genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79120731--79120808	25	3.2	25	63	23	67	29	8	32	29	1.88
79120941--79121077	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	26	1.85
79132760--79132797	6	6.3	6	93	0	58	15	0	10	73	1.09
79198896--79199170	39	7.1	39	94	0	480	21	25	30	22	1.99
79204765--79205037	39	7.1	39	93	2	462	21	26	29	23	1.99
79212879--79212925	19	2.5	19	79	3	60	40	4	0	55	1.19
79212899--79212985	31	2.9	28	77	19	95	41	1	1	56	1.14
79222196--79222358	42	3.9	41	74	7	121	27	26	15	30	1.96
79225461--79225502	21	2.0	21	81	9	50	30	14	0	54	1.40
79228874--79228908	18	1.9	18	100	0	70	40	11	5	42	1.65
79229860--79229885	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
79234812--79234881	27	2.6	27	79	0	86	31	12	27	28	1.93
79235081--79235118	7	5.4	7	87	0	58	18	0	39	42	1.50
79250175--79250258	43	2.0	40	91	8	134	44	16	17	21	1.87
79254631--79254694	16	4.0	16	70	0	56	53	0	15	31	1.43
79255098--79255132	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
79266281--79266308	13	2.2	13	100	0	56	28	14	10	46	1.78
79268166--79268191	11	2.4	11	100	0	52	69	0	0	30	0.89
79270580--79270670	45	2.0	45	89	0	137	36	23	15	25	1.94
79279250--79279288	21	1.9	20	84	5	51	56	12	2	28	1.50
79280285--79280386	29	3.6	29	81	6	111	27	30	17	24	1.97
79280276--79280386	58	1.9	57	81	5	134	27	30	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79282998--79283423	49	9.0	42	95	2	312	30	29	8	31	1.86
79282931--79283434	47	10.6	49	92	4	786	29	29	8	32	1.86
79282931--79283434	96	5.3	96	92	3	824	29	29	8	32	1.86
79282931--79283434	145	3.5	144	92	3	781	29	29	8	32	1.86
79292821--79292860	21	2.0	21	90	5	64	42	22	0	35	1.54
79296317--79296364	10	4.9	10	76	2	53	66	2	6	25	1.26
79296359--79296421	27	2.3	26	76	10	63	49	11	3	36	1.54
79299642--79299725	41	2.0	41	97	0	159	41	11	15	30	1.83
79302728--79302785	21	2.8	21	76	23	68	46	1	0	51	1.11
79304211--79304251	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
79307036--79307108	31	2.3	33	88	4	105	21	20	13	43	1.86
79307293--79307420	31	4.3	30	70	6	80	43	16	17	22	1.87
79307343--79307420	31	2.5	31	83	2	95	42	14	17	25	1.87
79310797--79310834	19	2.0	19	100	0	76	57	10	10	21	1.61
79317698--79317832	26	5.3	26	88	3	181	28	22	20	28	1.99
79317882--79317938	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
79335972--79336062	26	3.5	26	74	3	85	37	16	15	30	1.90
79336646--79336749	52	2.0	52	98	0	199	40	10	19	29	1.85
79349201--79349240	5	7.8	5	83	5	53	22	0	0	77	0.77
79349203--79349245	10	4.1	10	82	8	50	25	0	2	72	0.97
79350078--79350116	18	2.1	18	85	4	51	38	12	2	46	1.56
79355532--79355611	15	5.4	15	83	1	99	60	13	16	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79355543--79355620	15	5.2	15	77	9	70	57	15	15	11	1.65
79358368--79358417	22	2.4	21	83	12	59	48	12	6	34	1.65
79360254--79360303	19	2.6	19	73	20	50	36	22	2	40	1.65
79360873--79360925	20	2.7	19	77	13	54	35	20	32	11	1.88
79360933--79361051	40	3.0	39	77	9	123	31	15	31	22	1.95
79360873--79361051	80	2.2	81	81	3	202	32	16	31	19	1.94
79361656--79361693	19	2.1	18	85	14	51	52	7	0	39	1.31
79374230--79374413	67	2.8	64	73	13	162	29	16	29	23	1.96
79375412--79375441	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
79377749--79377808	29	2.1	29	84	6	77	20	23	26	30	1.98
79378263--79378304	22	1.9	22	85	0	57	50	0	2	47	1.14
79378331--79378361	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
79378399--79378456	15	3.6	15	72	17	53	50	1	1	46	1.22
79378897--79378935	14	2.8	14	88	0	51	30	17	10	41	1.83
79388919--79388972	28	1.9	28	84	0	72	33	29	12	24	1.92
79388980--79389093	40	2.8	40	93	0	183	32	26	18	22	1.97
79390017--79390083	34	2.0	34	97	2	127	52	23	2	20	1.61
79400772--79400805	17	2.0	17	94	0	59	55	5	14	23	1.61
79402125--79402189	34	1.9	34	87	0	94	18	26	10	44	1.82
79402779--79402954	62	2.7	62	76	9	156	23	25	12	38	1.90
79402838--79402981	69	2.1	69	80	2	164	21	25	15	38	1.92
79405716--79405812	48	2.0	48	100	0	194	26	13	24	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79420260--79420333	27	2.8	27	71	17	73	44	0	2	52	1.15
79424047--79424271	49	4.5	49	88	2	306	29	28	17	24	1.98
79424034--79424278	99	2.5	100	85	2	323	28	28	18	24	1.98
79425921--79425977	30	2.0	28	86	6	78	59	17	14	8	1.59
79438791--79438829	17	2.3	17	86	8	53	30	0	20	48	1.50
79438973--79439098	21	6.1	21	82	3	139	19	23	11	44	1.84
79443761--79443884	44	2.7	47	79	8	148	26	27	20	25	1.99
79443661--79444021	47	7.6	47	70	12	190	24	27	19	28	1.99
79443761--79444025	94	2.8	94	84	5	317	24	27	20	27	1.99
79445519--79445572	24	2.3	24	78	12	58	53	7	1	37	1.40
79449707--79449770	31	2.1	31	100	0	128	42	26	6	25	1.78
79451337--79451517	49	3.7	49	83	4	247	26	19	25	28	1.99
79451343--79451530	99	1.9	99	93	1	277	27	19	25	28	1.98
79453872--79453998	46	2.8	44	79	11	132	27	17	29	25	1.97
79453924--79454098	98	1.8	98	82	7	234	27	17	28	26	1.98
79458664--79458766	54	1.9	54	85	0	143	38	13	27	20	1.90
79458725--79458793	27	2.6	27	79	4	68	34	14	28	21	1.93
79459587--79459653	32	2.1	32	94	0	116	38	11	22	26	1.89
79468563--79468674	48	2.3	48	84	0	134	28	17	25	28	1.98
79468702--79468826	49	2.5	49	84	3	153	27	20	29	23	1.98
79470358--79470450	46	2.0	46	100	0	186	27	20	21	30	1.98
79475136--79475183	25	1.9	25	86	0	69	10	14	22	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79488545--79488861	50	6.7	48	71	14	162	24	30	17	27	1.97
79488689--79488864	94	1.9	94	83	2	230	25	29	18	27	1.98
79489195--79489252	30	1.9	30	92	0	98	25	25	13	34	1.93
79492929--79493088	52	3.1	52	82	0	176	32	25	14	27	1.94
79493997--79494024	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
79500424--79500636	52	4.3	52	80	11	216	29	28	16	24	1.97
79504564--79504600	13	2.9	12	88	11	56	24	2	0	72	0.97
79504705--79505042	91	3.8	89	84	7	407	42	14	11	30	1.82
79504841--79504891	26	2.0	26	92	7	88	43	15	13	27	1.85
79504918--79504979	29	2.1	31	87	6	92	38	17	14	29	1.89
79504705--79505041	178	1.9	178	87	2	498	42	14	11	30	1.82
79505597--79505665	22	3.2	22	66	22	65	42	7	5	44	1.56
79505593--79505677	42	2.0	42	100	0	170	45	7	7	40	1.58
79505861--79505888	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
79506220--79506277	29	2.0	29	84	15	77	56	0	1	41	1.09
79506289--79506367	20	3.8	20	75	6	61	59	3	3	32	1.33
79506287--79506366	40	2.0	40	83	9	101	57	3	3	35	1.34
79506900--79507106	86	2.4	84	76	7	193	38	9	16	35	1.81
79508724--79508770	24	1.9	24	82	4	58	46	4	10	38	1.58
79509342--79509400	13	4.6	13	73	23	54	38	1	3	55	1.26
79509897--79510039	62	2.3	62	86	2	189	34	14	11	39	1.82
79510494--79510776	41	6.9	41	90	1	426	33	23	23	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79510819--79510866	22	2.1	22	84	3	60	50	25	0	25	1.50
79511081--79511134	15	3.7	15	76	16	51	22	1	35	40	1.65
79511082--79511123	22	2.0	21	85	4	57	21	0	38	40	1.53
79511932--79511964	18	1.9	17	88	11	50	48	3	3	45	1.33
79513668--79513816	81	1.9	80	83	5	194	22	9	21	46	1.79
79516811--79516862	25	2.1	24	82	10	61	19	0	3	76	0.93
79516986--79517119	43	3.1	43	91	1	214	23	20	31	25	1.98
79518262--79518313	25	2.1	24	82	10	61	19	0	3	76	0.93
79518437--79518570	43	3.1	43	91	1	214	23	20	31	25	1.98
79519713--79519764	25	2.1	24	82	10	61	19	0	3	76	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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