genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13831558--13831605	18	2.6	19	76	3	53	43	2	2	52	1.24
13834391--13834454	24	2.6	26	78	14	82	48	0	9	42	1.35
13834594--13834627	17	1.9	18	94	5	61	29	2	2	64	1.22
13836242--13836346	36	2.9	35	74	5	93	36	16	10	37	1.83
13836251--13836351	18	5.6	19	73	9	52	37	15	10	35	1.83
13836255--13836366	36	3.1	35	75	2	89	36	16	12	33	1.87
13836515--13836609	44	2.2	44	84	7	122	34	24	21	20	1.96
13837713--13837754	19	2.2	20	86	4	59	0	33	0	66	0.92
13837777--13837831	19	2.9	19	86	5	76	7	14	5	72	1.24
13837845--13837885	21	2.0	21	85	0	55	51	2	0	46	1.14
13837841--13837886	13	3.5	13	80	19	51	54	2	0	43	1.12
13838728--13838853	62	2.0	62	96	0	234	23	19	23	32	1.98
13840015--13840045	14	2.3	13	94	5	53	77	0	22	0	0.77
13842346--13842398	11	4.9	11	79	4	54	33	0	1	64	1.05
13844231--13844395	46	3.6	46	89	0	213	42	13	24	20	1.87
13847301--13847342	21	2.0	21	100	0	84	61	4	9	23	1.45
13851012--13851042	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
13851118--13851149	17	1.9	16	93	6	55	53	0	3	43	1.16
13854619--13854650	6	5.3	6	100	0	64	68	0	0	31	0.90
13855438--13855498	31	2.0	31	86	0	86	32	6	9	50	1.61
13857589--13857806	40	5.5	40	85	2	271	22	22	28	27	1.99
13865711--13865928	40	5.5	40	85	2	271	22	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13868596--13868649	28	1.9	28	88	0	81	44	5	3	46	1.44
13879139--13879199	17	3.4	17	72	22	52	55	3	0	40	1.16
13879139--13879204	16	3.7	16	71	21	51	56	4	0	39	1.20
13891062--13891143	37	2.2	37	86	0	110	24	2	21	51	1.60
13891078--13891152	37	2.0	37	100	0	150	21	0	24	54	1.45
13893049--13893236	76	2.5	76	81	5	218	31	17	27	23	1.97
13893486--13893533	24	2.0	24	100	0	96	37	0	25	37	1.56
13902647--13902704	26	2.2	26	93	0	98	25	44	0	29	1.54
13902983--13903036	3	18.0	3	88	0	81	33	3	0	62	1.12
13902984--13903055	9	8.1	9	85	1	74	29	8	0	62	1.24
13902983--13903044	12	5.4	12	81	11	67	30	6	0	62	1.20
13904632--13904673	17	2.5	17	84	0	57	7	7	4	80	1.00
13906048--13906223	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
13906044--13906215	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
13910013--13910060	20	2.4	20	92	0	78	20	8	22	47	1.77
13924635--13924755	64	1.9	64	84	0	161	34	20	20	23	1.96
13925654--13925680	9	3.0	9	100	0	54	11	11	11	66	1.45
13927857--13927898	17	2.4	18	84	4	59	38	4	0	57	1.20
13935161--13935203	17	2.4	18	76	3	52	41	2	0	55	1.12
13949761--13949796	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
13950855--13950921	33	2.0	33	97	0	125	31	22	17	28	1.97
13954078--13954119	21	2.0	21	86	4	59	33	7	11	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13961597--13961658	18	3.4	18	72	0	52	17	51	1	29	1.55
13965838--13965952	56	2.1	56	86	3	160	46	8	18	26	1.77
13971685--13971939	55	4.8	54	80	7	256	21	25	17	35	1.95
13986301--13986355	25	2.2	26	77	9	60	63	9	10	16	1.51
13991705--13991892	39	4.8	40	90	3	274	23	20	30	25	1.99
13991699--13991908	39	5.3	40	86	6	268	24	20	28	25	1.99
13991699--13991892	79	2.5	79	88	3	275	24	20	29	25	1.99
14006385--14006418	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
14015545--14015570	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
14020218--14020278	19	3.2	19	68	13	61	50	6	4	37	1.50
14030514--14030558	6	8.2	5	83	16	54	22	2	0	75	0.91
14030514--14030558	11	4.1	10	83	16	54	22	2	0	75	0.91
14033836--14033965	47	2.8	47	84	5	165	21	32	19	26	1.97
14044181--14044248	25	2.8	25	73	10	68	32	25	17	25	1.97
14046271--14046351	26	3.1	26	82	7	110	19	11	33	35	1.87
14049096--14049195	37	2.7	37	92	0	164	24	33	19	24	1.97
14049371--14049823	48	9.4	48	96	0	816	29	27	7	34	1.85
14066051--14066094	17	2.5	17	81	3	52	13	2	2	81	0.88
14069818--14069926	54	2.0	54	98	0	209	21	22	26	30	1.98
14071874--14072079	22	8.8	24	72	16	125	64	3	3	28	1.28
14071869--14072048	24	7.9	22	71	15	109	63	3	3	30	1.27
14073629--14073990	44	8.0	44	77	7	305	26	19	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14073689--14073990	139	2.2	137	81	5	355	26	19	19	33	1.96
14085987--14086023	17	2.2	17	90	0	56	64	0	5	29	1.15
14086037--14086138	24	4.2	24	71	13	68	64	4	3	26	1.31
14086133--14086248	26	4.6	25	80	16	107	62	2	4	30	1.27
14088445--14088532	45	2.0	45	88	0	131	52	3	0	44	1.18
14088445--14088509	15	4.2	16	69	25	50	55	1	0	43	1.09
14088448--14088513	14	4.5	14	74	23	55	56	1	0	42	1.08
14088444--14088513	20	3.2	20	70	18	59	57	1	0	41	1.08
14092222--14092329	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
14092215--14092329	30	3.8	30	88	4	178	45	6	22	25	1.77
14092218--14092338	60	2.0	60	93	3	208	44	6	23	25	1.77
14096916--14096993	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
14096909--14096993	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
14098672--14098698	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14098778--14098803	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14100030--14100054	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
14100160--14100184	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
14100628--14100761	49	2.8	47	72	9	119	52	4	1	41	1.30
14101845--14101878	17	2.0	17	100	0	68	52	41	0	5	1.25
14103071--14103112	3	14.0	3	85	9	59	33	0	0	66	0.92
14120266--14120296	16	1.9	16	100	0	62	35	19	0	45	1.51
14120488--14120742	55	4.8	54	81	7	256	21	25	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14120535--14120732	108	1.8	110	86	4	294	22	25	16	34	1.95
14141231--14141265	11	3.3	11	84	8	54	51	0	0	48	1.00
14145060--14145219	27	5.9	27	80	12	168	35	21	24	19	1.96
14145078--14145219	54	2.6	54	91	3	223	35	22	23	18	1.96
14146790--14146845	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
14147256--14147378	59	2.1	57	86	3	165	26	19	8	45	1.79
14147312--14147424	52	2.2	53	80	4	131	30	15	7	46	1.75
14148245--14148278	16	2.1	16	100	0	68	41	11	5	41	1.66
14150295--14150344	24	2.1	24	100	0	100	36	12	16	36	1.85
14158337--14158439	42	2.4	43	77	6	102	29	23	18	29	1.98
14167871--14167928	27	2.1	27	90	6	91	3	63	5	27	1.31
14175480--14176506	126	8.1	127	96	1	1825	28	16	20	34	1.94
14176408--14176559	72	2.1	72	83	7	184	32	16	17	34	1.92
14177226--14177259	17	2.0	17	100	0	68	52	41	0	5	1.25
14177789--14177830	17	2.4	19	81	18	56	71	2	0	26	0.98
14177789--14177829	20	2.0	20	86	9	57	70	2	0	26	0.99
14182659--14182741	25	3.3	24	75	12	87	25	24	18	32	1.97
14183881--14183964	43	2.0	43	90	4	134	20	22	33	23	1.97
14183880--14183976	43	2.3	43	85	3	133	18	25	31	23	1.97
14183968--14183997	13	2.3	13	100	0	60	13	33	26	26	1.93
14184977--14185013	15	2.5	15	86	0	56	32	0	13	54	1.40
14185860--14185893	16	2.1	16	94	0	59	52	0	14	32	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14186399--14186443	22	2.0	22	100	0	90	40	4	13	42	1.64
14192209--14192350	25	5.8	25	71	13	98	18	26	21	34	1.96
14196462--14196490	14	2.1	14	100	0	58	48	6	13	31	1.69
14198849--14198907	31	2.0	30	86	6	84	33	5	13	47	1.65
14201923--14201975	24	2.2	24	79	0	61	30	1	47	20	1.61
14206760--14206785	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
14211810--14211854	15	3.0	15	77	9	56	22	20	13	44	1.85
14223247--14223300	28	1.9	28	84	0	72	22	24	18	35	1.96
14225471--14225509	16	2.4	16	91	0	60	33	7	28	30	1.85
14225495--14225584	44	2.0	46	86	4	130	32	5	26	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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