genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77125975--77126162	40	4.7	40	89	3	281	25	27	22	25	2.00
77130587--77130805	101	2.2	100	86	2	296	33	14	23	28	1.94
77135380--77135531	35	4.3	35	88	0	214	39	31	14	14	1.86
77136607--77136639	16	2.1	16	100	0	66	36	6	12	45	1.66
77140192--77140416	40	5.6	40	86	6	312	24	23	28	24	2.00
77140192--77140416	83	2.8	80	88	6	330	24	23	28	24	2.00
77148522--77148746	40	5.6	40	82	6	276	24	22	27	25	2.00
77148522--77148720	83	2.4	83	87	5	282	23	22	28	26	1.99
77148522--77148746	83	2.8	79	84	7	249	24	22	27	25	2.00
77154648--77154687	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
77175452--77175483	8	4.0	8	100	0	64	50	0	0	50	1.00
77179785--77179967	40	4.6	40	93	0	303	27	21	28	21	1.99
77182116--77182260	38	3.8	38	85	3	157	39	27	17	15	1.90
77190225--77190441	45	4.9	45	90	3	323	27	27	20	24	1.99
77190183--77190441	90	2.9	90	86	5	343	27	27	20	25	1.99
77193506--77193634	42	3.0	42	70	10	127	31	24	13	30	1.93
77198798--77198885	45	2.0	45	93	0	149	25	11	26	37	1.89
77202704--77202762	25	2.4	25	82	0	73	25	20	20	33	1.97
77208596--77208642	20	2.5	19	82	6	60	42	0	17	40	1.49
77213101--77213157	30	1.9	30	85	7	80	15	31	31	21	1.94
77222559--77222743	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
77222540--77222743	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77229576--77229760	40	4.7	40	82	6	207	25	28	21	24	1.99
77238496--77238539	21	2.1	21	83	8	54	59	2	9	29	1.41
77239244--77239282	10	3.9	10	87	12	62	71	0	10	17	1.12
77242934--77243057	39	3.2	38	76	8	117	29	27	20	23	1.99
77245528--77245652	1	125.0	1	91	0	178	93	0	0	4	0.41
77245514--77245652	13	10.5	13	85	9	142	91	0	0	7	0.49
77245514--77245649	17	8.5	16	87	8	179	91	0	0	7	0.50
77245514--77245652	48	3.0	46	87	4	206	91	0	0	7	0.49
77245528--77245652	48	2.6	48	92	1	207	93	0	0	4	0.41
77245514--77245652	42	3.3	42	88	5	183	91	0	0	7	0.49
77256695--77256879	79	2.3	81	82	7	218	25	27	22	24	2.00
77256676--77256879	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
77265611--77265654	21	2.1	21	83	8	54	59	2	9	29	1.41
77266359--77266397	10	3.9	10	87	12	62	71	0	10	17	1.12
77268756--77269070	46	6.7	48	76	14	234	23	31	19	26	1.98
77268801--77269069	94	2.9	91	78	10	215	23	31	18	26	1.97
77275382--77275573	6	31.3	6	73	15	135	48	14	17	19	1.81
77275445--77275509	25	2.7	24	90	4	103	49	15	16	18	1.80
77275475--77275545	37	1.9	37	94	0	124	46	16	19	16	1.84
77275403--77275573	31	5.5	31	75	12	154	47	14	18	19	1.82
77275408--77275573	25	6.7	25	68	24	86	47	15	18	19	1.83
77275692--77275751	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77275792--77275843	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
77276080--77276319	27	8.9	27	82	0	250	23	20	18	36	1.95
77276080--77276317	81	3.0	80	84	1	278	23	20	18	36	1.94
77276321--77276476	27	5.8	27	88	0	195	41	6	21	31	1.78
77276307--77276503	81	2.4	81	78	1	225	38	7	22	31	1.82
77276454--77276649	27	7.3	27	81	5	182	30	9	20	38	1.85
77276321--77276476	54	2.9	54	88	0	231	41	6	21	31	1.78
77278592--77278778	6	30.3	6	73	17	134	49	15	17	17	1.80
77278652--77278715	25	2.6	25	89	0	101	48	15	18	17	1.81
77278601--77278778	37	4.8	37	80	8	136	49	15	17	17	1.80
77278711--77278778	25	2.7	25	88	0	100	48	16	17	17	1.81
77278613--77278777	62	2.7	62	92	0	267	49	15	18	16	1.81
77279296--77279556	27	9.4	27	83	11	280	25	20	17	36	1.94
77279433--77279510	35	2.2	35	95	0	138	19	19	20	41	1.91
77279406--77279537	62	2.1	62	91	2	212	21	21	18	38	1.93
77279392--77279560	89	1.9	89	90	4	270	22	22	18	36	1.95
77279547--77279996	27	16.7	27	80	7	159	35	8	20	35	1.84
77279558--77279795	54	4.4	53	84	1	278	39	7	22	31	1.82
77279558--77279795	81	2.9	80	83	6	300	39	7	22	31	1.82
77279736--77279893	81	2.0	81	80	7	178	32	10	20	36	1.86
77279764--77279996	27	8.6	27	84	2	245	31	9	19	39	1.85
77299851--77299931	40	2.0	40	100	0	162	51	12	2	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77300251--77300288	19	2.0	19	94	0	67	44	15	7	31	1.75
77301641--77301681	17	2.4	17	81	18	50	43	7	24	24	1.79
77302987--77303146	59	2.7	58	83	5	196	24	15	11	49	1.76
77303330--77303384	24	2.3	23	78	9	58	56	1	1	40	1.21
77303358--77303420	28	2.3	28	77	2	65	65	3	1	30	1.18
77303604--77303684	30	2.6	30	86	3	108	45	11	16	27	1.80
77304614--77304644	13	2.4	13	94	0	53	6	16	0	77	0.97
77311078--77311139	25	2.7	21	73	23	54	61	1	1	35	1.16
77322302--77322444	26	5.7	26	69	12	86	18	18	20	42	1.89
77327773--77327842	34	2.1	34	97	0	131	21	27	12	38	1.90
77330291--77330350	24	2.5	24	80	2	66	13	15	23	48	1.79
77336104--77336150	19	2.5	20	80	13	55	44	6	6	42	1.55
77339764--77339815	20	2.5	20	76	14	52	42	11	5	40	1.65
77363945--77364116	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
77363938--77364113	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
77371447--77371618	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
77371440--77371615	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
77379215--77379386	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
77379212--77379381	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
77384689--77384756	33	2.1	33	97	0	127	33	5	25	35	1.80
77386725--77386897	46	3.7	46	76	13	192	21	20	28	29	1.98
77386722--77386892	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77392066--77392177	43	2.6	44	83	8	133	28	17	25	28	1.98
77394621--77394658	16	2.4	16	100	0	76	42	21	0	36	1.53
77396712--77396866	44	3.6	42	77	11	154	26	19	24	29	1.98
77396709--77396862	43	3.6	41	81	8	148	26	19	23	30	1.98
77396753--77396862	42	2.6	42	81	7	125	27	19	23	30	1.98
77402248--77402420	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
77402245--77402415	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
77412115--77412144	14	2.1	14	93	0	51	0	16	50	33	1.46
77423780--77424004	49	4.7	48	71	12	185	23	30	19	26	1.98
77423683--77424014	142	2.3	143	81	5	384	25	29	18	26	1.98
77430516--77430793	49	5.9	46	74	12	233	25	30	18	25	1.98
77430516--77430788	93	2.9	93	84	4	309	25	30	18	26	1.98
77433942--77433981	21	1.9	21	94	0	71	45	0	15	40	1.46
77434457--77434508	25	2.2	24	86	6	70	17	25	23	34	1.96
77437070--77437099	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
77444077--77444129	26	2.0	26	82	7	63	22	16	22	37	1.94
77445379--77445484	24	4.4	24	90	1	149	17	39	5	36	1.74
77448999--77449054	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
77448988--77449054	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
77448988--77449068	40	2.0	39	86	9	110	34	12	19	33	1.89
77449103--77449222	24	5.0	24	91	3	170	30	21	21	26	1.99
77449415--77449478	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77457100--77457146	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
77457195--77457338	24	6.0	24	85	2	173	29	20	20	28	1.98
77457532--77457595	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
77464005--77464102	24	4.0	24	86	1	124	20	37	4	37	1.72
77464855--77464986	48	2.8	48	82	0	165	27	16	31	25	1.97
77469673--77469821	51	2.9	51	84	11	191	25	17	26	30	1.97
77475500--77475679	48	3.8	48	79	3	193	30	18	27	23	1.98
77475497--77475674	96	1.9	96	83	4	234	28	19	28	23	1.98
77478875--77479017	40	3.5	40	85	9	184	34	25	15	24	1.94
77481921--77481981	30	2.0	30	96	0	113	47	14	0	37	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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