genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84969019--84969051	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
84970060--84970096	18	2.1	18	90	10	58	56	18	2	21	1.54
84970310--84970380	33	2.1	34	84	2	90	28	19	22	29	1.98
84970345--84970402	28	2.1	27	80	3	62	27	18	24	29	1.98
84970436--84970479	21	2.0	22	91	4	72	38	52	0	9	1.33
84970516--84970564	23	2.3	22	86	10	66	36	22	18	22	1.95
84972285--84972310	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
84979893--84979981	28	3.2	28	79	3	92	39	20	22	17	1.92
84987776--84987892	28	4.2	28	79	2	121	36	17	23	21	1.94
84988701--84988790	47	1.9	47	100	0	180	28	24	22	24	1.99
84991592--84991617	12	2.2	12	100	0	52	46	0	23	30	1.53
84996884--84997071	105	1.8	103	80	6	227	20	17	26	35	1.95
84997302--84997355	24	2.2	24	86	0	81	25	1	22	50	1.59
85013855--85014068	43	5.0	43	89	1	306	32	31	23	12	1.92
85014040--85014163	38	3.2	38	83	2	131	28	25	22	23	1.99
85028309--85028357	14	3.5	15	72	13	50	65	0	28	6	1.16
85047056--85047148	29	3.2	29	72	10	73	29	16	18	36	1.92
85047048--85047157	58	1.9	57	83	1	139	29	16	17	37	1.91
85060273--85060486	27	8.0	27	86	0	241	25	13	18	42	1.86
85060799--85060842	18	2.4	18	80	0	52	22	15	13	47	1.81
85062902--85063114	27	8.0	27	88	1	268	26	13	16	43	1.85
85062902--85063114	54	4.0	54	86	1	304	26	13	16	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85063406--85063451	18	2.6	18	89	0	74	19	19	15	45	1.85
85065933--85066064	29	4.6	29	76	0	120	31	13	21	34	1.92
85070192--85070248	29	2.0	29	96	0	105	45	21	10	22	1.82
85071387--85071720	47	7.6	45	78	14	317	32	23	13	30	1.93
85071434--85071681	85	3.0	84	88	7	380	31	24	13	30	1.94
85071355--85071591	132	1.8	126	90	5	384	33	24	12	30	1.92
85071593--85071731	48	2.9	48	88	1	199	30	23	15	31	1.95
85071353--85071756	211	1.9	211	89	2	632	31	24	13	30	1.93
85074922--85074991	22	3.2	22	64	11	63	20	34	14	31	1.92
85074912--85074998	43	2.0	43	100	0	174	18	29	16	35	1.92
85074915--85074982	21	3.2	21	64	12	57	17	29	14	38	1.90
85075738--85075798	30	2.0	30	81	12	72	60	0	19	19	1.36
85078313--85078337	13	1.9	13	100	0	50	4	16	8	72	1.24
85079549--85079796	27	9.3	27	86	3	277	23	12	20	42	1.87
85079947--85080017	23	3.1	23	62	11	56	28	25	18	28	1.98
85084094--85084168	28	2.7	28	93	0	132	29	24	12	34	1.91
85086785--85086907	43	2.9	42	76	11	142	34	25	15	25	1.95
85091009--85091082	37	2.0	37	94	0	130	43	27	21	8	1.80
85094749--85094840	43	2.1	43	91	0	148	26	31	18	23	1.97
85096767--85096796	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
85097425--85097464	20	2.1	18	86	9	53	30	22	0	47	1.52
85098235--85098397	43	3.8	42	80	8	177	31	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85098235--85098397	85	1.9	85	83	8	215	31	25	18	24	1.98
85102439--85102468	11	2.6	12	94	5	53	80	3	10	6	1.01
85103820--85103867	9	5.0	9	82	12	51	41	2	0	56	1.11
85105530--85105627	41	2.4	41	93	3	164	30	17	27	24	1.97
85107078--85107341	40	6.6	40	88	6	365	26	26	23	24	2.00
85107078--85107341	123	2.2	120	89	2	404	26	26	23	24	2.00
85115339--85115562	40	5.6	40	84	8	294	25	26	23	24	2.00
85115339--85115562	83	2.8	79	87	5	306	25	26	23	24	2.00
85118124--85118173	21	2.4	21	80	3	57	44	34	0	22	1.53
85118449--85118520	8	8.5	8	81	17	83	68	1	0	30	0.99
85118474--85118520	8	6.0	8	95	5	87	74	0	0	25	0.82
85119763--85119907	43	3.4	42	92	3	236	23	22	28	24	1.99
85121124--85121155	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
85124671--85124697	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
85124617--85124681	29	2.2	29	83	5	78	26	3	3	67	1.20
85124849--85124928	28	2.8	28	76	17	76	61	3	3	31	1.31
85125909--85125944	15	2.5	15	91	8	58	61	0	11	27	1.30
85125899--85125935	19	1.9	19	88	0	56	64	0	10	24	1.25
85126360--85126386	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
85130225--85130264	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
85130945--85130983	18	2.2	18	100	0	78	30	5	25	38	1.78
85134325--85134385	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85135212--85135290	20	4.0	20	75	6	79	39	20	32	7	1.81
85135435--85135470	19	1.9	18	88	5	54	38	16	0	44	1.48
85138085--85138136	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
85138019--85138375	103	3.5	103	93	2	592	20	20	29	30	1.97
85139602--85139716	24	4.8	24	86	5	151	18	18	19	44	1.87
85149280--85149348	33	2.1	33	100	0	138	37	14	11	36	1.83
85154646--85154733	43	2.0	43	97	0	167	39	28	7	23	1.83
85156558--85156608	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
85156479--85156744	103	2.6	104	92	3	430	18	20	30	30	1.97
85163956--85164222	105	2.6	105	92	2	441	18	20	30	29	1.97
85177413--85177617	84	2.4	85	85	1	277	25	18	23	33	1.97
85177444--85177582	43	3.3	43	71	11	133	27	17	24	30	1.97
85177469--85177610	42	3.4	43	70	8	121	28	16	23	31	1.96
85178564--85178630	30	2.2	30	94	0	116	20	23	41	13	1.88
85184840--85184887	25	1.9	25	86	0	69	12	6	10	70	1.32
85189040--85189074	9	3.7	9	92	7	52	82	0	17	0	0.66
85212648--85212815	47	3.6	47	91	0	264	27	30	8	32	1.86
85213040--85213131	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
85213021--85213181	40	4.1	40	79	10	170	24	27	22	25	2.00
85216854--85216978	40	3.1	40	96	0	223	25	27	22	24	2.00
85216951--85217004	27	2.0	26	96	3	99	20	31	25	22	1.98
85216911--85217044	66	2.0	67	98	1	261	23	30	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85216871--85217084	106	2.0	107	98	0	412	23	29	23	22	1.99
85216978--85217098	40	3.0	40	98	1	235	23	30	22	23	1.99
85219075--85219289	47	4.6	47	92	0	349	28	30	8	33	1.86
85227682--85227853	64	2.7	64	76	7	186	25	29	16	29	1.96
85246570--85246607	19	2.0	19	94	0	67	34	0	18	47	1.49
85253696--85253748	26	2.0	26	100	0	106	33	3	15	47	1.63
85253702--85253759	26	2.2	26	84	0	71	36	6	17	39	1.76
85259943--85260024	41	2.0	41	92	0	137	19	10	37	31	1.87
85260143--85260185	22	2.0	22	90	0	68	37	13	20	27	1.91
85266257--85266636	191	2.0	191	98	0	733	16	25	13	44	1.84
85267517--85267551	18	1.9	18	88	11	54	8	28	37	25	1.85
85271460--85271520	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
85272936--85273091	42	3.7	42	81	1	177	30	24	15	29	1.95
85272936--85273091	85	1.8	84	84	4	215	30	24	15	29	1.95
85273169--85273458	145	2.0	145	98	0	562	42	15	10	32	1.81
85280709--85280829	40	3.0	40	87	1	163	30	21	22	25	1.99
85280729--85280845	39	3.0	39	85	1	144	31	21	21	25	1.98
85280783--85280863	39	2.1	39	85	0	108	29	23	24	22	1.99
85295843--85295888	15	3.2	15	71	22	53	28	21	2	47	1.62
85296802--85296831	10	3.0	10	100	0	60	60	10	0	30	1.30
85304118--85304156	19	2.1	19	100	0	78	38	25	10	25	1.87
85305603--85305631	8	3.6	8	100	0	58	13	0	34	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85307089--85307123	6	5.8	6	100	0	70	14	0	0	85	0.59
85311053--85311226	27	6.6	27	81	6	194	27	14	28	28	1.96
85311053--85311200	53	2.8	53	83	8	176	28	15	28	27	1.96
85311053--85311226	52	3.3	52	84	6	199	27	14	28	28	1.96
85319066--85319218	27	5.6	27	78	10	148	28	14	26	30	1.95
85319067--85319140	26	2.8	27	85	4	96	29	14	27	28	1.95
85320971--85321027	27	2.1	27	93	0	96	33	26	8	31	1.87
85321135--85321224	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
85321135--85321249	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
85322297--85322330	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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