genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83643427--83643602	46	3.8	46	79	7	194	28	28	21	21	1.98
83643478--83643621	46	3.1	45	75	14	141	28	29	20	21	1.98
83646214--83646252	20	2.0	20	84	0	51	33	0	10	56	1.33
83649168--83649609	94	4.8	94	89	4	634	30	12	18	38	1.88
83649635--83649698	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
83654668--83654958	94	3.1	94	96	0	537	28	12	20	38	1.88
83654620--83654958	94	3.7	94	92	3	532	30	11	19	38	1.87
83654993--83655056	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
83657237--83657471	39	6.0	40	75	8	162	26	26	22	25	2.00
83673413--83673649	50	4.7	50	78	7	239	25	18	25	30	1.98
83673409--83673650	101	2.4	97	84	5	288	25	19	25	30	1.98
83677389--83677480	45	2.1	45	83	4	116	32	27	16	23	1.96
83677414--83677505	45	2.0	45	87	0	130	33	26	15	25	1.95
83678637--83678685	23	2.1	23	96	0	89	18	8	20	53	1.70
83684840--83685056	40	5.5	39	86	8	248	23	22	28	26	1.99
83684918--83685106	40	4.8	38	84	7	130	24	22	28	24	1.99
83684906--83685096	79	2.4	80	82	6	203	24	21	27	25	2.00
83692753--83692941	38	4.8	39	83	7	197	22	22	28	25	1.99
83692808--83692970	38	4.1	39	87	5	213	22	22	28	26	1.99
83692823--83692986	78	2.1	78	79	6	172	24	20	27	27	1.99
83697295--83697479	50	3.7	49	80	9	194	25	15	26	31	1.96
83697295--83697476	101	1.8	101	85	0	256	25	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83701001--83701060	31	1.9	31	100	0	120	40	20	15	25	1.90
83701000--83701050	16	3.2	16	68	15	52	39	23	13	23	1.91
83701699--83701728	15	2.1	14	93	6	51	43	26	6	23	1.78
83701756--83701802	25	1.9	25	91	4	78	46	21	4	27	1.69
83701997--83702051	25	2.2	26	78	15	62	41	9	0	49	1.34
83707614--83707723	55	2.0	55	98	0	211	22	7	23	46	1.77
83711373--83711412	20	2.0	20	85	0	53	35	17	2	45	1.62
83718653--83719197	47	11.6	47	92	0	865	29	29	7	32	1.86
83723820--83723960	44	3.3	43	80	9	135	34	24	17	24	1.96
83723819--83723959	42	3.3	43	81	8	162	33	24	17	24	1.96
83727092--83727336	29	8.4	29	72	9	142	36	12	25	25	1.91
83727093--83727203	58	1.9	58	92	0	186	33	13	29	23	1.93
83727092--83727222	58	2.2	57	85	5	181	35	12	27	23	1.92
83727091--83727314	87	2.6	86	80	11	267	36	12	25	25	1.91
83728227--83728339	37	3.1	37	96	0	199	27	30	19	22	1.98
83728486--83728620	48	2.8	48	91	0	216	31	28	6	33	1.83
83728590--83728877	47	6.1	47	90	0	441	26	28	12	33	1.92
83733275--83733533	37	6.3	44	86	9	190	36	14	21	27	1.92
83733208--83733423	46	4.6	47	84	8	244	35	13	22	29	1.92
83733274--83733423	46	3.3	46	94	0	248	36	13	21	28	1.91
83733387--83733531	37	4.0	37	90	3	233	37	15	22	24	1.93
83733387--83733531	73	2.0	72	91	1	236	37	15	22	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83734786--83734928	48	2.9	49	91	5	218	24	14	30	30	1.95
83738116--83738265	46	3.3	46	94	0	248	36	13	21	29	1.91
83738229--83738373	37	4.0	37	90	3	233	37	15	22	24	1.93
83738229--83738373	73	2.0	72	91	1	236	37	15	22	24	1.93
83739221--83739958	47	15.6	47	89	5	1067	29	28	8	33	1.86
83739221--83739958	237	3.1	236	89	5	1100	29	28	8	33	1.86
83739221--83739958	284	2.6	284	90	4	1116	29	28	8	33	1.86
83740225--83740375	75	2.0	75	100	0	302	27	17	13	42	1.86
83740546--83740672	64	2.0	63	98	1	245	31	18	12	37	1.89
83741664--83741688	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
83744879--83745197	39	8.1	39	91	4	518	26	27	21	25	1.99
83744879--83745197	79	4.1	80	91	4	526	26	27	21	25	1.99
83746462--83746570	37	2.9	37	94	0	182	26	31	20	22	1.98
83746650--83746887	47	5.1	47	88	3	365	25	27	12	34	1.92
83746650--83746884	91	2.5	94	93	2	404	25	27	12	34	1.92
83756789--83756933	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
83763007--83763067	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
83763549--83763596	24	2.0	24	100	0	96	45	12	8	33	1.72
83772783--83772951	27	6.3	27	78	8	148	43	18	18	20	1.89
83772777--83772926	80	1.9	80	86	5	214	43	18	19	18	1.89
83772783--83772951	54	3.2	52	80	8	189	43	18	18	20	1.89
83772956--83773050	27	3.5	27	71	13	70	28	15	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83773011--83773078	27	2.6	27	85	2	84	22	16	19	42	1.89
83773402--83773456	18	3.1	18	71	10	58	21	21	14	41	1.89
83776256--83776429	27	6.4	27	85	1	179	35	19	22	22	1.96
83776254--83776429	81	2.2	81	80	4	203	35	19	22	22	1.96
83776382--83776545	27	6.1	27	80	7	154	26	15	20	37	1.93
83776418--83776550	53	2.5	55	84	8	175	25	15	20	39	1.91
83776418--83776552	27	5.0	27	84	5	175	25	14	20	39	1.91
83779434--83779489	18	3.1	18	86	0	85	21	17	19	41	1.91
83781306--83781360	20	2.8	20	97	0	101	43	30	12	12	1.80
83783213--83783505	39	7.3	39	86	6	408	30	29	21	18	1.97
83789353--83789631	39	7.2	39	91	1	452	29	28	21	19	1.98
83792398--83792651	27	9.4	27	85	0	260	40	20	8	30	1.81
83792696--83792917	27	8.3	27	83	0	239	36	19	19	24	1.95
83793567--83793640	27	2.8	27	83	2	87	17	21	21	39	1.93
83793800--83793909	6	17.8	6	69	19	66	20	17	15	47	1.83
83793777--83793845	31	2.2	32	94	2	122	18	15	14	50	1.78
83793806--83793895	25	3.8	25	74	16	84	18	17	15	47	1.82
83793819--83793864	19	2.4	19	100	0	92	19	19	17	43	1.88
83793777--83793895	50	2.4	51	77	8	136	19	16	14	49	1.79
83795848--83796033	27	6.9	27	83	2	221	39	20	9	30	1.85
83795846--83796034	81	2.3	81	87	3	256	39	20	9	31	1.84
83795846--83796087	81	3.0	82	83	6	244	38	21	9	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83795890--83796088	27	7.4	27	82	6	145	38	21	9	30	1.85
83796070--83796144	27	2.8	27	79	0	96	38	21	6	33	1.79
83796126--83796302	27	6.6	27	88	0	246	35	20	19	23	1.96
83796747--83796811	22	3.0	21	75	8	58	20	23	23	33	1.97
83796970--83797043	27	2.8	27	85	6	89	17	22	21	37	1.94
83797180--83797330	6	24.3	6	69	20	89	19	15	14	50	1.78
83797180--83797321	31	4.5	31	90	0	194	19	16	14	50	1.78
83797188--83797346	62	2.6	62	84	3	187	18	15	14	50	1.77
83800576--83800606	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
83802768--83802817	24	2.1	24	88	0	73	50	10	18	22	1.76
83802768--83802811	12	3.7	12	84	0	61	52	11	15	20	1.74
83805906--83805936	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
83808091--83808140	24	2.1	24	88	0	73	50	10	18	22	1.76
83808091--83808134	12	3.7	12	84	0	61	52	11	15	20	1.74
83811025--83811070	20	2.3	20	84	0	56	43	34	13	8	1.74
83814946--83814971	10	2.6	10	100	0	52	57	26	7	7	1.54
83816580--83817112	47	11.3	47	95	0	931	29	29	8	32	1.87
83816580--83817112	283	1.9	283	94	0	940	29	29	8	32	1.87
83820628--83820853	40	5.7	40	88	1	323	25	28	21	24	1.99
83820628--83820853	79	2.9	79	87	4	321	25	28	21	24	1.99
83820907--83820980	37	2.0	37	86	5	105	24	25	18	31	1.98
83823098--83823677	47	12.3	47	94	1	1009	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83831961--83832188	49	4.6	48	79	6	240	30	29	17	22	1.97
83833892--83833923	15	2.0	17	88	11	50	43	28	3	25	1.69
83837391--83837482	28	3.4	27	79	10	100	33	15	25	26	1.95
83837506--83837652	51	2.9	50	87	4	213	30	12	27	29	1.93
83841479--83841794	48	6.6	48	82	4	345	27	17	29	25	1.98
83844566--83844699	45	3.1	44	79	11	134	23	17	27	32	1.96
83845950--83845982	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
83846524--83846686	43	3.7	43	79	8	152	24	29	19	26	1.99
83846511--83846728	88	2.5	87	81	3	249	23	28	20	27	1.99
83846469--83846728	44	6.0	44	79	6	210	25	28	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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