genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  209  of  295  ( 35319 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71778361--71778444	28	3.1	26	80	10	96	39	23	21	15	1.92
71783588--71783630	22	2.0	22	100	0	86	32	0	13	53	1.41
71788254--71788290	18	2.1	18	94	0	65	40	5	16	37	1.71
71788607--71788681	24	3.3	23	72	11	64	26	21	14	37	1.92
71794575--71794750	46	3.8	45	77	10	185	21	19	28	30	1.98
71794572--71794742	93	1.8	93	91	0	279	21	20	29	29	1.98
71797030--71797103	26	2.9	26	81	2	105	32	22	9	35	1.87
71797246--71797273	6	4.7	6	100	0	56	17	28	0	53	1.44
71815967--71816306	48	7.0	48	93	1	554	36	5	26	31	1.80
71815967--71816306	146	2.3	144	94	1	590	36	5	26	31	1.80
71816447--71816554	37	2.9	37	91	0	162	25	19	28	25	1.99
71818513--71818585	26	2.8	26	91	0	119	24	23	26	26	2.00
71818635--71818690	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
71818635--71818691	20	2.8	20	94	0	105	33	19	12	35	1.89
71824422--71824453	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
71830127--71830180	14	3.7	14	76	16	56	44	1	0	53	1.11
71830625--71830658	17	2.0	17	94	0	59	58	20	0	20	1.39
71831089--71831118	9	3.3	9	95	0	51	46	3	10	40	1.54
71831203--71831235	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
71831201--71831235	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
71831287--71831323	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
71832661--71832725	18	3.5	18	75	17	53	58	4	3	33	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71833220--71833289	20	3.6	19	88	7	97	57	8	0	34	1.29
71833303--71833355	9	5.8	9	77	18	56	67	0	1	30	1.01
71839836--71839870	14	2.5	14	90	0	52	17	17	14	51	1.77
71843096--71843627	267	2.0	264	96	1	974	29	20	15	34	1.94
71850126--71850157	9	3.7	9	95	4	57	34	0	0	65	0.93
71853777--71853856	26	3.2	23	71	19	70	36	11	5	47	1.61
71854182--71854231	22	2.3	22	83	13	68	10	8	12	70	1.35
71855443--71855598	42	3.7	41	81	5	154	39	21	16	23	1.91
71856919--71857142	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
71857470--71857533	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
71857477--71857533	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
71862030--71862138	50	2.1	52	86	6	152	31	14	13	40	1.85
71862285--71862358	9	8.7	9	69	25	54	25	0	17	56	1.41
71862278--71862332	27	1.9	29	89	10	87	27	0	16	56	1.40
71863874--71863983	43	2.6	43	74	11	100	38	20	18	23	1.93
71868976--71869194	47	4.6	49	89	5	333	28	30	8	32	1.86
71868976--71869194	96	2.3	96	92	1	361	28	30	8	32	1.86
71890596--71890823	48	4.9	48	73	7	180	28	21	22	27	1.99
71902998--71903220	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
71903073--71903255	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
71931203--71931470	6	43.3	6	67	20	117	48	12	18	20	1.80
71931224--71931470	31	8.4	31	73	16	193	47	12	19	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71931224--71931411	56	3.4	56	84	4	245	47	12	19	20	1.81
71931403--71931470	25	2.7	25	86	0	100	47	13	19	20	1.82
71931588--71931695	27	4.0	26	84	5	108	37	21	22	18	1.94
71931588--71931695	54	2.0	53	83	1	135	37	21	22	18	1.94
71931854--71931917	22	2.9	22	77	9	67	31	20	25	23	1.98
71932306--71933034	27	27.0	27	88	0	999	25	19	18	35	1.95
71933027--71933285	27	9.6	27	85	6	125	28	8	21	41	1.82
71933025--71933285	54	4.8	53	83	8	249	29	8	21	40	1.82
71933037--71933285	81	3.1	80	80	8	263	28	8	21	41	1.81
71933163--71933301	27	5.2	27	88	4	129	28	6	20	44	1.76
71939341--71939410	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
71939341--71939435	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
71941161--71941212	26	2.0	26	81	11	61	36	1	25	36	1.67
71943120--71943201	23	3.4	24	86	8	105	28	21	18	31	1.97
71945230--71945278	24	2.0	24	92	0	80	46	0	12	40	1.41
71946996--71947149	62	2.5	63	89	3	249	39	2	3	53	1.33
71947043--71947178	33	4.1	34	71	18	99	42	2	3	51	1.31
71955445--71955557	49	2.3	49	95	0	199	23	23	33	19	1.97
71970103--71970420	94	3.3	95	82	3	363	30	18	28	22	1.98
71970155--71970413	47	5.4	47	74	8	193	30	18	27	23	1.98
71973998--71974049	27	1.9	27	92	0	86	36	17	15	30	1.91
71975966--71976143	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71975967--71976122	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71975963--71976143	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71984018--71984195	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71984019--71984174	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71984015--71984195	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71988263--71988307	23	2.0	23	87	12	67	62	11	8	17	1.53
71989846--71989879	13	2.6	13	95	0	59	11	2	44	41	1.56
71992564--71992743	48	3.9	48	74	12	176	26	21	25	27	1.99
71993418--71993480	31	2.0	31	93	0	108	26	1	30	41	1.65
71998781--71998855	11	7.5	10	77	14	75	36	9	18	36	1.83
71998810--71998846	9	3.9	9	86	13	56	35	2	21	40	1.68
71998799--71998855	20	2.8	20	94	0	105	36	8	19	35	1.83
71998903--71998987	25	3.4	25	93	0	143	28	23	21	27	1.99
71999193--71999271	31	2.5	31	83	4	97	26	17	26	29	1.98
72006810--72006884	11	7.5	10	77	14	75	36	9	18	36	1.83
72006839--72006875	9	3.9	9	86	13	56	35	2	21	40	1.68
72006828--72006884	20	2.8	20	94	0	105	36	8	19	35	1.83
72006932--72007016	25	3.4	25	90	0	134	29	23	20	27	1.99
72007222--72007300	31	2.5	31	83	4	97	27	18	25	27	1.98
72009586--72009687	27	3.8	27	88	0	141	35	19	19	25	1.95
72009813--72009904	27	3.5	26	80	10	96	19	22	21	35	1.96
72010066--72010160	33	2.9	33	85	0	136	30	22	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72015042--72015173	48	2.7	47	88	4	192	25	28	20	26	1.99
72017542--72017579	16	2.3	17	86	4	51	26	0	5	68	1.11
72019267--72019388	43	2.9	42	74	7	129	26	18	24	30	1.98
72020814--72021153	50	6.8	50	75	5	326	26	17	25	30	1.97
72020815--72021153	101	3.4	101	84	2	414	26	17	25	30	1.97
72024603--72024641	15	2.6	15	84	8	53	15	15	17	51	1.77
72026755--72026793	19	2.1	18	85	4	51	30	0	15	53	1.42
72027149--72027338	102	1.9	100	80	6	222	25	19	24	30	1.98
72027249--72027542	101	2.9	101	76	5	299	27	17	24	30	1.97
72027148--72027542	50	7.9	50	74	6	341	27	17	24	29	1.98
72027147--72027532	152	2.6	152	90	2	600	27	17	24	30	1.98
72032272--72032329	30	1.9	31	86	10	84	46	8	0	44	1.34
72032287--72032329	15	2.8	16	78	7	52	46	11	0	41	1.40
72052533--72052626	29	3.0	29	79	20	118	26	20	28	24	1.99
72052562--72052742	40	4.7	40	89	4	241	24	19	29	25	1.99
72052562--72052740	79	2.3	75	86	6	236	25	20	29	25	1.99
72052596--72052777	79	2.3	80	82	1	215	25	20	28	25	1.99
72060492--72060590	49	2.0	51	92	5	168	27	18	22	32	1.97
72060492--72060630	48	3.0	50	75	22	174	25	18	25	30	1.98
72060542--72060688	40	3.8	40	85	5	169	24	17	28	29	1.97
72060465--72060630	89	1.9	87	94	2	296	24	18	27	29	1.98
72063622--72063834	38	5.5	38	85	5	252	30	23	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72063620--72063834	76	2.8	76	84	4	281	29	23	22	24	1.99
72065671--72065709	20	2.0	20	85	10	53	66	0	20	12	1.24
72071379--72071521	40	3.5	40	83	6	173	24	25	24	25	2.00
72073559--72073900	27	12.7	27	78	6	185	39	19	10	30	1.85
72073559--72073871	81	3.9	81	77	9	232	40	19	9	30	1.83
72074593--72074637	22	2.0	22	86	0	63	11	17	24	46	1.81
72074603--72074645	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
72083908--72083995	45	2.0	45	90	2	142	34	27	12	26	1.92
72083859--72084099	101	2.4	101	86	5	328	35	25	12	26	1.92
72085906--72086095	27	7.0	27	85	0	245	34	17	20	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295