genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54101213--54101329	37	3.2	37	93	0	180	27	32	17	22	1.97
54101448--54101859	47	8.7	47	91	2	630	28	29	9	32	1.88
54101448--54101859	187	2.2	189	90	2	641	28	29	9	32	1.88
54110206--54110237	6	5.3	6	92	0	55	15	3	34	46	1.62
54118493--54118517	13	1.9	13	100	0	50	48	0	32	20	1.50
54118643--54118684	21	2.1	20	91	8	68	35	19	7	38	1.79
54120180--54120216	18	2.1	18	94	0	65	40	5	8	45	1.56
54120720--54120770	25	2.0	25	100	0	102	35	21	3	39	1.72
54127620--54127791	46	3.7	46	78	10	188	22	20	27	28	1.99
54127613--54127784	93	1.8	93	91	0	281	22	22	27	27	1.99
54130175--54130210	14	2.5	15	86	4	56	41	36	0	22	1.54
54136850--54136894	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
54142488--54142637	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
54142468--54142637	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
54149323--54149347	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
54150812--54150961	41	3.6	41	75	10	153	23	22	27	27	1.99
54150792--54150961	41	4.2	40	73	18	152	22	22	27	27	1.99
54156398--54156535	40	3.4	40	82	9	179	38	20	19	21	1.94
54156409--54156535	43	3.0	43	86	4	179	37	18	20	22	1.94
54156606--54156639	17	1.9	18	88	5	52	50	35	0	14	1.44
54157150--54157198	24	2.0	24	96	0	89	51	2	4	42	1.32
54157779--54157817	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54162862--54163017	42	3.7	43	79	6	149	25	15	26	32	1.95
54173651--54174057	47	8.6	47	92	2	661	33	8	29	28	1.86
54173651--54174057	96	4.3	94	93	1	661	33	8	29	28	1.86
54173651--54174057	143	2.9	143	95	0	701	33	8	29	28	1.86
54176481--54176555	38	2.0	38	89	5	116	29	18	28	24	1.98
54176613--54176769	40	3.9	40	87	0	197	24	22	27	26	2.00
54180197--54180650	47	9.5	47	93	2	721	32	8	29	29	1.87
54182012--54182090	37	2.1	37	85	0	104	25	32	17	24	1.97
54182209--54182446	93	2.5	93	92	2	377	27	31	9	31	1.89
54182209--54182448	47	5.1	47	91	2	374	27	30	9	31	1.89
54187807--54187855	25	2.0	25	84	8	64	30	30	8	30	1.86
54188019--54188254	40	5.9	40	94	0	400	25	30	24	19	1.98
54188295--54188386	38	2.4	38	81	3	105	25	23	20	30	1.99
54197953--54198182	46	4.9	48	78	12	212	27	16	30	25	1.97
54197920--54198124	46	4.4	45	78	12	168	27	16	30	25	1.97
54205216--54205261	24	1.9	24	86	0	65	32	13	23	30	1.93
54205594--54205817	46	4.8	46	75	10	176	27	18	29	24	1.98
54205696--54206009	47	6.6	49	74	13	207	25	17	31	25	1.97
54205602--54206011	47	8.7	47	72	18	195	27	17	30	24	1.97
54210090--54210281	75	2.6	74	84	8	221	39	11	6	43	1.66
54211956--54212005	20	2.5	20	80	0	64	6	2	44	48	1.39
54219620--54219844	40	5.6	40	84	7	271	24	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54219620--54219844	120	1.9	120	86	5	321	24	27	21	25	1.99
54222161--54222311	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
54229782--54229850	12	5.8	12	77	0	66	66	1	20	11	1.31
54229783--54229817	6	5.8	6	86	0	52	80	2	14	2	0.95
54246838--54246981	40	3.7	40	85	2	184	22	27	25	25	2.00
54252680--54252709	16	1.9	15	93	6	51	56	20	13	10	1.65
54252938--54253048	29	3.9	29	83	1	134	26	16	28	28	1.97
54260082--54260114	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
54261349--54261438	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
54261361--54261438	27	2.8	28	80	5	95	21	25	20	32	1.98
54267923--54267955	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
54269190--54269279	28	3.2	27	81	7	101	18	23	24	33	1.97
54269190--54269279	27	3.2	28	79	7	103	18	23	24	33	1.97
54269200--54269290	27	3.2	28	79	4	85	20	25	20	32	1.97
54273358--54273483	65	1.9	65	90	3	200	22	15	23	38	1.93
54273357--54273504	65	2.3	65	84	2	199	22	18	21	37	1.94
54279163--54279193	13	2.4	13	100	0	62	35	22	16	25	1.94
54282270--54282379	42	2.6	43	79	5	116	24	19	26	30	1.98
54282258--54282394	43	3.2	43	74	13	122	27	17	26	29	1.98
54288177--54288217	22	1.9	21	85	5	55	21	29	39	9	1.86
54289379--54289574	46	4.2	45	79	9	191	22	28	19	29	1.98
54289410--54289580	94	1.8	92	85	9	240	22	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54290863--54291064	40	5.1	40	84	4	273	22	21	27	28	1.99
54291307--54291348	22	1.9	22	85	9	59	30	9	14	45	1.77
54294759--54295060	40	7.6	40	89	1	446	22	20	26	31	1.98
54302649--54302865	40	5.4	40	85	6	289	23	21	27	27	1.99
54303093--54303134	22	1.9	22	85	9	59	30	9	14	45	1.77
54304885--54304923	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
54304884--54304923	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
54304970--54305039	25	2.8	25	95	0	122	24	27	24	24	2.00
54307946--54308034	27	3.2	28	87	3	128	20	23	21	34	1.96
54307945--54308054	55	2.0	54	82	5	132	20	21	20	37	1.95
54311249--54311453	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
54311249--54311452	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
54311303--54311452	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
54315144--54315200	28	2.0	28	82	0	69	33	29	12	24	1.92
54317179--54317724	47	11.8	48	87	8	735	33	8	28	29	1.87
54317199--54317724	92	5.7	91	86	9	651	33	8	28	29	1.87
54317188--54317724	279	1.9	276	88	6	816	33	8	28	29	1.87
54317843--54317921	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
54321148--54321174	14	1.9	14	100	0	54	59	3	14	22	1.51
54332375--54332570	55	3.6	53	77	3	178	20	22	19	37	1.94
54334747--54334828	28	3.0	27	80	7	94	31	23	24	20	1.98
54334934--54334997	28	2.3	28	94	0	110	31	7	28	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54341969--54342069	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
54345841--54345917	27	2.7	27	84	6	100	32	20	25	20	1.97
54346033--54346124	28	3.3	28	92	0	148	33	7	25	33	1.84
54346708--54346740	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
54349283--54349307	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
54349910--54349955	23	2.1	23	84	8	60	45	10	10	32	1.74
54350022--54350067	9	5.1	9	91	0	74	47	13	8	30	1.72
54350280--54350338	30	2.0	30	83	6	75	20	42	0	37	1.52
54353835--54354006	67	2.6	68	82	9	203	33	16	29	20	1.95
54358946--54359024	37	2.1	37	90	4	124	25	31	18	24	1.98
54359143--54359498	47	7.6	47	93	0	568	28	29	8	33	1.87
54359143--54359601	141	3.1	141	89	5	630	29	28	8	33	1.87
54359472--54359514	17	2.6	17	96	3	79	37	25	0	37	1.56
54359378--54359601	111	2.0	111	99	0	439	31	26	7	34	1.84
54359425--54359561	64	2.2	64	98	1	267	32	27	5	35	1.81
54359489--54359601	47	2.4	47	100	0	226	30	27	7	34	1.84
54368439--54368805	47	7.7	47	93	2	601	28	30	8	31	1.88
54368439--54368805	96	3.9	94	93	2	601	28	30	8	31	1.88
54368439--54368805	143	2.6	142	93	1	610	28	30	8	31	1.88
54376374--54376407	16	2.1	16	94	0	59	52	23	0	23	1.47
54377902--54378016	29	4.0	28	82	4	124	27	13	28	29	1.95
54377910--54378025	58	2.0	57	83	6	146	26	13	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54397100--54397257	46	3.4	44	81	9	156	25	20	29	24	1.99
54403125--54403293	58	2.9	58	87	2	243	30	29	16	23	1.96
54403447--54403754	43	7.2	43	94	0	526	31	33	23	11	1.90
54408178--54408355	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54408199--54408354	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54416229--54416406	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54416250--54416405	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54416432--54416622	96	2.0	94	97	2	364	26	26	12	34	1.92
54427000--54427168	46	3.8	45	73	15	170	22	20	28	28	1.98
54429012--54429231	40	5.6	40	75	7	207	24	19	27	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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