genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98795069--98795138	25	2.8	24	82	6	77	30	24	28	17	1.97
98795900--98795937	19	2.0	19	100	0	76	42	26	10	21	1.85
98797720--98797781	29	2.1	31	85	11	85	61	3	3	32	1.28
98797828--98797914	42	2.1	42	87	8	124	39	17	19	24	1.92
98797840--98797930	42	2.1	42	82	6	103	41	15	21	20	1.89
98798115--98798144	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
98798866--98798891	8	3.2	8	100	0	52	65	0	11	23	1.25
98806868--98806939	3	24.7	3	72	16	53	59	6	0	33	1.24
98811112--98811270	38	4.2	38	88	0	219	32	23	22	22	1.98
98815904--98815937	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
98816219--98816290	3	24.7	3	72	16	53	59	6	0	33	1.24
98819954--98820015	20	3.1	19	79	9	61	56	4	1	37	1.30
98820309--98820358	20	2.4	22	86	6	68	54	6	6	34	1.50
98820965--98821000	16	2.2	16	95	0	63	44	0	52	2	1.15
98822321--98822479	55	2.9	53	87	7	219	39	16	11	32	1.85
98822488--98822662	86	2.0	89	84	8	234	38	17	14	29	1.90
98822577--98822814	70	3.2	73	84	7	313	34	19	15	30	1.94
98822730--98822971	83	2.8	83	87	6	333	33	21	18	27	1.96
98822891--98823072	102	1.8	100	85	7	260	36	18	17	28	1.93
98831481--98831516	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
98835892--98835941	20	2.4	22	86	6	68	54	6	6	34	1.50
98836530--98836579	23	2.0	24	85	11	66	50	0	46	4	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98844259--98844313	18	3.1	17	76	23	51	50	0	18	30	1.47
98844485--98844523	20	2.0	20	90	10	62	69	0	2	28	1.02
98844652--98844691	5	7.8	5	88	5	53	40	0	22	37	1.54
98845100--98845237	45	3.1	45	91	2	215	18	18	22	39	1.92
98845240--98845358	51	2.3	53	80	2	134	18	22	19	39	1.92
98845692--98845730	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
98857162--98857230	34	2.0	34	94	0	120	46	13	13	27	1.79
98863414--98863677	102	2.6	101	91	6	433	30	30	20	18	1.97
98864002--98864065	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
98864009--98864065	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
98870885--98871145	99	2.6	103	89	6	399	29	31	19	19	1.97
98871472--98871534	29	2.2	29	81	13	76	30	26	6	36	1.81
98871479--98871534	29	1.9	30	85	7	80	30	23	7	39	1.81
98877317--98877382	24	2.6	25	72	13	64	46	10	9	33	1.70
98885047--98887042	264	7.6	264	87	2	2737	39	17	17	25	1.92
98892081--98892117	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
98895108--98895141	4	8.5	4	86	0	50	73	2	2	20	1.09
98896268--98896298	13	2.4	13	94	0	53	41	29	0	29	1.56
98899761--98901557	265	6.6	263	74	14	1348	39	18	16	25	1.91
98900522--98900647	62	2.0	62	95	3	227	39	17	9	33	1.82
98900584--98901557	265	3.7	263	91	0	1558	39	18	17	25	1.91
98904780--98904820	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98905569--98905600	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
98908351--98910180	914	2.0	914	99	0	3615	32	14	19	33	1.92
98910777--98910842	24	2.6	25	72	13	64	46	10	9	33	1.70
98918505--98920496	264	7.6	264	88	2	2753	39	17	17	25	1.92
98923661--98923694	4	8.5	4	86	0	50	73	2	2	20	1.09
98924825--98924855	13	2.4	13	100	0	62	41	32	0	25	1.56
98924816--98924878	13	4.9	13	80	1	56	38	26	4	30	1.77
98928305--98929129	265	3.1	263	89	3	1262	39	18	16	25	1.91
98929066--98929191	62	2.0	62	95	3	227	39	17	9	33	1.82
98929128--98930101	265	3.7	263	91	0	1567	39	18	17	25	1.92
98933327--98933367	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
98936868--98936907	18	2.2	18	86	4	53	55	5	2	37	1.35
98942733--98942792	30	2.0	30	93	0	102	58	11	1	28	1.43
98944511--98944589	40	2.0	40	94	0	140	29	16	17	36	1.92
98944828--98944879	17	3.1	17	88	0	77	28	15	13	42	1.85
98947457--98947920	3	151.3	3	62	12	59	29	10	4	55	1.53
98947482--98947581	18	5.8	18	68	16	77	28	8	3	61	1.39
98950308--98950414	54	2.0	54	94	0	187	38	5	13	42	1.67
98953036--98953103	24	2.6	27	76	21	72	17	8	4	69	1.32
98953116--98953163	22	2.1	23	84	3	62	41	2	2	54	1.24
98953120--98953199	23	3.4	23	74	17	67	42	1	2	53	1.22
98953185--98953245	20	3.0	20	77	15	61	40	0	3	55	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98953192--98953259	22	3.1	22	83	10	86	44	0	1	54	1.09
98953330--98953369	21	1.9	21	90	10	64	35	0	2	62	1.09
98953438--98953479	21	2.0	22	86	13	61	47	0	0	52	1.00
98953450--98953498	12	3.7	13	80	19	57	48	0	0	51	1.00
98953436--98953496	28	2.1	28	85	14	81	44	0	0	55	0.99
98953643--98953693	19	2.7	18	77	16	57	52	1	1	43	1.23
98953645--98953738	21	4.4	21	75	14	68	52	1	1	45	1.15
98953659--98953737	23	3.5	23	81	11	85	54	0	0	45	0.99
98953711--98953792	23	3.6	22	75	14	76	51	4	1	42	1.31
98953789--98953821	16	2.0	17	88	5	50	72	0	0	27	0.85
98953858--98953899	21	2.1	19	86	13	57	80	0	7	11	0.88
98962685--98962709	11	2.3	11	100	0	50	52	8	0	40	1.31
98965594--98965630	19	1.9	19	88	0	56	59	5	8	27	1.48
98971208--98971268	24	2.5	26	74	15	67	52	8	3	36	1.48
98983935--98983963	8	3.6	8	100	0	58	55	10	10	24	1.65
98988428--98988475	19	2.6	18	81	15	53	47	2	2	47	1.25
98995362--98995409	21	2.3	21	83	16	57	58	6	0	35	1.23
98995456--98995500	23	2.0	22	86	4	63	53	2	4	40	1.33
98995704--98995760	24	2.4	23	80	13	62	52	3	5	38	1.41
98995887--98995978	48	1.9	48	82	8	116	59	7	3	29	1.41
98996027--98996086	23	2.6	23	82	15	79	60	5	0	35	1.19
98996245--98996284	19	2.1	19	86	9	55	65	0	2	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98996245--98996296	25	2.0	28	82	17	67	61	1	3	32	1.25
98998821--98998931	56	2.0	55	92	3	188	19	15	20	44	1.87
98999244--98999305	31	2.0	31	100	0	124	38	22	16	22	1.92
99004280--99004337	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
99004548--99004579	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
99004674--99004866	50	3.8	50	88	2	280	25	23	30	20	1.99
99010269--99010574	156	2.0	150	84	6	400	21	28	23	26	1.99
99013431--99013650	90	2.5	89	78	7	234	36	8	15	39	1.77
99014498--99014646	59	2.5	57	80	8	147	46	20	14	19	1.84
99017538--99017820	153	1.8	156	84	5	396	29	24	23	22	1.99
99021804--99021850	11	4.1	12	81	8	53	27	2	0	70	0.99
99022028--99022135	44	2.3	47	89	7	168	38	3	41	15	1.65
99027962--99028035	31	2.4	31	80	13	89	36	6	9	47	1.63
99037619--99037665	20	2.5	20	83	10	64	46	0	8	44	1.33
99037912--99037968	16	3.5	16	76	4	51	28	5	15	50	1.65
99038283--99038315	15	2.2	15	89	10	50	42	12	3	42	1.57
99044867--99044896	8	3.6	8	91	8	51	73	13	0	13	1.10
99045784--99045889	53	2.0	53	100	0	212	32	11	26	30	1.91
99046204--99046808	88	6.9	88	91	1	891	27	22	23	25	2.00
99047012--99047167	43	3.4	43	69	17	125	28	17	25	29	1.97
99046990--99047169	95	1.9	95	94	0	315	28	17	23	30	1.97
99052292--99052732	218	2.0	220	87	1	636	25	14	23	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99056758--99056793	15	2.4	15	90	0	54	44	0	41	13	1.44
99059738--99059786	25	1.9	25	83	4	62	40	6	12	40	1.67
99065032--99065117	45	1.9	45	95	0	154	24	29	26	19	1.99
99070454--99070494	16	2.6	17	82	17	54	58	4	0	36	1.20
99070455--99070500	18	2.6	18	80	13	58	60	2	0	36	1.09
99092318--99092440	60	2.0	60	100	0	246	49	4	0	45	1.23
99093597--99093641	15	3.0	15	93	0	72	48	33	17	0	1.48
99093599--99093639	18	2.3	18	100	0	82	51	34	14	0	1.43
99123131--99123242	55	2.0	55	100	0	224	41	8	5	43	1.58
99123141--99123226	26	3.2	26	63	15	66	44	10	4	40	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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