genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82716747--82716907	54	2.9	54	76	10	173	29	15	28	26	1.96
82716749--82716901	28	5.6	27	69	12	96	29	14	29	26	1.95
82716749--82716926	56	3.2	54	73	9	155	29	16	28	26	1.97
82716831--82716934	28	3.7	28	76	5	86	29	20	25	24	1.99
82723662--82723769	26	4.2	26	91	0	180	31	8	24	36	1.85
82726465--82726505	10	4.2	10	87	3	57	24	0	2	73	0.96
82727362--82727393	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
82734286--82734335	25	2.0	25	92	0	82	58	6	8	28	1.51
82737659--82737738	35	2.3	35	86	4	108	18	12	27	41	1.87
82738496--82738548	25	2.1	25	92	0	88	39	13	18	28	1.88
82739078--82739108	13	2.4	13	94	0	53	25	41	22	9	1.84
82740264--82740359	25	3.9	25	73	1	77	35	20	23	19	1.96
82740442--82740513	26	2.8	26	81	8	85	38	18	23	19	1.93
82741454--82741482	13	2.2	13	100	0	58	13	13	0	72	1.13
82742868--82742909	22	2.0	22	95	4	77	26	26	38	9	1.87
82743999--82744173	47	3.7	47	80	9	205	23	28	19	29	1.98
82746393--82746447	15	3.5	15	76	18	51	21	1	1	74	1.01
82746405--82746447	22	2.0	22	90	0	68	23	0	2	74	0.93
82746501--82746552	18	2.8	19	78	16	56	23	1	1	73	1.04
82751514--82751585	16	4.0	17	75	18	65	68	4	1	26	1.16
82751749--82751826	36	2.2	36	83	4	104	60	17	7	14	1.57
82753688--82753725	17	2.2	17	90	0	58	26	2	2	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82754501--82754525	10	2.5	10	100	0	50	48	28	0	24	1.52
82755787--82755832	18	2.6	18	82	0	56	43	15	4	36	1.66
82755858--82755909	18	2.8	19	73	5	61	50	11	7	30	1.67
82756031--82756151	53	2.3	53	86	2	172	43	19	18	18	1.88
82756024--82756161	53	2.4	58	76	15	162	43	18	19	18	1.88
82756334--82756367	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
82758092--82758205	42	2.6	43	84	6	133	35	25	15	23	1.95
82758092--82758225	44	3.1	42	82	8	135	34	23	16	25	1.95
82758728--82758781	28	2.0	28	81	3	65	29	27	1	40	1.67
82763271--82763381	26	4.2	26	93	2	168	34	4	24	36	1.76
82763271--82763381	53	2.1	52	89	1	168	34	4	24	36	1.76
82765000--82765136	27	5.1	27	86	6	170	18	24	22	34	1.96
82775572--82775632	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82776667--82776815	43	3.5	43	76	8	124	33	25	15	25	1.95
82778855--82779035	89	2.1	90	83	6	228	35	19	8	35	1.83
82779039--82779074	11	3.3	11	92	0	54	72	0	2	25	0.98
82779050--82779220	10	18.0	9	65	22	59	61	3	3	31	1.30
82779034--82779147	10	11.8	10	70	10	69	63	1	3	31	1.22
82779415--82779466	26	2.0	26	84	3	68	30	0	1	67	1.02
82779433--82779505	19	3.7	19	72	17	51	28	2	0	68	1.03
82779430--82779505	38	2.0	40	84	10	104	30	2	0	67	1.05
82779681--82779713	14	2.5	13	86	13	50	87	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82783672--82784269	198	3.0	198	98	0	1153	33	17	12	36	1.87
82795265--82795334	34	2.0	36	91	5	117	44	11	4	40	1.60
82796820--82796976	49	3.2	49	78	7	160	28	21	26	23	1.99
82803032--82803299	134	2.0	134	93	0	455	32	12	24	29	1.92
82804618--82804792	46	3.7	46	78	3	145	29	18	27	24	1.98
82821304--82821398	48	2.0	48	87	4	138	29	28	16	25	1.97
82825065--82825285	40	5.7	39	85	9	274	24	22	28	25	1.99
82832959--82833145	39	4.7	39	87	9	170	25	22	26	25	2.00
82832959--82833182	79	2.8	78	81	12	260	25	22	26	25	2.00
82832959--82833182	40	5.7	40	86	6	262	25	22	26	25	2.00
82832966--82833215	79	3.2	77	78	14	233	27	21	26	25	1.99
82836345--82836599	75	3.4	75	87	0	348	27	22	20	29	1.99
82842934--82843113	75	2.4	75	85	0	225	27	22	20	29	1.99
82849305--82849492	72	2.6	72	88	1	243	22	18	28	30	1.97
82849800--82850058	128	2.0	128	100	0	518	38	9	15	36	1.80
82853654--82853702	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
82854094--82854179	43	2.0	43	95	0	154	51	2	19	26	1.59
82858919--82858983	33	1.9	33	84	6	85	23	7	4	64	1.38
82859012--82859065	18	2.8	19	77	11	56	40	1	3	53	1.29
82865640--82865666	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
82879694--82879719	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
82882700--82882779	27	3.0	27	71	14	83	36	22	27	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82886842--82886995	28	5.5	28	97	0	274	33	28	11	25	1.91
82890976--82891018	19	2.2	19	83	4	50	23	6	18	51	1.70
82895424--82895450	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
82899736--82899769	10	3.4	10	95	0	59	32	8	14	44	1.76
82902842--82902868	14	1.9	14	100	0	54	44	14	14	25	1.84
82903109--82903187	32	2.5	32	79	8	81	18	36	24	20	1.95
82907670--82907782	40	2.8	40	92	4	176	23	23	29	23	1.99
82915661--82915853	40	4.8	40	94	1	318	22	23	29	24	1.99
82924771--82924820	25	2.0	25	88	7	75	38	20	20	22	1.94
82935764--82935939	61	2.9	61	82	0	192	26	24	17	31	1.97
82945633--82945676	8	5.6	8	86	2	63	59	2	0	38	1.10
82946241--82946273	16	2.1	16	100	0	66	30	51	12	6	1.63
82951980--82952053	31	2.4	31	88	0	103	36	43	1	18	1.59
82954539--82954674	28	4.9	28	75	11	109	24	28	17	29	1.97
82954969--82955116	63	2.3	63	81	12	174	24	25	16	33	1.96
82966265--82966306	21	2.0	22	85	4	59	66	14	19	0	1.25
82976144--82976228	21	4.0	21	75	4	71	38	25	20	15	1.91
82976142--82976216	21	3.4	23	78	12	86	38	26	21	13	1.90
82976324--82976368	24	2.0	22	82	8	54	33	26	0	40	1.57
82980320--82980854	96	5.6	96	95	1	911	32	8	29	29	1.87
82980299--82980854	47	11.7	47	92	3	893	32	8	29	29	1.87
82980516--82980591	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82985333--82985702	183	2.0	185	90	2	591	36	22	17	23	1.94
82986410--82986532	35	3.4	34	69	14	104	27	23	13	34	1.93
82987993--82988032	19	2.1	19	86	9	55	60	5	0	35	1.19
82988397--82988530	62	2.2	59	81	5	162	41	3	4	50	1.40
82989959--82990026	31	2.2	30	79	7	75	44	19	10	26	1.82
82990126--82990179	3	18.3	3	82	3	65	70	1	27	0	0.98
82992801--82992977	39	4.5	38	82	8	162	25	20	27	25	1.99
82992754--82992977	40	5.7	39	81	8	222	25	20	27	25	1.99
82992754--82992977	79	2.8	78	81	6	245	25	20	27	25	1.99
82992834--82993010	79	2.3	79	81	4	189	25	21	28	24	1.99
83000704--83000927	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
83000704--83000927	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
83000784--83000960	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
83003244--83003294	19	2.7	20	84	9	70	50	1	0	47	1.12
83004417--83004470	26	2.1	26	96	0	99	18	20	3	57	1.55
83004612--83004656	21	2.1	21	95	0	81	51	4	28	15	1.63
83015046--83015084	19	2.0	20	95	5	71	23	0	5	71	1.05
83015046--83015110	19	2.9	23	84	13	66	27	0	6	66	1.15
83015848--83015930	39	2.1	39	100	0	166	39	4	27	27	1.77
83021199--83021245	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
83021695--83021736	5	8.4	5	91	0	66	23	19	14	42	1.87
83024323--83024356	17	2.0	17	100	0	68	17	0	29	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83024680--83024723	22	2.0	22	82	8	54	59	2	0	38	1.10
83024813--83024861	25	2.0	24	84	4	62	36	2	0	61	1.08
83024822--83024854	17	1.9	18	88	11	52	36	0	0	63	0.95
83027977--83028052	25	3.1	24	80	10	73	32	15	26	25	1.95
83028006--83028059	25	2.2	25	90	3	83	31	12	29	25	1.93
83032743--83032788	22	2.1	22	88	8	67	28	28	36	6	1.82
83034127--83034235	46	2.3	47	81	4	123	26	24	24	23	2.00
83034164--83034333	48	3.6	46	74	8	126	24	24	22	27	2.00
83041666--83041785	43	2.8	43	84	0	150	29	15	25	29	1.96
83045383--83045437	20	2.8	20	86	5	76	29	14	16	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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