9	96	85	0	249	33	27	20	18	1.96
8895945--8896152	104	2.0	104	99	0	407	34	1	27	36	1.68
8896814--8896859	3	15.3	3	100	0	92	0	34	0	65	0.93
8899995--8900067	38	1.9	38	91	0	119	45	9	23	21	1.81
8912628--8912721	40	2.3	40	94	0	170	34	27	21	17	1.95
8917747--8917814	3	23.0	3	90	3	111	0	30	0	69	0.89
8924796--8924901	40	2.7	41	80	5	119	23	23	27	25	2.00
8927858--8927885	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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