genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86416605--86416643	20	1.9	21	89	5	62	38	7	7	46	1.61
86419528--86419623	47	2.0	47	91	0	156	25	13	20	40	1.89
86424396--86424757	50	7.6	46	72	14	191	28	17	27	26	1.98
86424437--86424759	50	6.7	49	74	9	193	29	17	27	25	1.97
86424402--86424710	145	2.1	143	85	4	408	29	17	27	25	1.98
86427780--86427967	40	4.7	40	95	0	331	32	26	18	22	1.97
86435434--86435621	40	4.7	40	93	1	315	32	25	19	22	1.98
86438444--86438475	15	2.1	15	100	0	64	40	18	25	15	1.90
86440577--86440706	44	3.0	43	87	3	161	17	17	32	32	1.94
86445994--86446035	20	2.1	20	100	0	84	40	23	11	23	1.88
86447285--86447368	40	2.1	40	82	4	98	20	16	28	34	1.94
86447404--86447506	28	3.7	28	88	5	163	34	10	24	30	1.89
86449283--86449315	16	2.1	16	100	0	66	42	6	12	39	1.67
86454653--86454874	92	2.5	87	89	5	324	37	15	24	22	1.93
86454702--86454896	46	4.2	46	90	1	284	38	15	24	21	1.92
86455173--86455219	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
86457387--86457550	48	3.4	47	77	12	147	32	28	19	20	1.97
86468345--86468741	46	8.6	46	89	0	571	21	22	14	41	1.89
86470366--86470497	68	1.9	68	100	0	264	16	15	3	63	1.45
86480962--86481146	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
86480963--86481146	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
86481015--86481179	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86484438--86484483	24	1.9	24	95	0	83	41	13	21	23	1.88
86484433--86484520	28	3.3	28	79	10	76	36	11	21	30	1.89
86484548--86484645	51	1.9	51	91	4	162	31	15	25	27	1.95
86503767--86503842	24	3.2	24	63	10	66	35	15	6	42	1.73
86504575--86504684	24	4.6	24	79	4	105	31	34	12	20	1.91
86504568--86504684	48	2.4	48	80	5	130	33	33	11	21	1.90
86505056--86505089	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
86507258--86507427	93	1.8	93	84	0	232	21	20	28	30	1.98
86509639--86509693	24	2.3	24	75	15	60	25	10	14	49	1.76
86511455--86511486	15	2.1	15	94	0	55	28	6	18	46	1.73
86513224--86513455	84	2.8	84	87	2	315	31	26	17	25	1.97
86513216--86513470	43	6.0	42	75	8	230	32	26	16	24	1.96
86529530--86529705	46	3.8	46	74	12	171	27	29	21	21	1.98
86529537--86529709	93	1.9	93	90	0	274	26	30	21	21	1.99
86532664--86532698	8	4.4	8	85	0	52	51	20	22	5	1.68
86532922--86533028	29	3.8	28	72	10	83	28	13	31	26	1.93
86537278--86537346	30	2.3	30	89	0	102	11	20	7	60	1.54
86537337--86537368	13	2.5	13	100	0	64	6	18	0	75	1.01
86546904--86546963	30	2.0	30	96	0	111	35	10	11	43	1.75
86549836--86549883	18	2.8	17	90	6	71	50	2	2	45	1.25
86550063--86550088	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
86555386--86555463	40	1.9	41	84	2	104	47	1	3	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86556330--86556408	39	2.0	39	100	0	158	36	17	17	27	1.93
86561127--86561161	10	3.6	10	84	7	54	40	8	2	48	1.49
86566150--86566446	27	11.0	27	88	1	380	35	19	19	25	1.95
86566834--86566898	22	3.0	22	82	8	78	21	23	23	32	1.98
86567057--86567154	27	3.6	27	87	2	126	22	22	20	34	1.97
86567256--86567392	6	22.3	6	69	18	86	19	18	13	48	1.80
86567256--86567371	25	4.7	25	80	8	121	19	18	12	48	1.81
86571323--86571499	40	4.4	40	83	4	207	26	25	22	24	2.00
86587497--86587816	46	7.0	46	94	0	534	22	24	15	38	1.92
86590188--86590255	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
86594418--86594605	56	3.4	56	92	0	324	34	23	15	27	1.95
86625883--86625923	20	2.0	20	100	0	82	24	34	24	17	1.96
86625750--86626023	140	2.0	140	98	0	530	24	23	17	34	1.96
86628529--86628581	25	2.1	25	100	0	106	18	7	22	50	1.72
86629832--86629856	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
86633677--86633753	30	2.6	30	85	0	109	28	24	10	36	1.88
86633735--86633873	30	4.7	30	72	4	129	20	27	11	41	1.86
86633735--86633893	60	2.7	60	88	2	214	20	28	11	39	1.88
86633795--86633924	29	4.4	29	72	10	111	22	26	13	37	1.91
86637948--86638010	28	2.2	28	97	0	117	42	9	3	44	1.52
86641090--86641623	138	3.9	138	92	1	849	41	7	5	45	1.55
86641196--86641414	71	3.1	71	65	19	179	41	7	5	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86644368--86644429	27	2.4	27	94	5	110	38	0	27	33	1.57
86644393--86644664	47	5.7	47	93	0	436	33	8	30	28	1.87
86644783--86644861	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
86662607--86662863	128	2.0	129	94	1	453	32	18	17	31	1.95
86673652--86673775	45	2.7	46	80	9	137	27	20	15	37	1.92
86673652--86673789	23	5.9	23	78	7	136	26	21	15	36	1.93
86673652--86673779	68	1.9	69	83	4	170	26	19	15	38	1.92
86676451--86676597	48	3.1	47	85	2	186	29	24	19	26	1.98
86676991--86677015	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
86678526--86678631	41	2.6	40	86	2	158	10	42	26	20	1.84
86679954--86680208	55	4.8	54	78	11	244	37	15	25	21	1.93
86679962--86680161	108	1.8	110	88	4	307	35	15	25	23	1.94
86680277--86680321	23	1.9	24	95	4	83	44	11	22	22	1.84
86680400--86680430	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
86680935--86681034	51	2.0	49	96	3	182	40	6	14	40	1.70
86687710--86687964	55	4.8	52	76	12	209	36	17	25	21	1.94
86687717--86687917	108	1.8	110	85	6	284	34	17	25	22	1.96
86687831--86687964	49	2.6	50	82	6	146	37	17	24	20	1.94
86688156--86688186	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
86691211--86691381	93	1.8	93	91	2	281	28	28	20	22	1.98
86691206--86691378	46	3.7	47	76	13	187	29	27	20	22	1.98
86691798--86691857	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86693758--86693846	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
86693758--86693840	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
86693769--86693846	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
86696898--86697159	46	5.7	45	71	15	203	22	20	29	28	1.98
86696941--86697109	47	3.6	47	76	13	204	22	20	28	28	1.98
86696892--86697155	93	2.8	93	95	0	456	21	20	29	28	1.98
86717290--86717341	21	2.4	21	90	3	86	26	23	0	50	1.50
86723221--86723263	14	3.0	15	86	10	63	0	9	2	88	0.60
86723221--86723257	10	3.7	10	92	7	58	0	8	0	91	0.41
86723790--86723830	17	2.4	17	91	4	64	58	0	31	9	1.31
86726095--86726160	9	7.7	9	75	20	61	33	0	1	65	1.02
86726072--86726165	36	2.5	37	81	15	104	35	0	3	61	1.12
86731038--86731205	41	4.1	40	80	11	164	20	18	25	35	1.95
86731065--86731273	82	2.6	81	80	6	208	18	17	26	36	1.93
86731062--86731265	41	5.0	41	76	7	164	18	17	25	37	1.93
86734477--86734524	18	2.7	18	76	0	51	41	16	12	29	1.85
86734707--86734747	20	2.0	20	86	9	57	36	21	14	26	1.93
86739488--86739533	20	2.3	21	74	11	51	41	17	2	39	1.62
86739783--86739816	15	2.4	15	90	9	54	47	17	0	35	1.48
86743392--86743430	10	3.9	10	96	0	60	41	10	15	33	1.81
86749394--86749430	19	1.9	19	100	0	74	40	10	16	32	1.83
86753607--86753655	24	2.0	24	96	0	89	38	26	18	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86760733--86760778	20	2.2	20	84	3	56	36	10	4	47	1.58
86766445--86766487	22	2.0	22	86	9	61	30	34	2	32	1.71
86767384--86767459	40	1.9	40	100	0	152	36	21	7	34	1.82
86779864--86779930	20	3.3	20	89	2	98	10	32	20	35	1.87
86788106--86788464	47	7.6	46	72	16	183	30	19	27	23	1.98
86791617--86791666	18	2.7	19	84	6	68	34	14	22	30	1.93
86795334--86795392	11	5.5	11	74	11	52	67	3	0	28	1.06
86795626--86795684	31	1.9	30	83	10	75	30	20	1	47	1.60
86796385--86796427	20	2.2	20	95	0	77	51	2	25	20	1.60
86798508--86798566	24	2.5	24	91	0	91	28	18	15	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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