genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482990--1483038	16	3.1	16	77	8	55	26	0	2	71	0.97
1505464--1505505	13	3.3	13	80	12	52	42	21	2	33	1.66
1510640--1510673	14	2.4	14	90	0	59	73	11	2	11	1.20
1515822--1515893	27	2.7	26	78	6	74	36	11	15	37	1.83
1519894--1519933	19	2.1	19	100	0	80	30	22	27	20	1.98
1521151--1521196	24	1.9	24	95	0	83	34	13	2	50	1.53
1521504--1521538	18	1.9	18	88	0	52	22	11	22	42	1.85
1523293--1523330	20	2.0	20	85	10	53	26	13	23	36	1.91
1531241--1531279	18	2.2	18	86	9	53	30	0	0	69	0.89
1533284--1533330	21	2.2	21	77	7	51	6	0	27	65	1.16
1533291--1533335	23	2.0	22	83	12	56	4	0	26	68	1.08
1542682--1543103	138	3.1	136	84	4	578	46	5	6	40	1.54
1551244--1551278	6	5.8	6	93	0	61	34	14	2	48	1.58
1555184--1555243	20	3.1	19	74	9	57	46	8	26	18	1.77
1556880--1557019	43	3.3	43	86	2	183	27	29	17	25	1.98
1563002--1563040	14	2.8	14	88	0	60	46	28	0	25	1.53
1562793--1563363	246	2.3	247	85	5	739	45	17	2	34	1.62
1566324--1566448	64	2.0	64	95	0	223	51	8	8	31	1.64
1568267--1568353	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
1568445--1568657	67	3.2	66	64	19	159	46	3	4	46	1.38
1568401--1568666	137	1.9	138	90	2	428	46	4	4	44	1.41
1568549--1568583	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568411--1568847	156	3.1	136	82	11	434	46	5	3	44	1.44
1568525--1568852	156	2.1	156	97	0	611	46	6	3	42	1.47
1568705--1568753	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
1568705--1568759	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
1568904--1568994	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
1568975--1569043	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
1568975--1569043	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
1569115--1569272	41	3.9	41	94	0	246	21	23	21	33	1.97
1573566--1573604	21	1.9	21	84	5	53	43	0	5	51	1.24
1575133--1575171	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
1575397--1575494	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
1575399--1575487	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
1577016--1577112	46	2.1	47	92	1	160	36	17	4	42	1.69
1577673--1577727	26	2.2	26	83	3	67	65	7	10	16	1.45
1578738--1578803	30	2.2	31	86	8	91	39	10	15	34	1.82
1592157--1592362	3	68.3	3	67	15	68	56	2	8	32	1.42
1592112--1592172	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
1592218--1592364	39	3.8	38	75	9	120	56	0	8	34	1.34
1592490--1592532	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
1593108--1593181	27	2.7	28	89	8	116	50	18	5	25	1.69
1597698--1597761	29	2.2	29	86	5	94	31	51	1	15	1.53
1597727--1597801	37	2.0	37	86	0	105	28	52	1	18	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1597885--1597923	11	3.4	11	85	7	51	28	0	30	41	1.57
1598127--1598248	61	2.0	62	80	9	142	25	4	6	63	1.39
1598233--1598269	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
1598233--1598288	21	2.8	21	82	15	57	37	0	1	60	1.07
1598241--1598271	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
1598738--1598970	127	1.8	127	96	0	430	29	17	16	37	1.91
1603410--1603451	19	2.2	19	100	0	84	59	11	0	28	1.33
1604701--1604810	56	1.9	58	87	5	161	34	13	8	43	1.74
1607166--1607306	59	2.4	58	84	5	176	46	14	10	27	1.78
1607166--1607283	59	2.0	59	88	6	177	44	14	11	28	1.80
1608788--1608854	25	2.8	25	93	4	111	71	20	2	4	1.17
1611359--1611394	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
1619867--1620061	72	2.7	71	83	4	230	26	13	23	36	1.92
1620086--1620421	88	3.8	88	88	4	458	25	17	21	35	1.95
1620315--1620349	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
1620351--1620493	74	1.9	75	88	2	216	30	19	22	27	1.98
1620262--1620592	168	2.0	164	89	3	511	29	18	19	32	1.96
1620695--1620875	72	2.5	72	83	2	229	25	16	24	33	1.95
1620900--1621233	88	3.8	88	88	3	472	25	17	21	34	1.96
1621129--1621163	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
1621220--1621393	90	2.0	88	85	6	235	27	20	20	32	1.97
1621076--1621622	164	3.4	164	87	4	742	29	18	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1620778--1621836	559	1.9	543	81	12	1241	27	18	21	32	1.96
1621308--1622083	229	3.2	230	81	7	804	29	17	19	34	1.94
1621308--1621708	74	5.3	75	81	4	473	30	17	19	32	1.95
1621688--1621714	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
1621689--1621722	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
1621630--1621801	93	1.8	93	86	2	247	27	20	19	32	1.97
1621702--1622293	79	7.2	77	71	16	345	28	16	17	37	1.92
1621528--1622293	244	3.1	243	82	7	869	28	16	18	36	1.93
1622064--1622123	30	2.0	30	90	6	95	20	6	28	45	1.76
1622953--1623016	25	2.6	25	92	5	103	68	21	4	4	1.27
1634306--1634496	95	2.0	95	97	0	364	31	19	8	39	1.82
1636172--1636214	21	2.0	21	86	8	61	53	4	2	39	1.34
1636162--1636214	20	2.7	20	74	8	54	60	5	1	32	1.31
1638949--1638976	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
1639641--1639677	19	2.0	18	89	5	56	56	0	2	40	1.13
1642397--1642425	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
1650057--1650095	19	2.1	19	100	0	78	20	41	5	33	1.74
1650240--1650325	40	2.1	42	93	4	149	25	60	4	9	1.47
1654485--1654564	21	3.8	21	74	0	61	12	41	2	43	1.56
1654506--1654545	3	13.3	3	83	0	53	5	35	2	57	1.34
1661313--1661370	30	1.9	30	89	0	89	56	8	3	31	1.46
1661350--1661383	18	1.9	17	94	5	59	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1662232--1662266	15	2.3	15	95	0	61	34	37	2	25	1.71
1680655--1680715	19	3.2	19	79	9	70	54	9	1	34	1.44
1682604--1682805	100	2.0	100	100	0	404	39	23	16	20	1.92
1682803--1682827	11	2.3	11	100	0	50	56	28	0	16	1.41
1687816--1687851	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
1688113--1688160	24	2.0	24	88	4	71	58	14	4	22	1.54
1689791--1689831	11	3.7	11	81	18	50	70	0	2	26	0.99
1689793--1689831	15	2.6	14	88	11	60	71	0	2	25	0.98
1701515--1701555	21	2.0	20	85	4	55	46	29	0	24	1.53
1701581--1701621	21	2.0	20	85	4	55	19	7	26	46	1.76
1706630--1706679	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1711268--1711317	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1713480--1713528	17	2.9	17	82	11	57	69	2	0	28	1.00
1713488--1713538	17	2.8	18	80	8	59	62	1	0	35	1.06
1713583--1713617	18	1.9	18	88	0	52	65	0	2	31	1.07
1714280--1714343	30	2.1	30	97	0	119	37	10	6	45	1.65
1716147--1716183	15	2.5	15	95	0	65	89	0	10	0	0.49
1716147--1716183	7	4.9	8	87	12	60	89	0	10	0	0.49
1726210--1726458	50	4.8	50	84	4	275	20	29	23	26	1.99
1726209--1726458	100	2.4	104	87	6	348	20	29	23	26	1.99
1726553--1726584	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1726795--1726852	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1732063--1732123	32	1.9	32	93	0	104	27	21	8	42	1.81
1752263--1752307	21	2.1	21	92	8	74	62	4	2	31	1.27
1755270--1755318	24	2.0	24	100	0	98	51	12	0	36	1.40
1756873--1756902	8	3.9	8	95	4	53	26	0	0	73	0.84
1756873--1756902	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
1761947--1762025	38	2.1	38	95	0	140	24	16	17	41	1.89
1762717--1762742	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
1763466--1763559	46	2.0	46	100	0	188	39	12	10	37	1.78
1766014--1766047	16	2.1	17	88	5	52	52	5	8	32	1.56
1766716--1766753	19	2.0	19	85	10	51	57	7	0	34	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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